MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR01

Total Repeats: 264

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014735	GCGTC	2	10	2201	2210	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_014735	CGCGA	2	10	3764	3773	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_014735	AAACG	2	10	6624	6633	60 %	0 %	20 %	20 %	313117192
4	NC_014735	ACGAC	2	10	8068	8077	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_014735	GGTGA	2	10	9944	9953	20 %	20 %	60 %	0 %	313117198
6	NC_014735	CGATC	2	10	14603	14612	20 %	20 %	20 %	40 %	313117203
7	NC_014735	GATCC	2	10	15105	15114	20 %	20 %	20 %	40 %	313117203
8	NC_014735	TGGAG	2	10	16036	16045	20 %	20 %	60 %	0 %	313117204
9	NC_014735	CGGCC	2	10	16725	16734	0 %	0 %	40 %	60 %	313117204
10	NC_014735	TAATA	2	10	17677	17686	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014735	GGATG	2	10	18600	18609	20 %	20 %	60 %	0 %	313117206
12	NC_014735	CAACT	2	10	22076	22085	40 %	20 %	0 %	40 %	313117209
13	NC_014735	AAGGA	2	10	22465	22474	60 %	0 %	40 %	0 %	313117210
14	NC_014735	AACCG	2	10	23019	23028	40 %	0 %	20 %	40 %	313117211
15	NC_014735	GACCG	2	10	24137	24146	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_014735	CAAAA	2	10	25522	25531	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_014735	AGCGG	2	10	26988	26997	20 %	0 %	60 %	20 %	313117216
18	NC_014735	TCGAT	2	10	27647	27656	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_014735	GTTCG	2	10	28279	28288	0 %	40 %	40 %	20 %	313117217
20	NC_014735	GGGAT	2	10	31468	31477	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014735	TGCCG	2	10	32000	32009	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_014735	GAAAA	2	10	32760	32769	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014735	TGCCG	2	10	33122	33131	0 %	20 %	40 %	40 %	313117220
24	NC_014735	CGAGA	2	10	35839	35848	40 %	0 %	40 %	20 %	313117222
25	NC_014735	TGACA	2	10	39558	39567	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_014735	CTTGG	2	10	39998	40007	0 %	40 %	40 %	20 %	313117225
27	NC_014735	TCGGT	2	10	40219	40228	0 %	40 %	40 %	20 %	313117225
28	NC_014735	ACTCC	2	10	40515	40524	20 %	20 %	0 %	60 %	313117225
29	NC_014735	GTGCG	2	10	42425	42434	0 %	20 %	60 %	20 %	313117227
30	NC_014735	CGTGC	2	10	42954	42963	0 %	20 %	40 %	40 %	313117228
31	NC_014735	ATCGA	2	10	46373	46382	40 %	20 %	20 %	20 %	313117230
32	NC_014735	AGCGT	2	10	46719	46728	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_014735	ATCGC	2	10	47943	47952	20 %	20 %	20 %	40 %	313117231
34	NC_014735	ATTCG	2	10	52395	52404	20 %	40 %	20 %	20 %	313117234
35	NC_014735	CGGCT	2	10	53299	53308	0 %	20 %	40 %	40 %	313117234
36	NC_014735	TTGTT	2	10	53534	53543	0 %	80 %	20 %	0 %	313117234
37	NC_014735	CGTTC	2	10	53604	53613	0 %	40 %	20 %	40 %	313117234
38	NC_014735	GATCG	2	10	53740	53749	20 %	20 %	40 %	20 %	313117234
39	NC_014735	AGGCG	2	10	56566	56575	20 %	0 %	60 %	20 %	313117236
40	NC_014735	AGGGC	2	10	57585	57594	20 %	0 %	60 %	20 %	313117237
41	NC_014735	TCGAA	2	10	58538	58547	40 %	20 %	20 %	20 %	313117237
42	NC_014735	CTCGC	2	10	59104	59113	0 %	20 %	20 %	60 %	313117237
43	NC_014735	CAGAA	2	10	59164	59173	60 %	0 %	20 %	20 %	313117237
44	NC_014735	ACCGA	2	10	59338	59347	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_014735	AACAT	2	10	59992	60001	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_014735	AGTGT	2	10	61257	61266	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014735	AGCGG	2	10	62429	62438	20 %	0 %	60 %	20 %	313117242
48	NC_014735	ACCGG	2	10	62796	62805	20 %	0 %	40 %	40 %	313117243
49	NC_014735	TGAAA	2	10	62856	62865	60 %	20 %	20 %	0 %	313117243
50	NC_014735	CAGTC	2	10	68404	68413	20 %	20 %	20 %	40 %	313117249
51	NC_014735	ATCGC	2	10	68844	68853	20 %	20 %	20 %	40 %	313117250
52	NC_014735	ACCTG	2	10	69806	69815	20 %	20 %	20 %	40 %	313117250
53	NC_014735	CGAAG	2	10	69974	69983	40 %	0 %	40 %	20 %	313117250
54	NC_014735	CGCTG	2	10	70382	70391	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_014735	TGAGA	2	10	72707	72716	40 %	20 %	40 %	0 %	313117253
56	NC_014735	AGCGT	2	10	73146	73155	20 %	20 %	40 %	20 %	313117253
57	NC_014735	CGGCG	2	10	75304	75313	0 %	0 %	60 %	40 %	313117254
58	NC_014735	GTACG	2	10	75778	75787	20 %	20 %	40 %	20 %	313117254
59	NC_014735	GTGGG	2	10	76061	76070	0 %	20 %	80 %	0 %	313117254
60	NC_014735	ACCGA	2	10	78977	78986	40 %	0 %	20 %	40 %	313117256
61	NC_014735	GACTG	2	10	79104	79113	20 %	20 %	40 %	20 %	313117256
62	NC_014735	GCAGG	2	10	79933	79942	20 %	0 %	60 %	20 %	313117258
63	NC_014735	GAACC	2	10	80885	80894	40 %	0 %	20 %	40 %	313117258
64	NC_014735	TGGAA	2	10	81255	81264	40 %	20 %	40 %	0 %	313117258
65	NC_014735	CCGAC	2	10	84018	84027	20 %	0 %	20 %	60 %	313117261
66	NC_014735	CGCTG	2	10	85172	85181	0 %	20 %	40 %	40 %	313117262
67	NC_014735	TCGTC	2	10	85444	85453	0 %	40 %	20 %	40 %	313117262
68	NC_014735	TCGAC	2	10	85636	85645	20 %	20 %	20 %	40 %	313117262
69	NC_014735	CGACG	2	10	90112	90121	20 %	0 %	40 %	40 %	313117266
70	NC_014735	TTCGG	2	10	95210	95219	0 %	40 %	40 %	20 %	313117269
71	NC_014735	GACGG	2	10	97204	97213	20 %	0 %	60 %	20 %	313117270
72	NC_014735	AGCGA	2	10	97552	97561	40 %	0 %	40 %	20 %	313117270
73	NC_014735	CAAAA	2	10	99372	99381	80 %	0 %	0 %	20 %	313117270
74	NC_014735	TGCGA	2	10	103730	103739	20 %	20 %	40 %	20 %	313117275
75	NC_014735	ACGGA	2	10	106589	106598	40 %	0 %	40 %	20 %	313117278
76	NC_014735	AAAAT	2	10	107250	107259	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014735	CTGTT	2	10	107303	107312	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_014735	GCGAG	2	10	107693	107702	20 %	0 %	60 %	20 %	313117279
79	NC_014735	AAGTG	2	10	110563	110572	40 %	20 %	40 %	0 %	313117281
80	NC_014735	ACTCG	2	10	113686	113695	20 %	20 %	20 %	40 %	313117285
81	NC_014735	TGACG	2	10	114927	114936	20 %	20 %	40 %	20 %	313117286
82	NC_014735	CGGTC	2	10	116097	116106	0 %	20 %	40 %	40 %	313117288
83	NC_014735	TTTGT	2	10	118546	118555	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014735	GTCAC	2	10	118738	118747	20 %	20 %	20 %	40 %	313117290
85	NC_014735	GTACC	2	10	120571	120580	20 %	20 %	20 %	40 %	313117293
86	NC_014735	CACGG	2	10	121224	121233	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
87	NC_014735	GTCGC	2	10	122712	122721	0 %	20 %	40 %	40 %	313117295
88	NC_014735	TCGAT	2	10	123330	123339	20 %	40 %	20 %	20 %	313117295
89	NC_014735	ATCGG	2	10	124899	124908	20 %	20 %	40 %	20 %	313117298
90	NC_014735	CGTTC	2	10	127939	127948	0 %	40 %	20 %	40 %	313117302
91	NC_014735	TTCGA	2	10	129018	129027	20 %	40 %	20 %	20 %	313117304
92	NC_014735	GAATC	2	10	130412	130421	40 %	20 %	20 %	20 %	313117305
93	NC_014735	CGATT	2	10	130737	130746	20 %	40 %	20 %	20 %	313117305
94	NC_014735	GGGTC	2	10	130820	130829	0 %	20 %	60 %	20 %	313117305
95	NC_014735	GACGA	2	10	131787	131796	40 %	0 %	40 %	20 %	313117305
96	NC_014735	GACTG	2	10	133183	133192	20 %	20 %	40 %	20 %	313117306
97	NC_014735	GCAGA	2	10	136413	136422	40 %	0 %	40 %	20 %	313117309
98	NC_014735	TCATC	2	10	137175	137184	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_014735	ATCAC	2	10	140207	140216	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_014735	TCGTC	2	10	141536	141545	0 %	40 %	20 %	40 %	313117314
101	NC_014735	GCGTC	2	10	142422	142431	0 %	20 %	40 %	40 %	313117315
102	NC_014735	GATTC	2	10	143261	143270	20 %	40 %	20 %	20 %	313117316
103	NC_014735	TGAGT	2	10	145050	145059	20 %	40 %	40 %	0 %	313117317
104	NC_014735	GAAGG	13	65	145356	145420	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014735	TCCTC	2	10	146352	146361	0 %	40 %	0 %	60 %	313117318
106	NC_014735	GAGTT	2	10	148010	148019	20 %	40 %	40 %	0 %	313117319
107	NC_014735	CGTCG	2	10	148434	148443	0 %	20 %	40 %	40 %	313117319
108	NC_014735	GTTCG	2	10	148557	148566	0 %	40 %	40 %	20 %	313117319
109	NC_014735	GGCGT	2	10	152473	152482	0 %	20 %	60 %	20 %	313117322
110	NC_014735	CGAGA	2	10	153438	153447	40 %	0 %	40 %	20 %	313117323
111	NC_014735	GCTTT	2	10	156987	156996	0 %	60 %	20 %	20 %	313117326
112	NC_014735	TGGAT	2	10	157896	157905	20 %	40 %	40 %	0 %	313117327
113	NC_014735	TTCTC	2	10	157967	157976	0 %	60 %	0 %	40 %	313117327
114	NC_014735	TTTGT	2	10	161605	161614	0 %	80 %	20 %	0 %	313117330
115	NC_014735	AGTGG	2	10	162939	162948	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014735	GGTGG	2	10	165476	165485	0 %	20 %	80 %	0 %	313117334
117	NC_014735	GAATC	2	10	166788	166797	40 %	20 %	20 %	20 %	313117335
118	NC_014735	GAGCA	2	10	166918	166927	40 %	0 %	40 %	20 %	313117335
119	NC_014735	TCGAA	2	10	167043	167052	40 %	20 %	20 %	20 %	313117335
120	NC_014735	CGAGT	2	10	167082	167091	20 %	20 %	40 %	20 %	313117335
121	NC_014735	TCTGT	2	10	170098	170107	0 %	60 %	20 %	20 %	313117337
122	NC_014735	CAGTC	2	10	174151	174160	20 %	20 %	20 %	40 %	313117341
123	NC_014735	TCCGG	2	10	178292	178301	0 %	20 %	40 %	40 %	313117345
124	NC_014735	GAACG	2	10	178351	178360	40 %	0 %	40 %	20 %	313117345
125	NC_014735	GAACA	2	10	179033	179042	60 %	0 %	20 %	20 %	313117345
126	NC_014735	GGTCA	2	10	183625	183634	20 %	20 %	40 %	20 %	313117347
127	NC_014735	GTGAC	2	10	183911	183920	20 %	20 %	40 %	20 %	313117347
128	NC_014735	TCGAG	2	10	185911	185920	20 %	20 %	40 %	20 %	313117349
129	NC_014735	AGGTC	2	10	186680	186689	20 %	20 %	40 %	20 %	313117350
130	NC_014735	GTCCG	2	10	187420	187429	0 %	20 %	40 %	40 %	313117350
131	NC_014735	GCCGG	2	10	187946	187955	0 %	0 %	60 %	40 %	313117350
132	NC_014735	CTTTC	2	10	189092	189101	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_014735	CGACG	2	10	189461	189470	20 %	0 %	40 %	40 %	313117351
134	NC_014735	AGTCC	2	10	190148	190157	20 %	20 %	20 %	40 %	313117352
135	NC_014735	GCCGC	2	10	191189	191198	0 %	0 %	40 %	60 %	313117352
136	NC_014735	GAACT	2	10	193910	193919	40 %	20 %	20 %	20 %	313117354
137	NC_014735	CGAGA	2	10	194493	194502	40 %	0 %	40 %	20 %	313117355
138	NC_014735	CGTGG	2	10	195138	195147	0 %	20 %	60 %	20 %	313117355
139	NC_014735	GTGCA	2	10	195455	195464	20 %	20 %	40 %	20 %	313117355
140	NC_014735	GTGGA	2	10	195977	195986	20 %	20 %	60 %	0 %	313117355
141	NC_014735	CGTCG	2	10	196845	196854	0 %	20 %	40 %	40 %	313117356
142	NC_014735	CGGTT	2	10	197336	197345	0 %	40 %	40 %	20 %	313117356
143	NC_014735	AACCG	2	10	199424	199433	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_014735	CGATC	2	10	200288	200297	20 %	20 %	20 %	40 %	313117357
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147	NC_014735	CGTGG	2	10	203989	203998	0 %	20 %	60 %	20 %	313117360
148	NC_014735	TTCGA	2	10	205225	205234	20 %	40 %	20 %	20 %	313117362
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152	NC_014735	GTGTG	2	10	211974	211983	0 %	40 %	60 %	0 %	313117367
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158	NC_014735	ATTCA	2	10	217769	217778	40 %	40 %	0 %	20 %	313117372
159	NC_014735	TGATA	2	10	218199	218208	40 %	40 %	20 %	0 %	313117372
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166	NC_014735	CGTTG	2	10	226536	226545	0 %	40 %	40 %	20 %	313117376
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174	NC_014735	GTCGG	2	10	235937	235946	0 %	20 %	60 %	20 %	313117384
175	NC_014735	GGAAC	2	10	236601	236610	40 %	0 %	40 %	20 %	313117384
176	NC_014735	CGAGA	2	10	237509	237518	40 %	0 %	40 %	20 %	313117386
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180	NC_014735	CGATA	2	10	242479	242488	40 %	20 %	20 %	20 %	313117391
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183	NC_014735	GAACG	2	10	245035	245044	40 %	0 %	40 %	20 %	313117393
184	NC_014735	TCGGC	2	10	248273	248282	0 %	20 %	40 %	40 %	313117395
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186	NC_014735	CTGTT	2	10	251222	251231	0 %	60 %	20 %	20 %	313117399
187	NC_014735	ATCGA	2	10	252843	252852	40 %	20 %	20 %	20 %	313117400
188	NC_014735	CATCG	2	10	253122	253131	20 %	20 %	20 %	40 %	313117400
189	NC_014735	GATTA	2	10	254433	254442	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_014735	TCCGA	2	10	257692	257701	20 %	20 %	20 %	40 %	313117405
192	NC_014735	TCTCG	2	10	258028	258037	0 %	40 %	20 %	40 %	313117405
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195	NC_014735	CATTA	2	10	263179	263188	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
196	NC_014735	CGTTT	2	10	263368	263377	0 %	60 %	20 %	20 %	313117411
197	NC_014735	CGATG	2	10	263539	263548	20 %	20 %	40 %	20 %	313117411
198	NC_014735	CCGTC	2	10	265480	265489	0 %	20 %	20 %	60 %	313117413
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206	NC_014735	GAACC	2	10	276645	276654	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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212	NC_014735	CGTAT	7	35	281283	281317	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
213	NC_014735	CCGAA	2	10	283050	283059	40 %	0 %	20 %	40 %	313117425
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215	NC_014735	CGGAG	2	10	283863	283872	20 %	0 %	60 %	20 %	313117426
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221	NC_014735	CGGAA	2	10	292093	292102	40 %	0 %	40 %	20 %	313117430
222	NC_014735	AATAA	2	10	292745	292754	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
223	NC_014735	CGATT	2	10	293804	293813	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
224	NC_014735	ATGGC	2	10	295878	295887	20 %	20 %	40 %	20 %	313117434
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231	NC_014735	CGAAT	2	10	312416	312425	40 %	20 %	20 %	20 %	313117447
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233	NC_014735	CGTTC	2	10	313810	313819	0 %	40 %	20 %	40 %	313117449
234	NC_014735	CATCG	2	10	314917	314926	20 %	20 %	20 %	40 %	313117450
235	NC_014735	CGGCG	2	10	316139	316148	0 %	0 %	60 %	40 %	313117451
236	NC_014735	ACATC	2	10	316184	316193	40 %	20 %	0 %	40 %	313117451
237	NC_014735	TCACC	2	10	316199	316208	20 %	20 %	0 %	60 %	313117451
238	NC_014735	GTCGC	2	10	316551	316560	0 %	20 %	40 %	40 %	313117451
239	NC_014735	TTTTG	2	10	320927	320936	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
240	NC_014735	TTATA	2	10	322079	322088	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
241	NC_014735	TCGTG	2	10	325599	325608	0 %	40 %	40 %	20 %	313117459
242	NC_014735	TCCGG	2	10	327398	327407	0 %	20 %	40 %	40 %	313117463
243	NC_014735	AAGCA	2	10	331608	331617	60 %	0 %	20 %	20 %	313117469
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251	NC_014735	GCACT	2	10	343896	343905	20 %	20 %	20 %	40 %	313117479
252	NC_014735	GCAGA	2	10	344746	344755	40 %	0 %	40 %	20 %	313117480
253	NC_014735	GCGGG	2	10	346712	346721	0 %	0 %	80 %	20 %	313117480
254	NC_014735	CCGCG	2	10	348756	348765	0 %	0 %	40 %	60 %	313117483
255	NC_014735	CGGAG	2	10	349483	349492	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
256	NC_014735	TCGTC	2	10	349950	349959	0 %	40 %	20 %	40 %	313117484
257	NC_014735	GATTC	2	10	350724	350733	20 %	40 %	20 %	20 %	313117485
258	NC_014735	ACCGA	2	10	351152	351161	40 %	0 %	20 %	40 %	313117485
259	NC_014735	CGGCC	2	10	351714	351723	0 %	0 %	40 %	60 %	313117485
260	NC_014735	GCGAC	2	10	354407	354416	20 %	0 %	40 %	40 %	313117488
261	NC_014735	TCGCG	2	10	356039	356048	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
262	NC_014735	AATGA	2	10	356851	356860	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
263	NC_014735	AGTAC	2	10	357711	357720	40 %	20 %	20 %	20 %	313117490
264	NC_014735	GAGCG	2	10	361245	361254	20 %	0 %	60 %	20 %	313117493

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.