MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR01

Total Repeats: 122

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014735	GTCTCG	2	12	184	195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313117185
2	NC_014735	CGAAGC	2	12	4020	4031	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313117188
3	NC_014735	ACAGAA	2	12	9109	9120	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	313117196
4	NC_014735	TCGATA	2	12	20449	20460	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	313117207
5	NC_014735	GCAGAT	2	12	21425	21436	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313117208
6	NC_014735	AACTCC	2	12	22212	22223	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	313117210
7	NC_014735	TCAGTT	2	12	44111	44122	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	313117229
8	NC_014735	CGACTG	2	12	57125	57136	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313117237
9	NC_014735	GACGGA	2	12	57384	57395	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313117237
10	NC_014735	GGAGCA	2	12	60246	60257	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313117239
11	NC_014735	GGTCTC	2	12	60500	60511	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313117240
12	NC_014735	TCGCGT	2	12	62157	62168	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313117242
13	NC_014735	TCAAAC	2	12	62373	62384	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	313117242
14	NC_014735	CGGCGA	2	12	64019	64030	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313117245
15	NC_014735	CGACAG	2	12	65373	65384	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313117246
16	NC_014735	CTCGAA	2	12	67005	67016	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117248
17	NC_014735	TGTTCA	2	12	73232	73243	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	313117253
18	NC_014735	CTCGGT	2	12	80929	80940	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313117258
19	NC_014735	CGGTGC	2	12	82284	82295	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313117259
20	NC_014735	GTCTGG	2	12	85497	85508	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	313117262
21	NC_014735	TCGAAG	2	12	86046	86057	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313117263
22	NC_014735	TCGAAG	2	12	86526	86537	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313117263
23	NC_014735	TTGAGA	2	12	91476	91487	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313117266
24	NC_014735	GCGACG	2	12	93131	93142	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313117267
25	NC_014735	TCTCGA	2	12	98694	98705	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313117270
26	NC_014735	TCGTCT	2	12	103423	103434	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	313117274
27	NC_014735	TCCGCA	2	12	111934	111945	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313117283
28	NC_014735	ACGAAG	2	12	113160	113171	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	313117285
29	NC_014735	TCGAAC	2	12	113172	113183	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117285
30	NC_014735	TCATCG	2	12	116853	116864	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313117288
31	NC_014735	ACCATC	2	12	123104	123115	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	313117295
32	NC_014735	CGTGGT	2	12	124490	124501	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	313117297
33	NC_014735	GTCCGA	2	12	124604	124615	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313117297
34	NC_014735	ACTTCG	2	12	126936	126947	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313117300
35	NC_014735	CTGTTC	2	12	127025	127036	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	313117300
36	NC_014735	AAGGAG	2	12	128288	128299	50 %	0 %	50 %	0 %	313117303
37	NC_014735	AAGCGC	2	12	132410	132421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313117305
38	NC_014735	GGCCGC	2	12	135063	135074	0 %	0 %	50 %	50 %	313117308
39	NC_014735	GTCTTC	2	12	135201	135212	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	313117308
40	NC_014735	CAGACG	2	12	138109	138120	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313117311
41	NC_014735	TCTTCC	2	12	138587	138598	0 %	50 %	0 %	50 %	313117311
42	NC_014735	GCCGAC	2	12	140620	140631	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313117313
43	NC_014735	CCGGCC	2	12	141607	141618	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313117314
44	NC_014735	CGGCAT	2	12	145540	145551	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313117318
45	NC_014735	GAACGT	2	12	146425	146436	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313117318
46	NC_014735	GCCGTC	2	12	151115	151126	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313117321
47	NC_014735	GTTCGT	2	12	151960	151971	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313117321
48	NC_014735	GTGGCG	2	12	166664	166675	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	313117335
49	NC_014735	TGAGTC	2	12	167292	167303	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313117336
50	NC_014735	CCGATG	2	12	167483	167494	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313117336
51	NC_014735	GTTCCT	2	12	168777	168788	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	313117337
52	NC_014735	TGACAG	2	12	168871	168882	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313117337
53	NC_014735	ATCTGT	2	12	168972	168983	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	313117337
54	NC_014735	GTCGAG	2	12	169751	169762	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	313117337
55	NC_014735	AGCGTC	2	12	174891	174902	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313117342
56	NC_014735	GCCAAC	2	12	177764	177775	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	313117345
57	NC_014735	GACCGT	2	12	178726	178737	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313117345
58	NC_014735	ACTGTC	2	12	179438	179449	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313117345
59	NC_014735	GGTGGC	2	12	183877	183888	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	313117347
60	NC_014735	ACGACA	2	12	186808	186819	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	313117350
61	NC_014735	CTCGAC	2	12	187527	187538	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313117350
62	NC_014735	CGAATC	2	12	187583	187594	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117350
63	NC_014735	GCTCGA	2	12	188015	188026	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313117350
64	NC_014735	CGAACT	2	12	188315	188326	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117350
65	NC_014735	GACGCC	2	12	188822	188833	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313117350
66	NC_014735	ACGCCG	2	12	188895	188906	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313117350
67	NC_014735	ACTGAA	2	12	188955	188966	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	313117350
68	NC_014735	GCTACG	2	12	199621	199632	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313117357
69	NC_014735	TCCCGA	2	12	200978	200989	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313117358
70	NC_014735	TCGTAG	2	12	206511	206522	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313117364
71	NC_014735	TATTGC	2	12	210037	210048	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	313117366
72	NC_014735	ACAGCA	2	12	212956	212967	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	313117368
73	NC_014735	CATTGC	2	12	214919	214930	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313117370
74	NC_014735	TCATGC	2	12	220027	220038	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313117374
75	NC_014735	GTCGTG	2	12	220852	220863	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	313117375
76	NC_014735	TCGGTT	2	12	224005	224016	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313117376
77	NC_014735	GAACGG	2	12	232582	232593	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313117381
78	NC_014735	CGAGAT	2	12	232834	232845	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313117381
79	NC_014735	AAATCA	2	12	233349	233360	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	313117381
80	NC_014735	TATCGG	2	12	237977	237988	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313117386
81	NC_014735	CAAGAA	2	12	240055	240066	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	313117388
82	NC_014735	CGTCCT	2	12	242939	242950	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	313117391
83	NC_014735	CGTCTG	2	12	245515	245526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313117393
84	NC_014735	CCGATA	2	12	248179	248190	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117395
85	NC_014735	CTTCGA	2	12	250498	250509	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313117399
86	NC_014735	AACTCG	2	12	252136	252147	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117400
87	NC_014735	TCTACG	2	12	253710	253721	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313117401
88	NC_014735	CACGGA	2	12	254787	254798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313117402
89	NC_014735	CGAACG	2	12	257674	257685	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313117405
90	NC_014735	ACTGTC	2	12	258098	258109	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313117405
91	NC_014735	TTCTGT	2	12	265686	265697	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	313117413
92	NC_014735	TCGCGG	2	12	265707	265718	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313117413
93	NC_014735	GTTTCG	2	12	268018	268029	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313117414
94	NC_014735	GTCGAG	2	12	271678	271689	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	313117416
95	NC_014735	TGTCGT	2	12	272031	272042	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313117416
96	NC_014735	CGACTT	2	12	273946	273957	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313117418
97	NC_014735	TCGAAA	2	12	278819	278830	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	313117422
98	NC_014735	AGACCG	2	12	282458	282469	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313117425
99	NC_014735	AAGACG	2	12	282728	282739	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	313117425
100	NC_014735	GAACTC	2	12	283303	283314	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117426
101	NC_014735	CGGCCG	2	12	297028	297039	0 %	0 %	50 %	50 %	313117434
102	NC_014735	CGATGT	2	12	301195	301206	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313117439
103	NC_014735	ATCTAC	2	12	307872	307883	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	313117444
104	NC_014735	GCATAC	2	12	309853	309864	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117446
105	NC_014735	AGTTCG	2	12	314798	314809	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313117450
106	NC_014735	CCGTCC	2	12	316768	316779	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	313117452
107	NC_014735	GTTGGC	2	12	317465	317476	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	313117452
108	NC_014735	GTTTCC	2	12	324858	324869	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	313117458
109	NC_014735	CACCGA	2	12	325833	325844	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	313117459
110	NC_014735	CTGTCG	2	12	326704	326715	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313117462
111	NC_014735	TCCGCA	2	12	328687	328698	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313117466
112	NC_014735	CGATAC	2	12	329187	329198	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117467
113	NC_014735	CATCAC	2	12	330570	330581	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	313117467
114	NC_014735	AACGCC	2	12	332547	332558	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	313117471
115	NC_014735	TCGGAC	2	12	334400	334411	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313117473
116	NC_014735	CACCGC	2	12	340113	340124	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	313117476
117	NC_014735	GGACGA	2	12	346185	346196	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313117480
118	NC_014735	AGACGT	2	12	346215	346226	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313117480
119	NC_014735	TCAGTG	2	12	346979	346990	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313117480
120	NC_014735	CACCGA	2	12	347589	347600	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	313117481
121	NC_014735	CGGTGC	2	12	351195	351206	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313117485
122	NC_014735	TGAAGC	2	12	357687	357698	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313117490

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.