MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Alicycliphilus denitrificans BC plasmid pALIDE02

Total Repeats: 53

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014911	CAGGG	2	10	172	181	20 %	0 %	60 %	20 %	319765070
2	NC_014911	CGTGG	2	10	1075	1084	0 %	20 %	60 %	20 %	319765071
3	NC_014911	CGGTG	2	10	4123	4132	0 %	20 %	60 %	20 %	319765071
4	NC_014911	GGCTC	2	10	4392	4401	0 %	20 %	40 %	40 %	319765071
5	NC_014911	ACGGC	2	10	6663	6672	20 %	0 %	40 %	40 %	319765073
6	NC_014911	GCATC	2	10	8848	8857	20 %	20 %	20 %	40 %	319765075
7	NC_014911	CACTT	2	10	10183	10192	20 %	40 %	0 %	40 %	319765076
8	NC_014911	GGCGC	2	10	11053	11062	0 %	0 %	60 %	40 %	319765076
9	NC_014911	CCGCG	2	10	11526	11535	0 %	0 %	40 %	60 %	319765076
10	NC_014911	CTTTG	2	10	11937	11946	0 %	60 %	20 %	20 %	319765076
11	NC_014911	TCGCC	2	10	12151	12160	0 %	20 %	20 %	60 %	319765077
12	NC_014911	GCAAG	2	10	13228	13237	40 %	0 %	40 %	20 %	319765079
13	NC_014911	GGCGC	2	10	14286	14295	0 %	0 %	60 %	40 %	319765080
14	NC_014911	CGGCG	2	10	16150	16159	0 %	0 %	60 %	40 %	319765083
15	NC_014911	CGTTG	2	10	17606	17615	0 %	40 %	40 %	20 %	319765084
16	NC_014911	CGCTC	2	10	20224	20233	0 %	20 %	20 %	60 %	319765089
17	NC_014911	CGCGC	2	10	21728	21737	0 %	0 %	40 %	60 %	319765092
18	NC_014911	TTCGC	2	10	22349	22358	0 %	40 %	20 %	40 %	319765092
19	NC_014911	GCTGC	2	10	29556	29565	0 %	20 %	40 %	40 %	319765097
20	NC_014911	CGATG	2	10	32861	32870	20 %	20 %	40 %	20 %	319765102
21	NC_014911	GCGCA	2	10	33081	33090	20 %	0 %	40 %	40 %	319765102
22	NC_014911	CCGTG	2	10	38611	38620	0 %	20 %	40 %	40 %	319765104
23	NC_014911	CCCCG	2	10	40637	40646	0 %	0 %	20 %	80 %	319765107
24	NC_014911	GTCGA	2	10	41819	41828	20 %	20 %	40 %	20 %	319765108
25	NC_014911	GGCGA	2	10	42330	42339	20 %	0 %	60 %	20 %	319765109
26	NC_014911	CAGCG	2	10	43541	43550	20 %	0 %	40 %	40 %	319765110
27	NC_014911	GCGCG	2	10	45725	45734	0 %	0 %	60 %	40 %	319765113
28	NC_014911	GGCCT	2	10	46348	46357	0 %	20 %	40 %	40 %	319765114
29	NC_014911	TGGAT	2	10	48260	48269	20 %	40 %	40 %	0 %	319765116
30	NC_014911	GCGCA	2	10	51012	51021	20 %	0 %	40 %	40 %	319765119
31	NC_014911	TCGCA	2	10	53062	53071	20 %	20 %	20 %	40 %	319765121
32	NC_014911	CCGGC	2	10	54284	54293	0 %	0 %	40 %	60 %	319765123
33	NC_014911	CGCAG	2	10	54581	54590	20 %	0 %	40 %	40 %	319765123
34	NC_014911	TCGGC	2	10	55142	55151	0 %	20 %	40 %	40 %	319765123
35	NC_014911	AGCCC	2	10	56407	56416	20 %	0 %	20 %	60 %	319765125
36	NC_014911	GCCTG	2	10	58276	58285	0 %	20 %	40 %	40 %	319765127
37	NC_014911	GCGGG	2	10	58655	58664	0 %	0 %	80 %	20 %	319765127
38	NC_014911	TGACG	2	10	59214	59223	20 %	20 %	40 %	20 %	319765128
39	NC_014911	GCCGG	2	10	61449	61458	0 %	0 %	60 %	40 %	319765132
40	NC_014911	GCGCA	2	10	61512	61521	20 %	0 %	40 %	40 %	319765132
41	NC_014911	CACGG	2	10	62274	62283	20 %	0 %	40 %	40 %	319765134
42	NC_014911	GCGCG	2	10	62625	62634	0 %	0 %	60 %	40 %	319765134
43	NC_014911	GCCAG	2	10	63029	63038	20 %	0 %	40 %	40 %	319765134
44	NC_014911	GCCAG	2	10	64319	64328	20 %	0 %	40 %	40 %	319765134
45	NC_014911	GGCCG	2	10	64812	64821	0 %	0 %	60 %	40 %	319765134
46	NC_014911	GGCGC	2	10	66688	66697	0 %	0 %	60 %	40 %	319765135
47	NC_014911	AGCGG	2	10	67933	67942	20 %	0 %	60 %	20 %	319765137
48	NC_014911	CGAGG	2	10	72770	72779	20 %	0 %	60 %	20 %	319765144
49	NC_014911	CCGAG	2	10	74865	74874	20 %	0 %	40 %	40 %	319765148
50	NC_014911	GAAGC	2	10	75739	75748	40 %	0 %	40 %	20 %	319765149
51	NC_014911	TGTGG	2	10	76275	76284	0 %	40 %	60 %	0 %	319765150
52	NC_014911	ATCGC	2	10	77475	77484	20 %	20 %	20 %	40 %	319765153
53	NC_014911	CCACA	2	10	78142	78151	40 %	0 %	0 %	60 %	319765155

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.