MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR01

Total Repeats: 220

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014735	AAACG	2	10	6624	6633	60 %	0 %	20 %	20 %	313117192
2	NC_014735	GGTGA	2	10	9944	9953	20 %	20 %	60 %	0 %	313117198
3	NC_014735	CGATC	2	10	14603	14612	20 %	20 %	20 %	40 %	313117203
4	NC_014735	GATCC	2	10	15105	15114	20 %	20 %	20 %	40 %	313117203
5	NC_014735	TGGAG	2	10	16036	16045	20 %	20 %	60 %	0 %	313117204
6	NC_014735	CGGCC	2	10	16725	16734	0 %	0 %	40 %	60 %	313117204
7	NC_014735	GGATG	2	10	18600	18609	20 %	20 %	60 %	0 %	313117206
8	NC_014735	CAACT	2	10	22076	22085	40 %	20 %	0 %	40 %	313117209
9	NC_014735	AAGGA	2	10	22465	22474	60 %	0 %	40 %	0 %	313117210
10	NC_014735	AACCG	2	10	23019	23028	40 %	0 %	20 %	40 %	313117211
11	NC_014735	AGCGG	2	10	26988	26997	20 %	0 %	60 %	20 %	313117216
12	NC_014735	GTTCG	2	10	28279	28288	0 %	40 %	40 %	20 %	313117217
13	NC_014735	TGCCG	2	10	33122	33131	0 %	20 %	40 %	40 %	313117220
14	NC_014735	CGAGA	2	10	35839	35848	40 %	0 %	40 %	20 %	313117222
15	NC_014735	CTTGG	2	10	39998	40007	0 %	40 %	40 %	20 %	313117225
16	NC_014735	TCGGT	2	10	40219	40228	0 %	40 %	40 %	20 %	313117225
17	NC_014735	ACTCC	2	10	40515	40524	20 %	20 %	0 %	60 %	313117225
18	NC_014735	GTGCG	2	10	42425	42434	0 %	20 %	60 %	20 %	313117227
19	NC_014735	CGTGC	2	10	42954	42963	0 %	20 %	40 %	40 %	313117228
20	NC_014735	ATCGA	2	10	46373	46382	40 %	20 %	20 %	20 %	313117230
21	NC_014735	ATCGC	2	10	47943	47952	20 %	20 %	20 %	40 %	313117231
22	NC_014735	ATTCG	2	10	52395	52404	20 %	40 %	20 %	20 %	313117234
23	NC_014735	CGGCT	2	10	53299	53308	0 %	20 %	40 %	40 %	313117234
24	NC_014735	TTGTT	2	10	53534	53543	0 %	80 %	20 %	0 %	313117234
25	NC_014735	CGTTC	2	10	53604	53613	0 %	40 %	20 %	40 %	313117234
26	NC_014735	GATCG	2	10	53740	53749	20 %	20 %	40 %	20 %	313117234
27	NC_014735	AGGCG	2	10	56566	56575	20 %	0 %	60 %	20 %	313117236
28	NC_014735	AGGGC	2	10	57585	57594	20 %	0 %	60 %	20 %	313117237
29	NC_014735	TCGAA	2	10	58538	58547	40 %	20 %	20 %	20 %	313117237
30	NC_014735	CTCGC	2	10	59104	59113	0 %	20 %	20 %	60 %	313117237
31	NC_014735	CAGAA	2	10	59164	59173	60 %	0 %	20 %	20 %	313117237
32	NC_014735	AGCGG	2	10	62429	62438	20 %	0 %	60 %	20 %	313117242
33	NC_014735	ACCGG	2	10	62796	62805	20 %	0 %	40 %	40 %	313117243
34	NC_014735	TGAAA	2	10	62856	62865	60 %	20 %	20 %	0 %	313117243
35	NC_014735	CAGTC	2	10	68404	68413	20 %	20 %	20 %	40 %	313117249
36	NC_014735	ATCGC	2	10	68844	68853	20 %	20 %	20 %	40 %	313117250
37	NC_014735	ACCTG	2	10	69806	69815	20 %	20 %	20 %	40 %	313117250
38	NC_014735	CGAAG	2	10	69974	69983	40 %	0 %	40 %	20 %	313117250
39	NC_014735	TGAGA	2	10	72707	72716	40 %	20 %	40 %	0 %	313117253
40	NC_014735	AGCGT	2	10	73146	73155	20 %	20 %	40 %	20 %	313117253
41	NC_014735	CGGCG	2	10	75304	75313	0 %	0 %	60 %	40 %	313117254
42	NC_014735	GTACG	2	10	75778	75787	20 %	20 %	40 %	20 %	313117254
43	NC_014735	GTGGG	2	10	76061	76070	0 %	20 %	80 %	0 %	313117254
44	NC_014735	ACCGA	2	10	78977	78986	40 %	0 %	20 %	40 %	313117256
45	NC_014735	GACTG	2	10	79104	79113	20 %	20 %	40 %	20 %	313117256
46	NC_014735	GCAGG	2	10	79933	79942	20 %	0 %	60 %	20 %	313117258
47	NC_014735	GAACC	2	10	80885	80894	40 %	0 %	20 %	40 %	313117258
48	NC_014735	TGGAA	2	10	81255	81264	40 %	20 %	40 %	0 %	313117258
49	NC_014735	CCGAC	2	10	84018	84027	20 %	0 %	20 %	60 %	313117261
50	NC_014735	CGCTG	2	10	85172	85181	0 %	20 %	40 %	40 %	313117262
51	NC_014735	TCGTC	2	10	85444	85453	0 %	40 %	20 %	40 %	313117262
52	NC_014735	TCGAC	2	10	85636	85645	20 %	20 %	20 %	40 %	313117262
53	NC_014735	CGACG	2	10	90112	90121	20 %	0 %	40 %	40 %	313117266
54	NC_014735	TTCGG	2	10	95210	95219	0 %	40 %	40 %	20 %	313117269
55	NC_014735	GACGG	2	10	97204	97213	20 %	0 %	60 %	20 %	313117270
56	NC_014735	AGCGA	2	10	97552	97561	40 %	0 %	40 %	20 %	313117270
57	NC_014735	CAAAA	2	10	99372	99381	80 %	0 %	0 %	20 %	313117270
58	NC_014735	TGCGA	2	10	103730	103739	20 %	20 %	40 %	20 %	313117275
59	NC_014735	ACGGA	2	10	106589	106598	40 %	0 %	40 %	20 %	313117278
60	NC_014735	GCGAG	2	10	107693	107702	20 %	0 %	60 %	20 %	313117279
61	NC_014735	AAGTG	2	10	110563	110572	40 %	20 %	40 %	0 %	313117281
62	NC_014735	ACTCG	2	10	113686	113695	20 %	20 %	20 %	40 %	313117285
63	NC_014735	TGACG	2	10	114927	114936	20 %	20 %	40 %	20 %	313117286
64	NC_014735	CGGTC	2	10	116097	116106	0 %	20 %	40 %	40 %	313117288
65	NC_014735	GTCAC	2	10	118738	118747	20 %	20 %	20 %	40 %	313117290
66	NC_014735	GTACC	2	10	120571	120580	20 %	20 %	20 %	40 %	313117293
67	NC_014735	GTCGC	2	10	122712	122721	0 %	20 %	40 %	40 %	313117295
68	NC_014735	TCGAT	2	10	123330	123339	20 %	40 %	20 %	20 %	313117295
69	NC_014735	ATCGG	2	10	124899	124908	20 %	20 %	40 %	20 %	313117298
70	NC_014735	CGTTC	2	10	127939	127948	0 %	40 %	20 %	40 %	313117302
71	NC_014735	TTCGA	2	10	129018	129027	20 %	40 %	20 %	20 %	313117304
72	NC_014735	GAATC	2	10	130412	130421	40 %	20 %	20 %	20 %	313117305
73	NC_014735	CGATT	2	10	130737	130746	20 %	40 %	20 %	20 %	313117305
74	NC_014735	GGGTC	2	10	130820	130829	0 %	20 %	60 %	20 %	313117305
75	NC_014735	GACGA	2	10	131787	131796	40 %	0 %	40 %	20 %	313117305
76	NC_014735	GACTG	2	10	133183	133192	20 %	20 %	40 %	20 %	313117306
77	NC_014735	GCAGA	2	10	136413	136422	40 %	0 %	40 %	20 %	313117309
78	NC_014735	TCGTC	2	10	141536	141545	0 %	40 %	20 %	40 %	313117314
79	NC_014735	GCGTC	2	10	142422	142431	0 %	20 %	40 %	40 %	313117315
80	NC_014735	GATTC	2	10	143261	143270	20 %	40 %	20 %	20 %	313117316
81	NC_014735	TGAGT	2	10	145050	145059	20 %	40 %	40 %	0 %	313117317
82	NC_014735	TCCTC	2	10	146352	146361	0 %	40 %	0 %	60 %	313117318
83	NC_014735	GAGTT	2	10	148010	148019	20 %	40 %	40 %	0 %	313117319
84	NC_014735	CGTCG	2	10	148434	148443	0 %	20 %	40 %	40 %	313117319
85	NC_014735	GTTCG	2	10	148557	148566	0 %	40 %	40 %	20 %	313117319
86	NC_014735	GGCGT	2	10	152473	152482	0 %	20 %	60 %	20 %	313117322
87	NC_014735	CGAGA	2	10	153438	153447	40 %	0 %	40 %	20 %	313117323
88	NC_014735	GCTTT	2	10	156987	156996	0 %	60 %	20 %	20 %	313117326
89	NC_014735	TGGAT	2	10	157896	157905	20 %	40 %	40 %	0 %	313117327
90	NC_014735	TTCTC	2	10	157967	157976	0 %	60 %	0 %	40 %	313117327
91	NC_014735	TTTGT	2	10	161605	161614	0 %	80 %	20 %	0 %	313117330
92	NC_014735	GGTGG	2	10	165476	165485	0 %	20 %	80 %	0 %	313117334
93	NC_014735	GAATC	2	10	166788	166797	40 %	20 %	20 %	20 %	313117335
94	NC_014735	GAGCA	2	10	166918	166927	40 %	0 %	40 %	20 %	313117335
95	NC_014735	TCGAA	2	10	167043	167052	40 %	20 %	20 %	20 %	313117335
96	NC_014735	CGAGT	2	10	167082	167091	20 %	20 %	40 %	20 %	313117335
97	NC_014735	TCTGT	2	10	170098	170107	0 %	60 %	20 %	20 %	313117337
98	NC_014735	CAGTC	2	10	174151	174160	20 %	20 %	20 %	40 %	313117341
99	NC_014735	TCCGG	2	10	178292	178301	0 %	20 %	40 %	40 %	313117345
100	NC_014735	GAACG	2	10	178351	178360	40 %	0 %	40 %	20 %	313117345
101	NC_014735	GAACA	2	10	179033	179042	60 %	0 %	20 %	20 %	313117345
102	NC_014735	GGTCA	2	10	183625	183634	20 %	20 %	40 %	20 %	313117347
103	NC_014735	GTGAC	2	10	183911	183920	20 %	20 %	40 %	20 %	313117347
104	NC_014735	TCGAG	2	10	185911	185920	20 %	20 %	40 %	20 %	313117349
105	NC_014735	AGGTC	2	10	186680	186689	20 %	20 %	40 %	20 %	313117350
106	NC_014735	GTCCG	2	10	187420	187429	0 %	20 %	40 %	40 %	313117350
107	NC_014735	GCCGG	2	10	187946	187955	0 %	0 %	60 %	40 %	313117350
108	NC_014735	CGACG	2	10	189461	189470	20 %	0 %	40 %	40 %	313117351
109	NC_014735	AGTCC	2	10	190148	190157	20 %	20 %	20 %	40 %	313117352
110	NC_014735	GCCGC	2	10	191189	191198	0 %	0 %	40 %	60 %	313117352
111	NC_014735	GAACT	2	10	193910	193919	40 %	20 %	20 %	20 %	313117354
112	NC_014735	CGAGA	2	10	194493	194502	40 %	0 %	40 %	20 %	313117355
113	NC_014735	CGTGG	2	10	195138	195147	0 %	20 %	60 %	20 %	313117355
114	NC_014735	GTGCA	2	10	195455	195464	20 %	20 %	40 %	20 %	313117355
115	NC_014735	GTGGA	2	10	195977	195986	20 %	20 %	60 %	0 %	313117355
116	NC_014735	CGTCG	2	10	196845	196854	0 %	20 %	40 %	40 %	313117356
117	NC_014735	CGGTT	2	10	197336	197345	0 %	40 %	40 %	20 %	313117356
118	NC_014735	CGATC	2	10	200288	200297	20 %	20 %	20 %	40 %	313117357
119	NC_014735	CTCGT	2	10	200968	200977	0 %	40 %	20 %	40 %	313117358
120	NC_014735	TGTGT	2	10	202852	202861	0 %	60 %	40 %	0 %	313117359
121	NC_014735	CGTGG	2	10	203989	203998	0 %	20 %	60 %	20 %	313117360
122	NC_014735	TTCGA	2	10	205225	205234	20 %	40 %	20 %	20 %	313117362
123	NC_014735	TATTT	2	10	209245	209254	20 %	80 %	0 %	0 %	313117366
124	NC_014735	GAATA	2	10	210516	210525	60 %	20 %	20 %	0 %	313117366
125	NC_014735	TTCGC	2	10	210963	210972	0 %	40 %	20 %	40 %	313117367
126	NC_014735	GTGTG	2	10	211974	211983	0 %	40 %	60 %	0 %	313117367
127	NC_014735	TGTTT	2	10	212811	212820	0 %	80 %	20 %	0 %	313117368
128	NC_014735	TGATT	2	10	213000	213009	20 %	60 %	20 %	0 %	313117368
129	NC_014735	AATTT	2	10	213241	213250	40 %	60 %	0 %	0 %	313117368
130	NC_014735	CATCT	2	10	216036	216045	20 %	40 %	0 %	40 %	313117371
131	NC_014735	ATTCT	2	10	217321	217330	20 %	60 %	0 %	20 %	313117372
132	NC_014735	ATTCA	2	10	217769	217778	40 %	40 %	0 %	20 %	313117372
133	NC_014735	TGATA	2	10	218199	218208	40 %	40 %	20 %	0 %	313117372
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219	NC_014735	AGTAC	2	10	357711	357720	40 %	20 %	20 %	20 %	313117490
220	NC_014735	GAGCG	2	10	361245	361254	20 %	0 %	60 %	20 %	313117493

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.