MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Rahnella sp. Y9602 plasmid pRAHAQ01

Total Repeats: 208

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015062	TATT	2	8	3807	3814	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015062	ACGC	2	8	6181	6188	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3	NC_015062	TTAA	2	8	20628	20635	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015062	TCAG	2	8	20757	20764	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_015062	ATGA	2	8	26038	26045	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015062	TCGT	2	8	31067	31074	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_015062	CAAT	2	8	31107	31114	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_015062	TTAA	2	8	36933	36940	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015062	GTTT	2	8	38059	38066	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015062	CTGC	2	8	38663	38670	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_015062	AGTG	2	8	45453	45460	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015062	TAAT	2	8	55329	55336	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015062	TTCT	2	8	56894	56901	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_015062	TACT	2	8	59514	59521	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_015062	AACA	2	8	64603	64610	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_015062	TTTG	2	8	65029	65036	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_015062	CAGC	2	8	65422	65429	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_015062	TACC	2	8	65446	65453	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_015062	TGAT	2	8	68359	68366	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015062	GGTG	2	8	70771	70778	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_015062	GACC	2	8	73436	73443	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_015062	TAGC	2	8	73512	73519	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_015062	ATTA	2	8	77386	77393	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015062	GCTC	2	8	83719	83726	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
25	NC_015062	TCCC	2	8	85432	85439	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
26	NC_015062	CTTT	2	8	92566	92573	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_015062	ACCT	2	8	92755	92762	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_015062	TGCC	2	8	94564	94571	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
29	NC_015062	ACGA	2	8	96431	96438	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_015062	CCTG	2	8	97837	97844	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
31	NC_015062	CAGC	2	8	99925	99932	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
32	NC_015062	ACAT	2	8	104604	104611	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_015062	CCTA	2	8	105796	105803	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_015062	TAAA	2	8	106083	106090	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015062	AATC	2	8	106101	106108	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_015062	ACAG	2	8	106192	106199	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_015062	CCCA	2	8	107261	107268	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
38	NC_015062	GTCA	2	8	108425	108432	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_015062	GAAT	2	8	110747	110754	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015062	CCTT	2	8	110854	110861	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_015062	CTTT	2	8	111410	111417	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_015062	TGCC	2	8	111447	111454	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
43	NC_015062	AACC	2	8	111496	111503	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_015062	CTTT	2	8	111511	111518	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_015062	CCCG	2	8	112963	112970	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
46	NC_015062	AGGC	2	8	114276	114283	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_015062	AAGC	2	8	115875	115882	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_015062	ATTA	2	8	116011	116018	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015062	TATT	2	8	116141	116148	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_015062	AGCC	2	8	120272	120279	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_015062	ATAA	2	8	120418	120425	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015062	AATT	2	8	124005	124012	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_015062	ATTT	2	8	124129	124136	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_015062	TAAG	2	8	124523	124530	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015062	CAAA	2	8	130917	130924	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_015062	ATAG	2	8	140142	140149	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015062	TCAG	2	8	146771	146778	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_015062	ATAA	2	8	156471	156478	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015062	TAAA	2	8	159671	159678	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_015062	TCCC	2	8	162880	162887	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
61	NC_015062	TCAT	2	8	163010	163017	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_015062	AAGC	2	8	165759	165766	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_015062	GGGA	2	8	165820	165827	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015062	AGAT	2	8	168084	168091	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015062	TATG	2	8	178412	178419	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_015062	AAGC	2	8	189850	189857	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_015062	TGTT	2	8	193727	193734	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015062	GACA	2	8	195626	195633	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_015062	GCTG	2	8	195718	195725	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
70	NC_015062	CACT	2	8	197239	197246	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_015062	GGGA	2	8	199275	199282	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015062	CTCC	2	8	199340	199347	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
73	NC_015062	GTCC	2	8	202927	202934	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
74	NC_015062	CCAC	2	8	203094	203101	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
75	NC_015062	GTGG	2	8	203184	203191	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015062	GATG	2	8	205449	205456	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015062	GTAC	2	8	208328	208335	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_015062	AAAT	2	8	216437	216444	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_015062	GCCC	2	8	217699	217706	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
80	NC_015062	AAAT	2	8	219600	219607	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_015062	ATAA	2	8	219747	219754	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015062	GAGT	2	8	220971	220978	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015062	TAAT	2	8	220987	220994	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_015062	CAAT	2	8	221198	221205	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_015062	ATTT	2	8	221297	221304	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015062	CATT	2	8	228102	228109	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_015062	TTTA	2	8	231616	231623	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015062	GGAT	2	8	235232	235239	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015062	TTAA	2	8	265187	265194	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_015062	ATTA	2	8	265533	265540	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015062	ATAA	2	8	279874	279881	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015062	CACG	2	8	284357	284364	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_015062	GTTT	2	8	286525	286532	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_015062	TTAT	2	8	296994	297001	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_015062	AGGA	2	8	298029	298036	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_015062	CAGA	2	8	298217	298224	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_015062	CCAG	2	8	298276	298283	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_015062	TACA	2	8	299560	299567	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_015062	TTCA	2	8	299727	299734	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_015062	ATTA	2	8	299948	299955	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_015062	TTTA	2	8	300116	300123	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_015062	TTGT	2	8	301714	301721	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_015062	AAAT	2	8	303452	303459	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_015062	CAGA	2	8	304889	304896	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_015062	CCGC	2	8	304986	304993	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
106	NC_015062	AAAT	2	8	313044	313051	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_015062	GCAC	2	8	313135	313142	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
108	NC_015062	TCTT	2	8	313927	313934	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_015062	CAGG	2	8	313969	313976	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_015062	GGTG	2	8	321961	321968	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
111	NC_015062	AATG	2	8	322461	322468	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015062	ATAA	2	8	322492	322499	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015062	ATCG	2	8	322917	322924	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_015062	ATGA	2	8	323413	323420	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015062	CTCA	2	8	324835	324842	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_015062	TAAA	2	8	327357	327364	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015062	TAAG	2	8	328413	328420	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015062	GGAA	2	8	329051	329058	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015062	TGTT	2	8	331588	331595	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_015062	CAGG	2	8	337327	337334	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_015062	TAAA	2	8	340704	340711	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_015062	AGTG	2	8	340777	340784	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_015062	TATT	2	8	345778	345785	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015062	TGCG	2	8	346085	346092	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_015062	TCAG	2	8	348450	348457	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_015062	ATGA	2	8	383115	383122	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_015062	ATGT	2	8	383193	383200	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_015062	GTAA	2	8	397624	397631	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015062	AAAT	2	8	400263	400270	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015062	TGAT	2	8	407339	407346	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_015062	TGCA	2	8	414218	414225	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_015062	TTTA	2	8	414266	414273	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015062	TAAA	2	8	420111	420118	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015062	ATTT	2	8	422608	422615	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_015062	GAAA	2	8	424316	424323	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015062	TGTT	2	8	427930	427937	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015062	GAAT	2	8	427989	427996	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_015062	TTCT	2	8	431672	431679	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_015062	TATT	2	8	432102	432109	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_015062	GAAG	2	8	440156	440163	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_015062	GTTT	2	8	441526	441533	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_015062	TGAC	2	8	441552	441559	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
143	NC_015062	GAAA	2	8	441578	441585	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015062	TCAG	2	8	441625	441632	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_015062	CTCC	2	8	441633	441640	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
146	NC_015062	TAAA	2	8	444149	444156	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_015062	ACAG	2	8	444161	444168	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_015062	AGCG	2	8	444336	444343	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
149	NC_015062	CGTT	2	8	444583	444590	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_015062	TTAT	2	8	450739	450746	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_015062	TAAA	2	8	450766	450773	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_015062	TGGG	2	8	548134	548141	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
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195	NC_015062	CGAA	2	8	590082	590089	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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197	NC_015062	TAAC	2	8	594086	594093	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
198	NC_015062	GCCA	2	8	596915	596922	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
199	NC_015062	TTTC	2	8	596954	596961	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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201	NC_015062	ATTA	2	8	598795	598802	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
202	NC_015062	TTAA	2	8	599084	599091	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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206	NC_015062	CTGT	2	8	606157	606164	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
207	NC_015062	ATAA	2	8	607218	607225	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
208	NC_015062	TGCC	2	8	608999	609006	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.