MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rahnella sp. Y9602 chromosome

Total Repeats: 167

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015061	TGCATT	2	12	88293	88304	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_015061	AATGCA	2	12	88308	88319	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_015061	AAATAA	2	12	98819	98830	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015061	CACATC	2	12	98860	98871	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_015061	AAATCA	2	12	106048	106059	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_015061	TTGTTT	2	12	112906	112917	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015061	AAAACT	2	12	139188	139199	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_015061	TTTTAA	2	12	191408	191419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015061	TTTCCG	2	12	197544	197555	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015061	GGAAAA	2	12	199775	199786	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015061	AATGAT	2	12	208767	208778	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015061	CAAAAG	2	12	214020	214031	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_015061	GCGGTC	2	12	223104	223115	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_015061	CTGAGC	2	12	322163	322174	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_015061	CTTTTT	2	12	338582	338593	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_015061	TAAGAC	2	12	408748	408759	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_015061	ATTTTT	2	12	451914	451925	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_015061	TTATGC	2	12	460244	460255	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_015061	GCAGTG	2	12	496880	496891	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_015061	CTTTTT	2	12	507004	507015	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_015061	AAATCA	2	12	581436	581447	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_015061	AACTTT	2	12	589449	589460	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_015061	TGCAAA	2	12	596135	596146	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_015061	TTAATG	2	12	601378	601389	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_015061	ATAACC	2	12	602153	602164	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_015061	AATAAC	2	12	603080	603091	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_015061	TTGGTT	2	12	643799	643810	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_015061	TCTCGC	2	12	651294	651305	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_015061	TAAGAC	2	12	786857	786868	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_015061	AACGCA	2	12	787271	787282	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_015061	ATCAGC	2	12	821369	821380	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_015061	AACAGA	2	12	823877	823888	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_015061	GAACTC	2	12	836720	836731	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_015061	TAAAAA	2	12	841111	841122	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_015061	ATAGAA	2	12	848322	848333	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015061	TGTTTT	2	12	904168	904179	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015061	TAAGAC	2	12	964719	964730	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_015061	TTTTTA	2	12	983090	983101	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_015061	TAGGAA	2	12	1022767	1022778	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015061	CGGGGA	2	12	1025690	1025701	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_015061	ACAAAG	2	12	1028278	1028289	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_015061	ATTTAT	2	12	1038203	1038214	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_015061	CGTGTC	2	12	1070712	1070723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015061	CCTTAA	2	12	1074168	1074179	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_015061	GCTTTT	2	12	1105846	1105857	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_015061	CTGTAC	2	12	1132109	1132120	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_015061	AACGGG	2	12	1173126	1173137	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_015061	ATTGTG	2	12	1270863	1270874	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_015061	TTTTCT	2	12	1313857	1313868	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_015061	TAAAAA	2	12	1327785	1327796	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_015061	TGTTAT	2	12	1342238	1342249	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_015061	TCAAAA	2	12	1427250	1427261	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_015061	CTTTTT	2	12	1467413	1467424	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_015061	TTATAT	2	12	1492921	1492932	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_015061	AAATCA	2	12	1529527	1529538	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_015061	GTTAAC	2	12	1768925	1768936	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_015061	GTTCAT	2	12	1773476	1773487	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_015061	CAAAAA	2	12	1845365	1845376	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_015061	TGTTTC	2	12	1879787	1879798	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_015061	TTAGGA	2	12	1913466	1913477	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_015061	ACTTTT	2	12	1923278	1923289	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_015061	GTGATG	2	12	1930636	1930647	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015061	TTTGGC	2	12	1932486	1932497	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_015061	AAGGTC	2	12	1938855	1938866	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_015061	AAATCA	2	12	1977814	1977825	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_015061	TCTATT	2	12	2025624	2025635	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_015061	TGTTAT	2	12	2067258	2067269	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015061	AGAGGA	2	12	2077306	2077317	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_015061	GCTTTT	2	12	2098269	2098280	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_015061	GTATTT	2	12	2122345	2122356	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_015061	AACTTC	2	12	2125078	2125089	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_015061	ATTCTG	2	12	2143811	2143822	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_015061	GTTTCT	2	12	2149030	2149041	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_015061	ATCATT	2	12	2160954	2160965	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_015061	TGAAAA	2	12	2166702	2166713	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_015061	TTGATT	2	12	2181127	2181138	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_015061	TGTAAG	2	12	2218427	2218438	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_015061	ATTCAG	2	12	2276130	2276141	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_015061	AGGAAG	2	12	2285992	2286003	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_015061	TTCAAA	2	12	2301868	2301879	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_015061	ATATGT	2	12	2357695	2357706	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_015061	TTTAAA	2	12	2392234	2392245	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_015061	TGCTAC	2	12	2479536	2479547	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_015061	AAATCA	2	12	2510422	2510433	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_015061	AAATAT	2	12	2525945	2525956	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015061	CTAAGC	2	12	2530300	2530311	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_015061	ATTTTT	2	12	2567955	2567966	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_015061	ATATGA	2	12	2573244	2573255	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_015061	ATCCTT	2	12	2605988	2605999	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_015061	GGAGAA	2	12	2627346	2627357	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015061	AATATC	2	12	2634759	2634770	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_015061	AAATCA	2	12	2644059	2644070	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_015061	GACCTT	2	12	2649412	2649423	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_015061	TTCTAT	2	12	2658175	2658186	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_015061	TCAACT	2	12	2659041	2659052	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_015061	TTGAAT	2	12	2659568	2659579	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015061	TTTCTG	2	12	2748501	2748512	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_015061	AGCCTC	2	12	2807669	2807680	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
99	NC_015061	TTACCT	2	12	2839144	2839155	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_015061	AGACAA	2	12	2873968	2873979	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_015061	GAGCCA	2	12	2889954	2889965	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_015061	CAGACT	2	12	2904436	2904447	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_015061	TCGTTT	2	12	2932733	2932744	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_015061	CATATT	2	12	2999617	2999628	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_015061	AAACAT	2	12	2999640	2999651	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_015061	TACCGA	2	12	3070535	3070546	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_015061	TTTTCA	2	12	3084687	3084698	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_015061	TTGATT	2	12	3094114	3094125	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_015061	TCATTT	2	12	3114277	3114288	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_015061	GCTTTG	2	12	3120670	3120681	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_015061	TGAATA	2	12	3122911	3122922	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_015061	AAGTGT	2	12	3154856	3154867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015061	AAATCA	2	12	3175253	3175264	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_015061	TTGATT	2	12	3197732	3197743	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_015061	CAAAAG	2	12	3227961	3227972	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_015061	TATGAA	2	12	3248749	3248760	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015061	TTGAAT	4	24	3288393	3288416	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015061	TTGAAG	4	24	3288417	3288440	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_015061	CTTCAT	2	12	3371326	3371337	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_015061	TCCTTT	2	12	3384541	3384552	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_015061	CCTTTT	2	12	3484731	3484742	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_015061	ACGTTA	2	12	3495102	3495113	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_015061	ATGAAA	2	12	3528564	3528575	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_015061	TTGATT	2	12	3641359	3641370	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_015061	CATAAT	2	12	3688946	3688957	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_015061	ATCAGA	2	12	3735031	3735042	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_015061	AGTTTC	2	12	3805502	3805513	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_015061	AGCCAC	2	12	3818655	3818666	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
129	NC_015061	AAAATG	2	12	3819131	3819142	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_015061	ATATCA	2	12	3858392	3858403	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_015061	AGTCCG	2	12	3861561	3861572	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_015061	TAAGAA	2	12	3875175	3875186	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_015061	AACGGT	2	12	3883584	3883595	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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139	NC_015061	AAATTT	2	12	4010995	4011006	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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141	NC_015061	ATTTAT	2	12	4012772	4012783	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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144	NC_015061	AAAATT	2	12	4167619	4167630	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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149	NC_015061	AGTGAA	2	12	4309363	4309374	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.