MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium longum subsp. longum JCM 1217 chromosome

Total Repeats: 97

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015067	TCCGAA	2	12	42589	42600	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_015067	GAAGAG	2	12	49452	49463	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015067	ACGGCG	2	12	95749	95760	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_015067	TATTGT	2	12	118791	118802	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015067	AGGCGA	2	12	142254	142265	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015067	GGTGTT	2	12	152645	152656	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015067	ATCGCC	2	12	174567	174578	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_015067	AAAAGG	2	12	184321	184332	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015067	TTGCGT	2	12	184588	184599	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_015067	CGGAGT	2	12	326195	326206	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_015067	CTTTGT	2	12	374957	374968	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_015067	CAAGGA	2	12	377269	377280	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_015067	CTAAGC	2	12	383212	383223	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_015067	TGTGGT	2	12	390960	390971	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015067	GTTTCG	2	12	422274	422285	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015067	CGCCTT	2	12	428053	428064	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
17	NC_015067	CGCCTT	2	12	429801	429812	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
18	NC_015067	TGTATA	2	12	561776	561787	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015067	CCCCGC	2	12	594627	594638	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
20	NC_015067	AGGGGC	2	12	617180	617191	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_015067	GGATAT	2	12	667863	667874	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015067	CAAATA	2	12	670911	670922	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_015067	GGCGAA	2	12	670923	670934	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_015067	GACCTG	2	12	687046	687057	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_015067	CATATT	2	12	756867	756878	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_015067	TGGCGT	2	12	772643	772654	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_015067	ATTGGC	2	12	788060	788071	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_015067	AACACA	2	12	799466	799477	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_015067	AGGCGA	2	12	802414	802425	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_015067	ATCTGC	2	12	806862	806873	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_015067	AGGGGT	2	12	810090	810101	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015067	AGCGAG	2	12	890665	890676	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_015067	TGACCG	2	12	911603	911614	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_015067	TCGACG	2	12	975516	975527	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_015067	ATGGGC	2	12	978100	978111	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_015067	TGTCGT	2	12	1039224	1039235	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_015067	CAGTTC	2	12	1078905	1078916	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_015067	CCTTTC	2	12	1114556	1114567	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_015067	AAGAAA	2	12	1125098	1125109	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015067	GAAAAC	2	12	1135674	1135685	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_015067	ACGAAA	2	12	1152975	1152986	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_015067	GACACC	2	12	1153083	1153094	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
43	NC_015067	GCCCCG	2	12	1196147	1196158	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_015067	CCGGGG	2	12	1196180	1196191	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_015067	CGGCCG	2	12	1210613	1210624	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
46	NC_015067	ACGAAA	2	12	1212810	1212821	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_015067	GACACC	2	12	1212918	1212929	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
48	NC_015067	GGAAGG	2	12	1213089	1213100	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015067	GCAGTC	2	12	1217925	1217936	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_015067	CCCCGT	2	12	1227857	1227868	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_015067	CCGGTC	2	12	1228195	1228206	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_015067	GGCGAC	2	12	1239406	1239417	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_015067	AGTGTG	2	12	1331636	1331647	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015067	GGTACG	2	12	1414607	1414618	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_015067	CCCGCT	2	12	1461937	1461948	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_015067	AGCCCA	2	12	1469587	1469598	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_015067	TGCACT	2	12	1535403	1535414	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_015067	CCCGGA	2	12	1536382	1536393	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
59	NC_015067	TCAGCA	2	12	1567536	1567547	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_015067	GCCTGA	2	12	1576203	1576214	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_015067	GTTGCG	2	12	1584125	1584136	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_015067	TTCGCC	2	12	1590410	1590421	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
63	NC_015067	TCGCCT	2	12	1594093	1594104	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_015067	CTCCTG	2	12	1603589	1603600	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
65	NC_015067	TTCAAA	2	12	1633181	1633192	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015067	TCGACA	2	12	1644720	1644731	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_015067	TCGTAT	2	12	1696477	1696488	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_015067	CCGAAG	2	12	1698036	1698047	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_015067	AGAAGC	2	12	1731667	1731678	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015067	CTTGAG	2	12	1741991	1742002	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_015067	ATTCCT	2	12	1816602	1816613	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_015067	CAATAT	2	12	1820776	1820787	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_015067	ATTTCA	2	12	1827637	1827648	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_015067	ATCGTT	2	12	1858705	1858716	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_015067	CGGCAC	2	12	1868306	1868317	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
76	NC_015067	CGGCAT	2	12	1875897	1875908	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_015067	AGAAAA	2	12	1940815	1940826	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015067	GCGCGA	2	12	1969060	1969071	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_015067	CAAAAA	2	12	1973335	1973346	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_015067	TTCGCC	2	12	1973787	1973798	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
81	NC_015067	ACACAA	2	12	2002072	2002083	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_015067	CCTCGT	2	12	2029801	2029812	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_015067	AAGGGT	2	12	2046175	2046186	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015067	CAACCA	2	12	2057491	2057502	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_015067	AAATCG	2	12	2071799	2071810	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_015067	TGCACT	2	12	2079624	2079635	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_015067	CCCGGA	2	12	2080603	2080614	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_015067	ACCGAC	2	12	2241592	2241603	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_015067	GTTTTG	2	12	2247927	2247938	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015067	AGGCGA	2	12	2262314	2262325	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_015067	CCGTTG	2	12	2274458	2274469	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_015067	TGCACT	2	12	2285045	2285056	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_015067	CCCGGA	2	12	2286024	2286035	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
94	NC_015067	TGCACT	2	12	2291222	2291233	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_015067	CCCGGA	2	12	2292201	2292212	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_015067	CCAGCG	2	12	2315875	2315886	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
97	NC_015067	ATTTTT	2	12	2358407	2358418	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.