MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Burkholderia gladioli BSR3 plasmid bgla_1p

Total Repeats: 141

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015382	TCGCGC	2	12	4427	4438	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_015382	GCGCCG	2	12	5290	5301	0 %	0 %	50 %	50 %	330822222
3	NC_015382	TCGGCG	2	12	6360	6371	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_015382	CGGAGA	2	12	7091	7102	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	330822223
5	NC_015382	GGTGCC	2	12	7542	7553	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	330822223
6	NC_015382	CGGCGC	2	12	8836	8847	0 %	0 %	50 %	50 %	330822225
7	NC_015382	TCGCGA	2	12	8859	8870	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822225
8	NC_015382	CTTCGA	2	12	13984	13995	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330822227
9	NC_015382	CTCGAA	2	12	14339	14350	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330822227
10	NC_015382	GTCGAC	2	12	15143	15154	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822227
11	NC_015382	ACCTCG	2	12	15243	15254	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	330822227
12	NC_015382	CTCGAC	3	18	15314	15331	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	330822227
13	NC_015382	TGAACC	2	12	15658	15669	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330822227
14	NC_015382	TCTGCC	2	12	19930	19941	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	330822231
15	NC_015382	TCGATC	2	12	22044	22055	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330822233
16	NC_015382	GTTGGT	2	12	22847	22858	0 %	50 %	50 %	0 %	330822233
17	NC_015382	CTGCGA	2	12	25696	25707	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822235
18	NC_015382	AATTTA	2	12	25773	25784	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015382	TCGGCT	2	12	27093	27104	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330822236
20	NC_015382	TGATAT	2	12	32995	33006	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	330822238
21	NC_015382	CTGCAG	2	12	35345	35356	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822241
22	NC_015382	GTCGAC	2	12	36236	36247	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822241
23	NC_015382	CGCGGC	2	12	38819	38830	0 %	0 %	50 %	50 %	330822243
24	NC_015382	TGTGCC	2	12	45753	45764	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_015382	GCCTTC	2	12	46313	46324	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	330822250
26	NC_015382	TGGTCT	2	12	46404	46415	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	330822250
27	NC_015382	TTCGGC	2	12	46532	46543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330822250
28	NC_015382	TGTCCG	2	12	49536	49547	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	330822252
29	NC_015382	GAATGC	2	12	50011	50022	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	330822253
30	NC_015382	ATCGGT	2	12	53088	53099	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_015382	GATGCG	2	12	53920	53931	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	330822256
32	NC_015382	TGGCTG	2	12	58994	59005	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	330822263
33	NC_015382	GCGCCC	2	12	61122	61133	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	330822263
34	NC_015382	AGGCGG	2	12	61707	61718	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_015382	CGCGAG	2	12	63105	63116	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	330822264
36	NC_015382	CAAGAC	2	12	68117	68128	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	330822270
37	NC_015382	CGTGCG	2	12	68144	68155	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	330822270
38	NC_015382	TCGACA	2	12	68284	68295	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330822270
39	NC_015382	GCACGC	2	12	69590	69601	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	330822270
40	NC_015382	CTTCTC	2	12	73433	73444	0 %	50 %	0 %	50 %	330822272
41	NC_015382	CGAGCC	2	12	77112	77123	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	330822276
42	NC_015382	CGCCAG	2	12	78106	78117	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	330822276
43	NC_015382	GATCGC	2	12	80711	80722	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822279
44	NC_015382	TCGGCC	2	12	86329	86340	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	330822283
45	NC_015382	GTTGTA	2	12	87645	87656	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	330822284
46	NC_015382	CCGGCT	2	12	88546	88557	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	330822284
47	NC_015382	GCTCAT	2	12	89822	89833	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330822286
48	NC_015382	ATCGCG	2	12	95744	95755	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822292
49	NC_015382	CGATCT	2	12	97374	97385	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330822293
50	NC_015382	GGCCGA	2	12	105397	105408	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	330822297
51	NC_015382	GCTGGT	2	12	107179	107190	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	330822297
52	NC_015382	CGGCGT	2	12	108049	108060	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	330822297
53	NC_015382	AGCTGA	2	12	108213	108224	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	330822297
54	NC_015382	GGTCGA	2	12	111382	111393	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	330822298
55	NC_015382	CGAGGT	2	12	111628	111639	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	330822298
56	NC_015382	CGCTGC	2	12	112656	112667	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	330822298
57	NC_015382	TGTTCC	2	12	115110	115121	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	330822298
58	NC_015382	GGACCA	2	12	115171	115182	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	330822298
59	NC_015382	TGCACG	2	12	115559	115570	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822298
60	NC_015382	ACCAAG	2	12	115574	115585	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	330822298
61	NC_015382	TTCTGG	2	12	116282	116293	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	330822299
62	NC_015382	TGGCGG	2	12	121439	121450	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	330822304
63	NC_015382	ATATCA	2	12	122984	122995	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_015382	ACGATC	2	12	123411	123422	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_015382	TCGGGC	2	12	124018	124029	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_015382	CGCCGG	2	12	125313	125324	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
67	NC_015382	GCGCGG	2	12	133219	133230	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_015382	CCGTGC	2	12	133851	133862	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	330822307
69	NC_015382	GGTGAA	2	12	133930	133941	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	330822307
70	NC_015382	GCTGGC	2	12	138658	138669	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	330822310
71	NC_015382	GCGACG	2	12	142956	142967	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	330822313
72	NC_015382	TCGCGG	2	12	144961	144972	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	330822314
73	NC_015382	TTTAAA	2	12	154617	154628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015382	GAAGCA	2	12	160526	160537	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	330822329
75	NC_015382	TCCGAG	2	12	160827	160838	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822329
76	NC_015382	GAACCG	2	12	161950	161961	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015382	GCTCGA	2	12	163697	163708	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_015382	AGCCCG	2	12	164401	164412	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	330822330
79	NC_015382	CATCGA	2	12	165286	165297	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330822331
80	NC_015382	GGCCGA	2	12	170882	170893	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	330822340
81	NC_015382	CTGCCG	2	12	171159	171170	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	330822341
82	NC_015382	TCGCGA	2	12	176586	176597	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822345
83	NC_015382	ATTCAC	2	12	186869	186880	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330822351
84	NC_015382	CCAGCG	2	12	187759	187770	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	330822351
85	NC_015382	ATTCAC	2	12	188990	189001	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	330822351
86	NC_015382	AACGCC	2	12	189894	189905	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	330822351
87	NC_015382	CGCCGT	2	12	190180	190191	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	330822351
88	NC_015382	GCCGAT	2	12	190580	190591	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822351
89	NC_015382	TATTTT	2	12	191649	191660	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015382	ACTCCA	2	12	194378	194389	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	330822353
91	NC_015382	AGAAAA	2	12	198755	198766	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015382	TATTTT	2	12	198870	198881	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015382	GCGCAC	2	12	202649	202660	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
94	NC_015382	CAACGC	2	12	202739	202750	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
95	NC_015382	TCCTGC	2	12	204640	204651	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	330822358
96	NC_015382	ATTAGG	2	12	206000	206011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	330822359
97	NC_015382	CGACAC	2	12	206239	206250	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	330822360
98	NC_015382	GCCCTC	2	12	206383	206394	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	330822360
99	NC_015382	TCGCCG	2	12	206820	206831	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	330822361
100	NC_015382	GCATCG	2	12	207369	207380	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822361
101	NC_015382	CAGCCA	2	12	208277	208288	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	330822362
102	NC_015382	GCGATC	2	12	210995	211006	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822364
103	NC_015382	ATCGGC	2	12	214768	214779	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822366
104	NC_015382	GCGCCT	2	12	217732	217743	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	330822367
105	NC_015382	CAGCGG	2	12	218213	218224	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	330822367
106	NC_015382	CCTCCA	2	12	218707	218718	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	330822367
107	NC_015382	CGCAGG	2	12	218727	218738	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	330822367
108	NC_015382	TTGATC	2	12	220944	220955	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	330822369
109	NC_015382	CGGTGC	2	12	222833	222844	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	330822370
110	NC_015382	GTTGCA	2	12	223987	223998	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	330822371
111	NC_015382	AGGCGG	2	12	224542	224553	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	330822371
112	NC_015382	GCGCCG	2	12	225334	225345	0 %	0 %	50 %	50 %	330822371
113	NC_015382	GGCGAT	2	12	226318	226329	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	330822371
114	NC_015382	GCAGCG	2	12	226738	226749	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	330822371
115	NC_015382	CACCGC	2	12	227510	227521	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	330822371
116	NC_015382	GCGCCG	2	12	228418	228429	0 %	0 %	50 %	50 %	330822371
117	NC_015382	CAGCAC	2	12	232928	232939	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	330822371
118	NC_015382	CGGCCG	2	12	240973	240984	0 %	0 %	50 %	50 %	330822381
119	NC_015382	CGGCAC	2	12	242614	242625	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
120	NC_015382	CTCGCG	2	12	244337	244348	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
121	NC_015382	TGGATG	2	12	245282	245293	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015382	TTTTCG	2	12	246492	246503	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_015382	TTGCAC	2	12	247903	247914	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	330822389
124	NC_015382	GCGCAC	2	12	248736	248747	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	330822390
125	NC_015382	GCCGCG	2	12	249492	249503	0 %	0 %	50 %	50 %	330822390
126	NC_015382	CCCGCG	2	12	250479	250490	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	330822390
127	NC_015382	AACGAG	2	12	258400	258411	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	330822395
128	NC_015382	ATGCCG	2	12	258538	258549	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822395
129	NC_015382	CGCGTA	2	12	258840	258851	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	330822396
130	NC_015382	GCGGGC	2	12	260636	260647	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	330822397
131	NC_015382	GGTGGA	2	12	266296	266307	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015382	CCATCA	2	12	266460	266471	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_015382	CACGCG	2	12	266477	266488	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
134	NC_015382	ATCCAA	2	12	267920	267931	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	330822403
135	NC_015382	ATCCAG	2	12	268909	268920	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	330822404
136	NC_015382	ACCTCG	2	12	269930	269941	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	330822404
137	NC_015382	TGCGGC	2	12	271107	271118	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_015382	GCGAGC	2	12	271826	271837	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_015382	ACGACC	2	12	271910	271921	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
140	NC_015382	CGGCGC	2	12	272021	272032	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
141	NC_015382	GTCGGC	2	12	274827	274838	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	330822406

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.