MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR03

Total Repeats: 142

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014736	GATGC	2	10	8058	8067	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_014736	GTGCC	2	10	9497	9506	0 %	20 %	40 %	40 %	313122557
3	NC_014736	CCCTC	2	10	10029	10038	0 %	20 %	0 %	80 %	313122558
4	NC_014736	CGTCC	2	10	10201	10210	0 %	20 %	20 %	60 %	313122558
5	NC_014736	GTCGG	2	10	10480	10489	0 %	20 %	60 %	20 %	313122558
6	NC_014736	GCGTC	2	10	10944	10953	0 %	20 %	40 %	40 %	313122558
7	NC_014736	CGATC	2	10	12386	12395	20 %	20 %	20 %	40 %	313122559
8	NC_014736	CTGAC	2	10	13162	13171	20 %	20 %	20 %	40 %	313122560
9	NC_014736	ACTAC	2	10	13601	13610	40 %	20 %	0 %	40 %	313122560
10	NC_014736	GTGGC	2	10	14893	14902	0 %	20 %	60 %	20 %	313122561
11	NC_014736	GTCGA	2	10	17204	17213	20 %	20 %	40 %	20 %	313122562
12	NC_014736	GTACT	2	10	17225	17234	20 %	40 %	20 %	20 %	313122562
13	NC_014736	CGACG	2	10	17302	17311	20 %	0 %	40 %	40 %	313122562
14	NC_014736	CGCAT	2	10	18548	18557	20 %	20 %	20 %	40 %	313122564
15	NC_014736	GTCCC	2	10	20932	20941	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
16	NC_014736	AAATC	2	10	23474	23483	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_014736	GTCTC	2	10	24161	24170	0 %	40 %	20 %	40 %	313122571
18	NC_014736	ACCGC	2	10	26246	26255	20 %	0 %	20 %	60 %	313122573
19	NC_014736	GCTCA	2	10	29612	29621	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_014736	TTTCA	2	10	29940	29949	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_014736	GTATC	2	10	32635	32644	20 %	40 %	20 %	20 %	313122578
22	NC_014736	GCCAC	2	10	33905	33914	20 %	0 %	20 %	60 %	313122578
23	NC_014736	GACGA	2	10	36860	36869	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_014736	AGCGG	2	10	37031	37040	20 %	0 %	60 %	20 %	313122581
25	NC_014736	CACCG	2	10	37810	37819	20 %	0 %	20 %	60 %	313122581
26	NC_014736	GACGG	2	10	39881	39890	20 %	0 %	60 %	20 %	313122583
27	NC_014736	GTCGG	2	10	40087	40096	0 %	20 %	60 %	20 %	313122583
28	NC_014736	TCTCG	2	10	40954	40963	0 %	40 %	20 %	40 %	313122583
29	NC_014736	CTGTC	2	10	41117	41126	0 %	40 %	20 %	40 %	313122583
30	NC_014736	CCGGA	2	10	42126	42135	20 %	0 %	40 %	40 %	313122584
31	NC_014736	TGTGG	2	10	42762	42771	0 %	40 %	60 %	0 %	313122584
32	NC_014736	TCGAC	2	10	42825	42834	20 %	20 %	20 %	40 %	313122584
33	NC_014736	CCGAC	2	10	43833	43842	20 %	0 %	20 %	60 %	313122585
34	NC_014736	CTGTC	2	10	45466	45475	0 %	40 %	20 %	40 %	313122586
35	NC_014736	GAACT	2	10	46918	46927	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_014736	AGTCA	2	10	51146	51155	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_014736	GTCAG	2	10	56509	56518	20 %	20 %	40 %	20 %	313122598
38	NC_014736	TCCGC	2	10	58658	58667	0 %	20 %	20 %	60 %	313122600
39	NC_014736	GAATC	2	10	59584	59593	40 %	20 %	20 %	20 %	313122601
40	NC_014736	ATCGA	2	10	61802	61811	40 %	20 %	20 %	20 %	313122603
41	NC_014736	AATCA	2	10	67205	67214	60 %	20 %	0 %	20 %	313122606
42	NC_014736	AACTC	2	10	68056	68065	40 %	20 %	0 %	40 %	313122606
43	NC_014736	CCACG	2	10	69213	69222	20 %	0 %	20 %	60 %	313122606
44	NC_014736	TGTAC	2	10	72222	72231	20 %	40 %	20 %	20 %	313122606
45	NC_014736	CAAAG	2	10	74600	74609	60 %	0 %	20 %	20 %	313122609
46	NC_014736	AGCAA	2	10	74627	74636	60 %	0 %	20 %	20 %	313122609
47	NC_014736	CAACT	2	10	74711	74720	40 %	20 %	0 %	40 %	313122609
48	NC_014736	GCGTG	2	10	74846	74855	0 %	20 %	60 %	20 %	313122610
49	NC_014736	GTCGA	2	10	77445	77454	20 %	20 %	40 %	20 %	313122612
50	NC_014736	GGACA	2	10	77845	77854	40 %	0 %	40 %	20 %	313122612
51	NC_014736	CCGTC	2	10	82330	82339	0 %	20 %	20 %	60 %	313122614
52	NC_014736	TTCGG	2	10	83361	83370	0 %	40 %	40 %	20 %	313122615
53	NC_014736	CCGTC	2	10	90926	90935	0 %	20 %	20 %	60 %	313122623
54	NC_014736	CGGAG	2	10	90979	90988	20 %	0 %	60 %	20 %	313122623
55	NC_014736	AGGTG	2	10	91184	91193	20 %	20 %	60 %	0 %	313122623
56	NC_014736	CCACC	2	10	94006	94015	20 %	0 %	0 %	80 %	313122625
57	NC_014736	CGGTC	2	10	94447	94456	0 %	20 %	40 %	40 %	313122625
58	NC_014736	CCGAC	2	10	95619	95628	20 %	0 %	20 %	60 %	313122627
59	NC_014736	CGTGG	2	10	96944	96953	0 %	20 %	60 %	20 %	313122630
60	NC_014736	CGAAC	2	10	98071	98080	40 %	0 %	20 %	40 %	313122632
61	NC_014736	CAGTT	2	10	99461	99470	20 %	40 %	20 %	20 %	313122632
62	NC_014736	TCCGT	2	10	100091	100100	0 %	40 %	20 %	40 %	313122633
63	NC_014736	TCGAA	2	10	100124	100133	40 %	20 %	20 %	20 %	313122633
64	NC_014736	TGGCA	2	10	100987	100996	20 %	20 %	40 %	20 %	313122633
65	NC_014736	ACTAA	2	10	101335	101344	60 %	20 %	0 %	20 %	313122633
66	NC_014736	GATAC	2	10	101572	101581	40 %	20 %	20 %	20 %	313122634
67	NC_014736	ATCTG	2	10	104003	104012	20 %	40 %	20 %	20 %	313122636
68	NC_014736	CTACG	2	10	105680	105689	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_014736	CGAAC	2	10	112001	112010	40 %	0 %	20 %	40 %	313122644
70	NC_014736	TCAAC	2	10	112316	112325	40 %	20 %	0 %	40 %	313122645
71	NC_014736	CAGCG	2	10	114238	114247	20 %	0 %	40 %	40 %	313122647
72	NC_014736	CAACC	2	10	115572	115581	40 %	0 %	0 %	60 %	313122648
73	NC_014736	CGACT	2	10	116314	116323	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_014736	CAGTC	2	10	118155	118164	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_014736	GGGAA	2	10	121118	121127	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014736	GGGTG	2	10	122700	122709	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014736	GCGTT	2	10	124797	124806	0 %	40 %	40 %	20 %	313122660
78	NC_014736	GGTCG	2	10	126034	126043	0 %	20 %	60 %	20 %	313122661
79	NC_014736	CCAAA	2	10	127396	127405	60 %	0 %	0 %	40 %	313122662
80	NC_014736	CGTCT	2	10	127881	127890	0 %	40 %	20 %	40 %	313122663
81	NC_014736	TGACC	2	10	128939	128948	20 %	20 %	20 %	40 %	313122664
82	NC_014736	ATCGA	2	10	129486	129495	40 %	20 %	20 %	20 %	313122665
83	NC_014736	CACAC	2	10	130363	130372	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
84	NC_014736	CGCTG	2	10	130615	130624	0 %	20 %	40 %	40 %	313122667
85	NC_014736	CCAGC	2	10	132558	132567	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
86	NC_014736	ATCGG	2	10	133518	133527	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_014736	GCCGG	2	10	136043	136052	0 %	0 %	60 %	40 %	313122673
88	NC_014736	GAACC	2	10	136950	136959	40 %	0 %	20 %	40 %	313122673
89	NC_014736	CAGAC	2	10	137100	137109	40 %	0 %	20 %	40 %	313122673
90	NC_014736	CGAAA	2	10	138132	138141	60 %	0 %	20 %	20 %	313122674
91	NC_014736	CAGAA	2	10	138572	138581	60 %	0 %	20 %	20 %	313122674
92	NC_014736	CGAAA	2	10	139304	139313	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_014736	AAAAG	2	10	141322	141331	80 %	0 %	20 %	0 %	313122677
94	NC_014736	TGCCG	2	10	142177	142186	0 %	20 %	40 %	40 %	313122678
95	NC_014736	CACCG	2	10	143050	143059	20 %	0 %	20 %	60 %	313122679
96	NC_014736	CGTTC	2	10	146344	146353	0 %	40 %	20 %	40 %	313122682
97	NC_014736	ATCCC	2	10	146358	146367	20 %	20 %	0 %	60 %	313122682
98	NC_014736	TGCCG	2	10	146990	146999	0 %	20 %	40 %	40 %	313122682
99	NC_014736	GTCGC	2	10	147343	147352	0 %	20 %	40 %	40 %	313122682
100	NC_014736	GCGTC	2	10	148573	148582	0 %	20 %	40 %	40 %	313122682
101	NC_014736	GTTTT	2	10	152165	152174	0 %	80 %	20 %	0 %	313122686
102	NC_014736	GTACT	2	10	152339	152348	20 %	40 %	20 %	20 %	313122686
103	NC_014736	TCGAC	2	10	153887	153896	20 %	20 %	20 %	40 %	313122689
104	NC_014736	CCAAC	2	10	154432	154441	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
105	NC_014736	GGCAG	2	10	155602	155611	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
106	NC_014736	TGGCG	2	10	156154	156163	0 %	20 %	60 %	20 %	313122692
107	NC_014736	ATATG	2	10	156995	157004	40 %	40 %	20 %	0 %	313122693
108	NC_014736	CTGAC	2	10	157406	157415	20 %	20 %	20 %	40 %	313122694
109	NC_014736	TCTTG	2	10	161273	161282	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_014736	CACGT	2	10	162849	162858	20 %	20 %	20 %	40 %	313122698
111	NC_014736	GCTCC	2	10	164584	164593	0 %	20 %	20 %	60 %	313122699
112	NC_014736	TCGGG	2	10	164902	164911	0 %	20 %	60 %	20 %	313122699
113	NC_014736	CGTAC	2	10	164944	164953	20 %	20 %	20 %	40 %	313122699
114	NC_014736	GTGAC	2	10	165068	165077	20 %	20 %	40 %	20 %	313122699
115	NC_014736	CGCGG	2	10	165307	165316	0 %	0 %	60 %	40 %	313122699
116	NC_014736	CGCCC	2	10	165601	165610	0 %	0 %	20 %	80 %	313122699
117	NC_014736	GCGAC	2	10	165640	165649	20 %	0 %	40 %	40 %	313122699
118	NC_014736	ATCGA	2	10	168017	168026	40 %	20 %	20 %	20 %	313122700
119	NC_014736	ACAAG	2	10	168077	168086	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_014736	AAACG	2	10	168103	168112	60 %	0 %	20 %	20 %	313122701
121	NC_014736	CAACA	2	10	171535	171544	60 %	0 %	0 %	40 %	313122705
122	NC_014736	TCAGC	2	10	171758	171767	20 %	20 %	20 %	40 %	313122705
123	NC_014736	ACAGT	2	10	172195	172204	40 %	20 %	20 %	20 %	313122705
124	NC_014736	CTTGT	2	10	172255	172264	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_014736	GCTCG	2	10	172382	172391	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
126	NC_014736	CCAAG	2	10	173501	173510	40 %	0 %	20 %	40 %	313122708
127	NC_014736	TCGTC	2	10	173519	173528	0 %	40 %	20 %	40 %	313122708
128	NC_014736	CGGTC	2	10	173757	173766	0 %	20 %	40 %	40 %	313122708
129	NC_014736	CGGTG	2	10	174554	174563	0 %	20 %	60 %	20 %	313122709
130	NC_014736	ACGAA	2	10	174952	174961	60 %	0 %	20 %	20 %	313122709
131	NC_014736	CCGTC	2	10	181169	181178	0 %	20 %	20 %	60 %	313122714
132	NC_014736	CTGTC	2	10	184883	184892	0 %	40 %	20 %	40 %	313122718
133	NC_014736	GTAAT	2	10	185792	185801	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014736	TGTAC	2	10	188547	188556	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_014736	AGCCG	2	10	192544	192553	20 %	0 %	40 %	40 %	313122725
136	NC_014736	GTCAC	2	10	192738	192747	20 %	20 %	20 %	40 %	313122725
137	NC_014736	TCACG	2	10	196809	196818	20 %	20 %	20 %	40 %	313122729
138	NC_014736	GCAGA	2	10	196939	196948	40 %	0 %	40 %	20 %	313122729
139	NC_014736	TCAAT	2	10	204140	204149	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_014736	TACGG	2	10	204554	204563	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_014736	GCGTG	2	10	207257	207266	0 %	20 %	60 %	20 %	313122736
142	NC_014736	TATCA	2	10	208711	208720	40 %	40 %	0 %	20 %	313122738

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.