MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Thermovibrio ammonificans HB-1 plasmid pTHEAM01

Total Repeats: 49

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014917	GTTGAC	2	12	1039	1050	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	319774851
2	NC_014917	AGGTAG	2	12	1964	1975	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	319774851
3	NC_014917	GCCCCT	2	12	2098	2109	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	319774851
4	NC_014917	GACCTT	2	12	6100	6111	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	319774854
5	NC_014917	TATGCC	2	12	6835	6846	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	319774855
6	NC_014917	CGACCT	2	12	7840	7851	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	319774856
7	NC_014917	ACCCGA	2	12	8629	8640	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	319774858
8	NC_014917	TCCACC	2	12	10157	10168	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	319774861
9	NC_014917	TTCCGG	2	12	13143	13154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	319774865
10	NC_014917	TTTGCC	2	12	19223	19234	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	319774872
11	NC_014917	CTGCTC	2	12	20270	20281	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	319774874
12	NC_014917	CGTAGG	2	12	23154	23165	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	319774878
13	NC_014917	TGGGCT	2	12	26846	26857	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	319774882
14	NC_014917	CTTTGG	2	12	26865	26876	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	319774882
15	NC_014917	ACCTCT	2	12	28149	28160	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	319774885
16	NC_014917	ACCTCT	2	12	29283	29294	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	319774887
17	NC_014917	AGCTGG	2	12	31238	31249	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	319774890
18	NC_014917	AAGGAG	2	12	34094	34105	50 %	0 %	50 %	0 %	319774893
19	NC_014917	AAGCTC	2	12	34130	34141	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	319774893
20	NC_014917	TATTCA	2	12	35535	35546	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	319774896
21	NC_014917	GACTAA	2	12	35588	35599	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	319774896
22	NC_014917	CCTCAG	2	12	36992	37003	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	319774897
23	NC_014917	GCAAAG	2	12	40560	40571	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	319774901
24	NC_014917	CTGAAC	2	12	41733	41744	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	319774903
25	NC_014917	AACCTG	2	12	42185	42196	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	319774904
26	NC_014917	GGGAGA	2	12	43595	43606	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	319774906
27	NC_014917	ACGCTC	2	12	44720	44731	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	319774908
28	NC_014917	CAAGCT	2	12	47144	47155	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	319774910
29	NC_014917	CTTCGT	2	12	47351	47362	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	319774910
30	NC_014917	AGGAAG	2	12	47620	47631	50 %	0 %	50 %	0 %	319774910
31	NC_014917	AGCTGA	2	12	48533	48544	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	319774911
32	NC_014917	AGACGG	2	12	50484	50495	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	319774914
33	NC_014917	TCCCAC	2	12	50985	50996	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	319774914
34	NC_014917	AATACC	2	12	53382	53393	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	319774916
35	NC_014917	GCTCCG	2	12	60576	60587	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	319774924
36	NC_014917	AAAAGA	2	12	60689	60700	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	319774924
37	NC_014917	ATCACA	2	12	60864	60875	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	319774924
38	NC_014917	AAGAGA	2	12	62922	62933	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	319774929
39	NC_014917	TTCCCG	2	12	63933	63944	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	319774931
40	NC_014917	GGGAAG	2	12	64213	64224	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	319774931
41	NC_014917	GTGAGA	2	12	67862	67873	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	319774938
42	NC_014917	CCTCTC	2	12	68179	68190	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	319774939
43	NC_014917	TCAAGG	2	12	69174	69185	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	319774940
44	NC_014917	AGAAGG	2	12	70205	70216	50 %	0 %	50 %	0 %	319774943
45	NC_014917	CTCCCG	2	12	70402	70413	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	319774943
46	NC_014917	CCCTCT	2	12	70694	70705	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	319774943
47	NC_014917	TCGCAG	2	12	72694	72705	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	319774944
48	NC_014917	AAAGAA	2	12	73916	73927	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	319774946
49	NC_014917	CTAAAA	2	12	75953	75964	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	319774950

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.