MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR03

Total Repeats: 77

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014736	ACGAAC	2	12	1132	1143	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	313122550
2	NC_014736	TCGTTC	2	12	7842	7853	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	313122556
3	NC_014736	CGGCGA	2	12	8634	8645	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313122557
4	NC_014736	GTCTGC	2	12	9280	9291	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122557
5	NC_014736	GAGAAC	2	12	9832	9843	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	313122558
6	NC_014736	GAGCGC	2	12	10147	10158	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313122558
7	NC_014736	TGCTCC	2	12	21173	21184	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	313122568
8	NC_014736	ACGTGT	2	12	24466	24477	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313122571
9	NC_014736	TCTGTC	2	12	29037	29048	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	313122575
10	NC_014736	CGAGGA	2	12	32396	32407	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313122578
11	NC_014736	CTCAGT	2	12	32502	32513	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313122578
12	NC_014736	CGGCTT	2	12	35762	35773	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122580
13	NC_014736	CTACGA	2	12	47574	47585	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313122589
14	NC_014736	GGTGCC	2	12	60458	60469	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313122602
15	NC_014736	ATTCGA	2	12	60626	60637	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	313122602
16	NC_014736	AAGTCG	2	12	65559	65570	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313122605
17	NC_014736	CCGCAA	2	12	66154	66165	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	313122606
18	NC_014736	CCAGTC	2	12	67223	67234	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313122606
19	NC_014736	GTCGCA	2	12	67668	67679	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313122606
20	NC_014736	GGATTC	2	12	77351	77362	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313122612
21	NC_014736	CATGGA	2	12	78624	78635	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313122612
22	NC_014736	CGGCGA	2	12	79759	79770	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313122613
23	NC_014736	CGACGG	2	12	80362	80373	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313122613
24	NC_014736	ATCGCT	2	12	84208	84219	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313122615
25	NC_014736	TGCCGA	2	12	84755	84766	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313122616
26	NC_014736	CAAGGA	2	12	85173	85184	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	313122616
27	NC_014736	GATGCC	2	12	88815	88826	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313122620
28	NC_014736	TCGGCC	2	12	89039	89050	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313122620
29	NC_014736	CGGCGT	2	12	90087	90098	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313122622
30	NC_014736	TCGGAT	2	12	91881	91892	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313122624
31	NC_014736	TCGAAA	2	12	94128	94139	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	313122625
32	NC_014736	GACGTC	2	12	94205	94216	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313122625
33	NC_014736	CTGTTC	2	12	94802	94813	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	313122625
34	NC_014736	GTCGAA	2	12	96107	96118	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313122628
35	NC_014736	CGCCAG	2	12	100328	100339	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313122633
36	NC_014736	CGATCC	2	12	102453	102464	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313122635
37	NC_014736	CGACTT	2	12	104109	104120	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313122636
38	NC_014736	TCGAAC	2	12	104542	104553	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313122637
39	NC_014736	CAAGTC	2	12	106453	106464	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313122639
40	NC_014736	ACGTCC	2	12	107687	107698	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313122640
41	NC_014736	GTAATC	2	12	109120	109131	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	313122642
42	NC_014736	GATCCA	2	12	111139	111150	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313122643
43	NC_014736	CGACTA	2	12	112535	112546	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313122646
44	NC_014736	GCCACC	2	12	115075	115086	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	313122647
45	NC_014736	GAGGTC	2	12	116103	116114	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	313122648
46	NC_014736	CGGTCG	2	12	116686	116697	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313122649
47	NC_014736	GTCGCA	2	12	118955	118966	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313122652
48	NC_014736	TTGGAC	2	12	118997	119008	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313122652
49	NC_014736	TAGAGA	2	12	119469	119480	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	313122652
50	NC_014736	CGTGTT	2	12	121296	121307	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313122655
51	NC_014736	ATCCAG	2	12	122971	122982	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313122657
52	NC_014736	ACTCCG	2	12	123298	123309	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313122658
53	NC_014736	TCGCGC	2	12	126464	126475	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313122661
54	NC_014736	ATCAGT	2	12	127980	127991	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	313122663
55	NC_014736	AACTCG	2	12	130749	130760	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313122667
56	NC_014736	GCCGAC	2	12	131192	131203	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313122667
57	NC_014736	CGGCCG	2	12	131622	131633	0 %	0 %	50 %	50 %	313122668
58	NC_014736	GTCTTC	2	12	134564	134575	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	313122671
59	NC_014736	ACCCAG	2	12	138960	138971	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	313122674
60	NC_014736	TCCACT	2	12	143457	143468	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	313122680
61	NC_014736	CTCCGT	2	12	147938	147949	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	313122682
62	NC_014736	CACGTA	2	12	166387	166398	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313122700
63	NC_014736	CGAAAA	2	12	169365	169376	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	313122702
64	NC_014736	TCGATG	2	12	170303	170314	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313122703
65	NC_014736	CGCGAG	2	12	170979	170990	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313122704
66	NC_014736	GTCACG	2	12	176640	176651	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313122710
67	NC_014736	GCTTCC	2	12	180011	180022	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	313122713
68	NC_014736	TTGTCG	2	12	181469	181480	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313122714
69	NC_014736	TCGGTT	2	12	181534	181545	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313122714
70	NC_014736	AACGGT	2	12	186452	186463	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313122719
71	NC_014736	CTCGCA	2	12	187727	187738	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313122721
72	NC_014736	TGATCG	2	12	189433	189444	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313122723
73	NC_014736	GGAACG	2	12	200656	200667	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313122732
74	NC_014736	TTCGGC	2	12	200696	200707	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313122732
75	NC_014736	TTCGGT	2	12	201035	201046	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313122732
76	NC_014736	ATCGAG	2	12	203653	203664	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313122734
77	NC_014736	GGGCAC	2	12	206066	206077	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313122735

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.