MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Rahnella sp. Y9602 plasmid pRAHAQ02

Total Repeats: 329

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015063	TGTT	2	8	2	9	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015063	CCGG	2	8	279	286	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015063	TGGA	2	8	1420	1427	25 %	25 %	50 %	0 %	322836371
4	NC_015063	GGCT	2	8	1506	1513	0 %	25 %	50 %	25 %	322836371
5	NC_015063	GCCA	2	8	2242	2249	25 %	0 %	25 %	50 %	322836372
6	NC_015063	ATCT	2	8	2546	2553	25 %	50 %	0 %	25 %	322836372
7	NC_015063	TCTG	2	8	2618	2625	0 %	50 %	25 %	25 %	322836373
8	NC_015063	CAAT	2	8	3056	3063	50 %	25 %	0 %	25 %	322836373
9	NC_015063	GCCT	2	8	3225	3232	0 %	25 %	25 %	50 %	322836373
10	NC_015063	TGAT	2	8	3589	3596	25 %	50 %	25 %	0 %	322836374
11	NC_015063	TCTT	2	8	3914	3921	0 %	75 %	0 %	25 %	322836374
12	NC_015063	TCGT	2	8	4101	4108	0 %	50 %	25 %	25 %	322836374
13	NC_015063	TGAA	2	8	5614	5621	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015063	GCTG	2	8	5720	5727	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_015063	AATC	2	8	6550	6557	50 %	25 %	0 %	25 %	322836376
16	NC_015063	AGCC	2	8	7148	7155	25 %	0 %	25 %	50 %	322836377
17	NC_015063	TGGG	2	8	7194	7201	0 %	25 %	75 %	0 %	322836377
18	NC_015063	GTTG	2	8	7258	7265	0 %	50 %	50 %	0 %	322836377
19	NC_015063	AGTC	2	8	7625	7632	25 %	25 %	25 %	25 %	322836377
20	NC_015063	GCAA	2	8	8088	8095	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_015063	CCAC	2	8	8595	8602	25 %	0 %	0 %	75 %	322836378
22	NC_015063	GCGA	2	8	8890	8897	25 %	0 %	50 %	25 %	322836378
23	NC_015063	TGCA	2	8	8975	8982	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_015063	GGTC	2	8	9737	9744	0 %	25 %	50 %	25 %	322836379
25	NC_015063	CGCC	2	8	10251	10258	0 %	0 %	25 %	75 %	322836380
26	NC_015063	GGCC	2	8	10313	10320	0 %	0 %	50 %	50 %	322836380
27	NC_015063	TCAA	2	8	10648	10655	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_015063	GGCG	2	8	11751	11758	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
29	NC_015063	ATGC	2	8	12769	12776	25 %	25 %	25 %	25 %	322836384
30	NC_015063	CCAC	2	8	13455	13462	25 %	0 %	0 %	75 %	322836386
31	NC_015063	TTCC	2	8	13503	13510	0 %	50 %	0 %	50 %	322836386
32	NC_015063	AGTG	2	8	13835	13842	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015063	CAGC	2	8	14028	14035	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
34	NC_015063	CCCG	2	8	14427	14434	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
35	NC_015063	CTTA	2	8	14445	14452	25 %	50 %	0 %	25 %	322836387
36	NC_015063	GTAC	2	8	15150	15157	25 %	25 %	25 %	25 %	322836388
37	NC_015063	GAAG	2	8	15301	15308	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_015063	GGCT	2	8	15311	15318	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_015063	CGCC	2	8	15856	15863	0 %	0 %	25 %	75 %	322836389
40	NC_015063	CTGC	2	8	16773	16780	0 %	25 %	25 %	50 %	322836391
41	NC_015063	ACTG	2	8	17116	17123	25 %	25 %	25 %	25 %	322836391
42	NC_015063	CGGT	2	8	17216	17223	0 %	25 %	50 %	25 %	322836391
43	NC_015063	CCGG	2	8	17354	17361	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_015063	GCAG	2	8	17397	17404	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_015063	GAAT	2	8	17779	17786	50 %	25 %	25 %	0 %	322836392
46	NC_015063	GAAC	2	8	18273	18280	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_015063	GCTT	2	8	18406	18413	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_015063	CAGC	2	8	18755	18762	25 %	0 %	25 %	50 %	322836394
49	NC_015063	TGGT	2	8	19225	19232	0 %	50 %	50 %	0 %	322836394
50	NC_015063	AGAA	2	8	19654	19661	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015063	TTAC	2	8	19749	19756	25 %	50 %	0 %	25 %	322836395
52	NC_015063	GGCA	2	8	20107	20114	25 %	0 %	50 %	25 %	322836396
53	NC_015063	CCAC	2	8	20549	20556	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
54	NC_015063	GGCA	2	8	20940	20947	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_015063	TATT	2	8	21135	21142	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015063	ATAA	2	8	21231	21238	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015063	CTGA	2	8	22148	22155	25 %	25 %	25 %	25 %	322836397
58	NC_015063	ACCA	2	8	22625	22632	50 %	0 %	0 %	50 %	322836398
59	NC_015063	TCAA	2	8	22656	22663	50 %	25 %	0 %	25 %	322836398
60	NC_015063	AAGA	2	8	22773	22780	75 %	0 %	25 %	0 %	322836398
61	NC_015063	CTTC	2	8	23461	23468	0 %	50 %	0 %	50 %	322836398
62	NC_015063	TTCT	2	8	23503	23510	0 %	75 %	0 %	25 %	322836398
63	NC_015063	CTGA	2	8	23800	23807	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_015063	AACG	2	8	24025	24032	50 %	0 %	25 %	25 %	322836399
65	NC_015063	GAAG	2	8	24496	24503	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015063	TAAG	2	8	24695	24702	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_015063	TGAC	2	8	24857	24864	25 %	25 %	25 %	25 %	322836401
68	NC_015063	CCTT	2	8	25000	25007	0 %	50 %	0 %	50 %	322836401
69	NC_015063	TATT	2	8	26087	26094	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015063	TGGT	2	8	26423	26430	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015063	AGAA	2	8	26441	26448	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015063	AAGC	2	8	27440	27447	50 %	0 %	25 %	25 %	322836403
73	NC_015063	AGTG	2	8	27618	27625	25 %	25 %	50 %	0 %	322836403
74	NC_015063	TTTC	2	8	27876	27883	0 %	75 %	0 %	25 %	322836404
75	NC_015063	GTCG	2	8	28153	28160	0 %	25 %	50 %	25 %	322836404
76	NC_015063	CCGC	2	8	28414	28421	0 %	0 %	25 %	75 %	322836404
77	NC_015063	AATA	2	8	29207	29214	75 %	25 %	0 %	0 %	322836405
78	NC_015063	TAAA	2	8	29386	29393	75 %	25 %	0 %	0 %	322836405
79	NC_015063	TCCA	2	8	29576	29583	25 %	25 %	0 %	50 %	322836405
80	NC_015063	AAGA	2	8	30158	30165	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015063	ATAA	2	8	30503	30510	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015063	ATCA	2	8	30884	30891	50 %	25 %	0 %	25 %	322836406
83	NC_015063	GTTG	3	12	31052	31063	0 %	50 %	50 %	0 %	322836406
84	NC_015063	CAGC	2	8	31188	31195	25 %	0 %	25 %	50 %	322836406
85	NC_015063	ATGT	2	8	31757	31764	25 %	50 %	25 %	0 %	322836407
86	NC_015063	TGCG	2	8	32154	32161	0 %	25 %	50 %	25 %	322836407
87	NC_015063	GCCT	2	8	32579	32586	0 %	25 %	25 %	50 %	322836408
88	NC_015063	GCAG	2	8	32743	32750	25 %	0 %	50 %	25 %	322836408
89	NC_015063	GAAT	2	8	32941	32948	50 %	25 %	25 %	0 %	322836408
90	NC_015063	CTGT	2	8	34052	34059	0 %	50 %	25 %	25 %	322836408
91	NC_015063	GAAG	2	8	35389	35396	50 %	0 %	50 %	0 %	322836409
92	NC_015063	CCTC	2	8	36701	36708	0 %	25 %	0 %	75 %	322836411
93	NC_015063	AGAT	2	8	37130	37137	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015063	TTGT	2	8	37386	37393	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015063	ACCA	2	8	38074	38081	50 %	0 %	0 %	50 %	322836412
96	NC_015063	CTAC	2	8	39693	39700	25 %	25 %	0 %	50 %	322836412
97	NC_015063	CCAA	2	8	39969	39976	50 %	0 %	0 %	50 %	322836412
98	NC_015063	ATGT	2	8	40088	40095	25 %	50 %	25 %	0 %	322836412
99	NC_015063	GTTG	2	8	40221	40228	0 %	50 %	50 %	0 %	322836412
100	NC_015063	TTAT	2	8	41319	41326	25 %	75 %	0 %	0 %	322836414
101	NC_015063	TGTA	2	8	41483	41490	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015063	AACG	2	8	41637	41644	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_015063	TCAA	2	8	42193	42200	50 %	25 %	0 %	25 %	322836415
104	NC_015063	ATTT	2	8	42806	42813	25 %	75 %	0 %	0 %	322836416
105	NC_015063	GACT	2	8	42901	42908	25 %	25 %	25 %	25 %	322836416
106	NC_015063	CTTT	2	8	43105	43112	0 %	75 %	0 %	25 %	322836416
107	NC_015063	GAAA	2	8	43148	43155	75 %	0 %	25 %	0 %	322836416
108	NC_015063	TTTA	2	8	43552	43559	25 %	75 %	0 %	0 %	322836417
109	NC_015063	GCCC	2	8	44443	44450	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
110	NC_015063	ATAA	2	8	44556	44563	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015063	AAAT	2	8	45310	45317	75 %	25 %	0 %	0 %	322836419
112	NC_015063	AGGC	2	8	45930	45937	25 %	0 %	50 %	25 %	322836420
113	NC_015063	ATTC	2	8	46054	46061	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_015063	ATTT	2	8	46727	46734	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015063	GGTA	2	8	46943	46950	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_015063	TGGT	2	8	47237	47244	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015063	TTAA	2	8	47364	47371	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015063	ACGA	2	8	47426	47433	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_015063	ATGA	2	8	47473	47480	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015063	CAGT	2	8	47547	47554	25 %	25 %	25 %	25 %	322836421
121	NC_015063	AAAT	2	8	47600	47607	75 %	25 %	0 %	0 %	322836421
122	NC_015063	GACA	2	8	47676	47683	50 %	0 %	25 %	25 %	322836421
123	NC_015063	ACAG	2	8	47822	47829	50 %	0 %	25 %	25 %	322836421
124	NC_015063	CAGA	2	8	48181	48188	50 %	0 %	25 %	25 %	322836421
125	NC_015063	CAGC	2	8	48225	48232	25 %	0 %	25 %	50 %	322836421
126	NC_015063	TGGC	2	8	48500	48507	0 %	25 %	50 %	25 %	322836421
127	NC_015063	GAGG	2	8	48607	48614	25 %	0 %	75 %	0 %	322836421
128	NC_015063	GTTT	2	8	48824	48831	0 %	75 %	25 %	0 %	322836421
129	NC_015063	TGGC	2	8	49572	49579	0 %	25 %	50 %	25 %	322836421
130	NC_015063	GAAA	2	8	50115	50122	75 %	0 %	25 %	0 %	322836421
131	NC_015063	AATC	2	8	50142	50149	50 %	25 %	0 %	25 %	322836421
132	NC_015063	TAAT	2	8	50438	50445	50 %	50 %	0 %	0 %	322836421
133	NC_015063	CCTG	2	8	50504	50511	0 %	25 %	25 %	50 %	322836421
134	NC_015063	GAAA	2	8	50619	50626	75 %	0 %	25 %	0 %	322836421
135	NC_015063	CAGC	2	8	50630	50637	25 %	0 %	25 %	50 %	322836421
136	NC_015063	GCCT	2	8	50992	50999	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
137	NC_015063	AACC	2	8	52168	52175	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_015063	GACA	2	8	52215	52222	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_015063	GACG	2	8	52775	52782	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
140	NC_015063	TACG	2	8	52805	52812	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_015063	AGAT	2	8	53087	53094	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015063	GAAC	2	8	53418	53425	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_015063	ATTT	2	8	53774	53781	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015063	CAAA	2	8	54062	54069	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_015063	CAAA	2	8	54140	54147	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_015063	GTTG	2	8	54719	54726	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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287	NC_015063	TAAA	2	8	115982	115989	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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295	NC_015063	TGGT	2	8	119668	119675	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_015063	GGAT	2	8	122646	122653	25 %	25 %	50 %	0 %	322836484
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319	NC_015063	CCCG	2	8	129659	129666	0 %	0 %	25 %	75 %	322836490
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321	NC_015063	CGAT	2	8	130882	130889	25 %	25 %	25 %	25 %	322836492
322	NC_015063	GGTT	2	8	131234	131241	0 %	50 %	50 %	0 %	322836493
323	NC_015063	TCAG	2	8	131706	131713	25 %	25 %	25 %	25 %	322836493
324	NC_015063	GATA	2	8	132056	132063	50 %	25 %	25 %	0 %	322836493
325	NC_015063	CTTC	2	8	132088	132095	0 %	50 %	0 %	50 %	322836493
326	NC_015063	GAAG	2	8	132191	132198	50 %	0 %	50 %	0 %	322836493
327	NC_015063	TCAG	2	8	132561	132568	25 %	25 %	25 %	25 %	322836493
328	NC_015063	ATAA	2	8	132678	132685	75 %	25 %	0 %	0 %	322836494
329	NC_015063	CCTT	2	8	133285	133292	0 %	50 %	0 %	50 %	322836494

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.