MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Lactobacillus acidophilus 30SC plasmid pRKC30SC2

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015218	GAA	2	6	570	575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955705
2	NC_015218	TGT	2	6	624	629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325955705
3	NC_015218	GAC	2	6	655	660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955705
4	NC_015218	GTT	2	6	697	702	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325955705
5	NC_015218	AAT	2	6	713	718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955705
6	NC_015218	CAG	2	6	836	841	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955706
7	NC_015218	ATG	2	6	965	970	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955706
8	NC_015218	AAT	2	6	992	997	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955706
9	NC_015218	TGC	2	6	1233	1238	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325955707
10	NC_015218	ATT	2	6	1711	1716	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955709
11	NC_015218	GAA	2	6	1751	1756	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955709
12	NC_015218	AGA	2	6	1907	1912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955709
13	NC_015218	ATA	2	6	2044	2049	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955709
14	NC_015218	CTA	2	6	2092	2097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955709
15	NC_015218	TAC	2	6	2137	2142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955709
16	NC_015218	TTA	2	6	2340	2345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955710
17	NC_015218	ATA	2	6	2431	2436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955710
18	NC_015218	AAG	2	6	2505	2510	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955710
19	NC_015218	ACT	2	6	2565	2570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955710
20	NC_015218	CAA	2	6	2571	2576	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	325955710
21	NC_015218	ATC	2	6	2584	2589	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955710
22	NC_015218	TGT	3	9	2594	2602	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325955710
23	NC_015218	GCT	2	6	2646	2651	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325955710
24	NC_015218	ACA	2	6	3009	3014	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	325955711
25	NC_015218	TCA	2	6	3045	3050	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955711
26	NC_015218	TGA	2	6	3117	3122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955711
27	NC_015218	GTC	2	6	3138	3143	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325955711
28	NC_015218	GCA	2	6	3278	3283	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955711
29	NC_015218	TCG	2	6	3516	3521	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325955711
30	NC_015218	TGG	2	6	3641	3646	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	325955711
31	NC_015218	TGA	2	6	3709	3714	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955711
32	NC_015218	CAA	2	6	3734	3739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	325955711
33	NC_015218	AAG	2	6	3774	3779	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955711
34	NC_015218	CGA	2	6	4031	4036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955712
35	NC_015218	ATT	2	6	4231	4236	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955712
36	NC_015218	CGA	2	6	4299	4304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955712
37	NC_015218	TAC	2	6	4450	4455	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955712
38	NC_015218	TAC	2	6	4459	4464	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955712
39	NC_015218	TGA	2	6	4467	4472	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955712
40	NC_015218	AAG	2	6	4517	4522	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955712
41	NC_015218	AGA	2	6	4546	4551	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955712
42	NC_015218	AGC	2	6	5016	5021	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955713
43	NC_015218	GTA	2	6	5026	5031	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955713
44	NC_015218	ATT	2	6	5064	5069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955713
45	NC_015218	GAT	2	6	5080	5085	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955713
46	NC_015218	AGA	2	6	5127	5132	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955713
47	NC_015218	TAC	2	6	5168	5173	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955713
48	NC_015218	AAG	2	6	5236	5241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955713
49	NC_015218	AAG	2	6	5302	5307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955713
50	NC_015218	AAT	2	6	5459	5464	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955713
51	NC_015218	TAC	2	6	6061	6066	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955714
52	NC_015218	TCA	2	6	6102	6107	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955714
53	NC_015218	AAT	2	6	6116	6121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955714
54	NC_015218	TAT	2	6	6124	6129	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955714
55	NC_015218	TCT	2	6	6151	6156	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325955714
56	NC_015218	TTA	2	6	6280	6285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955714
57	NC_015218	CTC	2	6	6380	6385	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	325955714
58	NC_015218	CAT	2	6	6436	6441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955714
59	NC_015218	TAT	2	6	6739	6744	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955714
60	NC_015218	TAA	2	6	6770	6775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955714
61	NC_015218	AAG	2	6	6806	6811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955714
62	NC_015218	TAT	2	6	6878	6883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955714
63	NC_015218	GAA	2	6	7077	7082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955715
64	NC_015218	ATC	2	6	7089	7094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955715
65	NC_015218	GAA	3	9	7144	7152	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955715
66	NC_015218	AAT	2	6	7168	7173	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955715
67	NC_015218	AGA	2	6	7179	7184	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955715
68	NC_015218	ATG	2	6	7232	7237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955715
69	NC_015218	TAT	2	6	7253	7258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955715
70	NC_015218	GTG	2	6	7268	7273	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	325955715
71	NC_015218	GCA	2	6	7306	7311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955715
72	NC_015218	AGA	2	6	7357	7362	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955715
73	NC_015218	ATT	2	6	7374	7379	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955715
74	NC_015218	GAT	2	6	7570	7575	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955715
75	NC_015218	TGG	2	6	7674	7679	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	325955715
76	NC_015218	CAG	3	9	7712	7720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955715
77	NC_015218	TAG	2	6	7793	7798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955715
78	NC_015218	CTA	2	6	7847	7852	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955715
79	NC_015218	AAG	2	6	7889	7894	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955715
80	NC_015218	CAG	2	6	7919	7924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955715
81	NC_015218	CGG	2	6	8037	8042	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	325955715
82	NC_015218	AGA	2	6	8098	8103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955715
83	NC_015218	TCC	2	6	8393	8398	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	325955716
84	NC_015218	ATA	2	6	8410	8415	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955716
85	NC_015218	CAT	2	6	8454	8459	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955716
86	NC_015218	AAT	2	6	8553	8558	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955716
87	NC_015218	TTC	2	6	8750	8755	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325955716
88	NC_015218	CCG	2	6	8873	8878	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325955717
89	NC_015218	ATT	2	6	8879	8884	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955717
90	NC_015218	ACA	2	6	8903	8908	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	325955717
91	NC_015218	TCA	2	6	8909	8914	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955717
92	NC_015218	ATT	2	6	9189	9194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955718
93	NC_015218	TTG	2	6	9260	9265	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325955718
94	NC_015218	GAC	2	6	9399	9404	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955718
95	NC_015218	AAT	2	6	9765	9770	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955719
96	NC_015218	CAT	2	6	9772	9777	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955719
97	NC_015218	TCT	3	9	9786	9794	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325955719
98	NC_015218	ATC	2	6	9812	9817	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955719
99	NC_015218	CTT	2	6	9830	9835	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325955719
100	NC_015218	TGT	2	6	9897	9902	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325955719
101	NC_015218	TGT	2	6	9942	9947	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325955719
102	NC_015218	AAT	2	6	10025	10030	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955719
103	NC_015218	GTC	2	6	10043	10048	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325955719
104	NC_015218	TAA	2	6	10211	10216	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955719
105	NC_015218	TCT	2	6	10257	10262	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	325955719
106	NC_015218	CAT	2	6	10277	10282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955719
107	NC_015218	CAT	2	6	10309	10314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	325955719
108	NC_015218	ACG	2	6	10331	10336	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955719
109	NC_015218	TAA	2	6	10337	10342	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955719
110	NC_015218	TAG	2	6	10429	10434	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955719
111	NC_015218	ATA	2	6	10465	10470	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955719
112	NC_015218	TGT	2	6	10472	10477	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	325955719
113	NC_015218	ATT	2	6	11019	11024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955720
114	NC_015218	TAA	2	6	11105	11110	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955720
115	NC_015218	ACG	2	6	11147	11152	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955720
116	NC_015218	ATG	2	6	11173	11178	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955720
117	NC_015218	TTA	2	6	11186	11191	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	325955720
118	NC_015218	TGA	2	6	11207	11212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955720
119	NC_015218	ATG	3	9	11260	11268	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325955720
120	NC_015218	TAA	2	6	11413	11418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	325955720
121	NC_015218	AAG	2	6	11419	11424	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	325955720
122	NC_015218	AGC	2	6	11453	11458	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325955720
123	NC_015218	GTG	2	6	11571	11576	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	325955720

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.