MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydophila psittaci RD1 plasmid pRD1

Total Repeats: 98

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014797	GGT	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014797	GGT	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014797	GGT	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014797	GGT	2	6	78	83	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014797	CAC	3	9	165	173	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409191176
6	NC_014797	ATT	2	6	182	187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409191176
7	NC_014797	AGC	2	6	203	208	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409191176
8	NC_014797	TAG	2	6	274	279	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191176
9	NC_014797	TGT	2	6	324	329	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191176
10	NC_014797	AGC	2	6	416	421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409191176
11	NC_014797	TTA	2	6	469	474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409191176
12	NC_014797	GTT	2	6	566	571	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191176
13	NC_014797	ACA	2	6	833	838	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191176
14	NC_014797	TAT	3	9	858	866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409191176
15	NC_014797	TCT	2	6	996	1001	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409191176
16	NC_014797	GAT	2	6	1098	1103	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014797	ATT	2	6	1135	1140	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014797	TAG	2	6	1195	1200	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191177
19	NC_014797	TAA	2	6	1477	1482	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409191177
20	NC_014797	TTG	2	6	1483	1488	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191177
21	NC_014797	TGT	2	6	1556	1561	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191177
22	NC_014797	GAA	2	6	1597	1602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191177
23	NC_014797	ATA	2	6	1657	1662	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409191177
24	NC_014797	TGA	2	6	1734	1739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191177
25	NC_014797	ATT	2	6	1758	1763	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409191177
26	NC_014797	TGC	2	6	1808	1813	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409191177
27	NC_014797	TGT	2	6	1885	1890	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191177
28	NC_014797	AGA	2	6	1997	2002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191177
29	NC_014797	GTT	2	6	2096	2101	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191177
30	NC_014797	AAT	2	6	2209	2214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014797	GAA	3	9	2283	2291	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191178
32	NC_014797	ATT	2	6	2338	2343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409191178
33	NC_014797	TGT	3	9	2357	2365	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191178
34	NC_014797	CAC	2	6	2382	2387	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409191178
35	NC_014797	AGA	2	6	2487	2492	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191178
36	NC_014797	ATC	2	6	2566	2571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409191178
37	NC_014797	TTC	2	6	2882	2887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409191178
38	NC_014797	TGT	2	6	2927	2932	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191178
39	NC_014797	TGC	2	6	2936	2941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409191178
40	NC_014797	CTT	2	6	3085	3090	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409191178
41	NC_014797	AGA	2	6	3410	3415	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191178
42	NC_014797	TGT	2	6	3436	3441	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	409191178
43	NC_014797	TAT	2	6	3510	3515	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409191178
44	NC_014797	TAG	2	6	3550	3555	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191178
45	NC_014797	CAA	2	6	3583	3588	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191178
46	NC_014797	AAG	2	6	3631	3636	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191178
47	NC_014797	AGA	2	6	3718	3723	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191179
48	NC_014797	AGC	2	6	3811	3816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409191179
49	NC_014797	CAA	2	6	3837	3842	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191179
50	NC_014797	AAG	2	6	4005	4010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191179
51	NC_014797	GAA	2	6	4094	4099	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191179
52	NC_014797	GAA	2	6	4190	4195	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191179
53	NC_014797	TCA	2	6	4233	4238	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409191179
54	NC_014797	TAG	2	6	4257	4262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191179
55	NC_014797	CAA	2	6	4641	4646	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191179
56	NC_014797	CAA	2	6	4665	4670	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191179
57	NC_014797	TTG	2	6	4682	4687	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014797	CAA	2	6	4830	4835	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191180
59	NC_014797	CAG	2	6	4864	4869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409191180
60	NC_014797	CCA	2	6	4930	4935	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	409191180
61	NC_014797	AAG	2	6	5041	5046	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191180
62	NC_014797	AAT	2	6	5057	5062	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409191180
63	NC_014797	CTG	2	6	5233	5238	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	409191180
64	NC_014797	CAT	2	6	5240	5245	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409191180
65	NC_014797	TCA	2	6	5328	5333	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409191180
66	NC_014797	ACA	2	6	5371	5376	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191180
67	NC_014797	TGG	2	6	5411	5416	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409191180
68	NC_014797	GTG	2	6	5425	5430	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409191180
69	NC_014797	ACA	2	6	5513	5518	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191180
70	NC_014797	TAA	2	6	5529	5534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409191180
71	NC_014797	ATA	2	6	5858	5863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409191181
72	NC_014797	GGT	2	6	5995	6000	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	409191182
73	NC_014797	AAC	2	6	6009	6014	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191182
74	NC_014797	GTA	2	6	6032	6037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191182
75	NC_014797	GAT	2	6	6127	6132	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191182
76	NC_014797	AGA	2	6	6172	6177	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191182
77	NC_014797	AGA	2	6	6234	6239	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191182
78	NC_014797	ATG	2	6	6317	6322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191182
79	NC_014797	CCT	2	6	6340	6345	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	409191182
80	NC_014797	AAG	2	6	6365	6370	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191182
81	NC_014797	CAA	2	6	6458	6463	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191182
82	NC_014797	CAA	2	6	6521	6526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191182
83	NC_014797	CAG	2	6	6606	6611	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409191182
84	NC_014797	TTA	2	6	6616	6621	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	409191182
85	NC_014797	ATC	2	6	6627	6632	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	409191182
86	NC_014797	TAA	2	6	6635	6640	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	409191182
87	NC_014797	AGC	2	6	6660	6665	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	409191182
88	NC_014797	TGA	2	6	6714	6719	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191182
89	NC_014797	AAG	2	6	6757	6762	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191183
90	NC_014797	TAG	2	6	6883	6888	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	409191183
91	NC_014797	GAA	2	6	6912	6917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	409191183
92	NC_014797	ACA	2	6	6977	6982	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191183
93	NC_014797	ACA	2	6	7050	7055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	409191183
94	NC_014797	CCT	2	6	7299	7304	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	409191183
95	NC_014797	TCT	2	6	7311	7316	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409191183
96	NC_014797	TCT	2	6	7395	7400	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	409191183
97	NC_014797	CAG	2	6	7489	7494	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_014797	GAA	2	6	7548	7553	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.