MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rahnella sp. Y9602 plasmid pRAHAQ02

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015063	TGTT	2	8	2	9	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015063	CCGG	2	8	279	286	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015063	TGAA	2	8	5614	5621	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015063	GCTG	2	8	5720	5727	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_015063	GCAA	2	8	8088	8095	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_015063	TGCA	2	8	8975	8982	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_015063	TCAA	2	8	10648	10655	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_015063	GGCG	2	8	11751	11758	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
9	NC_015063	AGTG	2	8	13835	13842	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015063	CAGC	2	8	14028	14035	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_015063	CCCG	2	8	14427	14434	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
12	NC_015063	GAAG	2	8	15301	15308	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015063	GGCT	2	8	15311	15318	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_015063	CCGG	2	8	17354	17361	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
15	NC_015063	GCAG	2	8	17397	17404	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_015063	GAAC	2	8	18273	18280	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_015063	GCTT	2	8	18406	18413	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_015063	AGAA	2	8	19654	19661	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015063	CCAC	2	8	20549	20556	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
20	NC_015063	GGCA	2	8	20940	20947	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_015063	TATT	2	8	21135	21142	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015063	ATAA	2	8	21231	21238	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015063	CTGA	2	8	23800	23807	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_015063	GAAG	2	8	24496	24503	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015063	TAAG	2	8	24695	24702	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_015063	TATT	2	8	26087	26094	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_015063	TGGT	2	8	26423	26430	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015063	AGAA	2	8	26441	26448	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_015063	AAGA	2	8	30158	30165	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015063	ATAA	2	8	30503	30510	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_015063	AGAT	2	8	37130	37137	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_015063	TTGT	2	8	37386	37393	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015063	TGTA	2	8	41483	41490	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015063	AACG	2	8	41637	41644	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_015063	GCCC	2	8	44443	44450	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
36	NC_015063	ATAA	2	8	44556	44563	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015063	ATTC	2	8	46054	46061	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_015063	ATTT	2	8	46727	46734	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015063	GGTA	2	8	46943	46950	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015063	TGGT	2	8	47237	47244	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015063	TTAA	2	8	47364	47371	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_015063	ACGA	2	8	47426	47433	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_015063	ATGA	2	8	47473	47480	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_015063	GCCT	2	8	50992	50999	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_015063	AACC	2	8	52168	52175	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_015063	GACA	2	8	52215	52222	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_015063	GACG	2	8	52775	52782	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
48	NC_015063	TACG	2	8	52805	52812	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_015063	AGAT	2	8	53087	53094	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015063	GAAC	2	8	53418	53425	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_015063	ATTT	2	8	53774	53781	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015063	CAAA	2	8	54062	54069	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_015063	CAAA	2	8	54140	54147	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_015063	GTTG	2	8	54719	54726	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015063	GATG	2	8	55654	55661	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015063	GTCT	2	8	58002	58009	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_015063	AATG	2	8	61891	61898	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_015063	CCAA	2	8	62274	62281	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_015063	TTTC	2	8	65414	65421	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_015063	ACTG	2	8	68230	68237	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_015063	TTGA	2	8	68360	68367	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015063	GTCT	2	8	69229	69236	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_015063	GTTT	2	8	69271	69278	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015063	TGGG	2	8	69368	69375	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015063	TTTA	2	8	69457	69464	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015063	CCTT	2	8	74971	74978	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_015063	TAAT	2	8	75430	75437	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015063	AATG	2	8	75486	75493	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015063	AATG	2	8	76994	77001	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015063	TGAA	2	8	77438	77445	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015063	ATTG	2	8	82663	82670	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015063	CGGT	2	8	87335	87342	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_015063	AGTG	2	8	87373	87380	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_015063	TTTC	2	8	88214	88221	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_015063	GAAT	2	8	97230	97237	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015063	AAAT	2	8	98439	98446	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015063	AATA	2	8	100952	100959	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015063	GCTT	2	8	102341	102348	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_015063	TAAG	2	8	102374	102381	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015063	AGGG	2	8	102987	102994	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015063	ATTC	2	8	103778	103785	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_015063	TGAG	2	8	104937	104944	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015063	CAGT	2	8	107144	107151	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_015063	ATTG	2	8	109277	109284	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_015063	AGGA	2	8	112345	112352	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015063	AATA	2	8	112476	112483	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_015063	AGCA	2	8	112503	112510	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_015063	GCTT	2	8	112679	112686	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_015063	ATAA	2	8	113046	113053	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015063	AACA	2	8	113460	113467	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_015063	CATT	2	8	114695	114702	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_015063	TAAA	2	8	114955	114962	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_015063	TTAA	2	8	115354	115361	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015063	GCCG	2	8	115488	115495	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
95	NC_015063	ACAG	2	8	115687	115694	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_015063	TTCA	2	8	115806	115813	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_015063	TAAA	2	8	115982	115989	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_015063	AGAA	2	8	119099	119106	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_015063	GAGC	2	8	119247	119254	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
100	NC_015063	TGGT	2	8	119668	119675	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015063	AAAT	2	8	120408	120415	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015063	CCAA	2	8	121249	121256	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_015063	ATTG	2	8	124124	124131	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015063	CGCC	2	8	124145	124152	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
105	NC_015063	ATCC	2	8	125288	125295	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_015063	CGCC	2	8	126582	126589	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
107	NC_015063	CCCG	2	8	126685	126692	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
108	NC_015063	GAAC	2	8	126875	126882	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_015063	ACTC	2	8	128612	128619	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.