MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci RD1

Total Repeats: 47

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014796	ATTTAA	2	12	33598	33609	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014796	ATTATA	2	12	77762	77773	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014796	TTTCTT	2	12	123040	123051	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_014796	ATAGGC	2	12	146934	146945	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_014796	TTCCGT	2	12	148029	148040	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_014796	AGAAAA	2	12	163064	163075	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014796	TTTTTA	2	12	210487	210498	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014796	TAAAGA	2	12	226842	226853	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014796	ATTATA	2	12	239711	239722	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014796	TTGAAT	2	12	244024	244035	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014796	ATATAA	2	12	261776	261787	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014796	GGGAAA	2	12	267743	267754	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014796	TAAGAA	2	12	277662	277673	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014796	TAAAAT	2	12	291850	291861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014796	TGAAAA	2	12	331671	331682	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014796	ATTTTT	2	12	366059	366070	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014796	AAAATC	2	12	391068	391079	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_014796	ATGCTA	2	12	460579	460590	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_014796	AAAAAT	2	12	465047	465058	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014796	TGTACT	2	12	484238	484249	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_014796	TATAAT	2	12	484538	484549	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014796	TTAATT	2	12	502234	502245	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014796	CTTTTG	2	12	650964	650975	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_014796	AAATAC	2	12	656522	656533	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_014796	CAATCT	2	12	657108	657119	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_014796	AAGGGA	2	12	698211	698222	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014796	ATTAAT	2	12	700901	700912	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014796	TAAAAG	2	12	731759	731770	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014796	ATTTTA	2	12	744451	744462	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014796	TAACCT	2	12	785834	785845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_014796	CTATGT	2	12	806117	806128	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_014796	ACAAGA	2	12	927250	927261	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_014796	ATTTTA	2	12	943286	943297	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014796	ATCTAT	2	12	958578	958589	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_014796	ATAAAA	2	12	975027	975038	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014796	TGAGAA	2	12	987878	987889	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014796	TTTTCT	2	12	1005984	1005995	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_014796	AAATAA	2	12	1011207	1011218	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014796	TTATCC	2	12	1014969	1014980	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_014796	AAATTT	2	12	1017111	1017122	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014796	CTTTGT	2	12	1028555	1028566	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_014796	AAAAAT	2	12	1048830	1048841	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014796	TAATTT	2	12	1095463	1095474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014796	AAAATA	2	12	1133907	1133918	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014796	TACAGA	2	12	1146585	1146596	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_014796	GTTAAA	2	12	1159512	1159523	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014796	CCTTCG	2	12	1162301	1162312	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.