MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydophila psittaci RD1

Total Repeats: 137

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014796	TGTTT	2	10	6761	6770	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014796	ATAAA	2	10	34287	34296	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014796	TTTTG	2	10	52490	52499	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014796	TTAAT	2	10	57970	57979	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014796	TCTTT	2	10	59414	59423	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_014796	CACTT	2	10	71135	71144	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_014796	AATTT	2	10	77748	77757	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014796	AGAAA	2	10	87357	87366	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014796	AATTA	2	10	93966	93975	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014796	ATTTG	2	10	98963	98972	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014796	AAAAT	2	10	99684	99693	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014796	CTTTT	2	10	108366	108375	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_014796	CTTTT	2	10	122882	122891	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_014796	TTCTT	2	10	131365	131374	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_014796	TTTTA	2	10	148193	148202	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014796	TAAAT	2	10	164512	164521	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014796	TTTTC	2	10	169264	169273	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_014796	CAAAA	2	10	173584	173593	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_014796	AATGT	2	10	187386	187395	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014796	TTTTA	2	10	193927	193936	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014796	CCCTA	2	10	195290	195299	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
22	NC_014796	GTTTT	2	10	198642	198651	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014796	ATTAA	2	10	201066	201075	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014796	ATAAA	2	10	225900	225909	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014796	ATTTT	2	10	226757	226766	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014796	TAAAA	2	10	240128	240137	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014796	TTTAA	2	10	255890	255899	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014796	AAGAT	2	10	255964	255973	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014796	GAAGA	2	10	267658	267667	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014796	TAAAA	2	10	274673	274682	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014796	CAGGA	2	10	277152	277161	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_014796	ATTTT	2	10	289918	289927	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014796	AAAGG	2	10	301634	301643	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014796	ATAGG	2	10	307861	307870	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014796	TATTT	2	10	309393	309402	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014796	ATGGT	2	10	309442	309451	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014796	CATAG	2	10	310596	310605	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_014796	TAAGA	2	10	319151	319160	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014796	TGAAA	2	10	327520	327529	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014796	GAAAG	2	10	328044	328053	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014796	TTCTT	2	10	329800	329809	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_014796	CTTTT	2	10	331122	331131	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_014796	ATTAT	2	10	336877	336886	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014796	CTTTT	2	10	337759	337768	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_014796	TTTCT	2	10	342197	342206	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_014796	AATAA	2	10	345562	345571	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014796	TTTTC	2	10	345621	345630	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_014796	TGAAA	2	10	346790	346799	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014796	GTATT	2	10	357921	357930	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014796	GAATA	2	10	365999	366008	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014796	CACTA	2	10	384650	384659	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_014796	GTTTC	2	10	385750	385759	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_014796	TTTAA	2	10	391897	391906	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014796	GCTTC	2	10	450102	450111	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_014796	ATAGA	2	10	458098	458107	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014796	TGGTA	2	10	460982	460991	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014796	ATGTA	2	10	464987	464996	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014796	TAAAT	2	10	471629	471638	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014796	AACTT	2	10	471642	471651	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_014796	TGAGA	2	10	471750	471759	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014796	AAATA	2	10	478343	478352	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014796	TTAAA	2	10	479503	479512	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014796	ACCTG	2	10	483561	483570	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_014796	TTTAC	2	10	488328	488337	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_014796	AAAAT	2	10	488385	488394	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014796	AATCT	2	10	499178	499187	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_014796	TAGGG	2	10	499303	499312	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014796	TAAAA	2	10	543675	543684	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014796	TTTCT	2	10	554265	554274	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_014796	AAATA	3	15	554278	554292	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014796	TTATT	2	10	565570	565579	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014796	ATTAA	2	10	565608	565617	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014796	ATATA	2	10	580035	580044	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014796	ACAAA	2	10	581293	581302	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_014796	CAATA	2	10	586893	586902	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_014796	AATTA	2	10	587763	587772	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014796	ATTTA	2	10	592013	592022	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014796	ATTTT	2	10	595883	595892	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014796	TATCC	2	10	617381	617390	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_014796	AGGGG	2	10	625204	625213	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014796	TTTTC	2	10	629091	629100	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_014796	ATCAA	2	10	648847	648856	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_014796	TTTTA	2	10	651838	651847	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014796	ATTCT	2	10	655667	655676	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_014796	AAGAG	2	10	658056	658065	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014796	TCTTA	2	10	659204	659213	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_014796	AAATA	2	10	659235	659244	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014796	CTAAG	2	10	662210	662219	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_014796	AAAAT	2	10	664079	664088	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014796	TTAAT	2	10	664096	664105	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014796	CACAA	2	10	668638	668647	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_014796	TAAAA	2	10	670491	670500	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014796	AAAAC	2	10	681436	681445	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_014796	TAAAA	2	10	686806	686815	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014796	CAGAG	2	10	718390	718399	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_014796	GGCCT	2	10	750315	750324	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_014796	AATCA	2	10	752297	752306	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_014796	GAAAA	2	10	793940	793949	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014796	AGCTA	2	10	797081	797090	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_014796	TTTAC	2	10	799004	799013	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_014796	AAGAA	2	10	801698	801707	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014796	GTTTT	2	10	810949	810958	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014796	TCTTT	2	10	826737	826746	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_014796	ATTTT	2	10	836697	836706	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014796	AGAAC	2	10	847174	847183	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_014796	TAAAA	2	10	856609	856618	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014796	AAAAG	2	10	858323	858332	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014796	TCAAA	2	10	859889	859898	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_014796	TAAAA	2	10	865323	865332	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014796	AAAAG	2	10	873276	873285	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014796	TTTTC	2	10	876413	876422	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_014796	AAGTT	2	10	886173	886182	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014796	AATAC	2	10	912419	912428	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_014796	TCTAT	2	10	912645	912654	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_014796	AAAAG	2	10	912725	912734	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014796	TTAAA	2	10	925670	925679	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014796	TTCTT	2	10	938894	938903	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_014796	ACTAG	2	10	946486	946495	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_014796	ACATC	2	10	974581	974590	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_014796	AATTT	2	10	976262	976271	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014796	ACAGC	2	10	983601	983610	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_014796	GTAGT	2	10	983746	983755	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014796	CAAAC	2	10	983777	983786	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_014796	TCTTT	2	10	987731	987740	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_014796	TATTG	2	10	987926	987935	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014796	TAAAT	2	10	1005284	1005293	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014796	TAGAT	2	10	1011372	1011381	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014796	GTAAC	2	10	1011707	1011716	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_014796	AACCT	2	10	1013185	1013194	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_014796	ACATA	2	10	1014851	1014860	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_014796	CTTCT	2	10	1017039	1017048	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_014796	TTAAA	2	10	1023994	1024003	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014796	AACAA	2	10	1024207	1024216	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_014796	TAAAA	2	10	1048810	1048819	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014796	AGCCC	2	10	1062433	1062442	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
136	NC_014796	TTAAT	2	10	1065371	1065380	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014796	AAAAG	2	10	1146663	1146672	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.