MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium longum subsp. longum JCM 1217 chromosome

Total Repeats: 316

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015067	TGGAA	2	10	19680	19689	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015067	TGGGT	2	10	20708	20717	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_015067	GCGCT	2	10	21179	21188	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_015067	CCAGC	2	10	27801	27810	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
5	NC_015067	AAGGG	2	10	31442	31451	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015067	CGAAT	2	10	36692	36701	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015067	AATCG	2	10	36704	36713	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015067	TGTGT	2	10	42704	42713	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015067	TTACG	2	10	52881	52890	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_015067	GCCAA	2	10	66655	66664	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_015067	AGGGG	2	10	70351	70360	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015067	GGCCC	2	10	83337	83346	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_015067	TCGAC	2	10	85775	85784	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_015067	GCTCG	2	10	87182	87191	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_015067	TGAAG	2	10	87273	87282	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015067	AACCA	2	10	88001	88010	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_015067	TACCC	2	10	88102	88111	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
18	NC_015067	CCCAC	2	10	95737	95746	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
19	NC_015067	CTGGC	2	10	103061	103070	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_015067	CGGGC	2	10	121297	121306	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
21	NC_015067	GACCA	2	10	128476	128485	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_015067	CGGGC	2	10	133750	133759	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
23	NC_015067	GACCG	2	10	133766	133775	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_015067	TTTGG	2	10	137395	137404	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015067	TCCAG	2	10	141115	141124	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_015067	GGTTG	2	10	148938	148947	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015067	TCGGC	2	10	163833	163842	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
28	NC_015067	ACACC	2	10	170621	170630	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
29	NC_015067	GCGAT	2	10	171023	171032	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015067	CGCTG	2	10	194857	194866	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
31	NC_015067	CTCCC	2	10	203894	203903	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
32	NC_015067	TTTTC	2	10	213068	213077	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015067	AAAAG	2	10	213094	213103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015067	GCCAA	2	10	215460	215469	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_015067	CGGGG	2	10	223161	223170	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015067	CATGG	2	10	224600	224609	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_015067	GGTGG	2	10	228045	228054	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015067	TCTCT	2	10	237705	237714	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_015067	GGCGT	2	10	268019	268028	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015067	GCATT	2	10	291043	291052	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_015067	GAATG	2	10	310320	310329	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015067	TGCTG	2	10	317068	317077	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_015067	TTTCT	2	10	345432	345441	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_015067	GTTCT	2	10	349811	349820	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015067	GCCGT	2	10	350019	350028	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_015067	TAGGG	2	10	359555	359564	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015067	GAATA	2	10	361405	361414	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015067	AAGGA	2	10	373805	373814	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015067	CCATT	2	10	378782	378791	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_015067	TGGAC	2	10	381066	381075	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015067	ACAAG	2	10	384233	384242	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_015067	GTCCG	2	10	389326	389335	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_015067	TGCCG	2	10	393975	393984	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_015067	CCACA	2	10	396970	396979	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
55	NC_015067	TCTCC	2	10	401495	401504	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_015067	TGTGT	4	20	404393	404412	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015067	TGCGA	2	10	404417	404426	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_015067	GTGGC	2	10	413505	413514	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
59	NC_015067	CGTCT	2	10	417734	417743	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_015067	GCGCC	2	10	419336	419345	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
61	NC_015067	TGTTC	2	10	419398	419407	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015067	GGAAT	2	10	419490	419499	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015067	GCTGT	2	10	421245	421254	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_015067	CGACA	2	10	424192	424201	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_015067	GGAAA	2	10	427295	427304	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015067	CTCCC	2	10	448261	448270	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
67	NC_015067	CTCCG	2	10	448392	448401	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
68	NC_015067	GCGAT	2	10	452381	452390	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015067	TTTGC	2	10	470700	470709	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015067	TACAA	2	10	473414	473423	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_015067	TGAAT	2	10	475881	475890	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015067	CGGTG	2	10	490279	490288	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015067	TCGGC	2	10	501424	501433	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_015067	GGTTT	2	10	501643	501652	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015067	CAGAG	2	10	544746	544755	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_015067	GTTGC	2	10	560026	560035	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015067	CGTGT	2	10	576432	576441	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015067	AGAAC	2	10	578217	578226	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_015067	AAGTA	2	10	583732	583741	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015067	AACGC	2	10	587627	587636	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_015067	TTCCT	2	10	596705	596714	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_015067	GTTGA	2	10	601789	601798	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015067	CCAAT	2	10	605552	605561	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_015067	GAACA	2	10	627936	627945	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_015067	TGTGG	2	10	636469	636478	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015067	TCCTC	2	10	639339	639348	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_015067	TCAGG	2	10	640056	640065	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015067	AGAGG	2	10	647247	647256	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015067	GCTGA	2	10	657145	657154	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015067	GCATG	2	10	676452	676461	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_015067	GCGCC	2	10	687084	687093	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
92	NC_015067	CGTGC	2	10	688649	688658	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_015067	TCTGG	2	10	688982	688991	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_015067	AGGTG	2	10	717405	717414	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015067	TTCGT	2	10	719565	719574	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_015067	GCACG	2	10	731816	731825	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_015067	GCTGG	2	10	762738	762747	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_015067	ATGCG	2	10	785489	785498	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_015067	CTCCC	2	10	791991	792000	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
100	NC_015067	CAACA	2	10	795978	795987	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_015067	CGAGC	2	10	806462	806471	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_015067	GATTA	2	10	811479	811488	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015067	CCATG	2	10	813470	813479	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_015067	CCATG	2	10	813632	813641	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_015067	CGATG	2	10	824057	824066	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015067	TTGCG	2	10	825583	825592	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_015067	ACGAA	2	10	828549	828558	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_015067	GTATT	2	10	851492	851501	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015067	GGCCC	2	10	866926	866935	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
110	NC_015067	AAAGG	2	10	874112	874121	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015067	CTAAG	2	10	876350	876359	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_015067	GTGCT	2	10	884805	884814	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_015067	GCAAG	2	10	921233	921242	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_015067	CGTTC	2	10	921243	921252	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_015067	GCCGT	2	10	933730	933739	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_015067	GCCGG	2	10	947353	947362	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
117	NC_015067	TGCAA	2	10	948426	948435	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_015067	AACGA	2	10	961107	961116	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_015067	GCACA	2	10	961920	961929	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
120	NC_015067	ATCGA	2	10	970371	970380	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_015067	GATTG	2	10	974010	974019	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015067	CCGGA	2	10	974020	974029	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_015067	CGTAT	2	10	979826	979835	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_015067	CTCTC	2	10	992068	992077	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
125	NC_015067	TCGCT	2	10	1008976	1008985	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_015067	CGCGG	2	10	1020635	1020644	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
127	NC_015067	AGGCG	2	10	1040502	1040511	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
128	NC_015067	GGTCG	2	10	1044124	1044133	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
129	NC_015067	GCTGC	2	10	1046088	1046097	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_015067	GATGC	2	10	1049548	1049557	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_015067	CGTAT	2	10	1049645	1049654	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_015067	GGCCG	2	10	1051354	1051363	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
133	NC_015067	AAGGA	2	10	1052013	1052022	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015067	GTCAT	2	10	1053036	1053045	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_015067	AGCAC	2	10	1055209	1055218	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_015067	GGTAG	2	10	1065510	1065519	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015067	AAGAA	2	10	1067319	1067328	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015067	GACCG	2	10	1073148	1073157	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
139	NC_015067	TTTCC	2	10	1086701	1086710	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_015067	TCTTT	2	10	1097965	1097974	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_015067	CCCTT	2	10	1104943	1104952	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
142	NC_015067	GGAGG	2	10	1105609	1105618	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
143	NC_015067	CCCGT	2	10	1119002	1119011	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
144	NC_015067	TTCCG	2	10	1119428	1119437	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
145	NC_015067	TTTCC	2	10	1120376	1120385	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_015067	CGGAC	2	10	1120933	1120942	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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155	NC_015067	CGTTT	2	10	1148339	1148348	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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277	NC_015067	GCATT	2	10	2146010	2146019	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
278	NC_015067	TTCCT	2	10	2146042	2146051	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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282	NC_015067	TCCCA	2	10	2193316	2193325	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
283	NC_015067	CGCTA	2	10	2200031	2200040	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
284	NC_015067	TGCGT	2	10	2201266	2201275	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
285	NC_015067	CGGCG	2	10	2204045	2204054	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
286	NC_015067	GCCGC	2	10	2204074	2204083	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
287	NC_015067	ATTTC	2	10	2227967	2227976	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
288	NC_015067	GCTCA	2	10	2228066	2228075	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
289	NC_015067	CCCAA	2	10	2241217	2241226	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
290	NC_015067	CACAT	2	10	2241404	2241413	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
291	NC_015067	GTGAT	2	10	2280380	2280389	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
292	NC_015067	AAGGA	2	10	2280471	2280480	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
293	NC_015067	CGCGC	2	10	2284004	2284013	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
294	NC_015067	CTCCC	2	10	2286978	2286987	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
295	NC_015067	TTCGA	2	10	2287642	2287651	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
296	NC_015067	CGCCA	2	10	2287728	2287737	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
297	NC_015067	TCCGC	2	10	2288239	2288248	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
298	NC_015067	CACGA	2	10	2288441	2288450	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
299	NC_015067	CCCAT	2	10	2289269	2289278	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
300	NC_015067	CAAAA	2	10	2289533	2289542	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
301	NC_015067	CTCCC	2	10	2293155	2293164	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
302	NC_015067	TTCGA	2	10	2293819	2293828	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
303	NC_015067	CGCCA	2	10	2293905	2293914	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
304	NC_015067	TCCGC	2	10	2294416	2294425	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
305	NC_015067	CACGA	2	10	2294618	2294627	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
306	NC_015067	CCCAT	2	10	2295446	2295455	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
307	NC_015067	CAAAA	2	10	2295710	2295719	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
308	NC_015067	ATACA	2	10	2310400	2310409	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
309	NC_015067	TCTCC	2	10	2314480	2314489	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
310	NC_015067	TCGCT	2	10	2317290	2317299	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
311	NC_015067	CTGTT	2	10	2348058	2348067	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
312	NC_015067	AAAAG	2	10	2348246	2348255	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
313	NC_015067	TTTTA	2	10	2358436	2358445	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_015067	TCGAT	2	10	2360168	2360177	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
315	NC_015067	CGGCT	2	10	2363937	2363946	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
316	NC_015067	TTTTC	2	10	2364278	2364287	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.