MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Liberibacter solanacearum CLso-ZC1 chromosome

Total Repeats: 320

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014774	TAGAA	2	10	1725	1734	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014774	ATTAT	2	10	6381	6390	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014774	ACAAT	2	10	7967	7976	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_014774	TAAGT	2	10	8577	8586	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014774	CATCA	2	10	8666	8675	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_014774	AATAT	2	10	16334	16343	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014774	ATAGG	2	10	25822	25831	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014774	TAAAA	2	10	26262	26271	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014774	ACTAT	2	10	29677	29686	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_014774	AAAAT	2	10	31095	31104	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014774	TCCCC	2	10	42302	42311	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
12	NC_014774	ACAAA	2	10	42871	42880	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_014774	TCATA	2	10	56670	56679	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_014774	TATAA	2	10	56689	56698	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014774	TACAC	2	10	56764	56773	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_014774	AAAAT	2	10	73113	73122	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014774	ATCAA	2	10	74567	74576	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_014774	AATAA	2	10	74585	74594	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014774	TATTT	3	15	78427	78441	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014774	ATTTT	2	10	80255	80264	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014774	TGTTT	2	10	82110	82119	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014774	AATCT	2	10	88741	88750	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_014774	CTATA	2	10	88811	88820	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_014774	TAAAA	2	10	88845	88854	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014774	TCTCC	2	10	88887	88896	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
26	NC_014774	GTTCT	2	10	94578	94587	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_014774	TGAGA	2	10	94656	94665	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014774	TGATT	2	10	108917	108926	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014774	TAAAT	2	10	109837	109846	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014774	AAATC	2	10	117499	117508	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_014774	AGGAA	2	10	120530	120539	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014774	ATTTA	2	10	133899	133908	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014774	AGATG	2	10	138688	138697	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014774	TTAAA	2	10	148573	148582	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014774	TAAAA	2	10	148666	148675	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014774	AAAAT	2	10	149105	149114	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014774	TTGTT	2	10	149996	150005	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014774	GCAAT	2	10	155908	155917	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_014774	AAATC	2	10	159890	159899	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_014774	TAAAA	2	10	166465	166474	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014774	ATAAA	2	10	166771	166780	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014774	AATAA	2	10	173478	173487	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014774	GTACT	2	10	173497	173506	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_014774	TATCT	2	10	176062	176071	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_014774	AAGAC	2	10	190927	190936	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_014774	CAAAA	2	10	194765	194774	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_014774	TATAA	2	10	202677	202686	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014774	ATCTT	2	10	217264	217273	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_014774	CTGAA	2	10	217599	217608	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_014774	ATAAA	2	10	226066	226075	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014774	TTATA	2	10	243760	243769	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014774	ACCAA	2	10	244507	244516	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_014774	CAATA	2	10	244800	244809	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_014774	AAAAT	2	10	266333	266342	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014774	TTATT	2	10	266518	266527	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014774	TTTAG	2	10	289875	289884	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014774	CGCAA	2	10	300292	300301	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_014774	ATATT	2	10	303502	303511	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014774	ATTTT	2	10	303592	303601	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014774	AATTT	2	10	303706	303715	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014774	GAATA	2	10	305814	305823	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014774	TTTTC	2	10	306949	306958	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_014774	TCGTG	2	10	306997	307006	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_014774	TGGGC	2	10	307156	307165	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
65	NC_014774	ATAGC	2	10	310710	310719	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_014774	TTATT	2	10	311091	311100	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014774	TTTGA	2	10	322841	322850	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014774	CATTT	2	10	326889	326898	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_014774	TAATG	2	10	331309	331318	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014774	TTATA	2	10	332187	332196	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014774	TAAAA	2	10	332796	332805	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014774	TGATT	2	10	338798	338807	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014774	GATTA	2	10	343295	343304	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014774	TTATT	2	10	343555	343564	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014774	CAAAT	2	10	343651	343660	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_014774	CATGC	2	10	352565	352574	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_014774	TTTTC	2	10	357720	357729	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_014774	TATAT	2	10	359159	359168	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014774	ATTTG	2	10	361384	361393	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014774	TTTTA	2	10	361633	361642	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014774	ATTTT	2	10	362675	362684	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014774	ATAAA	2	10	368545	368554	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014774	AATGT	2	10	368622	368631	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014774	TAAAA	2	10	372017	372026	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014774	TAAAA	2	10	372036	372045	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014774	TATAT	2	10	372052	372061	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014774	TAATT	2	10	372370	372379	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014774	TTGTT	2	10	377772	377781	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014774	ATTTT	2	10	400028	400037	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014774	TAAAA	2	10	409466	409475	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014774	TTTTA	2	10	411973	411982	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014774	TTGTT	2	10	418904	418913	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014774	CATTT	2	10	419427	419436	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_014774	ACAAG	2	10	419558	419567	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_014774	TCCTC	2	10	435200	435209	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
96	NC_014774	TCGAT	2	10	437941	437950	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_014774	TTTTA	2	10	444726	444735	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014774	TTCTA	2	10	448231	448240	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_014774	TGAAA	2	10	451950	451959	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014774	ATGGT	2	10	452922	452931	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014774	TTTTA	2	10	454703	454712	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014774	AGGAT	2	10	480618	480627	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014774	GTATA	2	10	483372	483381	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014774	TTCAT	2	10	493854	493863	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_014774	TACTA	2	10	496262	496271	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_014774	AATGA	2	10	496922	496931	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014774	ACGTC	2	10	504694	504703	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_014774	AATAA	2	10	504764	504773	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014774	TCTAT	2	10	508427	508436	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_014774	TTATG	2	10	508779	508788	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014774	ATATT	2	10	516143	516152	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014774	ATTTT	3	15	516900	516914	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014774	AGGGA	2	10	516977	516986	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014774	ATTTT	2	10	524394	524403	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014774	TAAAA	2	10	534896	534905	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014774	CAATA	2	10	536887	536896	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_014774	TATTC	2	10	542728	542737	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_014774	TTAAT	2	10	545647	545656	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014774	AGAAT	2	10	546796	546805	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014774	TTTGT	2	10	554463	554472	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014774	AGATA	2	10	554530	554539	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014774	TAATT	2	10	555711	555720	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014774	TGATT	2	10	555826	555835	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014774	TTTGT	2	10	555878	555887	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_014774	ATGAG	2	10	558474	558483	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014774	TTAGC	2	10	559345	559354	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_014774	TGAAA	2	10	571950	571959	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014774	AAGAA	2	10	583298	583307	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014774	TATCT	2	10	595968	595977	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_014774	ACCTA	2	10	603191	603200	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_014774	GGTAA	2	10	603903	603912	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014774	TTTCT	2	10	606960	606969	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_014774	CTATA	2	10	608869	608878	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_014774	TGAGA	2	10	612763	612772	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014774	GAATA	2	10	614150	614159	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014774	TTTTC	2	10	615286	615295	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_014774	TCGTG	2	10	615334	615343	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_014774	TGGGC	2	10	615493	615502	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
139	NC_014774	ATAGC	2	10	619044	619053	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_014774	ATTTT	2	10	624043	624052	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_014774	AAAAT	2	10	637854	637863	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_014774	AAAAT	2	10	637895	637904	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014774	TCTTA	2	10	637936	637945	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_014774	TGATT	2	10	638157	638166	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014774	TTTTA	2	10	638204	638213	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_014774	TTTTC	2	10	639641	639650	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_014774	ATTTT	2	10	640091	640100	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014774	TAATA	2	10	641760	641769	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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292	NC_014774	ATTTT	2	10	1102862	1102871	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_014774	TAAAA	2	10	1105024	1105033	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_014774	AGATT	2	10	1107867	1107876	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
295	NC_014774	GCAAA	2	10	1126925	1126934	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
296	NC_014774	ACCAA	2	10	1129624	1129633	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
297	NC_014774	AAACT	2	10	1131067	1131076	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
298	NC_014774	ATTTT	2	10	1150078	1150087	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_014774	TAAAA	2	10	1150280	1150289	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_014774	TTTGA	2	10	1150459	1150468	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
301	NC_014774	GAAAA	2	10	1161827	1161836	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
302	NC_014774	ATCTT	2	10	1163509	1163518	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
303	NC_014774	ATACA	2	10	1163981	1163990	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
304	NC_014774	TCAAT	2	10	1166970	1166979	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
305	NC_014774	TAATT	2	10	1173217	1173226	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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307	NC_014774	CTACT	2	10	1189140	1189149	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
308	NC_014774	CTTTT	2	10	1190182	1190191	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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311	NC_014774	ATGCA	2	10	1195715	1195724	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
312	NC_014774	AACAT	2	10	1199684	1199693	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
313	NC_014774	GAAGA	2	10	1209800	1209809	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
314	NC_014774	GACAC	2	10	1209925	1209934	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
315	NC_014774	ATTTA	2	10	1232960	1232969	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
316	NC_014774	CAAAA	2	10	1233191	1233200	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
317	NC_014774	ATACT	3	15	1233964	1233978	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
318	NC_014774	TATAC	2	10	1233988	1233997	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
319	NC_014774	TTGAT	2	10	1235130	1235139	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
320	NC_014774	TATAA	2	10	1243546	1243555	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.