MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia sp. CCGE1001 chromosome 1

Total Repeats: 163

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015136	AACAAA	2	12	10566	10577	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_015136	GCCCAC	2	12	13325	13336	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_015136	TGTATA	2	12	21865	21876	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015136	AACAAA	2	12	24260	24271	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_015136	TGCCTT	2	12	59099	59110	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_015136	ACAAGG	2	12	65617	65628	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_015136	GGCGCC	2	12	87044	87055	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
8	NC_015136	CGAATG	2	12	140155	140166	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_015136	AGGGGA	2	12	148629	148640	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015136	GTGAGC	2	12	151196	151207	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_015136	GTGCGC	2	12	154860	154871	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_015136	TGCGCC	2	12	170350	170361	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
13	NC_015136	GGCGAA	2	12	205902	205913	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_015136	AGATCG	2	12	213637	213648	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_015136	AAGAGG	2	12	356168	356179	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015136	CGCGGC	2	12	377916	377927	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
17	NC_015136	GCGACG	2	12	432762	432773	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_015136	ATTTCG	2	12	432803	432814	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_015136	CGGGCG	2	12	455723	455734	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_015136	GTCGCA	3	18	455865	455882	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_015136	CTGCGG	2	12	471969	471980	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015136	TGGCGT	2	12	476735	476746	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_015136	CCGGCA	2	12	478638	478649	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_015136	GTAAAA	2	12	482736	482747	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015136	AATCTG	2	12	498772	498783	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_015136	GCCCCC	2	12	538678	538689	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
27	NC_015136	GTCCGC	2	12	540891	540902	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
28	NC_015136	CTTGGC	2	12	566056	566067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_015136	GCGTGC	2	12	624230	624241	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_015136	GCCGAA	2	12	679870	679881	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_015136	CGGAGC	2	12	775647	775658	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_015136	GTGACG	2	12	790974	790985	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_015136	CGATGG	2	12	791020	791031	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_015136	GCAACC	2	12	820265	820276	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_015136	CTGAAC	2	12	834086	834097	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_015136	CTGCGC	2	12	836976	836987	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
37	NC_015136	GCGCGG	2	12	844644	844655	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_015136	ACTGCG	2	12	915485	915496	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_015136	GACGTG	2	12	934863	934874	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_015136	TATCGC	2	12	956254	956265	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_015136	CCACGA	2	12	972783	972794	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
42	NC_015136	CCTTTT	2	12	1002595	1002606	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_015136	GCGGGC	2	12	1023951	1023962	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015136	GTGAAG	2	12	1076921	1076932	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015136	GCGATT	2	12	1084058	1084069	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015136	TGGTGC	2	12	1087738	1087749	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_015136	TGCGCG	2	12	1105954	1105965	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_015136	GTAGTC	2	12	1141855	1141866	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_015136	GAAAGC	2	12	1199886	1199897	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_015136	GAGTAG	2	12	1233355	1233366	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015136	CATTCA	2	12	1294752	1294763	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_015136	GCAAGC	2	12	1349844	1349855	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_015136	TAAATG	2	12	1353550	1353561	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015136	CACCGA	2	12	1363719	1363730	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
55	NC_015136	AGCGCG	2	12	1409269	1409280	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_015136	CGCTGC	2	12	1429832	1429843	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
57	NC_015136	TAGATA	2	12	1450925	1450936	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015136	TCGGCA	2	12	1476312	1476323	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_015136	TCAGGA	2	12	1517224	1517235	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_015136	GGTCAC	2	12	1519830	1519841	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_015136	AAAGAG	2	12	1560104	1560115	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015136	CCGCGG	2	12	1579883	1579894	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
63	NC_015136	GATTGC	2	12	1602325	1602336	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_015136	GCGTGT	2	12	1605988	1605999	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015136	ACGCGC	2	12	1616747	1616758	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
66	NC_015136	CCCGCA	2	12	1640626	1640637	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_015136	CGGCCG	2	12	1646609	1646620	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
68	NC_015136	TTGAGT	3	18	1647547	1647564	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015136	CGCCGG	2	12	1652098	1652109	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_015136	TGCGCG	2	12	1663450	1663461	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_015136	AGGGCG	2	12	1684033	1684044	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_015136	AGCGCA	2	12	1708555	1708566	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_015136	GCGACG	2	12	1767836	1767847	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_015136	CAACAG	2	12	1773333	1773344	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_015136	ATCGGC	2	12	1877898	1877909	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_015136	CGGCTG	2	12	1933514	1933525	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015136	CGGGCG	2	12	1942248	1942259	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_015136	GGCCCG	2	12	1973071	1973082	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
79	NC_015136	CCACGG	2	12	1983717	1983728	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_015136	TGACGG	2	12	2028026	2028037	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_015136	GCGCTC	2	12	2043958	2043969	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
82	NC_015136	TACCTC	2	12	2054128	2054139	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_015136	CCTGCC	2	12	2139483	2139494	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_015136	ACGAAC	2	12	2144533	2144544	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_015136	GCGGCT	2	12	2260831	2260842	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_015136	GATACT	2	12	2304300	2304311	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_015136	GGACGT	2	12	2346993	2347004	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_015136	TTGGCC	2	12	2418027	2418038	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_015136	AACTCA	2	12	2452982	2452993	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_015136	CCGAGC	2	12	2467823	2467834	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_015136	GCTGGC	2	12	2489524	2489535	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_015136	GCGCCG	2	12	2500301	2500312	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_015136	TTTCCG	2	12	2552808	2552819	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_015136	TTTTCG	2	12	2558552	2558563	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_015136	GCCCTC	2	12	2576514	2576525	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_015136	CGGATG	2	12	2614211	2614222	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_015136	CAACTG	2	12	2756924	2756935	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_015136	CCGCGG	2	12	2787317	2787328	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
99	NC_015136	CACCCG	2	12	2787353	2787364	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_015136	CCGCAG	2	12	2796971	2796982	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_015136	GCTGCG	2	12	2819555	2819566	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_015136	CGTTGC	2	12	2825980	2825991	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_015136	CATTGC	2	12	2836339	2836350	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_015136	GATCGG	2	12	2837673	2837684	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_015136	CCCGCG	2	12	2842005	2842016	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_015136	GGCTTC	2	12	2842571	2842582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_015136	TCTTCA	2	12	2844544	2844555	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_015136	CTTTTT	2	12	2893562	2893573	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_015136	CGCGCC	2	12	2894244	2894255	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_015136	AGTGGG	2	12	2899899	2899910	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015136	ACAAAA	2	12	2910596	2910607	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_015136	CTGCAA	2	12	2915209	2915220	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_015136	GCCGAC	2	12	2936081	2936092	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
114	NC_015136	GCAGCG	2	12	2943748	2943759	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_015136	GGCTGC	2	12	2946307	2946318	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_015136	CGCCCG	2	12	3028001	3028012	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
117	NC_015136	CTGCGC	2	12	3034183	3034194	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
118	NC_015136	ACGGCC	2	12	3045421	3045432	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
119	NC_015136	GCAGCC	2	12	3073471	3073482	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
120	NC_015136	ATGGGA	2	12	3097205	3097216	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_015136	CGCCCA	2	12	3099331	3099342	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_015136	CGCTTC	2	12	3105104	3105115	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
123	NC_015136	GCCACG	2	12	3111390	3111401	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
124	NC_015136	GCTTTT	2	12	3118977	3118988	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_015136	GACCGG	2	12	3145608	3145619	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_015136	TTCATT	2	12	3172810	3172821	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_015136	TTTTTG	2	12	3187139	3187150	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015136	TTTTTG	2	12	3214831	3214842	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015136	TTTGTC	2	12	3215546	3215557	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_015136	GGCGCT	2	12	3250568	3250579	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_015136	ACAGGA	2	12	3250903	3250914	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_015136	CCGCTT	2	12	3273665	3273676	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
133	NC_015136	TCGTCT	2	12	3286297	3286308	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_015136	CCGGCA	2	12	3297219	3297230	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
135	NC_015136	GCGCGG	2	12	3334886	3334897	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_015136	CGGCGC	2	12	3334928	3334939	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
137	NC_015136	GATCAT	2	12	3403920	3403931	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_015136	GCAGCG	2	12	3407148	3407159	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_015136	GGCGTG	2	12	3444165	3444176	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_015136	GCTAAG	2	12	3462530	3462541	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_015136	TCCTGG	2	12	3502824	3502835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_015136	CCTGGC	2	12	3573817	3573828	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
143	NC_015136	ATTCGC	2	12	3588243	3588254	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_015136	GGCGCG	2	12	3607565	3607576	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_015136	CTTTCC	2	12	3611999	3612010	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_015136	GGGCGC	2	12	3629247	3629258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_015136	CCGCAC	2	12	3641872	3641883	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
148	NC_015136	CCAAAC	2	12	3730763	3730774	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_015136	CGACGC	2	12	3769730	3769741	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
150	NC_015136	AGTTGC	3	18	3789220	3789237	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_015136	CGCGCT	2	12	3826565	3826576	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
152	NC_015136	CCCCGA	2	12	3901177	3901188	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
153	NC_015136	ACGAAA	2	12	3916151	3916162	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_015136	CAAGAA	2	12	3931776	3931787	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
155	NC_015136	AACGAC	2	12	3936469	3936480	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_015136	CTGTGA	2	12	3958704	3958715	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
157	NC_015136	GCCGGT	2	12	3964891	3964902	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_015136	TCGAAA	2	12	3989146	3989157	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
159	NC_015136	CTTCGC	2	12	3990839	3990850	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
160	NC_015136	CTGCCG	2	12	4009207	4009218	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
161	NC_015136	ACTGTT	2	12	4018912	4018923	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
162	NC_015136	GCACAT	2	12	4044847	4044858	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_015136	TTTCGC	2	12	4045981	4045992	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.