MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Agrobacterium sp. H13-3 plasmid pAspH13-3a

Total Repeats: 178

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015184	CGCTTG	2	12	2555	2566	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168282
2	NC_015184	TGACGT	2	12	3721	3732	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	325168282
3	NC_015184	GCTGCG	2	12	4643	4654	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	325168283
4	NC_015184	TCCCGC	2	12	6180	6191	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	325168283
5	NC_015184	GTTGCC	2	12	8223	8234	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168284
6	NC_015184	CCGGCG	2	12	10955	10966	0 %	0 %	50 %	50 %	325168287
7	NC_015184	GTCTCG	2	12	13074	13085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168290
8	NC_015184	AGGCGA	2	12	27573	27584	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	325168310
9	NC_015184	ATCGCG	2	12	30390	30401	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168313
10	NC_015184	GGGGAG	2	12	30661	30672	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	325168313
11	NC_015184	GAGATT	2	12	34730	34741	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	325168317
12	NC_015184	TTGTGA	2	12	41841	41852	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	325168323
13	NC_015184	AGGCAG	2	12	43487	43498	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	325168324
14	NC_015184	CGATAT	2	12	44738	44749	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	325168325
15	NC_015184	CGGCAT	2	12	45032	45043	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168325
16	NC_015184	ACCGTC	2	12	49382	49393	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	325168331
17	NC_015184	ACGTGA	2	12	52211	52222	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	325168333
18	NC_015184	AAGGGC	2	12	60051	60062	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	325168344
19	NC_015184	GAAGAC	2	12	60114	60125	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	325168344
20	NC_015184	GAGGTC	2	12	61417	61428	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	325168346
21	NC_015184	CGACAC	2	12	62538	62549	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	325168347
22	NC_015184	ACGAGA	2	12	62736	62747	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	325168347
23	NC_015184	CGCCCG	2	12	69329	69340	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168353
24	NC_015184	CAACCT	2	12	71205	71216	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	325168355
25	NC_015184	CAGTTT	2	12	86531	86542	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	325168372
26	NC_015184	GGCGCA	2	12	87167	87178	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	325168373
27	NC_015184	GATGCA	2	12	88390	88401	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	325168374
28	NC_015184	GCTGGC	2	12	89555	89566	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	325168375
29	NC_015184	TCTTGG	2	12	89828	89839	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	325168375
30	NC_015184	CGTCAT	2	12	90692	90703	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	325168376
31	NC_015184	TCATTC	2	12	93307	93318	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	325168378
32	NC_015184	ATTGCC	2	12	103271	103282	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	325168387
33	NC_015184	GGTCAT	2	12	111812	111823	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	325168399
34	NC_015184	GATCTT	2	12	115026	115037	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	325168400
35	NC_015184	TCTTGG	2	12	137480	137491	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	325168425
36	NC_015184	GGATAC	2	12	141047	141058	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	325168428
37	NC_015184	ATGAAC	2	12	145857	145868	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	325168436
38	NC_015184	GAGCGA	2	12	146351	146362	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	325168437
39	NC_015184	GACATC	2	12	148951	148962	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	325168440
40	NC_015184	GCACGC	2	12	154984	154995	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	325168450
41	NC_015184	CAGGCG	2	12	155480	155491	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	325168450
42	NC_015184	GCGATG	2	12	164860	164871	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	325168459
43	NC_015184	GCATGG	2	12	165107	165118	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	325168459
44	NC_015184	GGATCG	2	12	168047	168058	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	325168464
45	NC_015184	CTATTC	2	12	169996	170007	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	325168466
46	NC_015184	TTGCGC	2	12	172446	172457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168470
47	NC_015184	GCCTGA	2	12	172574	172585	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168470
48	NC_015184	CGCTGT	2	12	177836	177847	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168477
49	NC_015184	GTTGGC	2	12	196674	196685	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	325168502
50	NC_015184	GGCTTC	2	12	196774	196785	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168502
51	NC_015184	GCTGGA	2	12	197846	197857	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	325168504
52	NC_015184	TCGAGC	2	12	201754	201765	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168506
53	NC_015184	GCCGGC	2	12	202512	202523	0 %	0 %	50 %	50 %	325168508
54	NC_015184	TTGATC	2	12	204259	204270	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	325168509
55	NC_015184	GCTGCG	2	12	212150	212161	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	325168523
56	NC_015184	TCGATG	2	12	219021	219032	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	325168532
57	NC_015184	GCTGAA	2	12	219275	219286	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	325168532
58	NC_015184	TGGCGA	2	12	223724	223735	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	325168537
59	NC_015184	TAGTTA	2	12	224285	224296	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	325168538
60	NC_015184	CCTCGG	2	12	226023	226034	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	325168541
61	NC_015184	AGCCAA	2	12	226282	226293	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	325168541
62	NC_015184	CAGCAC	2	12	231111	231122	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	325168546
63	NC_015184	AGAATG	2	12	233817	233828	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	325168552
64	NC_015184	TCGACC	2	12	243128	243139	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	325168565
65	NC_015184	CAAGCG	2	12	249121	249132	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168571
66	NC_015184	CGCACG	2	12	249199	249210	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	325168571
67	NC_015184	GCACAT	2	12	250846	250857	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	325168573
68	NC_015184	CGAGCG	2	12	262857	262868	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	325168586
69	NC_015184	CTCAAC	2	12	263572	263583	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	325168586
70	NC_015184	CTGGTG	2	12	265081	265092	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	325168586
71	NC_015184	GAGGAA	2	12	273608	273619	50 %	0 %	50 %	0 %	325168594
72	NC_015184	ACCGCC	2	12	279404	279415	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	325168600
73	NC_015184	ATCTCC	2	12	288529	288540	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	325168614
74	NC_015184	CCTTCG	2	12	295679	295690	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	325168618
75	NC_015184	GTTCGA	2	12	296037	296048	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	325168618
76	NC_015184	TTCTGC	2	12	299800	299811	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	325168625
77	NC_015184	CCGGAC	2	12	312275	312286	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	325168639
78	NC_015184	TTGCTT	2	12	318788	318799	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	325168645
79	NC_015184	TGCGCT	2	12	330017	330028	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168655
80	NC_015184	TCGAGG	2	12	337361	337372	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	325168663
81	NC_015184	TGGCAT	2	12	337515	337526	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	325168663
82	NC_015184	GACCGT	2	12	338789	338800	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168664
83	NC_015184	CCATGA	2	12	340235	340246	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	325168665
84	NC_015184	CAGCCT	2	12	340339	340350	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	325168666
85	NC_015184	CGAGAT	2	12	341721	341732	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	325168667
86	NC_015184	CGTCTT	2	12	347307	347318	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	325168677
87	NC_015184	CGGCAA	2	12	347466	347477	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168677
88	NC_015184	GTCATC	2	12	349717	349728	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	325168681
89	NC_015184	TCATGG	2	12	350285	350296	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	325168683
90	NC_015184	GAGTTC	2	12	363579	363590	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	325168698
91	NC_015184	GAGCGC	2	12	366432	366443	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	325168701
92	NC_015184	TCTGGC	2	12	371332	371343	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168705
93	NC_015184	ATCGAA	2	12	375487	375498	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	325168712
94	NC_015184	TGAGGC	2	12	376241	376252	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	325168713
95	NC_015184	AACGGC	2	12	378461	378472	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168714
96	NC_015184	CCAGCG	2	12	382641	382652	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	325168717
97	NC_015184	CGATGC	2	12	388106	388117	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168722
98	NC_015184	GATGCG	2	12	388204	388215	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	325168722
99	NC_015184	GGCGTC	2	12	388799	388810	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	325168723
100	NC_015184	CGCGCC	2	12	399283	399294	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	325168732
101	NC_015184	CCGGAC	2	12	400880	400891	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	325168733
102	NC_015184	CTGTGG	2	12	403443	403454	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	325168736
103	NC_015184	TTCCGG	2	12	412828	412839	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168747
104	NC_015184	GCAAAA	2	12	414819	414830	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	325168750
105	NC_015184	CTATTT	2	12	418679	418690	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	325168757
106	NC_015184	CGGTCG	2	12	423729	423740	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	325168762
107	NC_015184	CTCATC	2	12	429380	429391	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	325168770
108	NC_015184	GCTGCC	2	12	430689	430700	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	325168771
109	NC_015184	GTCTTG	2	12	433622	433633	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	325168774
110	NC_015184	ATCGCC	2	12	437205	437216	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	325168777
111	NC_015184	AGGCAA	2	12	439446	439457	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	325168780
112	NC_015184	GGCCGA	2	12	450718	450729	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	325168789
113	NC_015184	GATCCT	2	12	458008	458019	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	325168796
114	NC_015184	CATCAC	2	12	459082	459093	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	325168796
115	NC_015184	CGTCAC	2	12	459205	459216	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	325168796
116	NC_015184	CGATGA	2	12	463584	463595	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	325168800
117	NC_015184	CGAAGC	2	12	472253	472264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168809
118	NC_015184	GGCGCT	2	12	473621	473632	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	325168810
119	NC_015184	AAGACC	2	12	477147	477158	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	325168814
120	NC_015184	CTCGTT	2	12	477761	477772	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	325168814
121	NC_015184	TCGGTC	2	12	480849	480860	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168816
122	NC_015184	CGTCTA	2	12	484434	484445	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	325168820
123	NC_015184	TGCACG	2	12	485686	485697	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168822
124	NC_015184	CTTGCC	2	12	486847	486858	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	325168824
125	NC_015184	TCGTCA	2	12	487208	487219	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	325168825
126	NC_015184	AGTCGT	2	12	487584	487595	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	325168825
127	NC_015184	GAGTGC	2	12	488314	488325	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	325168825
128	NC_015184	AACCTG	2	12	490534	490545	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	325168827
129	NC_015184	GGCCGC	2	12	490777	490788	0 %	0 %	50 %	50 %	325168827
130	NC_015184	CGAAGG	2	12	493329	493340	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	325168829
131	NC_015184	GGAACC	2	12	493373	493384	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168829
132	NC_015184	CGCCAT	2	12	498278	498289	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	325168834
133	NC_015184	TCAACA	2	12	501028	501039	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	325168836
134	NC_015184	CGGTAA	2	12	502114	502125	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	325168837
135	NC_015184	CATCGC	2	12	502453	502464	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	325168837
136	NC_015184	GGCGAA	2	12	509448	509459	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	325168844
137	NC_015184	ACGGGC	2	12	510213	510224	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	325168844
138	NC_015184	CGGCCA	2	12	515691	515702	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	325168849
139	NC_015184	GACCCG	2	12	517669	517680	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	325168851
140	NC_015184	CAAAAG	2	12	519378	519389	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	325168853
141	NC_015184	ATCAGC	2	12	519873	519884	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	325168854
142	NC_015184	CTGCCG	2	12	522372	522383	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	325168856
143	NC_015184	GACGTC	3	18	522727	522744	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168856
144	NC_015184	ATGGCG	2	12	529892	529903	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	325168863
145	NC_015184	AGGGCA	2	12	534139	534150	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	325168868
146	NC_015184	ACGGCA	2	12	535739	535750	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168870
147	NC_015184	GATCTT	2	12	535909	535920	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	325168870
148	NC_015184	GCGCTG	2	12	538185	538196	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	325168872
149	NC_015184	GTCGGC	2	12	539655	539666	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	325168873
150	NC_015184	GGGCCT	2	12	541988	541999	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	325168875
151	NC_015184	GGTGAA	2	12	542328	542339	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	325168875
152	NC_015184	AGGTAA	2	12	546903	546914	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	325168881
153	NC_015184	TTCGAC	2	12	550537	550548	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	325168884
154	NC_015184	AGCTTC	2	12	554633	554644	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	325168886
155	NC_015184	GCCAGC	2	12	554750	554761	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	325168886
156	NC_015184	GGACGC	2	12	555143	555154	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	325168886
157	NC_015184	TGTCGC	2	12	558984	558995	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168890
158	NC_015184	AAAGCG	2	12	562420	562431	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	325168893
159	NC_015184	TTGCCG	2	12	571315	571326	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	325168903
160	NC_015184	AGGCGG	2	12	576235	576246	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	325168909
161	NC_015184	CTGCGA	2	12	578990	579001	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168915
162	NC_015184	GAAGCC	2	12	579773	579784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	325168917
163	NC_015184	GCTCGC	2	12	580523	580534	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	325168918
164	NC_015184	GAGTTC	2	12	585291	585302	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	325168920
165	NC_015184	GTAGCT	2	12	588683	588694	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	325168922
166	NC_015184	GCATCC	3	18	590094	590111	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	325168922
167	NC_015184	GCGTCG	2	12	590136	590147	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	325168922
168	NC_015184	GCATCC	2	12	590212	590223	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	325168922
169	NC_015184	TCAGCG	2	12	590494	590505	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168923
170	NC_015184	CGTCAG	3	18	590522	590539	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168923
171	NC_015184	GCATCG	3	18	590557	590574	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168923
172	NC_015184	TCGGCA	2	12	590620	590631	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168923
173	NC_015184	GCATCC	3	18	590689	590706	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	325168923
174	NC_015184	GCGTCA	2	12	590707	590718	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168923
175	NC_015184	GCATCC	3	18	590839	590856	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	325168923
176	NC_015184	CCTTCG	2	12	597286	597297	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	325168927
177	NC_015184	CTCGGC	2	12	597819	597830	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	325168928
178	NC_015184	TCCGGA	2	12	598038	598049	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	325168928

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.