MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Alicycliphilus denitrificans BC plasmid pALIDE01

Total Repeats: 73

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014908	GACGC	2	10	143	152	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_014908	TCAGT	2	10	3653	3662	20 %	40 %	20 %	20 %	319760028
3	NC_014908	CTGGG	2	10	5501	5510	0 %	20 %	60 %	20 %	319760032
4	NC_014908	AAGTC	2	10	6378	6387	40 %	20 %	20 %	20 %	319760032
5	NC_014908	TCAAT	2	10	10742	10751	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_014908	CAGCG	2	10	16172	16181	20 %	0 %	40 %	40 %	319760041
7	NC_014908	CAACG	2	10	18054	18063	40 %	0 %	20 %	40 %	319760043
8	NC_014908	AATTC	2	10	21865	21874	40 %	40 %	0 %	20 %	319760047
9	NC_014908	ATCAC	2	10	22815	22824	40 %	20 %	0 %	40 %	319760048
10	NC_014908	GGCAG	2	10	24222	24231	20 %	0 %	60 %	20 %	319760049
11	NC_014908	TTGAC	2	10	28390	28399	20 %	40 %	20 %	20 %	319760050
12	NC_014908	AGTGC	2	10	28476	28485	20 %	20 %	40 %	20 %	319760050
13	NC_014908	CCGAA	2	10	30283	30292	40 %	0 %	20 %	40 %	319760052
14	NC_014908	GGACG	2	10	33198	33207	20 %	0 %	60 %	20 %	319760054
15	NC_014908	TTCTT	2	10	33662	33671	0 %	80 %	0 %	20 %	319760054
16	NC_014908	AATCA	2	10	34108	34117	60 %	20 %	0 %	20 %	319760054
17	NC_014908	GGCAG	2	10	35538	35547	20 %	0 %	60 %	20 %	319760054
18	NC_014908	AGCGC	2	10	36634	36643	20 %	0 %	40 %	40 %	319760054
19	NC_014908	AGCGC	2	10	36703	36712	20 %	0 %	40 %	40 %	319760054
20	NC_014908	CGGGA	2	10	38706	38715	20 %	0 %	60 %	20 %	319760055
21	NC_014908	GCCTG	2	10	41040	41049	0 %	20 %	40 %	40 %	319760057
22	NC_014908	GCCGC	2	10	41143	41152	0 %	0 %	40 %	60 %	319760058
23	NC_014908	CGGGC	2	10	45481	45490	0 %	0 %	60 %	40 %	319760060
24	NC_014908	CTTCC	2	10	46597	46606	0 %	40 %	0 %	60 %	319760061
25	NC_014908	GGGCG	2	10	48728	48737	0 %	0 %	80 %	20 %	319760065
26	NC_014908	TCCGC	2	10	48807	48816	0 %	20 %	20 %	60 %	319760065
27	NC_014908	TGACG	2	10	49888	49897	20 %	20 %	40 %	20 %	319760066
28	NC_014908	GAAGT	2	10	50940	50949	40 %	20 %	40 %	0 %	319760067
29	NC_014908	CAAGC	2	10	51529	51538	40 %	0 %	20 %	40 %	319760069
30	NC_014908	ACTGC	2	10	51804	51813	20 %	20 %	20 %	40 %	319760070
31	NC_014908	GTGCG	2	10	56993	57002	0 %	20 %	60 %	20 %	319760080
32	NC_014908	GAAAG	2	10	58982	58991	60 %	0 %	40 %	0 %	319760083
33	NC_014908	GTTAA	2	10	61287	61296	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014908	GGCGC	2	10	61571	61580	0 %	0 %	60 %	40 %	319760089
35	NC_014908	GAAAG	2	10	62393	62402	60 %	0 %	40 %	0 %	319760091
36	NC_014908	GAAAG	2	10	64805	64814	60 %	0 %	40 %	0 %	319760097
37	NC_014908	CGCTG	2	10	65714	65723	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_014908	CGAAC	2	10	65828	65837	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_014908	CGCGG	2	10	67346	67355	0 %	0 %	60 %	40 %	319760100
40	NC_014908	GGTGC	2	10	68454	68463	0 %	20 %	60 %	20 %	319760102
41	NC_014908	GAACC	2	10	72227	72236	40 %	0 %	20 %	40 %	319760109
42	NC_014908	TGCGC	2	10	74888	74897	0 %	20 %	40 %	40 %	319760110
43	NC_014908	CATCG	2	10	75108	75117	20 %	20 %	20 %	40 %	319760110
44	NC_014908	GCCGG	2	10	75528	75537	0 %	0 %	60 %	40 %	319760110
45	NC_014908	TTCGA	2	10	77671	77680	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_014908	GTGCG	2	10	78058	78067	0 %	20 %	60 %	20 %	319760113
47	NC_014908	GCCGC	2	10	78923	78932	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
48	NC_014908	CGGGT	2	10	78986	78995	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_014908	GACGT	2	10	79156	79165	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_014908	GCAAG	2	10	80316	80325	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_014908	GGCCG	2	10	81421	81430	0 %	0 %	60 %	40 %	319760117
52	NC_014908	GCATG	2	10	81449	81458	20 %	20 %	40 %	20 %	319760117
53	NC_014908	GCGGT	2	10	82088	82097	0 %	20 %	60 %	20 %	319760118
54	NC_014908	GCGCT	2	10	82300	82309	0 %	20 %	40 %	40 %	319760118
55	NC_014908	CTCAT	2	10	89938	89947	20 %	40 %	0 %	40 %	319760125
56	NC_014908	TGAGG	2	10	94077	94086	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014908	TTGAT	2	10	94265	94274	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014908	GGCAG	2	10	96544	96553	20 %	0 %	60 %	20 %	319760129
59	NC_014908	CTTGC	2	10	98475	98484	0 %	40 %	20 %	40 %	319760131
60	NC_014908	GGTCG	2	10	99291	99300	0 %	20 %	60 %	20 %	319760131
61	NC_014908	CAGGA	2	10	99318	99327	40 %	0 %	40 %	20 %	319760131
62	NC_014908	GTGCA	2	10	103287	103296	20 %	20 %	40 %	20 %	319760135
63	NC_014908	TGGGT	2	10	104065	104074	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014908	AGCAA	2	10	104539	104548	60 %	0 %	20 %	20 %	319760137
65	NC_014908	TTGCC	2	10	104813	104822	0 %	40 %	20 %	40 %	319760138
66	NC_014908	ACCCG	2	10	104916	104925	20 %	0 %	20 %	60 %	319760138
67	NC_014908	GGTGC	2	10	106507	106516	0 %	20 %	60 %	20 %	319760139
68	NC_014908	ACGTC	2	10	107367	107376	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_014908	ACCCG	2	10	107537	107546	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
70	NC_014908	CGGCG	2	10	107596	107605	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
71	NC_014908	TCGAA	2	10	108853	108862	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_014908	CGATG	2	10	111417	111426	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_014908	GCGCA	2	10	111638	111647	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.