MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rahnella sp. Y9602 plasmid pRAHAQ01

Total Repeats: 48

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015062	TCATT	2	10	8279	8288	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_015062	CAGCG	2	10	20774	20783	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_015062	GTTTT	2	10	26000	26009	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015062	CTTCT	2	10	68493	68502	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_015062	GCAGA	2	10	70740	70749	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_015062	ACGGC	2	10	73387	73396	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_015062	TAAGT	2	10	77820	77829	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_015062	CAAAC	2	10	94768	94777	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_015062	CAGCA	2	10	99850	99859	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_015062	TTTGC	2	10	111691	111700	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015062	CGGGT	2	10	112107	112116	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015062	TTCCC	2	10	162847	162856	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
13	NC_015062	CCCCA	2	10	165794	165803	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
14	NC_015062	CATTG	2	10	197915	197924	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_015062	TGGGG	2	10	199365	199374	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015062	GGGGA	2	10	203034	203043	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015062	CACAA	2	10	206924	206933	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_015062	TTTTA	2	10	208856	208865	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_015062	CTCAT	2	10	233544	233553	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_015062	CATTA	2	10	234435	234444	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_015062	ATGTG	2	10	251299	251308	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015062	TTTAT	2	10	279833	279842	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_015062	TAATC	2	10	279882	279891	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_015062	GTAAA	2	10	296976	296985	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015062	GACGT	2	10	297562	297571	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015062	AAACA	2	10	298139	298148	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_015062	CTCTG	2	10	322542	322551	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_015062	CCAGT	2	10	327290	327299	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
29	NC_015062	AAAAG	2	10	327505	327514	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_015062	CTTAC	2	10	352276	352285	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_015062	CATCC	2	10	361127	361136	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
32	NC_015062	ATGAA	2	10	383080	383089	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015062	ATAAC	2	10	390674	390683	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_015062	AAACC	2	10	394785	394794	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_015062	GTACG	2	10	411568	411577	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_015062	CCTGT	2	10	457713	457722	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_015062	TTTCC	2	10	475790	475799	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_015062	GTGTT	2	10	495375	495384	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015062	GAAAT	2	10	496116	496125	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015062	AAATG	2	10	503595	503604	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015062	AATCT	2	10	503685	503694	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_015062	GTGAT	2	10	537502	537511	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015062	GCGGG	2	10	539050	539059	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
44	NC_015062	CAAAA	2	10	551381	551390	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_015062	ACTCA	2	10	572328	572337	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_015062	AATTA	2	10	580284	580293	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015062	TCATC	2	10	598973	598982	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_015062	GTTAA	2	10	599063	599072	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.