MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Burkholderia gladioli BSR3 plasmid bgla_2p

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015377	TCCTG	2	10	609	618	0 %	40 %	20 %	40 %	330822094
2	NC_015377	CGATG	2	10	869	878	20 %	20 %	40 %	20 %	330822095
3	NC_015377	ACCGC	2	10	930	939	20 %	0 %	20 %	60 %	330822095
4	NC_015377	GCCAG	2	10	2212	2221	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_015377	CCGGG	2	10	2771	2780	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
6	NC_015377	TTCGT	2	10	3394	3403	0 %	60 %	20 %	20 %	330822096
7	NC_015377	GACCG	2	10	3763	3772	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_015377	TGTCT	2	10	3773	3782	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015377	CGCTG	2	10	5359	5368	0 %	20 %	40 %	40 %	330822097
10	NC_015377	CAGGC	2	10	7170	7179	20 %	0 %	40 %	40 %	330822098
11	NC_015377	AGCGA	2	10	10496	10505	40 %	0 %	40 %	20 %	330822100
12	NC_015377	CGCCA	2	10	12325	12334	20 %	0 %	20 %	60 %	330822100
13	NC_015377	TTGGC	2	10	13094	13103	0 %	40 %	40 %	20 %	330822100
14	NC_015377	CGACG	2	10	13372	13381	20 %	0 %	40 %	40 %	330822100
15	NC_015377	TCGAT	2	10	14398	14407	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015377	CTTGC	2	10	15797	15806	0 %	40 %	20 %	40 %	330822104
17	NC_015377	GCCGA	2	10	17291	17300	20 %	0 %	40 %	40 %	330822106
18	NC_015377	GCGCA	2	10	17642	17651	20 %	0 %	40 %	40 %	330822106
19	NC_015377	TGCGC	2	10	20500	20509	0 %	20 %	40 %	40 %	330822110
20	NC_015377	TGCTG	2	10	20963	20972	0 %	40 %	40 %	20 %	330822110
21	NC_015377	TCCCG	2	10	22100	22109	0 %	20 %	20 %	60 %	330822110
22	NC_015377	CGAAC	2	10	22567	22576	40 %	0 %	20 %	40 %	330822110
23	NC_015377	GCACG	2	10	23891	23900	20 %	0 %	40 %	40 %	330822111
24	NC_015377	ACGCC	2	10	26553	26562	20 %	0 %	20 %	60 %	330822113
25	NC_015377	GACGC	2	10	30114	30123	20 %	0 %	40 %	40 %	330822116
26	NC_015377	GTCAC	2	10	30838	30847	20 %	20 %	20 %	40 %	330822117
27	NC_015377	GGTCG	2	10	32048	32057	0 %	20 %	60 %	20 %	330822118
28	NC_015377	GATTG	2	10	32441	32450	20 %	40 %	40 %	0 %	330822118
29	NC_015377	GCTGC	2	10	32945	32954	0 %	20 %	40 %	40 %	330822119
30	NC_015377	GGTCG	2	10	33294	33303	0 %	20 %	60 %	20 %	330822119
31	NC_015377	CACGA	2	10	33781	33790	40 %	0 %	20 %	40 %	330822120
32	NC_015377	TGGAG	2	10	38651	38660	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015377	GGATG	2	10	38793	38802	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015377	CTTCG	2	10	39805	39814	0 %	40 %	20 %	40 %	330822125
35	NC_015377	CAGCC	2	10	42924	42933	20 %	0 %	20 %	60 %	330822130
36	NC_015377	TGCAC	2	10	43427	43436	20 %	20 %	20 %	40 %	330822131
37	NC_015377	CATGC	2	10	44988	44997	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_015377	AGAAA	2	10	45572	45581	80 %	0 %	20 %	0 %	330822133
39	NC_015377	TCCTC	2	10	45942	45951	0 %	40 %	0 %	60 %	330822134
40	NC_015377	CACAA	2	10	46028	46037	60 %	0 %	0 %	40 %	330822134
41	NC_015377	CAAAA	2	10	46430	46439	80 %	0 %	0 %	20 %	330822135
42	NC_015377	GATTT	2	10	47935	47944	20 %	60 %	20 %	0 %	330822136
43	NC_015377	ATTAC	2	10	48318	48327	40 %	40 %	0 %	20 %	330822136
44	NC_015377	ATTCA	2	10	49422	49431	40 %	40 %	0 %	20 %	330822137
45	NC_015377	CGATT	2	10	49788	49797	20 %	40 %	20 %	20 %	330822137
46	NC_015377	TGCCC	2	10	50180	50189	0 %	20 %	20 %	60 %	330822137
47	NC_015377	GCGCC	2	10	51757	51766	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
48	NC_015377	GAACC	2	10	54025	54034	40 %	0 %	20 %	40 %	330822138
49	NC_015377	GCACG	2	10	58827	58836	20 %	0 %	40 %	40 %	330822143
50	NC_015377	TCGGC	2	10	59199	59208	0 %	20 %	40 %	40 %	330822143
51	NC_015377	AGCGG	2	10	64635	64644	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_015377	CGCGG	2	10	65041	65050	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
53	NC_015377	CGCGC	2	10	66350	66359	0 %	0 %	40 %	60 %	330822149
54	NC_015377	GCGGA	2	10	67330	67339	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_015377	AAGCG	2	10	67577	67586	40 %	0 %	40 %	20 %	330822152
56	NC_015377	GCCCG	2	10	67675	67684	0 %	0 %	40 %	60 %	330822152
57	NC_015377	GGCGA	2	10	68477	68486	20 %	0 %	60 %	20 %	330822153
58	NC_015377	CGCGG	2	10	70283	70292	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
59	NC_015377	TCAGC	2	10	70605	70614	20 %	20 %	20 %	40 %	330822154
60	NC_015377	TCATT	2	10	73859	73868	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_015377	AGGGC	2	10	73881	73890	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015377	AGTCG	2	10	74477	74486	20 %	20 %	40 %	20 %	330822159
63	NC_015377	CGGTG	2	10	75028	75037	0 %	20 %	60 %	20 %	330822159
64	NC_015377	GAGCG	2	10	75097	75106	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
65	NC_015377	AGGTC	2	10	80949	80958	20 %	20 %	40 %	20 %	330822164
66	NC_015377	CAGAT	2	10	82693	82702	40 %	20 %	20 %	20 %	330822165
67	NC_015377	CGACG	2	10	83423	83432	20 %	0 %	40 %	40 %	330822166
68	NC_015377	CGTGC	2	10	87504	87513	0 %	20 %	40 %	40 %	330822168
69	NC_015377	ACGTC	2	10	90436	90445	20 %	20 %	20 %	40 %	330822168
70	NC_015377	ACGCG	2	10	91060	91069	20 %	0 %	40 %	40 %	330822168
71	NC_015377	CGCTG	2	10	95630	95639	0 %	20 %	40 %	40 %	330822168
72	NC_015377	ACGCG	2	10	96574	96583	20 %	0 %	40 %	40 %	330822170
73	NC_015377	TGCCG	2	10	96700	96709	0 %	20 %	40 %	40 %	330822170
74	NC_015377	GCTTG	2	10	97252	97261	0 %	40 %	40 %	20 %	330822170
75	NC_015377	GCTGG	2	10	97979	97988	0 %	20 %	60 %	20 %	330822170
76	NC_015377	CCCGG	2	10	98364	98373	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
77	NC_015377	ATGCA	2	10	101586	101595	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015377	GCGCA	2	10	102377	102386	20 %	0 %	40 %	40 %	330822173
79	NC_015377	GCCGA	2	10	102568	102577	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_015377	GGCTC	2	10	104849	104858	0 %	20 %	40 %	40 %	330822177
81	NC_015377	TCCCC	2	10	105978	105987	0 %	20 %	0 %	80 %	330822178
82	NC_015377	CGCGA	2	10	106869	106878	20 %	0 %	40 %	40 %	330822179
83	NC_015377	GCGCC	2	10	107494	107503	0 %	0 %	40 %	60 %	330822180
84	NC_015377	CGCGC	2	10	108747	108756	0 %	0 %	40 %	60 %	330822180
85	NC_015377	TCAAA	2	10	109676	109685	60 %	20 %	0 %	20 %	330822180
86	NC_015377	TGACG	2	10	109880	109889	20 %	20 %	40 %	20 %	330822180
87	NC_015377	GCTCG	2	10	111270	111279	0 %	20 %	40 %	40 %	330822182
88	NC_015377	CGGGC	2	10	112368	112377	0 %	0 %	60 %	40 %	330822184
89	NC_015377	GATCG	2	10	116329	116338	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015377	ACGTG	2	10	118055	118064	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_015377	TCGCT	2	10	119488	119497	0 %	40 %	20 %	40 %	330822189
92	NC_015377	TCGCG	2	10	119541	119550	0 %	20 %	40 %	40 %	330822190
93	NC_015377	GCCGA	2	10	119743	119752	20 %	0 %	40 %	40 %	330822190
94	NC_015377	GCCAC	2	10	120865	120874	20 %	0 %	20 %	60 %	330822190
95	NC_015377	GTCCA	2	10	121863	121872	20 %	20 %	20 %	40 %	330822191
96	NC_015377	AGTCG	2	10	121875	121884	20 %	20 %	40 %	20 %	330822191
97	NC_015377	GTTCG	2	10	124233	124242	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_015377	GCCCC	2	10	124339	124348	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
99	NC_015377	GGCCG	2	10	125357	125366	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
100	NC_015377	ACCGA	2	10	125931	125940	40 %	0 %	20 %	40 %	330822195
101	NC_015377	TGGCC	2	10	126413	126422	0 %	20 %	40 %	40 %	330822196
102	NC_015377	CGGCG	2	10	127991	128000	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
103	NC_015377	CCCGG	2	10	128807	128816	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
104	NC_015377	CGCCA	2	10	128823	128832	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
105	NC_015377	GAGCC	2	10	129272	129281	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.