MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium lentocellum DSM 5427 chromosome

Total Repeats: 257

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015275	AATATA	2	12	19781	19792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015275	AGAATA	2	12	24568	24579	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015275	ATAAGT	2	12	24594	24605	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015275	AATATA	2	12	24606	24617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015275	AGTATG	2	12	76217	76228	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015275	TTTATA	2	12	76244	76255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015275	AAGTAA	2	12	96930	96941	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015275	TAAAAG	2	12	119149	119160	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015275	AAATAG	2	12	136094	136105	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015275	TTCTAT	2	12	138979	138990	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_015275	GATAAG	2	12	157027	157038	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015275	TAAATA	2	12	165211	165222	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015275	TACATA	2	12	188930	188941	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_015275	AAAACA	2	12	223941	223952	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_015275	CATATA	2	12	264725	264736	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015275	GAATAT	2	12	293373	293384	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015275	AATATT	2	12	293521	293532	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015275	AAAGAT	2	12	330359	330370	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015275	TAATGC	2	12	330372	330383	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_015275	AAGAAA	2	12	333692	333703	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015275	TACATA	2	12	364277	364288	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_015275	ATAAAA	2	12	367492	367503	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015275	TAAATA	2	12	370253	370264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015275	AATGGC	2	12	381436	381447	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_015275	GTTAAA	2	12	415978	415989	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015275	TAAATA	2	12	420931	420942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015275	AATATA	2	12	448004	448015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015275	ATATTA	2	12	448021	448032	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015275	TTTGAG	2	12	461443	461454	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015275	TTTGAG	2	12	474859	474870	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015275	ATGTGT	2	12	481050	481061	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015275	GTCTTA	2	12	485375	485386	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_015275	GATTCG	2	12	487347	487358	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_015275	TATATT	2	12	489733	489744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015275	TATTTT	2	12	501883	501894	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015275	TTTTTA	2	12	552711	552722	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015275	TATATG	4	24	578872	578895	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015275	TATACA	2	12	578993	579004	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_015275	GAAAAA	2	12	597806	597817	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015275	TTATTT	2	12	602067	602078	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015275	AAATAA	2	12	645777	645788	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015275	TAAAGA	2	12	649268	649279	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015275	GGAAAA	2	12	666230	666241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015275	TACATA	2	12	742608	742619	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_015275	AATCTT	2	12	743390	743401	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015275	ATTAAT	2	12	743425	743436	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015275	AAAGAA	2	12	760903	760914	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015275	AATGAA	2	12	766749	766760	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015275	TTATTT	2	12	792291	792302	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015275	AAATTT	2	12	816930	816941	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015275	AATATA	2	12	823719	823730	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015275	ACTTTT	2	12	835403	835414	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_015275	TATTTT	2	12	835426	835437	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015275	TGAAGC	2	12	848873	848884	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_015275	AAGAGT	2	12	848959	848970	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015275	GATTTA	2	12	866581	866592	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015275	TTTATA	2	12	895375	895386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015275	AATATT	2	12	912213	912224	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015275	TAAAGA	2	12	947387	947398	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015275	AAGAAA	2	12	1008300	1008311	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015275	GAATAA	2	12	1068201	1068212	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015275	AATAAA	2	12	1153823	1153834	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015275	AAGGAA	2	12	1169322	1169333	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015275	TACTTG	2	12	1174795	1174806	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015275	TATAAA	2	12	1182029	1182040	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015275	TTTTTA	2	12	1197749	1197760	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015275	TCATAT	2	12	1219080	1219091	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_015275	GAAATA	2	12	1226849	1226860	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015275	AAATAA	2	12	1249717	1249728	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015275	ATTTTA	2	12	1279823	1279834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015275	TAAAAT	2	12	1299504	1299515	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015275	CAAAAA	2	12	1305792	1305803	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_015275	CATTTT	2	12	1328632	1328643	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_015275	TATGTA	2	12	1334100	1334111	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015275	ATTGTT	2	12	1336223	1336234	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015275	AAAATT	2	12	1344596	1344607	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015275	ATAAAG	2	12	1346158	1346169	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015275	CTAAAA	2	12	1348486	1348497	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_015275	GATAAT	2	12	1349409	1349420	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015275	AAAATT	2	12	1355250	1355261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015275	ATTTTT	2	12	1363146	1363157	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015275	TAAAAA	2	12	1376200	1376211	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015275	AATATG	2	12	1436730	1436741	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015275	TTGCTT	2	12	1455459	1455470	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_015275	TAAAAA	2	12	1455487	1455498	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015275	AATAAA	2	12	1468240	1468251	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015275	ATAAGA	2	12	1511274	1511285	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015275	AATTGG	2	12	1519273	1519284	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015275	ATTAAG	2	12	1533569	1533580	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015275	AAAAAG	2	12	1580008	1580019	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015275	AAAAAG	2	12	1594716	1594727	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015275	AAAAGA	2	12	1606367	1606378	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015275	TTTGAT	3	18	1608388	1608405	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015275	GCAAGA	2	12	1612319	1612330	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_015275	GAAAAT	2	12	1612722	1612733	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015275	ATTATG	2	12	1614636	1614647	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015275	TAACTA	2	12	1619749	1619760	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_015275	TTCAGG	2	12	1622230	1622241	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_015275	ATAAAA	2	12	1629666	1629677	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015275	GCTAAG	2	12	1680596	1680607	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_015275	ATTTGA	2	12	1686055	1686066	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015275	AGGATA	2	12	1722294	1722305	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015275	AAGCAG	2	12	1730584	1730595	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_015275	TTTTTA	2	12	1746764	1746775	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015275	TTAAAA	2	12	1755875	1755886	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015275	GAAATA	2	12	1761514	1761525	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015275	TACTTT	2	12	1845486	1845497	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_015275	GCTAAT	2	12	1845733	1845744	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_015275	TGATAA	2	12	1846935	1846946	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_015275	ATTTTA	2	12	1895732	1895743	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015275	GTGAGA	2	12	1904199	1904210	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015275	ATTAAT	2	12	1937211	1937222	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015275	TACTTT	2	12	1972118	1972129	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_015275	ATTTGA	2	12	1976480	1976491	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015275	ATAAAA	2	12	1999350	1999361	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015275	AAAATA	2	12	2048520	2048531	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015275	TTTACA	2	12	2052035	2052046	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_015275	GTATAT	2	12	2053324	2053335	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015275	AGATAT	2	12	2054367	2054378	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015275	TTAAAA	2	12	2117559	2117570	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015275	TATTTT	2	12	2131045	2131056	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015275	GGCAAG	2	12	2146760	2146771	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_015275	ATATGA	2	12	2151272	2151283	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015275	TTTTTG	2	12	2185398	2185409	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015275	TTTGTT	2	12	2198882	2198893	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015275	AAAAAG	2	12	2199867	2199878	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015275	AATTTT	2	12	2209134	2209145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015275	TTTAAA	2	12	2282661	2282672	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015275	ATGTTA	2	12	2349098	2349109	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015275	ATTTCT	2	12	2354061	2354072	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_015275	ATTATA	2	12	2428358	2428369	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015275	TAAAAA	2	12	2433670	2433681	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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250	NC_015275	CTTATA	2	12	4621669	4621680	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
251	NC_015275	ACCAAC	2	12	4626225	4626236	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
252	NC_015275	AGTTGT	2	12	4626240	4626251	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
253	NC_015275	CATCTC	2	12	4637640	4637651	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
254	NC_015275	TACTCC	2	12	4679685	4679696	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
255	NC_015275	ATATAA	2	12	4694190	4694201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
256	NC_015275	ATAAAT	2	12	4698103	4698114	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
257	NC_015275	TACTTT	2	12	4713532	4713543	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.