MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rahnella sp. Y9602 plasmid pRAHAQ02

Total Repeats: 90

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015063	GATTC	2	10	925	934	20 %	40 %	20 %	20 %	322836371
2	NC_015063	ATCCG	2	10	1478	1487	20 %	20 %	20 %	40 %	322836371
3	NC_015063	ATTGG	2	10	1747	1756	20 %	40 %	40 %	0 %	322836372
4	NC_015063	ATTTC	2	10	2741	2750	20 %	60 %	0 %	20 %	322836373
5	NC_015063	CGGGG	2	10	4957	4966	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
6	NC_015063	CGCGT	2	10	9189	9198	0 %	20 %	40 %	40 %	322836379
7	NC_015063	ATGGC	2	10	9284	9293	20 %	20 %	40 %	20 %	322836379
8	NC_015063	TCGCT	2	10	9668	9677	0 %	40 %	20 %	40 %	322836379
9	NC_015063	CAGGT	2	10	11083	11092	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_015063	TTCAT	2	10	12642	12651	20 %	60 %	0 %	20 %	322836384
11	NC_015063	ACCAG	2	10	13158	13167	40 %	0 %	20 %	40 %	322836385
12	NC_015063	CCTTT	2	10	13620	13629	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
13	NC_015063	CGACA	2	10	15238	15247	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_015063	TGCCG	2	10	16095	16104	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_015063	AAAAT	2	10	17252	17261	80 %	20 %	0 %	0 %	322836391
16	NC_015063	ACTTC	2	10	21611	21620	20 %	40 %	0 %	40 %	322836397
17	NC_015063	CACGT	2	10	25191	25200	20 %	20 %	20 %	40 %	322836401
18	NC_015063	CGGCG	2	10	28320	28329	0 %	0 %	60 %	40 %	322836404
19	NC_015063	CATTT	2	10	30039	30048	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_015063	AGAAA	2	10	30248	30257	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015063	CTTGC	2	10	31524	31533	0 %	40 %	20 %	40 %	322836407
22	NC_015063	ACCAC	2	10	35614	35623	40 %	0 %	0 %	60 %	322836410
23	NC_015063	CCATG	2	10	36404	36413	20 %	20 %	20 %	40 %	322836411
24	NC_015063	AATAT	2	10	37106	37115	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015063	CCCGT	2	10	37158	37167	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
26	NC_015063	AATGG	2	10	38378	38387	40 %	20 %	40 %	0 %	322836412
27	NC_015063	CACAC	2	10	39655	39664	40 %	0 %	0 %	60 %	322836412
28	NC_015063	GAGAA	2	10	41604	41613	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015063	CCATT	2	10	41703	41712	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
30	NC_015063	ATTTT	2	10	42436	42445	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015063	GGGAT	2	10	43511	43520	20 %	20 %	60 %	0 %	322836417
32	NC_015063	AGCAG	2	10	43795	43804	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_015063	AAAAC	2	10	44675	44684	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_015063	GGTAA	2	10	47905	47914	40 %	20 %	40 %	0 %	322836421
35	NC_015063	GGAGA	2	10	49981	49990	40 %	0 %	60 %	0 %	322836421
36	NC_015063	ACTGC	2	10	50050	50059	20 %	20 %	20 %	40 %	322836421
37	NC_015063	AGTAA	2	10	50206	50215	60 %	20 %	20 %	0 %	322836421
38	NC_015063	AACAG	2	10	52541	52550	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_015063	AAAGA	2	10	58521	58530	80 %	0 %	20 %	0 %	322836424
40	NC_015063	AGCCA	2	10	59334	59343	40 %	0 %	20 %	40 %	322836425
41	NC_015063	TGCAT	2	10	61554	61563	20 %	40 %	20 %	20 %	322836427
42	NC_015063	GATAA	2	10	62127	62136	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015063	GCCTG	2	10	64472	64481	0 %	20 %	40 %	40 %	322836431
44	NC_015063	CATTG	2	10	65500	65509	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015063	ACAGA	2	10	65693	65702	60 %	0 %	20 %	20 %	322836432
46	NC_015063	GTATT	2	10	66705	66714	20 %	60 %	20 %	0 %	322836432
47	NC_015063	TTAGA	2	10	69189	69198	40 %	40 %	20 %	0 %	322836434
48	NC_015063	GCGGT	2	10	70557	70566	0 %	20 %	60 %	20 %	322836435
49	NC_015063	GTCAG	2	10	71064	71073	20 %	20 %	40 %	20 %	322836435
50	NC_015063	AAAAC	2	10	71288	71297	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_015063	GAAGG	2	10	73990	73999	40 %	0 %	60 %	0 %	322836437
52	NC_015063	CATTT	2	10	74923	74932	20 %	60 %	0 %	20 %	322836437
53	NC_015063	TATGC	2	10	75010	75019	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015063	CCCAG	2	10	75288	75297	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
55	NC_015063	TGTTT	2	10	75309	75318	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015063	TGAAA	2	10	76360	76369	60 %	20 %	20 %	0 %	322836439
57	NC_015063	TAATA	2	10	77254	77263	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015063	GAATC	2	10	82168	82177	40 %	20 %	20 %	20 %	322836445
59	NC_015063	TCCCA	2	10	84407	84416	20 %	20 %	0 %	60 %	322836448
60	NC_015063	TGACC	2	10	85191	85200	20 %	20 %	20 %	40 %	322836448
61	NC_015063	GTACT	2	10	86120	86129	20 %	40 %	20 %	20 %	322836448
62	NC_015063	GAACA	2	10	87479	87488	60 %	0 %	20 %	20 %	322836449
63	NC_015063	AAGTG	2	10	93339	93348	40 %	20 %	40 %	0 %	322836455
64	NC_015063	AAATA	2	10	94169	94178	80 %	20 %	0 %	0 %	322836456
65	NC_015063	GAGAA	2	10	96941	96950	60 %	0 %	40 %	0 %	322836458
66	NC_015063	GGCGG	2	10	97385	97394	0 %	0 %	80 %	20 %	322836459
67	NC_015063	AAATA	2	10	98383	98392	80 %	20 %	0 %	0 %	322836459
68	NC_015063	GAGCA	2	10	99433	99442	40 %	0 %	40 %	20 %	322836461
69	NC_015063	GTTCA	2	10	99989	99998	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015063	CAGAA	2	10	100381	100390	60 %	0 %	20 %	20 %	322836462
71	NC_015063	CGTTA	2	10	101978	101987	20 %	40 %	20 %	20 %	322836464
72	NC_015063	ATGTT	2	10	103839	103848	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015063	ATAAA	2	10	108871	108880	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015063	CGGGT	2	10	109205	109214	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015063	GTTCA	2	10	110635	110644	20 %	40 %	20 %	20 %	322836474
76	NC_015063	AACCC	2	10	110869	110878	40 %	0 %	0 %	60 %	322836474
77	NC_015063	TCCCA	2	10	115135	115144	20 %	20 %	0 %	60 %	322836477
78	NC_015063	TGAGT	2	10	115995	116004	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015063	AAGCA	2	10	119058	119067	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015063	AGCGC	2	10	119323	119332	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_015063	GCAGG	2	10	119679	119688	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
82	NC_015063	AGCGA	2	10	119911	119920	40 %	0 %	40 %	20 %	322836483
83	NC_015063	TCCAA	2	10	121974	121983	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_015063	GAAAG	2	10	125850	125859	60 %	0 %	40 %	0 %	322836486
85	NC_015063	GGATG	2	10	126754	126763	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015063	GCCGC	2	10	127533	127542	0 %	0 %	40 %	60 %	322836488
87	NC_015063	TGCTT	2	10	128632	128641	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_015063	TGCAC	2	10	128651	128660	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_015063	TGCAG	2	10	128688	128697	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015063	GGGCT	2	10	129610	129619	0 %	20 %	60 %	20 %	322836490

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.