MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Marinithermus hydrothermalis DSM 14884 chromosome

Total Repeats: 216

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015387	TAAGC	2	10	8206	8215	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_015387	TAGGG	2	10	17478	17487	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015387	GGGGT	2	10	27946	27955	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015387	CGTAT	2	10	45159	45168	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_015387	GACAA	2	10	47386	47395	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_015387	CCGCG	2	10	52983	52992	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
7	NC_015387	GGTAG	2	10	54398	54407	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015387	GGCGA	2	10	58836	58845	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015387	GGCCA	2	10	60019	60028	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_015387	GGGCC	2	10	68006	68015	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
11	NC_015387	CACGC	2	10	71776	71785	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
12	NC_015387	GCGGT	2	10	120007	120016	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
13	NC_015387	GGTGG	2	10	120520	120529	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015387	GGGAG	2	10	121068	121077	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015387	TAGGC	2	10	122025	122034	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015387	AGGGG	2	10	122434	122443	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015387	CCGAA	2	10	122452	122461	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_015387	CGAGC	2	10	122925	122934	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_015387	CCACC	2	10	123486	123495	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
20	NC_015387	CAGTA	2	10	123734	123743	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_015387	GCGCG	2	10	131878	131887	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
22	NC_015387	GAAGG	2	10	142703	142712	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015387	TGGCG	3	15	142837	142851	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
24	NC_015387	TGGGG	2	10	170006	170015	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015387	CCCTG	2	10	170179	170188	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
26	NC_015387	GGGGT	2	10	170196	170205	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015387	AAGGG	2	10	179297	179306	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015387	GGCGT	2	10	217757	217766	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_015387	GAGCA	2	10	241234	241243	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015387	CGCTG	2	10	241397	241406	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_015387	TGCAG	2	10	243689	243698	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015387	AGGTG	2	10	252120	252129	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015387	AAACG	2	10	254631	254640	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_015387	GCCCC	2	10	256949	256958	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
35	NC_015387	CGACC	2	10	274465	274474	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
36	NC_015387	GGTTT	2	10	274740	274749	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015387	ACCTC	2	10	276061	276070	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
38	NC_015387	AAGCA	2	10	279126	279135	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015387	AATCT	2	10	280663	280672	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015387	CCGCT	2	10	282900	282909	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_015387	GAAAG	2	10	287897	287906	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015387	CCTGG	2	10	290954	290963	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_015387	CGCGG	2	10	291352	291361	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
44	NC_015387	GGCGA	2	10	291663	291672	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015387	GGGAC	2	10	291739	291748	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015387	AATGT	2	10	301922	301931	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015387	GAGGG	2	10	302074	302083	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015387	GTCCA	2	10	304249	304258	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_015387	TGGGC	2	10	309034	309043	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_015387	TCGTG	2	10	309263	309272	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015387	CCGCG	2	10	315649	315658	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
52	NC_015387	GCACG	2	10	323715	323724	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_015387	ACCGG	2	10	341604	341613	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_015387	GTAGG	2	10	342201	342210	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015387	AGGTG	2	10	347796	347805	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015387	GTTTG	2	10	353065	353074	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015387	GCACC	2	10	382207	382216	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
58	NC_015387	GGGAA	2	10	410917	410926	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015387	GCCCG	2	10	417377	417386	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
60	NC_015387	TATTC	2	10	418800	418809	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_015387	CACCC	2	10	441115	441124	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
62	NC_015387	CTCAT	2	10	461519	461528	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_015387	GCCGG	2	10	461558	461567	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
64	NC_015387	GGGGC	2	10	478697	478706	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
65	NC_015387	TAGCA	2	10	480765	480774	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_015387	GCCCC	2	10	499965	499974	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
67	NC_015387	GCTCC	2	10	499999	500008	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
68	NC_015387	CCCAG	2	10	500072	500081	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
69	NC_015387	CCAGG	2	10	518369	518378	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_015387	CTTTC	2	10	548292	548301	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_015387	GGCGG	2	10	591124	591133	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
72	NC_015387	TACCC	2	10	599815	599824	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
73	NC_015387	TAAAG	2	10	620448	620457	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015387	GACTA	2	10	620514	620523	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015387	CATCC	2	10	625176	625185	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
76	NC_015387	TGGGG	2	10	657105	657114	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015387	AGGGG	2	10	671698	671707	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015387	CGGCC	2	10	675550	675559	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
79	NC_015387	AGCCC	2	10	693135	693144	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
80	NC_015387	TACTG	2	10	699855	699864	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_015387	TCCAC	2	10	725854	725863	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
82	NC_015387	ACGCG	2	10	741469	741478	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_015387	AGGGT	2	10	741482	741491	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015387	CGAAA	2	10	747599	747608	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_015387	GGCGC	2	10	766231	766240	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
86	NC_015387	CCGCG	2	10	767348	767357	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
87	NC_015387	TTGCT	2	10	774431	774440	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015387	CGCGG	2	10	777369	777378	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
89	NC_015387	AACAG	2	10	778410	778419	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015387	CCGCG	2	10	817213	817222	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
91	NC_015387	CAGTC	2	10	818735	818744	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_015387	CCCTA	2	10	833801	833810	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
93	NC_015387	GGGGC	2	10	836922	836931	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
94	NC_015387	GGATT	2	10	853141	853150	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015387	CATTT	2	10	867849	867858	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015387	CCTCC	2	10	884808	884817	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
97	NC_015387	CGATC	2	10	885345	885354	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_015387	GAGGC	2	10	929658	929667	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
99	NC_015387	CGCGG	2	10	953002	953011	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
100	NC_015387	GCCCC	2	10	960902	960911	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
101	NC_015387	CCGCG	2	10	961074	961083	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
102	NC_015387	CATGC	2	10	961690	961699	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_015387	AAGGG	2	10	966186	966195	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015387	GGTGC	2	10	999555	999564	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
105	NC_015387	GGTGC	2	10	999584	999593	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015387	CGGAA	2	10	1003332	1003341	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_015387	GAGGT	2	10	1003924	1003933	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015387	GGTGG	2	10	1016684	1016693	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015387	AGCTC	2	10	1022786	1022795	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_015387	CCGCG	2	10	1038953	1038962	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
111	NC_015387	CCTTC	2	10	1040785	1040794	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
112	NC_015387	CCGGG	2	10	1047528	1047537	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
113	NC_015387	GGCCG	2	10	1054269	1054278	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
114	NC_015387	CGGCC	2	10	1054288	1054297	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
115	NC_015387	GGGTA	2	10	1057974	1057983	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015387	GAACA	2	10	1063963	1063972	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_015387	ACAGG	2	10	1070256	1070265	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
118	NC_015387	CTACC	2	10	1070300	1070309	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
119	NC_015387	ACCTC	2	10	1073660	1073669	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
120	NC_015387	CGTGG	2	10	1103624	1103633	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
121	NC_015387	AGGCC	2	10	1137162	1137171	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
122	NC_015387	CTATA	2	10	1145692	1145701	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_015387	TAGGA	2	10	1162833	1162842	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015387	GCCCC	2	10	1195721	1195730	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
125	NC_015387	ACACC	2	10	1205036	1205045	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
126	NC_015387	TCCCC	2	10	1205296	1205305	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
127	NC_015387	CAAGG	2	10	1205322	1205331	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_015387	CCTCA	2	10	1223344	1223353	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
129	NC_015387	TGTTT	2	10	1257045	1257054	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015387	CACCC	2	10	1257108	1257117	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
131	NC_015387	CCCCT	2	10	1283256	1283265	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
132	NC_015387	CCGCG	2	10	1294584	1294593	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
133	NC_015387	ACCCC	2	10	1310794	1310803	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
134	NC_015387	CCGGG	2	10	1323912	1323921	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
135	NC_015387	GCCGC	2	10	1330900	1330909	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
136	NC_015387	GTGGG	2	10	1357046	1357055	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015387	CACGA	2	10	1357560	1357569	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_015387	GCCCA	2	10	1357789	1357798	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
139	NC_015387	TTCCG	2	10	1362444	1362453	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_015387	GCGCC	2	10	1370738	1370747	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
141	NC_015387	CGCGC	2	10	1415292	1415301	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
142	NC_015387	GCCCG	2	10	1451262	1451271	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
143	NC_015387	CCCCA	2	10	1451412	1451421	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
144	NC_015387	CCTCC	2	10	1466973	1466982	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
145	NC_015387	ACCCG	2	10	1494195	1494204	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
146	NC_015387	CCGCT	2	10	1499737	1499746	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
147	NC_015387	AGCCG	2	10	1547158	1547167	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
148	NC_015387	GGCCG	2	10	1567140	1567149	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
149	NC_015387	CCGGC	2	10	1567153	1567162	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
150	NC_015387	GCACC	2	10	1578662	1578671	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
151	NC_015387	ATCCA	2	10	1590322	1590331	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
152	NC_015387	GCCCG	2	10	1612498	1612507	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
153	NC_015387	CGGGC	2	10	1612515	1612524	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
154	NC_015387	AGCCT	2	10	1667636	1667645	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
155	NC_015387	TCAAC	2	10	1667757	1667766	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
156	NC_015387	CCTAG	2	10	1667968	1667977	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
157	NC_015387	CCCCT	2	10	1672320	1672329	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
158	NC_015387	AGGGT	2	10	1672367	1672376	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
159	NC_015387	CGGGG	2	10	1726861	1726870	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
160	NC_015387	GTTTA	2	10	1759060	1759069	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
161	NC_015387	CCGCG	2	10	1771579	1771588	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
162	NC_015387	GCTTT	2	10	1772112	1772121	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
163	NC_015387	CAAAC	2	10	1783130	1783139	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
164	NC_015387	CGCCC	2	10	1790532	1790541	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
165	NC_015387	TCCAA	2	10	1800362	1800371	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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168	NC_015387	TTTTA	2	10	1839556	1839565	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_015387	ACGGG	2	10	1841442	1841451	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
170	NC_015387	CGTGG	2	10	1841455	1841464	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
171	NC_015387	GCCCC	2	10	1902385	1902394	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
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173	NC_015387	CCCCG	2	10	1910007	1910016	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
174	NC_015387	GGGTC	2	10	1921501	1921510	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
175	NC_015387	CGGTG	2	10	1939667	1939676	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
176	NC_015387	GGGAG	2	10	1950504	1950513	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
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179	NC_015387	TTGGC	2	10	1967338	1967347	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
180	NC_015387	GGGGT	2	10	1967357	1967366	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
181	NC_015387	GCCGC	2	10	1977359	1977368	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
182	NC_015387	CCGGC	2	10	1983177	1983186	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
183	NC_015387	CCCGC	2	10	1989029	1989038	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
184	NC_015387	CGCGG	2	10	2016407	2016416	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
185	NC_015387	GGGAT	2	10	2017457	2017466	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
186	NC_015387	GGCCG	2	10	2025382	2025391	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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189	NC_015387	GGTGG	2	10	2047522	2047531	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
190	NC_015387	GCTCG	2	10	2048083	2048092	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
191	NC_015387	TTCGG	2	10	2048556	2048565	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
192	NC_015387	CCCCT	2	10	2048574	2048583	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
193	NC_015387	GCCTA	2	10	2048983	2048992	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
194	NC_015387	CTCCC	2	10	2049940	2049949	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
195	NC_015387	AGGAG	2	10	2050824	2050833	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
196	NC_015387	AGCCC	2	10	2054270	2054279	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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205	NC_015387	GTGGG	2	10	2142448	2142457	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
206	NC_015387	CACGA	2	10	2142962	2142971	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
207	NC_015387	GCCCA	2	10	2143191	2143200	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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210	NC_015387	CGGCG	2	10	2176167	2176176	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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212	NC_015387	GCGCT	2	10	2176267	2176276	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
213	NC_015387	GCCCG	2	10	2196229	2196238	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
214	NC_015387	CCGCG	2	10	2198719	2198728	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
215	NC_015387	GAGGG	2	10	2200176	2200185	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
216	NC_015387	CCGCG	2	10	2219755	2219764	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.