MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus acidophilus 30SC chromosome

Total Repeats: 354

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015214	AGGAA	2	10	9248	9257	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015214	GATTT	2	10	10131	10140	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015214	ATAAA	2	10	14225	14234	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015214	TGTTT	2	10	28529	28538	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015214	TTTTA	2	10	38721	38730	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015214	AAGGA	2	10	41896	41905	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015214	TATCT	2	10	42641	42650	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015214	TAAAA	2	10	48491	48500	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015214	CTTTT	2	10	48948	48957	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_015214	GGTAA	2	10	57368	57377	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015214	TCGTG	2	10	58185	58194	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015214	GGCAG	2	10	58584	58593	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
13	NC_015214	GAGAA	2	10	59087	59096	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015214	AAGGC	2	10	60489	60498	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_015214	TTGAA	2	10	60999	61008	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015214	GCCAG	2	10	61331	61340	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_015214	AGCGA	2	10	62016	62025	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_015214	AGGAA	2	10	62182	62191	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015214	TTCTT	2	10	79816	79825	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_015214	GTAAA	2	10	87066	87075	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015214	ATACT	2	10	97163	97172	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_015214	AGGTT	2	10	99675	99684	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015214	CAATA	2	10	109701	109710	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_015214	AACAA	2	10	112428	112437	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015214	TTTCT	2	10	116131	116140	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015214	TGTTT	2	10	118125	118134	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015214	ATTTT	2	10	146194	146203	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015214	ATTAA	2	10	160759	160768	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015214	ATCTA	2	10	165470	165479	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015214	AATTT	2	10	174910	174919	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015214	TATAT	2	10	183208	183217	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015214	AAATT	2	10	192173	192182	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015214	TTATT	2	10	193420	193429	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015214	GACTT	2	10	205369	205378	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_015214	CAAAA	2	10	208895	208904	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015214	TTTAT	2	10	210948	210957	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015214	ATAGA	2	10	216816	216825	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015214	AATTT	2	10	224738	224747	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015214	TTAAT	2	10	234348	234357	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015214	TTAAA	2	10	248655	248664	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015214	ACTTA	2	10	271152	271161	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015214	ACGTT	2	10	316806	316815	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015214	AAAAG	2	10	324377	324386	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015214	ATATT	2	10	332068	332077	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015214	CATTA	2	10	334376	334385	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015214	TAAAA	2	10	344754	344763	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015214	ATTTA	2	10	359306	359315	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015214	ATAAA	2	10	362999	363008	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015214	TAAAA	2	10	366765	366774	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015214	TTTAA	2	10	379188	379197	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015214	TAAAA	2	10	383551	383560	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015214	CAAAA	2	10	386446	386455	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_015214	AAAAT	2	10	389076	389085	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015214	ACAAA	2	10	396977	396986	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_015214	TTAAA	2	10	399208	399217	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015214	TGATC	2	10	405973	405982	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_015214	AAATT	2	10	407401	407410	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015214	TTCAA	2	10	435164	435173	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_015214	TGAGA	2	10	438975	438984	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015214	GGTAA	2	10	447676	447685	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015214	TCGTG	2	10	448493	448502	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015214	GGCAG	2	10	448892	448901	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_015214	GAGAA	2	10	449395	449404	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015214	AAGGC	2	10	450797	450806	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_015214	TTGAA	2	10	451307	451316	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015214	GCCAG	2	10	451639	451648	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_015214	AGCGA	2	10	452324	452333	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015214	AGGAA	2	10	452490	452499	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015214	AATAA	2	10	454040	454049	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015214	GAGAG	2	10	462015	462024	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015214	TTAAG	2	10	467304	467313	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015214	TAAAA	2	10	467377	467386	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015214	AATAA	2	10	468885	468894	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015214	CTTAA	2	10	468937	468946	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015214	GGTAA	2	10	469843	469852	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015214	TCGTG	2	10	470660	470669	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015214	GGCAG	2	10	471059	471068	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015214	AAGGC	2	10	472716	472725	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015214	TTGAA	2	10	473226	473235	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015214	GCCAG	2	10	473558	473567	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_015214	AGCGA	2	10	474243	474252	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_015214	AGGAA	2	10	474409	474418	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015214	GCTTA	2	10	482133	482142	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_015214	TAATG	2	10	497173	497182	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015214	ATATA	2	10	506687	506696	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015214	AATTA	2	10	508345	508354	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015214	TTAAG	2	10	513700	513709	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015214	TTTAA	2	10	513899	513908	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015214	TGAAG	2	10	516345	516354	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015214	GTTTG	2	10	520530	520539	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015214	AAAGA	2	10	525974	525983	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015214	AGAAA	2	10	532253	532262	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015214	AATTT	2	10	532425	532434	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015214	TTAAG	2	10	542287	542296	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015214	TAAAA	2	10	542360	542369	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015214	AATAA	2	10	543868	543877	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015214	CTTAA	2	10	543920	543929	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_015214	GAGGG	2	10	545161	545170	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015214	TAATT	2	10	550460	550469	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015214	ATAAA	2	10	555773	555782	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015214	ACCAG	2	10	585318	585327	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_015214	ATATT	2	10	587735	587744	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015214	TGGCC	2	10	603245	603254	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_015214	TAATA	2	10	616891	616900	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_015214	ATTTT	2	10	619596	619605	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_015214	TTAGA	2	10	621682	621691	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015214	AGCTT	2	10	634062	634071	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_015214	TAAAA	2	10	652914	652923	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015214	GCAAA	2	10	662840	662849	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_015214	ATTAT	2	10	662884	662893	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015214	TTTTA	2	10	666001	666010	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015214	AAATT	2	10	728293	728302	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015214	GAAAA	2	10	729311	729320	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_015214	TTAGA	2	10	734305	734314	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015214	CGTTA	2	10	742055	742064	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_015214	TAGAT	2	10	743637	743646	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015214	TAAAA	2	10	744552	744561	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015214	TTACC	2	10	758141	758150	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_015214	TTGAT	2	10	758773	758782	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015214	AGATA	2	10	758988	758997	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015214	TAAAA	2	10	760528	760537	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015214	ATTCT	2	10	761648	761657	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_015214	TAAAA	2	10	765319	765328	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015214	GAAAA	2	10	784964	784973	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015214	TTTAG	2	10	788216	788225	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_015214	ATTTT	2	10	788264	788273	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015214	ACTAT	2	10	788277	788286	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_015214	GTTAT	2	10	791930	791939	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015214	AAAAT	2	10	806592	806601	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015214	TTGAA	2	10	812130	812139	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015214	TTTTA	2	10	812207	812216	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_015214	CAGTG	2	10	812924	812933	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_015214	TTTTG	2	10	846125	846134	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015214	AAATT	2	10	850657	850666	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015214	TAAAA	2	10	853781	853790	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015214	ATAAA	2	10	856681	856690	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015214	TAAAT	3	15	879001	879015	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015214	CTAAT	2	10	888812	888821	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_015214	AATAA	2	10	891760	891769	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015214	TAACT	2	10	891785	891794	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_015214	AAGAT	2	10	895480	895489	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015214	TATAT	2	10	896215	896224	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015214	TCTCT	2	10	904127	904136	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_015214	TAAAA	2	10	910809	910818	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015214	TTAAG	2	10	912111	912120	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_015214	TAAAA	2	10	912184	912193	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015214	AATAA	2	10	913583	913592	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_015214	CTTAA	2	10	913635	913644	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_015214	TAAAA	2	10	916058	916067	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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253	NC_015214	GACTT	2	10	1468554	1468563	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
254	NC_015214	AATTC	2	10	1469816	1469825	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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289	NC_015214	AAGCA	2	10	1674482	1674491	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
290	NC_015214	TTTTA	2	10	1681330	1681339	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_015214	ATCAT	2	10	1695658	1695667	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
292	NC_015214	ATTCT	2	10	1699546	1699555	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
293	NC_015214	TAAAT	2	10	1699660	1699669	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_015214	TTCCT	2	10	1709481	1709490	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
295	NC_015214	TCGCT	2	10	1709647	1709656	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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298	NC_015214	GCCTT	2	10	1711174	1711183	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
299	NC_015214	CTGCC	2	10	1712831	1712840	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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302	NC_015214	ATTTT	2	10	1724915	1724924	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_015214	CAAAA	2	10	1725040	1725049	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
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312	NC_015214	AATTT	2	10	1783745	1783754	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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317	NC_015214	ATTTT	2	10	1810393	1810402	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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320	NC_015214	ATTTA	2	10	1844260	1844269	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
321	NC_015214	ATAAA	2	10	1854400	1854409	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NC_015214	TCAGG	2	10	1866822	1866831	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
323	NC_015214	GAATT	2	10	1869563	1869572	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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325	NC_015214	AAATA	2	10	1884812	1884821	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
326	NC_015214	CTTTA	2	10	1886007	1886016	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
327	NC_015214	GACTT	2	10	1906932	1906941	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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330	NC_015214	AATTT	2	10	1946785	1946794	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
331	NC_015214	AAGTA	2	10	1954456	1954465	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
332	NC_015214	TTCAT	2	10	1956137	1956146	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
333	NC_015214	TTGAA	2	10	1963990	1963999	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
334	NC_015214	TCAAA	2	10	1968885	1968894	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
335	NC_015214	TAATT	2	10	1979279	1979288	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
336	NC_015214	AAATT	2	10	1985919	1985928	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
337	NC_015214	CAAAT	2	10	1985975	1985984	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
338	NC_015214	ATAGT	2	10	1987032	1987041	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
339	NC_015214	TTTTG	2	10	1995054	1995063	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
340	NC_015214	GATAC	2	10	2006509	2006518	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
341	NC_015214	TTTCC	2	10	2015209	2015218	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
342	NC_015214	CAACT	2	10	2016563	2016572	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
343	NC_015214	TGCGT	2	10	2016673	2016682	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
344	NC_015214	AGTAA	2	10	2017523	2017532	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
345	NC_015214	AATCA	2	10	2024378	2024387	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
346	NC_015214	TTAAA	2	10	2030458	2030467	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
347	NC_015214	AGGCT	2	10	2033387	2033396	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
348	NC_015214	ATCAA	2	10	2050615	2050624	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
349	NC_015214	TAATA	2	10	2058780	2058789	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
350	NC_015214	GATTC	2	10	2059419	2059428	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
351	NC_015214	GTCTG	2	10	2059477	2059486	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
352	NC_015214	TTTTA	2	10	2065722	2065731	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
353	NC_015214	CGAAA	2	10	2070347	2070356	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
354	NC_015214	GTTTC	2	10	2072333	2072342	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.