MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium lentocellum DSM 5427 chromosome

Total Repeats: 1736

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015275	CAAATA	2	12	4270	4281	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	326789144
2	NC_015275	TAAAGC	2	12	6933	6944	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	326789145
3	NC_015275	ATAGAG	2	12	9127	9138	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789146
4	NC_015275	CAATTA	2	12	9716	9727	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	326789146
5	NC_015275	AAATAG	2	12	9730	9741	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789146
6	NC_015275	GAAAAA	2	12	18162	18173	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	326789149
7	NC_015275	TATTGT	2	12	19113	19124	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	326789150
8	NC_015275	TTCATC	2	12	28167	28178	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	326789160
9	NC_015275	CCAAAA	2	12	33220	33231	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	326789165
10	NC_015275	AGTAGC	2	12	34226	34237	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	326789166
11	NC_015275	GGTATT	2	12	34380	34391	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	326789166
12	NC_015275	AGTAGA	2	12	36036	36047	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789167
13	NC_015275	ATTTCA	2	12	36328	36339	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	326789167
14	NC_015275	ACTTAT	2	12	37275	37286	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	326789168
15	NC_015275	TGAATT	2	12	37838	37849	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326789169
16	NC_015275	TGCAGG	2	12	39676	39687	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	326789170
17	NC_015275	TGAAGT	2	12	43967	43978	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	326789175
18	NC_015275	AGTATA	2	12	45692	45703	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789176
19	NC_015275	AGCATA	2	12	48489	48500	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	326789177
20	NC_015275	TACATT	2	12	52817	52828	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	326789180
21	NC_015275	GACTAT	2	12	54252	54263	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789181
22	NC_015275	AAAGTA	2	12	57065	57076	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789182
23	NC_015275	TAAATT	2	12	60639	60650	50 %	50 %	0 %	0 %	326789185
24	NC_015275	TATTTT	2	12	64390	64401	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	326789189
25	NC_015275	TACATT	2	12	73590	73601	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	326789193
26	NC_015275	GCAGAA	2	12	74466	74477	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	326789193
27	NC_015275	GGATTA	2	12	75180	75191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	326789193
28	NC_015275	AAAATG	2	12	75724	75735	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789193
29	NC_015275	TTTAAA	2	12	90070	90081	50 %	50 %	0 %	0 %	326789195
30	NC_015275	TAATAT	2	12	91384	91395	50 %	50 %	0 %	0 %	326789196
31	NC_015275	ATTAAA	2	12	93916	93927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	326789197
32	NC_015275	ATATAC	2	12	105370	105381	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	326789205
33	NC_015275	TAAAAC	2	12	106832	106843	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	326789206
34	NC_015275	AGGCTT	2	12	129838	129849	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	326789226
35	NC_015275	AGGGAA	2	12	138459	138470	50 %	0 %	50 %	0 %	326789234
36	NC_015275	AGGAGA	2	12	149867	149878	50 %	0 %	50 %	0 %	326789240
37	NC_015275	GAAATT	2	12	158842	158853	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789242
38	NC_015275	TGTAGG	2	12	159322	159333	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	326789242
39	NC_015275	CATTTT	2	12	167750	167761	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	326789247
40	NC_015275	TCTTAT	2	12	168660	168671	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	326789249
41	NC_015275	AAAATG	2	12	175093	175104	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789251
42	NC_015275	GGAACA	2	12	176363	176374	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	326789252
43	NC_015275	GTAGAA	2	12	176598	176609	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789252
44	NC_015275	AGAGTA	2	12	177776	177787	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789253
45	NC_015275	CAGAAG	2	12	181832	181843	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	326789257
46	NC_015275	TACGAT	2	12	182814	182825	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789258
47	NC_015275	TAGTAA	2	12	184208	184219	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789259
48	NC_015275	AATAAA	2	12	185393	185404	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	326789260
49	NC_015275	AGGTAC	2	12	187181	187192	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	326789262
50	NC_015275	TGCCAG	2	12	187969	187980	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	326789262
51	NC_015275	TAGAGT	2	12	189617	189628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	326789264
52	NC_015275	GTATTA	2	12	199262	199273	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326789275
53	NC_015275	GGAATA	2	12	201045	201056	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789277
54	NC_015275	TTCAAG	2	12	202639	202650	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789279
55	NC_015275	TATGAT	2	12	204372	204383	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326789280
56	NC_015275	TTTTAG	2	12	211545	211556	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	326789285
57	NC_015275	TTTAAG	2	12	211648	211659	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326789285
58	NC_015275	AGTTAA	2	12	212309	212320	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789286
59	NC_015275	TTAGCA	2	12	212341	212352	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789286
60	NC_015275	GCTAGA	2	12	212973	212984	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	326789286
61	NC_015275	ATAAAA	2	12	216525	216536	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	326789290
62	NC_015275	TAAAAG	2	12	216874	216885	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789291
63	NC_015275	GGATTT	2	12	220521	220532	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	326789294
64	NC_015275	TTTTTA	2	12	220924	220935	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	326789295
65	NC_015275	CATTAA	2	12	223073	223084	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	326789297
66	NC_015275	ATTTAT	2	12	224854	224865	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	326789299
67	NC_015275	CAGGAG	2	12	229741	229752	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	326789305
68	NC_015275	CAAGAG	2	12	229795	229806	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	326789305
69	NC_015275	AGCAAG	2	12	230144	230155	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	326789305
70	NC_015275	TTTACT	2	12	237495	237506	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	326789312
71	NC_015275	AAGATT	2	12	241238	241249	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789313
72	NC_015275	AGGGTA	2	12	254575	254586	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	326789325
73	NC_015275	GAAATA	2	12	255376	255387	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789325
74	NC_015275	CCAGAA	2	12	256760	256771	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	326789326
75	NC_015275	ATGTAG	2	12	257616	257627	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	326789327
76	NC_015275	CTAGCC	2	12	263657	263668	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	326789330
77	NC_015275	AGAAGG	2	12	263934	263945	50 %	0 %	50 %	0 %	326789330
78	NC_015275	ATTTAT	2	12	267699	267710	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	326789332
79	NC_015275	AATAGG	2	12	273009	273020	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789337
80	NC_015275	AGGAGA	2	12	277295	277306	50 %	0 %	50 %	0 %	326789339
81	NC_015275	TTGGGC	2	12	277331	277342	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	326789339
82	NC_015275	TTGTAA	2	12	281824	281835	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326789343
83	NC_015275	CTTATA	2	12	282858	282869	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	326789344
84	NC_015275	AGAAAC	2	12	283198	283209	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	326789345
85	NC_015275	ATGCTA	2	12	290937	290948	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789352
86	NC_015275	GATGGC	2	12	298343	298354	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	326789356
87	NC_015275	AGGTAA	2	12	300188	300199	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789356
88	NC_015275	ATTGGA	2	12	301075	301086	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	326789357
89	NC_015275	TATAAA	2	12	303377	303388	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	326789358
90	NC_015275	ATAGAT	2	12	309517	309528	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789364
91	NC_015275	AAATGC	2	12	312328	312339	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	326789365
92	NC_015275	TAGAAA	2	12	323058	323069	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789374
93	NC_015275	AGCAGA	2	12	325357	325368	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	326789375
94	NC_015275	GATTAT	2	12	326427	326438	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326789376
95	NC_015275	TTTATA	2	12	326980	326991	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	326789377
96	NC_015275	AGGAGA	2	12	340612	340623	50 %	0 %	50 %	0 %	326789387
97	NC_015275	GTAACT	2	12	343770	343781	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789389
98	NC_015275	AGCTTA	2	12	345302	345313	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789390
99	NC_015275	TTAGAA	2	12	348223	348234	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789392
100	NC_015275	GAAAAA	2	12	349447	349458	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	326789392
101	NC_015275	ATTAGA	2	12	353075	353086	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	326789395
102	NC_015275	TTTTTC	2	12	353207	353218	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	326789395
103	NC_015275	GAGTGG	2	12	354286	354297	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	326789395
104	NC_015275	CCCATA	2	12	354316	354327	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	326789395
105	NC_015275	AAGGAA	2	12	357592	357603	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	326789399
106	NC_015275	AAATGA	2	12	360579	360590	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326789403
107	NC_015275	CTGTTT	2	12	365748	365759	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	326789405
108	NC_015275	GTAGCA	2	12	366704	366715	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	326789405
109	NC_015275	GCTTAG	2	12	369153	369164	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	326789408
110	NC_015275	TAGCAG	2	12	377390	377401	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	326789413
111	NC_015275	AGCAGA	2	12	378582	378593	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	326789414
112	NC_015275	AGGGAG	2	12	380218	380229	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	326789416
113	NC_015275	TCTTTT	2	12	381063	381074	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	326789416
114	NC_015275	TATAGG	2	12	382670	382681	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	326789418
115	NC_015275	AGATGA	2	12	383660	383671	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326789419
116	NC_015275	AGAAAA	2	12	384065	384076	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	326789419
117	NC_015275	ATAGTT	2	12	386701	386712	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326789421
118	NC_015275	ATTCAG	2	12	387052	387063	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326789421
119	NC_015275	TTATGT	2	12	389633	389644	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	326789423
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456	NC_015275	ATGGTA	2	12	1375617	1375628	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	326790305
457	NC_015275	CTTCAT	2	12	1380087	1380098	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	326790308
458	NC_015275	GCATTA	2	12	1381543	1381554	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326790308
459	NC_015275	AAAAGT	2	12	1393992	1394003	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	326790319
460	NC_015275	ATGAAG	2	12	1398134	1398145	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	326790322
461	NC_015275	GCAATG	2	12	1403210	1403221	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	326790327
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476	NC_015275	AGCTTA	2	12	1441515	1441526	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	326790363
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482	NC_015275	ATGATT	2	12	1453301	1453312	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	326790372
483	NC_015275	AAAGAC	2	12	1460834	1460845	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	326790380
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485	NC_015275	ATTTTA	2	12	1463807	1463818	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	326790381
486	NC_015275	AGAGCT	2	12	1470237	1470248	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	326790388
487	NC_015275	GCCATT	2	12	1474142	1474153	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	326790394
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492	NC_015275	AAGCTA	2	12	1498199	1498210	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	326790415
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