MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Burkholderia gladioli BSR3 plasmid bgla_3p

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015378	GCGTT	2	10	941	950	0 %	40 %	40 %	20 %	330818809
2	NC_015378	CAAGG	2	10	988	997	40 %	0 %	40 %	20 %	330818809
3	NC_015378	CGGCC	2	10	1430	1439	0 %	0 %	40 %	60 %	330818810
4	NC_015378	CGAGC	2	10	2941	2950	20 %	0 %	40 %	40 %	330818811
5	NC_015378	CAGAA	2	10	3206	3215	60 %	0 %	20 %	20 %	330818811
6	NC_015378	AGCGC	2	10	4113	4122	20 %	0 %	40 %	40 %	330818812
7	NC_015378	CAGTG	2	10	4712	4721	20 %	20 %	40 %	20 %	330818812
8	NC_015378	GTGCT	2	10	5311	5320	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015378	CACCG	2	10	5501	5510	20 %	0 %	20 %	60 %	330818813
10	NC_015378	CATGC	2	10	5672	5681	20 %	20 %	20 %	40 %	330818813
11	NC_015378	GACGA	2	10	6246	6255	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015378	CGCGC	2	10	6507	6516	0 %	0 %	40 %	60 %	330818814
13	NC_015378	CCGGC	2	10	8175	8184	0 %	0 %	40 %	60 %	330818817
14	NC_015378	GCGCG	2	10	9461	9470	0 %	0 %	60 %	40 %	330818819
15	NC_015378	GAAAG	2	10	11122	11131	60 %	0 %	40 %	0 %	330818820
16	NC_015378	AAATT	2	10	11190	11199	60 %	40 %	0 %	0 %	330818820
17	NC_015378	TCTGG	2	10	11563	11572	0 %	40 %	40 %	20 %	330818820
18	NC_015378	GTGCG	2	10	14915	14924	0 %	20 %	60 %	20 %	330818823
19	NC_015378	GAAAT	2	10	15166	15175	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015378	CGGGG	2	10	15853	15862	0 %	0 %	80 %	20 %	330818824
21	NC_015378	GGGGC	2	10	15871	15880	0 %	0 %	80 %	20 %	330818824
22	NC_015378	GATCG	2	10	16678	16687	20 %	20 %	40 %	20 %	330818824
23	NC_015378	CGCCC	2	10	17614	17623	0 %	0 %	20 %	80 %	330818824
24	NC_015378	TCGGC	2	10	18012	18021	0 %	20 %	40 %	40 %	330818824
25	NC_015378	TGTGG	2	10	18658	18667	0 %	40 %	60 %	0 %	330818824
26	NC_015378	TGCCG	2	10	18943	18952	0 %	20 %	40 %	40 %	330818824
27	NC_015378	CTTCT	2	10	20120	20129	0 %	60 %	0 %	40 %	330818824
28	NC_015378	CTCAC	2	10	20292	20301	20 %	20 %	0 %	60 %	330818824
29	NC_015378	CCAGC	2	10	21665	21674	20 %	0 %	20 %	60 %	330818825
30	NC_015378	AGGGC	2	10	23656	23665	20 %	0 %	60 %	20 %	330818826
31	NC_015378	CGACG	2	10	23996	24005	20 %	0 %	40 %	40 %	330818826
32	NC_015378	CGAAG	2	10	24326	24335	40 %	0 %	40 %	20 %	330818826
33	NC_015378	CCATT	2	10	24972	24981	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_015378	AGGCC	2	10	26447	26456	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_015378	GGGCT	2	10	28007	28016	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015378	CGGGC	2	10	28029	28038	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
37	NC_015378	GCGCC	3	15	28361	28375	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
38	NC_015378	GATTT	2	10	30557	30566	20 %	60 %	20 %	0 %	330818832
39	NC_015378	CCATG	2	10	31006	31015	20 %	20 %	20 %	40 %	330818833
40	NC_015378	AGCAT	2	10	33890	33899	40 %	20 %	20 %	20 %	330818837
41	NC_015378	GCCGA	2	10	34844	34853	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_015378	TCGTT	2	10	35839	35848	0 %	60 %	20 %	20 %	330818838
43	NC_015378	GGCCC	2	10	36246	36255	0 %	0 %	40 %	60 %	330818839
44	NC_015378	CGCGC	2	10	37739	37748	0 %	0 %	40 %	60 %	330818840
45	NC_015378	GGATT	2	10	39959	39968	20 %	40 %	40 %	0 %	330818843
46	NC_015378	ACCAC	2	10	41163	41172	40 %	0 %	0 %	60 %	330818845
47	NC_015378	CGATG	2	10	41578	41587	20 %	20 %	40 %	20 %	330818845
48	NC_015378	TTGGC	2	10	42834	42843	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_015378	CGTGC	2	10	43915	43924	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_015378	CATCA	2	10	48052	48061	40 %	20 %	0 %	40 %	330818849
51	NC_015378	CTTTC	2	10	49844	49853	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_015378	GGTTG	2	10	50211	50220	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015378	TCCGA	2	10	51425	51434	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_015378	CGACA	2	10	52169	52178	40 %	0 %	20 %	40 %	330818850
55	NC_015378	GTTGC	2	10	52404	52413	0 %	40 %	40 %	20 %	330818851
56	NC_015378	CAGCG	2	10	52480	52489	20 %	0 %	40 %	40 %	330818851
57	NC_015378	ACCGC	2	10	53905	53914	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
58	NC_015378	CGCGA	2	10	55221	55230	20 %	0 %	40 %	40 %	330818853
59	NC_015378	TTCGC	2	10	55582	55591	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_015378	CCCGC	2	10	55599	55608	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
61	NC_015378	GTCGA	2	10	57518	57527	20 %	20 %	40 %	20 %	330818854
62	NC_015378	ATCAC	2	10	59130	59139	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_015378	GTCGC	2	10	60670	60679	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_015378	GTGAT	2	10	62351	62360	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015378	GCGTT	2	10	62643	62652	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_015378	GGGGT	2	10	63252	63261	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015378	TCGGT	2	10	64533	64542	0 %	40 %	40 %	20 %	330818856
68	NC_015378	TTGCT	2	10	69183	69192	0 %	60 %	20 %	20 %	330818859
69	NC_015378	GCCGT	2	10	69481	69490	0 %	20 %	40 %	40 %	330818860
70	NC_015378	CGTTT	2	10	71376	71385	0 %	60 %	20 %	20 %	330818861
71	NC_015378	TTGCC	2	10	72958	72967	0 %	40 %	20 %	40 %	330818861
72	NC_015378	TGCCC	2	10	75571	75580	0 %	20 %	20 %	60 %	330818863
73	NC_015378	CACGC	2	10	78127	78136	20 %	0 %	20 %	60 %	330818865
74	NC_015378	CGGCA	2	10	78856	78865	20 %	0 %	40 %	40 %	330818865
75	NC_015378	GAAAT	2	10	79677	79686	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015378	CGAAT	2	10	79859	79868	40 %	20 %	20 %	20 %	330818866
77	NC_015378	GCGTT	2	10	82478	82487	0 %	40 %	40 %	20 %	330818868
78	NC_015378	TGCCA	2	10	83420	83429	20 %	20 %	20 %	40 %	330818869
79	NC_015378	GGCCA	2	10	85664	85673	20 %	0 %	40 %	40 %	330818872
80	NC_015378	TGATC	2	10	86374	86383	20 %	40 %	20 %	20 %	330818873
81	NC_015378	GCACG	2	10	86572	86581	20 %	0 %	40 %	40 %	330818873
82	NC_015378	GTCAG	2	10	87156	87165	20 %	20 %	40 %	20 %	330818873
83	NC_015378	GCTGC	2	10	88569	88578	0 %	20 %	40 %	40 %	330818875
84	NC_015378	GCGAT	2	10	89035	89044	20 %	20 %	40 %	20 %	330818875
85	NC_015378	CTTGG	2	10	91328	91337	0 %	40 %	40 %	20 %	330818877
86	NC_015378	AGCGC	2	10	95134	95143	20 %	0 %	40 %	40 %	330818879
87	NC_015378	CGGCA	2	10	95451	95460	20 %	0 %	40 %	40 %	330818879
88	NC_015378	AAAAG	2	10	100780	100789	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015378	TGATC	2	10	101729	101738	20 %	40 %	20 %	20 %	330818883
90	NC_015378	TCGAA	2	10	103707	103716	40 %	20 %	20 %	20 %	330818884
91	NC_015378	ACTGA	2	10	104747	104756	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_015378	ATTCG	2	10	106301	106310	20 %	40 %	20 %	20 %	330818886
93	NC_015378	TGCGC	2	10	107793	107802	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_015378	GATGC	2	10	109524	109533	20 %	20 %	40 %	20 %	330818889
95	NC_015378	TCACG	2	10	111250	111259	20 %	20 %	20 %	40 %	330818891
96	NC_015378	ACCTG	2	10	111486	111495	20 %	20 %	20 %	40 %	330818891
97	NC_015378	GGATC	2	10	112587	112596	20 %	20 %	40 %	20 %	330818894
98	NC_015378	ATCAA	2	10	112835	112844	60 %	20 %	0 %	20 %	330818894
99	NC_015378	GCCGG	2	10	113897	113906	0 %	0 %	60 %	40 %	330818895
100	NC_015378	TGCGG	2	10	114238	114247	0 %	20 %	60 %	20 %	330818896
101	NC_015378	ACTGG	2	10	115474	115483	20 %	20 %	40 %	20 %	330818897
102	NC_015378	TTCGA	2	10	115593	115602	20 %	40 %	20 %	20 %	330818897
103	NC_015378	TCGGC	2	10	117102	117111	0 %	20 %	40 %	40 %	330818898
104	NC_015378	GCTCA	2	10	121970	121979	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_015378	GCCAA	2	10	122561	122570	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_015378	GCCGG	2	10	123183	123192	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
107	NC_015378	CAATC	2	10	123549	123558	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_015378	AGGCG	2	10	124874	124883	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
109	NC_015378	TGCAG	2	10	125015	125024	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_015378	TCAAT	2	10	128579	128588	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.