MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR05

Total Repeats: 312

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014737	GCC	2	6	534	539	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122740
2	NC_014737	ATG	2	6	606	611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313122740
3	NC_014737	TCC	2	6	615	620	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122740
4	NC_014737	CGA	2	6	640	645	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122740
5	NC_014737	TCG	2	6	658	663	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122740
6	NC_014737	CGG	2	6	705	710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	313122740
7	NC_014737	ATC	2	6	711	716	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	313122740
8	NC_014737	CAG	2	6	783	788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122740
9	NC_014737	GAG	2	6	794	799	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122740
10	NC_014737	TCG	2	6	825	830	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122740
11	NC_014737	TCG	2	6	864	869	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122740
12	NC_014737	ATG	2	6	873	878	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313122740
13	NC_014737	GAC	2	6	879	884	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122740
14	NC_014737	GTG	2	6	887	892	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	313122740
15	NC_014737	ACC	2	6	928	933	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	313122740
16	NC_014737	GTC	2	6	947	952	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122740
17	NC_014737	CGT	2	6	970	975	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122740
18	NC_014737	GAC	2	6	1037	1042	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122740
19	NC_014737	AGG	2	6	1062	1067	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122740
20	NC_014737	GAC	2	6	1100	1105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122740
21	NC_014737	TCC	2	6	1119	1124	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122740
22	NC_014737	GTT	2	6	1271	1276	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	313122740
23	NC_014737	CGG	2	6	1331	1336	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	313122740
24	NC_014737	CCG	2	6	1359	1364	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122740
25	NC_014737	GAT	2	6	1403	1408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313122740
26	NC_014737	CTT	2	6	1421	1426	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	313122740
27	NC_014737	GTC	2	6	1541	1546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122740
28	NC_014737	CGT	2	6	1580	1585	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122740
29	NC_014737	GGT	2	6	1634	1639	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	313122740
30	NC_014737	CGA	2	6	1782	1787	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122741
31	NC_014737	CGT	2	6	1818	1823	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122741
32	NC_014737	AGG	2	6	1853	1858	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122741
33	NC_014737	TGA	2	6	1896	1901	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313122741
34	NC_014737	ACG	2	6	1923	1928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122741
35	NC_014737	GAG	2	6	1954	1959	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122741
36	NC_014737	CTC	3	9	1960	1968	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122741
37	NC_014737	CTC	2	6	2023	2028	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122741
38	NC_014737	TTC	2	6	2105	2110	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	313122741
39	NC_014737	AGG	2	6	2144	2149	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122741
40	NC_014737	TCG	2	6	2204	2209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122741
41	NC_014737	CGA	2	6	2235	2240	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122741
42	NC_014737	CGA	2	6	2265	2270	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122741
43	NC_014737	TCG	2	6	2288	2293	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122741
44	NC_014737	CCT	2	6	2322	2327	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122741
45	NC_014737	CAG	2	6	2338	2343	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122741
46	NC_014737	GAC	2	6	2351	2356	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122741
47	NC_014737	GTC	2	6	2386	2391	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122741
48	NC_014737	GTC	2	6	2490	2495	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
49	NC_014737	GCA	2	6	2564	2569	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122742
50	NC_014737	AAC	2	6	2584	2589	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	313122742
51	NC_014737	TCG	2	6	2626	2631	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
52	NC_014737	CCT	2	6	2639	2644	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122742
53	NC_014737	GAG	2	6	2766	2771	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122742
54	NC_014737	CTC	2	6	2796	2801	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122742
55	NC_014737	TCG	2	6	2839	2844	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
56	NC_014737	GTC	2	6	2859	2864	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
57	NC_014737	GTC	2	6	2868	2873	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
58	NC_014737	CCA	2	6	2948	2953	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	313122742
59	NC_014737	CGG	2	6	2969	2974	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	313122742
60	NC_014737	CTG	2	6	3060	3065	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
61	NC_014737	CGT	2	6	3074	3079	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
62	NC_014737	AGA	2	6	3119	3124	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	313122742
63	NC_014737	TCG	2	6	3172	3177	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
64	NC_014737	CTC	3	9	3180	3188	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122742
65	NC_014737	GCT	2	6	3240	3245	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122742
66	NC_014737	CAG	2	6	3269	3274	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122743
67	NC_014737	AGG	2	6	3327	3332	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122743
68	NC_014737	GTC	2	6	3410	3415	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122743
69	NC_014737	TCG	2	6	3417	3422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122743
70	NC_014737	GTA	2	6	3449	3454	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313122743
71	NC_014737	GAT	2	6	3461	3466	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313122743
72	NC_014737	CGT	2	6	3493	3498	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122743
73	NC_014737	CTC	2	6	3503	3508	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122743
74	NC_014737	GTC	2	6	3533	3538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122743
75	NC_014737	CAT	2	6	3623	3628	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	313122743
76	NC_014737	TCG	2	6	3684	3689	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122743
77	NC_014737	CAT	2	6	3749	3754	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	313122743
78	NC_014737	GCC	2	6	3765	3770	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122743
79	NC_014737	CAT	3	9	3812	3820	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	313122743
80	NC_014737	TCG	2	6	3822	3827	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122743
81	NC_014737	CTC	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122743
82	NC_014737	CTC	2	6	3902	3907	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122743
83	NC_014737	TCC	2	6	3912	3917	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122743
84	NC_014737	CGT	2	6	3920	3925	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122743
85	NC_014737	TTC	2	6	4331	4336	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	313122743
86	NC_014737	TCC	2	6	4371	4376	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122743
87	NC_014737	GGT	2	6	4377	4382	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	313122743
88	NC_014737	GAC	2	6	4859	4864	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122744
89	NC_014737	CCG	2	6	4891	4896	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122744
90	NC_014737	CCG	2	6	4908	4913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122744
91	NC_014737	GAA	2	6	4955	4960	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	313122744
92	NC_014737	GTG	2	6	5058	5063	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	313122744
93	NC_014737	TCG	2	6	5111	5116	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122745
94	NC_014737	CGG	2	6	5124	5129	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	313122745
95	NC_014737	CGT	3	9	5160	5168	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122745
96	NC_014737	CGC	2	6	5181	5186	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122745
97	NC_014737	CTG	2	6	5187	5192	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122745
98	NC_014737	GCT	2	6	5194	5199	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122745
99	NC_014737	CGA	2	6	5638	5643	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
100	NC_014737	CTC	2	6	5675	5680	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122746
101	NC_014737	CGA	2	6	5704	5709	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
102	NC_014737	CTC	2	6	5744	5749	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122746
103	NC_014737	GCC	2	6	5771	5776	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122746
104	NC_014737	GAC	2	6	5897	5902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
105	NC_014737	CGA	2	6	5929	5934	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
106	NC_014737	AGC	2	6	5943	5948	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
107	NC_014737	AGG	2	6	5955	5960	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122746
108	NC_014737	GTC	2	6	5966	5971	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122746
109	NC_014737	AGG	2	6	6090	6095	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122746
110	NC_014737	ACT	2	6	6096	6101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	313122746
111	NC_014737	TCA	2	6	6111	6116	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	313122746
112	NC_014737	TCC	2	6	6198	6203	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	313122746
113	NC_014737	CAC	2	6	6339	6344	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	313122746
114	NC_014737	CGA	3	9	6349	6357	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
115	NC_014737	GCC	2	6	6365	6370	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122746
116	NC_014737	CGG	2	6	6376	6381	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	313122746
117	NC_014737	CCG	2	6	6579	6584	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122746
118	NC_014737	TCG	2	6	6588	6593	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122746
119	NC_014737	CCG	2	6	6609	6614	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122746
120	NC_014737	GGC	2	6	6619	6624	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	313122746
121	NC_014737	AGG	2	6	6633	6638	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122746
122	NC_014737	GAC	2	6	6686	6691	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
123	NC_014737	CGA	2	6	6721	6726	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
124	NC_014737	CGA	2	6	6742	6747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
125	NC_014737	CGA	2	6	6751	6756	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
126	NC_014737	ACG	2	6	6765	6770	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
127	NC_014737	CGA	2	6	6784	6789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
128	NC_014737	GAC	2	6	6806	6811	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
129	NC_014737	GGA	2	6	6826	6831	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	313122746
130	NC_014737	GCC	2	6	6838	6843	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313122746
131	NC_014737	GAC	2	6	6857	6862	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
132	NC_014737	CGG	2	6	6895	6900	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	313122746
133	NC_014737	GAC	4	12	6917	6928	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122746
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243	NC_014737	CCA	2	6	13235	13240	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	313122752
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247	NC_014737	TTC	2	6	13436	13441	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	313122753
248	NC_014737	CAG	2	6	13473	13478	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313122753
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251	NC_014737	CGT	2	6	13831	13836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122753
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253	NC_014737	CGT	2	6	13887	13892	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122754
254	NC_014737	GGC	2	6	13930	13935	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	313122754
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.