MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Agrobacterium sp. H13-3 plasmid pAspH13-3a

Total Repeats: 52

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015184	CATGC	2	10	8641	8650	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
2	NC_015184	GCCTC	2	10	20571	20580	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
3	NC_015184	GCATC	2	10	44304	44313	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_015184	AGTAA	2	10	50205	50214	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015184	AAACG	2	10	51828	51837	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_015184	ATCTG	2	10	53259	53268	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015184	CTTTT	2	10	55706	55715	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015184	CTGGT	2	10	58421	58430	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015184	GTCCG	2	10	86066	86075	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_015184	GGTCG	2	10	107185	107194	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015184	TCCGC	2	10	109565	109574	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
12	NC_015184	GAAAC	2	10	111841	111850	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_015184	GCCGG	2	10	154747	154756	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
14	NC_015184	CCGAG	2	10	157229	157238	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_015184	TGCCG	2	10	166966	166975	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_015184	TGCCG	2	10	175621	175630	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_015184	GCCGG	2	10	189831	189840	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
18	NC_015184	TCATC	2	10	195637	195646	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
19	NC_015184	CGGAT	2	10	204535	204544	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_015184	CAGTG	2	10	206679	206688	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_015184	GGATT	2	10	209521	209530	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015184	TGAAG	2	10	211731	211740	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015184	CGGTT	2	10	217192	217201	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_015184	AGGGG	2	10	219391	219400	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015184	GGCGC	2	10	222447	222456	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
26	NC_015184	TTGGC	2	10	242174	242183	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015184	ATTCC	2	10	243961	243970	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_015184	GATCA	2	10	244038	244047	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_015184	GACAC	2	10	257875	257884	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_015184	GAAGA	2	10	284686	284695	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015184	TGCGT	2	10	293568	293577	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_015184	GCAGA	2	10	295554	295563	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015184	GCGCT	2	10	311724	311733	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_015184	GCTGG	2	10	326489	326498	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
35	NC_015184	CCGAG	2	10	330964	330973	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_015184	TGGGT	2	10	374162	374171	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015184	CTGCC	2	10	377008	377017	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_015184	CAGCC	2	10	388585	388594	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_015184	TTCAT	2	10	398771	398780	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015184	CACGC	2	10	418187	418196	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_015184	CCATC	2	10	470857	470866	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
42	NC_015184	ATTTC	2	10	476571	476580	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015184	AGGTC	2	10	480384	480393	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_015184	GCCTG	2	10	494211	494220	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_015184	GCTGG	2	10	543574	543583	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015184	ACTGC	2	10	558078	558087	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_015184	GACCG	2	10	560996	561005	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_015184	CACCC	2	10	571863	571872	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
49	NC_015184	ACGAG	2	10	574012	574021	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_015184	CGAAA	2	10	579520	579529	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015184	CCTGA	2	10	593737	593746	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
52	NC_015184	CCGGA	2	10	598989	598998	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.