MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Variovorax paradoxus EPS chromosome

Total Repeats: 220

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014931	GAGTTT	2	12	5622	5633	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014931	AATGGA	2	12	50825	50836	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014931	TGGATG	2	12	50842	50853	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014931	CAACGC	2	12	95858	95869	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
5	NC_014931	CCTTCC	2	12	97355	97366	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_014931	GCGCCC	2	12	106375	106386	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_014931	CTCGGG	2	12	117219	117230	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_014931	TGTTGG	2	12	119571	119582	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014931	GGAAGG	2	12	199890	199901	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014931	TCCCTC	2	12	230544	230555	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_014931	TCTCCC	2	12	237294	237305	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_014931	CTCCCT	2	12	286310	286321	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_014931	CCTCAC	2	12	286384	286395	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_014931	GGAAGG	2	12	293680	293691	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014931	GGGTGA	2	12	313149	313160	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014931	TGTCTT	2	12	318947	318958	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_014931	GGAAGG	2	12	343847	343858	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014931	CGGGAG	2	12	383822	383833	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_014931	GCGAAG	2	12	495791	495802	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_014931	TTTTTG	2	12	505629	505640	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014931	GGAAGG	2	12	512900	512911	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014931	TTTGCA	2	12	516900	516911	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_014931	GGCGCT	2	12	546416	546427	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_014931	GTTCGC	2	12	547604	547615	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_014931	CGGTGG	2	12	547780	547791	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_014931	CAGGCG	2	12	556531	556542	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_014931	GGAAGG	2	12	575910	575921	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014931	ATGCCA	2	12	677021	677032	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_014931	CCTGGC	2	12	700827	700838	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
30	NC_014931	TCCAAA	2	12	747268	747279	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_014931	CGTTCT	2	12	759775	759786	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_014931	AAGAGC	2	12	765080	765091	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_014931	TCCCGT	2	12	782286	782297	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
34	NC_014931	CAACCG	2	12	782661	782672	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
35	NC_014931	GCCCGC	2	12	841537	841548	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_014931	AAGGCC	2	12	864075	864086	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_014931	GGCCGC	2	12	885355	885366	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
38	NC_014931	CGTTTT	2	12	940088	940099	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_014931	TTCCTC	2	12	944939	944950	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_014931	GCCTCC	2	12	969183	969194	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_014931	TTTTGG	2	12	985814	985825	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014931	GATGAG	2	12	985830	985841	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014931	ACCTCA	2	12	1034053	1034064	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_014931	TCGGCC	2	12	1110987	1110998	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_014931	AAAAAG	2	12	1111086	1111097	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014931	GGAGAG	2	12	1158918	1158929	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014931	AGAGGG	2	12	1160501	1160512	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014931	TAGGGA	2	12	1179054	1179065	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014931	GGAAGG	2	12	1255558	1255569	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014931	CGCAGG	2	12	1275809	1275820	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_014931	TGGATA	2	12	1353490	1353501	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014931	ATGTCG	2	12	1356752	1356763	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_014931	AGAATG	2	12	1358989	1359000	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014931	TTTCTT	2	12	1441847	1441858	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_014931	CCTTCC	2	12	1454524	1454535	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_014931	CCCCCA	2	12	1454602	1454613	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
57	NC_014931	CCTTCC	2	12	1475342	1475353	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_014931	AGAGGG	2	12	1483038	1483049	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014931	TTGGGC	2	12	1495046	1495057	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_014931	CGCTTG	2	12	1551053	1551064	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_014931	GCAAAT	2	12	1570200	1570211	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_014931	CTTCGT	2	12	1623174	1623185	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_014931	GTGGGA	2	12	1624955	1624966	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014931	CCTGCA	2	12	1656329	1656340	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
65	NC_014931	AGCCCA	2	12	1656436	1656447	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_014931	ATCACC	2	12	1657518	1657529	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_014931	TGCGCG	2	12	1660197	1660208	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_014931	CCAAGG	2	12	1699734	1699745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_014931	AATGCC	2	12	1758296	1758307	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_014931	CGGCAG	2	12	1758760	1758771	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_014931	GGGCGA	2	12	1758795	1758806	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_014931	TCCGGC	2	12	1811008	1811019	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
73	NC_014931	CGTGAT	2	12	1851764	1851775	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_014931	CCTTTT	2	12	1881883	1881894	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_014931	GCGGCT	2	12	1976733	1976744	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_014931	CTCCGA	2	12	2022579	2022590	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
77	NC_014931	TCAAAT	2	12	2108351	2108362	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_014931	GTTTGT	2	12	2141604	2141615	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014931	GGGCTC	2	12	2148951	2148962	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_014931	GAAGTG	2	12	2168222	2168233	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014931	GCAATC	2	12	2196626	2196637	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_014931	TTTGGG	2	12	2228981	2228992	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014931	AATGAT	2	12	2243225	2243236	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014931	CGGGGC	2	12	2246338	2246349	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_014931	CAACGA	2	12	2264241	2264252	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_014931	CCCTCT	2	12	2284043	2284054	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_014931	CCAACG	2	12	2343176	2343187	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
88	NC_014931	AAGAGC	2	12	2344591	2344602	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_014931	ACAAGG	2	12	2345396	2345407	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_014931	GACTGG	2	12	2345784	2345795	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_014931	GTTCTA	2	12	2351737	2351748	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_014931	GGTCAG	2	12	2541284	2541295	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_014931	CAGAAA	2	12	2541372	2541383	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_014931	CCGACA	2	12	2582375	2582386	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
95	NC_014931	GTTTCA	2	12	2602217	2602228	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_014931	CTCGGT	2	12	2603450	2603461	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_014931	GACCGC	2	12	2604334	2604345	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_014931	GAAGTC	2	12	2619123	2619134	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_014931	CCGTGA	2	12	2619770	2619781	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_014931	GATGCG	2	12	2620107	2620118	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_014931	CGACCA	2	12	2627727	2627738	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_014931	TCCGCA	2	12	2656439	2656450	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
103	NC_014931	TCCCAT	3	18	2667733	2667750	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_014931	AGACGC	2	12	2678281	2678292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_014931	TTCGAG	2	12	2681121	2681132	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_014931	GTCGCC	2	12	2846024	2846035	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
107	NC_014931	CTTTTT	2	12	2889788	2889799	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_014931	CCGATG	2	12	2934996	2935007	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_014931	GGACTC	2	12	2944576	2944587	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_014931	GGCAAC	2	12	2973547	2973558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_014931	GACGCT	2	12	2989457	2989468	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_014931	GATGCG	2	12	2989643	2989654	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_014931	ATCTGT	2	12	3166902	3166913	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_014931	GCCAGC	2	12	3203553	3203564	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
115	NC_014931	GGCCCT	2	12	3208473	3208484	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
116	NC_014931	GAGTCG	2	12	3210398	3210409	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_014931	TGCGCG	2	12	3266059	3266070	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_014931	CCCGCG	2	12	3277041	3277052	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_014931	GTGCCG	2	12	3283757	3283768	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_014931	GGTGCG	2	12	3317599	3317610	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_014931	GAAGGA	2	12	3326271	3326282	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014931	CTTCTC	2	12	3331952	3331963	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_014931	CCCCTT	2	12	3368004	3368015	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_014931	GGTTTC	2	12	3412444	3412455	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_014931	TGTCGA	2	12	3710553	3710564	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_014931	ATGCGC	2	12	3752692	3752703	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_014931	CCGCCC	2	12	3783841	3783852	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
128	NC_014931	TGGCGA	2	12	3892713	3892724	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_014931	TCCGCC	2	12	3902081	3902092	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_014931	TTCCAT	2	12	3947209	3947220	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_014931	CGGCAA	2	12	3952721	3952732	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_014931	GCAGGC	2	12	3975006	3975017	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_014931	GGCTGT	2	12	4026632	4026643	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_014931	GGCACC	2	12	4036641	4036652	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
135	NC_014931	AGTTGT	2	12	4060070	4060081	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014931	ATTTTG	2	12	4069992	4070003	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014931	CCTTCC	2	12	4073655	4073666	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_014931	ACGGGC	2	12	4078139	4078150	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_014931	TTCAAG	2	12	4126729	4126740	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_014931	GCATGC	2	12	4185952	4185963	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_014931	CCGGCA	2	12	4186576	4186587	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
142	NC_014931	CGGGGG	2	12	4195829	4195840	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_014931	GCAACG	2	12	4205425	4205436	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_014931	GAGAAA	2	12	4218640	4218651	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014931	CCCTGA	2	12	4248904	4248915	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
146	NC_014931	TCGATC	2	12	4255688	4255699	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_014931	GCGGTG	3	18	4279906	4279923	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_014931	AATGGA	2	12	4279926	4279937	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_014931	GCTGCA	2	12	4285288	4285299	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_014931	GGTGAT	2	12	4319998	4320009	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_014931	CTTTCG	2	12	4349270	4349281	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_014931	GAGGCC	2	12	4471201	4471212	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_014931	GCCGGT	2	12	4471332	4471343	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_014931	GCCACC	2	12	4471410	4471421	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
155	NC_014931	GGCATG	2	12	4471877	4471888	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_014931	CCTTCC	2	12	4487947	4487958	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
157	NC_014931	AGCCCC	2	12	4490487	4490498	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
158	NC_014931	ACGACA	2	12	4535977	4535988	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_014931	CGGGGT	2	12	4551763	4551774	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
160	NC_014931	GCATTC	2	12	4568917	4568928	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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164	NC_014931	CTCCCC	2	12	5003049	5003060	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
165	NC_014931	CCCCTT	2	12	5069770	5069781	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
166	NC_014931	GCCAAG	2	12	5114040	5114051	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_014931	CCTTCC	2	12	5119687	5119698	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
168	NC_014931	CATATG	2	12	5122798	5122809	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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194	NC_014931	GGCCGC	2	12	5947478	5947489	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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219	NC_014931	AAAAGG	2	12	6547191	6547202	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
220	NC_014931	GCTGGC	2	12	6549676	6549687	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.