MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Rahnella sp. Y9602 plasmid pRAHAQ02

Total Repeats: 220

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015063	TGGA	2	8	1420	1427	25 %	25 %	50 %	0 %	322836371
2	NC_015063	GGCT	2	8	1506	1513	0 %	25 %	50 %	25 %	322836371
3	NC_015063	GCCA	2	8	2242	2249	25 %	0 %	25 %	50 %	322836372
4	NC_015063	ATCT	2	8	2546	2553	25 %	50 %	0 %	25 %	322836372
5	NC_015063	TCTG	2	8	2618	2625	0 %	50 %	25 %	25 %	322836373
6	NC_015063	CAAT	2	8	3056	3063	50 %	25 %	0 %	25 %	322836373
7	NC_015063	GCCT	2	8	3225	3232	0 %	25 %	25 %	50 %	322836373
8	NC_015063	TGAT	2	8	3589	3596	25 %	50 %	25 %	0 %	322836374
9	NC_015063	TCTT	2	8	3914	3921	0 %	75 %	0 %	25 %	322836374
10	NC_015063	TCGT	2	8	4101	4108	0 %	50 %	25 %	25 %	322836374
11	NC_015063	AATC	2	8	6550	6557	50 %	25 %	0 %	25 %	322836376
12	NC_015063	AGCC	2	8	7148	7155	25 %	0 %	25 %	50 %	322836377
13	NC_015063	TGGG	2	8	7194	7201	0 %	25 %	75 %	0 %	322836377
14	NC_015063	GTTG	2	8	7258	7265	0 %	50 %	50 %	0 %	322836377
15	NC_015063	AGTC	2	8	7625	7632	25 %	25 %	25 %	25 %	322836377
16	NC_015063	CCAC	2	8	8595	8602	25 %	0 %	0 %	75 %	322836378
17	NC_015063	GCGA	2	8	8890	8897	25 %	0 %	50 %	25 %	322836378
18	NC_015063	GGTC	2	8	9737	9744	0 %	25 %	50 %	25 %	322836379
19	NC_015063	CGCC	2	8	10251	10258	0 %	0 %	25 %	75 %	322836380
20	NC_015063	GGCC	2	8	10313	10320	0 %	0 %	50 %	50 %	322836380
21	NC_015063	ATGC	2	8	12769	12776	25 %	25 %	25 %	25 %	322836384
22	NC_015063	CCAC	2	8	13455	13462	25 %	0 %	0 %	75 %	322836386
23	NC_015063	TTCC	2	8	13503	13510	0 %	50 %	0 %	50 %	322836386
24	NC_015063	CTTA	2	8	14445	14452	25 %	50 %	0 %	25 %	322836387
25	NC_015063	GTAC	2	8	15150	15157	25 %	25 %	25 %	25 %	322836388
26	NC_015063	CGCC	2	8	15856	15863	0 %	0 %	25 %	75 %	322836389
27	NC_015063	CTGC	2	8	16773	16780	0 %	25 %	25 %	50 %	322836391
28	NC_015063	ACTG	2	8	17116	17123	25 %	25 %	25 %	25 %	322836391
29	NC_015063	CGGT	2	8	17216	17223	0 %	25 %	50 %	25 %	322836391
30	NC_015063	GAAT	2	8	17779	17786	50 %	25 %	25 %	0 %	322836392
31	NC_015063	CAGC	2	8	18755	18762	25 %	0 %	25 %	50 %	322836394
32	NC_015063	TGGT	2	8	19225	19232	0 %	50 %	50 %	0 %	322836394
33	NC_015063	TTAC	2	8	19749	19756	25 %	50 %	0 %	25 %	322836395
34	NC_015063	GGCA	2	8	20107	20114	25 %	0 %	50 %	25 %	322836396
35	NC_015063	CTGA	2	8	22148	22155	25 %	25 %	25 %	25 %	322836397
36	NC_015063	ACCA	2	8	22625	22632	50 %	0 %	0 %	50 %	322836398
37	NC_015063	TCAA	2	8	22656	22663	50 %	25 %	0 %	25 %	322836398
38	NC_015063	AAGA	2	8	22773	22780	75 %	0 %	25 %	0 %	322836398
39	NC_015063	CTTC	2	8	23461	23468	0 %	50 %	0 %	50 %	322836398
40	NC_015063	TTCT	2	8	23503	23510	0 %	75 %	0 %	25 %	322836398
41	NC_015063	AACG	2	8	24025	24032	50 %	0 %	25 %	25 %	322836399
42	NC_015063	TGAC	2	8	24857	24864	25 %	25 %	25 %	25 %	322836401
43	NC_015063	CCTT	2	8	25000	25007	0 %	50 %	0 %	50 %	322836401
44	NC_015063	AAGC	2	8	27440	27447	50 %	0 %	25 %	25 %	322836403
45	NC_015063	AGTG	2	8	27618	27625	25 %	25 %	50 %	0 %	322836403
46	NC_015063	TTTC	2	8	27876	27883	0 %	75 %	0 %	25 %	322836404
47	NC_015063	GTCG	2	8	28153	28160	0 %	25 %	50 %	25 %	322836404
48	NC_015063	CCGC	2	8	28414	28421	0 %	0 %	25 %	75 %	322836404
49	NC_015063	AATA	2	8	29207	29214	75 %	25 %	0 %	0 %	322836405
50	NC_015063	TAAA	2	8	29386	29393	75 %	25 %	0 %	0 %	322836405
51	NC_015063	TCCA	2	8	29576	29583	25 %	25 %	0 %	50 %	322836405
52	NC_015063	ATCA	2	8	30884	30891	50 %	25 %	0 %	25 %	322836406
53	NC_015063	GTTG	3	12	31052	31063	0 %	50 %	50 %	0 %	322836406
54	NC_015063	CAGC	2	8	31188	31195	25 %	0 %	25 %	50 %	322836406
55	NC_015063	ATGT	2	8	31757	31764	25 %	50 %	25 %	0 %	322836407
56	NC_015063	TGCG	2	8	32154	32161	0 %	25 %	50 %	25 %	322836407
57	NC_015063	GCCT	2	8	32579	32586	0 %	25 %	25 %	50 %	322836408
58	NC_015063	GCAG	2	8	32743	32750	25 %	0 %	50 %	25 %	322836408
59	NC_015063	GAAT	2	8	32941	32948	50 %	25 %	25 %	0 %	322836408
60	NC_015063	CTGT	2	8	34052	34059	0 %	50 %	25 %	25 %	322836408
61	NC_015063	GAAG	2	8	35389	35396	50 %	0 %	50 %	0 %	322836409
62	NC_015063	CCTC	2	8	36701	36708	0 %	25 %	0 %	75 %	322836411
63	NC_015063	ACCA	2	8	38074	38081	50 %	0 %	0 %	50 %	322836412
64	NC_015063	CTAC	2	8	39693	39700	25 %	25 %	0 %	50 %	322836412
65	NC_015063	CCAA	2	8	39969	39976	50 %	0 %	0 %	50 %	322836412
66	NC_015063	ATGT	2	8	40088	40095	25 %	50 %	25 %	0 %	322836412
67	NC_015063	GTTG	2	8	40221	40228	0 %	50 %	50 %	0 %	322836412
68	NC_015063	TTAT	2	8	41319	41326	25 %	75 %	0 %	0 %	322836414
69	NC_015063	TCAA	2	8	42193	42200	50 %	25 %	0 %	25 %	322836415
70	NC_015063	ATTT	2	8	42806	42813	25 %	75 %	0 %	0 %	322836416
71	NC_015063	GACT	2	8	42901	42908	25 %	25 %	25 %	25 %	322836416
72	NC_015063	CTTT	2	8	43105	43112	0 %	75 %	0 %	25 %	322836416
73	NC_015063	GAAA	2	8	43148	43155	75 %	0 %	25 %	0 %	322836416
74	NC_015063	TTTA	2	8	43552	43559	25 %	75 %	0 %	0 %	322836417
75	NC_015063	AAAT	2	8	45310	45317	75 %	25 %	0 %	0 %	322836419
76	NC_015063	AGGC	2	8	45930	45937	25 %	0 %	50 %	25 %	322836420
77	NC_015063	CAGT	2	8	47547	47554	25 %	25 %	25 %	25 %	322836421
78	NC_015063	AAAT	2	8	47600	47607	75 %	25 %	0 %	0 %	322836421
79	NC_015063	GACA	2	8	47676	47683	50 %	0 %	25 %	25 %	322836421
80	NC_015063	ACAG	2	8	47822	47829	50 %	0 %	25 %	25 %	322836421
81	NC_015063	CAGA	2	8	48181	48188	50 %	0 %	25 %	25 %	322836421
82	NC_015063	CAGC	2	8	48225	48232	25 %	0 %	25 %	50 %	322836421
83	NC_015063	TGGC	2	8	48500	48507	0 %	25 %	50 %	25 %	322836421
84	NC_015063	GAGG	2	8	48607	48614	25 %	0 %	75 %	0 %	322836421
85	NC_015063	GTTT	2	8	48824	48831	0 %	75 %	25 %	0 %	322836421
86	NC_015063	TGGC	2	8	49572	49579	0 %	25 %	50 %	25 %	322836421
87	NC_015063	GAAA	2	8	50115	50122	75 %	0 %	25 %	0 %	322836421
88	NC_015063	AATC	2	8	50142	50149	50 %	25 %	0 %	25 %	322836421
89	NC_015063	TAAT	2	8	50438	50445	50 %	50 %	0 %	0 %	322836421
90	NC_015063	CCTG	2	8	50504	50511	0 %	25 %	25 %	50 %	322836421
91	NC_015063	GAAA	2	8	50619	50626	75 %	0 %	25 %	0 %	322836421
92	NC_015063	CAGC	2	8	50630	50637	25 %	0 %	25 %	50 %	322836421
93	NC_015063	CAGC	2	8	59378	59385	25 %	0 %	25 %	50 %	322836425
94	NC_015063	GAAT	2	8	59420	59427	50 %	25 %	25 %	0 %	322836425
95	NC_015063	AAAC	2	8	60046	60053	75 %	0 %	0 %	25 %	322836426
96	NC_015063	GGTC	2	8	60133	60140	0 %	25 %	50 %	25 %	322836426
97	NC_015063	AAAG	2	8	60745	60752	75 %	0 %	25 %	0 %	322836426
98	NC_015063	GCTC	2	8	61081	61088	0 %	25 %	25 %	50 %	322836427
99	NC_015063	ATCG	2	8	61411	61418	25 %	25 %	25 %	25 %	322836427
100	NC_015063	AGGC	2	8	62044	62051	25 %	0 %	50 %	25 %	322836428
101	NC_015063	GTCT	2	8	62346	62353	0 %	50 %	25 %	25 %	322836429
102	NC_015063	ATGC	2	8	62504	62511	25 %	25 %	25 %	25 %	322836429
103	NC_015063	TACA	2	8	62554	62561	50 %	25 %	0 %	25 %	322836429
104	NC_015063	CAGC	2	8	62568	62575	25 %	0 %	25 %	50 %	322836429
105	NC_015063	TGAT	2	8	62627	62634	25 %	50 %	25 %	0 %	322836429
106	NC_015063	AATC	2	8	62979	62986	50 %	25 %	0 %	25 %	322836429
107	NC_015063	AAAG	2	8	64995	65002	75 %	0 %	25 %	0 %	322836431
108	NC_015063	GGGA	2	8	65151	65158	25 %	0 %	75 %	0 %	322836431
109	NC_015063	ACTA	2	8	65923	65930	50 %	25 %	0 %	25 %	322836432
110	NC_015063	GCGA	2	8	66221	66228	25 %	0 %	50 %	25 %	322836432
111	NC_015063	ATTC	2	8	66563	66570	25 %	50 %	0 %	25 %	322836432
112	NC_015063	TTAT	2	8	66626	66633	25 %	75 %	0 %	0 %	322836432
113	NC_015063	TGTT	2	8	66741	66748	0 %	75 %	25 %	0 %	322836432
114	NC_015063	CATG	3	12	66921	66932	25 %	25 %	25 %	25 %	322836432
115	NC_015063	ATTG	2	8	67037	67044	25 %	50 %	25 %	0 %	322836432
116	NC_015063	AAGA	2	8	67103	67110	75 %	0 %	25 %	0 %	322836432
117	NC_015063	AATA	2	8	67544	67551	75 %	25 %	0 %	0 %	322836433
118	NC_015063	TGGA	2	8	68868	68875	25 %	25 %	50 %	0 %	322836434
119	NC_015063	TGTC	2	8	69748	69755	0 %	50 %	25 %	25 %	322836435
120	NC_015063	ATTT	2	8	69781	69788	25 %	75 %	0 %	0 %	322836435
121	NC_015063	CGGC	2	8	69949	69956	0 %	0 %	50 %	50 %	322836435
122	NC_015063	CGGA	2	8	70023	70030	25 %	0 %	50 %	25 %	322836435
123	NC_015063	TGGC	2	8	70034	70041	0 %	25 %	50 %	25 %	322836435
124	NC_015063	CGGA	2	8	70200	70207	25 %	0 %	50 %	25 %	322836435
125	NC_015063	CGCT	2	8	70635	70642	0 %	25 %	25 %	50 %	322836435
126	NC_015063	TGGC	2	8	70860	70867	0 %	25 %	50 %	25 %	322836435
127	NC_015063	CGTT	2	8	72303	72310	0 %	50 %	25 %	25 %	322836436
128	NC_015063	GACA	2	8	73149	73156	50 %	0 %	25 %	25 %	322836436
129	NC_015063	ATCT	2	8	74673	74680	25 %	50 %	0 %	25 %	322836437
130	NC_015063	AATA	2	8	74853	74860	75 %	25 %	0 %	0 %	322836437
131	NC_015063	TAAA	2	8	76815	76822	75 %	25 %	0 %	0 %	322836439
132	NC_015063	CGGT	2	8	77974	77981	0 %	25 %	50 %	25 %	322836440
133	NC_015063	ACTG	2	8	78071	78078	25 %	25 %	25 %	25 %	322836440
134	NC_015063	GGGT	2	8	78877	78884	0 %	25 %	75 %	0 %	322836441
135	NC_015063	GTTC	2	8	79621	79628	0 %	50 %	25 %	25 %	322836442
136	NC_015063	CATT	2	8	80992	80999	25 %	50 %	0 %	25 %	322836443
137	NC_015063	TCGC	2	8	81161	81168	0 %	25 %	25 %	50 %	322836444
138	NC_015063	CAGC	2	8	81182	81189	25 %	0 %	25 %	50 %	322836444
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.