MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rahnella sp. Y9602 plasmid pRAHAQ02

Total Repeats: 43

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015063	CGCAAC	2	12	4169	4180	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	322836374
2	NC_015063	ACCGCC	2	12	6821	6832	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	322836376
3	NC_015063	GGACAG	2	12	15894	15905	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	322836389
4	NC_015063	TTGATT	2	12	18386	18397	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015063	CCCTTC	2	12	20062	20073	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	322836396
6	NC_015063	AATAAA	2	12	22802	22813	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	322836398
7	NC_015063	TGTCTC	2	12	25808	25819	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	322836401
8	NC_015063	ATGCTG	2	12	31859	31870	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	322836407
9	NC_015063	CGGTGC	2	12	33342	33353	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	322836408
10	NC_015063	AATGAA	2	12	35525	35536	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	322836410
11	NC_015063	AAGGAC	2	12	40403	40414	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	322836412
12	NC_015063	ATTAAA	2	12	43291	43302	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	322836416
13	NC_015063	GGAATT	2	12	46127	46138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015063	AATATT	2	12	55974	55985	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_015063	GCCACG	2	12	56558	56569	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	322836423
16	NC_015063	GATGGG	3	18	57165	57182	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	322836423
17	NC_015063	TTGCAG	2	12	60815	60826	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	322836427
18	NC_015063	CCTGAC	2	12	61921	61932	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
19	NC_015063	TGAAAA	2	12	62895	62906	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	322836429
20	NC_015063	GAACAG	2	12	64527	64538	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	322836431
21	NC_015063	CGACCG	2	12	64864	64875	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	322836431
22	NC_015063	TGCGCA	2	12	65265	65276	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_015063	AGAGAT	2	12	69133	69144	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	322836434
24	NC_015063	TCTCAA	2	12	75828	75839	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	322836438
25	NC_015063	AAAATT	2	12	76672	76683	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	322836439
26	NC_015063	CTTAAA	2	12	76958	76969	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_015063	GTCATA	2	12	78719	78730	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	322836441
28	NC_015063	GACAGA	2	12	80019	80030	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	322836442
29	NC_015063	AACGAT	2	12	83610	83621	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	322836447
30	NC_015063	ATTCCT	2	12	83938	83949	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	322836447
31	NC_015063	CATCCA	2	12	88810	88821	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	322836450
32	NC_015063	GCAACG	2	12	88838	88849	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322836450
33	NC_015063	CATTTG	2	12	102301	102312	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_015063	CAATAT	2	12	104419	104430	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	322836467
35	NC_015063	GCTTGA	2	12	117369	117380	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	322836480
36	NC_015063	CCGGCG	2	12	118943	118954	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_015063	AGCAAT	2	12	120950	120961	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_015063	CCAGGC	2	12	127275	127286	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	322836487
39	NC_015063	GCCAGA	2	12	127464	127475	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	322836488
40	NC_015063	GGCCGA	2	12	127849	127860	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	322836488
41	NC_015063	GGCCGA	2	12	128998	129009	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	322836489
42	NC_015063	TCGCAG	2	12	129045	129056	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	322836489
43	NC_015063	CGGGCG	2	12	129792	129803	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	322836490

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.