MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Pelagibacter sp. IMCC9063 chromosome

Total Repeats: 76

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015380	TAAAA	2	10	8543	8552	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015380	CAAAT	2	10	12348	12357	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015380	AGATT	2	10	17623	17632	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015380	ATATA	2	10	47116	47125	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015380	AAATA	2	10	55722	55731	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015380	AGAAT	2	10	58284	58293	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015380	ACAAA	2	10	91516	91525	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015380	AAAAC	2	10	97238	97247	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015380	TAAAT	2	10	98657	98666	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015380	CTTAC	2	10	103534	103543	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_015380	ACATT	2	10	109352	109361	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015380	CACGA	2	10	109946	109955	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_015380	TATGG	2	10	110212	110221	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015380	ATTTA	2	10	187475	187484	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015380	GTTTT	2	10	187493	187502	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015380	GTTTT	2	10	216383	216392	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015380	AGCTA	2	10	232634	232643	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_015380	TTTAA	2	10	234499	234508	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015380	TTAAA	2	10	244055	244064	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015380	AAATT	2	10	248233	248242	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015380	ATTTG	2	10	268234	268243	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015380	CTTTA	2	10	285806	285815	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_015380	AAATT	2	10	313720	313729	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015380	AAATT	2	10	339241	339250	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015380	TTAAT	2	10	378001	378010	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015380	GCAAT	2	10	385718	385727	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015380	ATTAT	2	10	399082	399091	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015380	CTTAA	2	10	407473	407482	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_015380	AATTT	2	10	465953	465962	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015380	CAAAG	2	10	498315	498324	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_015380	AATTT	2	10	501746	501755	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015380	AATAA	2	10	502499	502508	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015380	ATTAA	2	10	505078	505087	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015380	GACCT	2	10	507340	507349	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_015380	AAAAG	2	10	507406	507415	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015380	CATTG	2	10	508986	508995	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_015380	TATTT	2	10	509043	509052	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015380	TAAAA	2	10	519321	519330	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015380	ATAAA	2	10	530178	530187	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015380	AGAGC	2	10	565310	565319	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015380	TGTAT	2	10	624243	624252	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015380	CTTTT	2	10	642840	642849	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015380	CAAGG	2	10	662757	662766	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_015380	ATTAA	2	10	692044	692053	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015380	TATAA	2	10	708922	708931	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_015380	AATTA	2	10	725346	725355	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015380	ATTTT	2	10	730747	730756	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015380	AATTT	2	10	735666	735675	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015380	ATTGA	2	10	765298	765307	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015380	TAAAA	2	10	794340	794349	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015380	CATTA	2	10	821035	821044	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_015380	AATAT	2	10	827800	827809	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015380	TTAAA	2	10	846251	846260	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015380	AATGT	2	10	851455	851464	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015380	TAAAA	2	10	854402	854411	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015380	TTAAA	2	10	951473	951482	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015380	AATAT	2	10	976254	976263	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015380	TAAGA	2	10	980674	980683	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015380	AAATT	2	10	1013299	1013308	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015380	TAATA	2	10	1018703	1018712	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015380	TTTCC	2	10	1071131	1071140	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_015380	AACTA	2	10	1095509	1095518	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_015380	TAATA	2	10	1095673	1095682	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015380	TTAAT	2	10	1098872	1098881	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015380	CCAAA	2	10	1132692	1132701	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_015380	GTAAT	2	10	1141475	1141484	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015380	TTTTA	2	10	1148884	1148893	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015380	GAATA	2	10	1189116	1189125	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015380	AAATA	2	10	1202951	1202960	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015380	ACTTT	2	10	1208224	1208233	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015380	TTATT	2	10	1210692	1210701	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015380	GTTAT	2	10	1214218	1214227	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015380	AACAT	2	10	1214228	1214237	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_015380	CTTTT	2	10	1226490	1226499	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015380	TGTTT	2	10	1227256	1227265	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015380	ATTTT	2	10	1236552	1236561	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.