MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR01

Total Repeats: 198

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014735	CCAG	2	8	2400	2407	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_014735	GTTC	2	8	2627	2634	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_014735	AATA	2	8	2701	2708	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014735	AGTT	2	8	3665	3672	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014735	ATTC	2	8	4355	4362	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_014735	AAGA	2	8	5424	5431	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014735	CCAA	2	8	7434	7441	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_014735	ACGT	2	8	7467	7474	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
9	NC_014735	GCTA	2	8	7519	7526	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_014735	GGAA	2	8	8284	8291	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014735	CGTA	2	8	9310	9317	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_014735	AATA	2	8	10243	10250	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014735	AACA	2	8	10341	10348	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_014735	CGCT	2	8	10395	10402	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_014735	ACTC	2	8	10429	10436	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_014735	GACT	2	8	13237	13244	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_014735	ACCC	2	8	13707	13714	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
18	NC_014735	ATCC	2	8	14343	14350	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_014735	ACAG	2	8	17007	17014	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_014735	AATT	2	8	17095	17102	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014735	GCCG	2	8	17356	17363	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_014735	ATTG	2	8	19033	19040	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014735	GTTG	2	8	19087	19094	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014735	AAAG	2	8	20188	20195	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014735	CAGT	2	8	21064	21071	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_014735	AACG	3	12	21098	21109	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_014735	GTTT	2	8	21142	21149	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014735	TCAA	2	8	24707	24714	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_014735	CAAC	2	8	27837	27844	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_014735	ATGG	2	8	27951	27958	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014735	AGCG	2	8	30795	30802	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_014735	GGAA	2	8	30870	30877	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014735	AGTG	2	8	31013	31020	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014735	AGAT	2	8	31839	31846	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014735	ATTT	2	8	32569	32576	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014735	TTGG	2	8	37397	37404	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014735	GAAA	2	8	45418	45425	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014735	ATAG	2	8	45430	45437	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014735	TCAC	2	8	45601	45608	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_014735	GTTT	2	8	45658	45665	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014735	TAGA	2	8	46543	46550	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014735	AGTG	2	8	51131	51138	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014735	ATCA	2	8	51203	51210	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_014735	GTCA	2	8	51287	51294	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_014735	AAAT	2	8	51393	51400	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014735	GCAG	2	8	59358	59365	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_014735	CAAA	2	8	61176	61183	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_014735	AGAT	2	8	61534	61541	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014735	CATT	2	8	61562	61569	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_014735	AAAG	2	8	61621	61628	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014735	GACG	2	8	63875	63882	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_014735	TCGT	2	8	67832	67839	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_014735	AATC	2	8	68631	68638	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_014735	TTCA	2	8	70902	70909	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_014735	CGCT	2	8	72297	72304	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_014735	CAGC	2	8	72342	72349	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_014735	AAAC	2	8	78052	78059	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_014735	CGGG	2	8	87972	87979	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
59	NC_014735	CTAA	2	8	88149	88156	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_014735	AAAG	2	8	88388	88395	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014735	TATG	2	8	88468	88475	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014735	GACC	2	8	88744	88751	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_014735	TTTA	2	8	88880	88887	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014735	ATAG	2	8	94747	94754	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014735	TTCG	2	8	94850	94857	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_014735	TGCG	2	8	94883	94890	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
67	NC_014735	TTAG	2	8	96015	96022	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014735	GAAC	2	8	96090	96097	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_014735	GAAA	2	8	96273	96280	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014735	AATT	2	8	96445	96452	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014735	TGAC	2	8	111333	111340	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_014735	CATA	2	8	111342	111349	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_014735	CTGT	2	8	112663	112670	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_014735	ACGA	2	8	118243	118250	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_014735	CGAA	2	8	118337	118344	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_014735	CTAT	2	8	118403	118410	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_014735	TATT	2	8	118565	118572	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014735	TCAG	2	8	129489	129496	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_014735	CCGG	2	8	129507	129514	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_014735	TGGC	2	8	133811	133818	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_014735	AGTG	2	8	135595	135602	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014735	CGCC	2	8	137148	137155	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
83	NC_014735	GTCA	2	8	145154	145161	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_014735	CAGA	2	8	145210	145217	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_014735	AAAG	2	8	145430	145437	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014735	GGGT	2	8	146838	146845	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014735	TAGA	2	8	146999	147006	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014735	TAAC	2	8	147445	147452	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_014735	TAAT	2	8	147596	147603	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014735	TAGA	2	8	147620	147627	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014735	AATG	2	8	149391	149398	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014735	TTCA	2	8	149411	149418	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_014735	CTAA	2	8	149704	149711	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_014735	GGAT	2	8	153906	153913	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014735	GTTA	2	8	154203	154210	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014735	CTCC	2	8	154361	154368	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
97	NC_014735	ACAT	2	8	156294	156301	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_014735	AATC	2	8	156404	156411	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_014735	AAAC	2	8	159473	159480	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_014735	ATAG	2	8	159727	159734	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014735	CATT	2	8	163079	163086	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_014735	TGAG	2	8	163118	163125	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014735	ATTG	2	8	164224	164231	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014735	CTGT	2	8	164496	164503	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_014735	AAAC	2	8	164714	164721	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_014735	ATCT	2	8	164903	164910	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_014735	ACAT	2	8	165782	165789	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_014735	CGAA	2	8	184768	184775	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_014735	ACGC	2	8	185978	185985	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
110	NC_014735	CGCC	3	12	185991	186002	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
111	NC_014735	GCTG	2	8	189058	189065	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_014735	TATG	2	8	193793	193800	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014735	AGTC	2	8	199034	199041	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_014735	TCTG	2	8	199072	199079	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_014735	ATTG	2	8	200797	200804	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014735	ATTG	2	8	200817	200824	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014735	GTCG	2	8	200886	200893	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
118	NC_014735	TGCG	2	8	202619	202626	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_014735	GGTA	2	8	202753	202760	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014735	GTTT	2	8	210857	210864	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014735	ATTT	2	8	212493	212500	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014735	TGTT	2	8	213476	213483	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014735	AATC	2	8	218277	218284	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_014735	CTTC	2	8	218314	218321	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_014735	CGTG	2	8	227123	227130	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
126	NC_014735	TATC	2	8	228470	228477	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_014735	ACCG	2	8	228538	228545	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_014735	GTCA	2	8	228571	228578	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_014735	TTCG	2	8	230707	230714	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_014735	AGCA	2	8	235860	235867	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
131	NC_014735	TCAC	2	8	235886	235893	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
132	NC_014735	TGAG	2	8	240222	240229	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014735	ACTG	2	8	240243	240250	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_014735	ATTC	2	8	240265	240272	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_014735	CCGT	2	8	242111	242118	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
136	NC_014735	AAAC	2	8	242126	242133	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_014735	ATTG	2	8	244709	244716	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014735	CGAA	2	8	247615	247622	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_014735	CGTC	2	8	247828	247835	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
140	NC_014735	ATGT	2	8	249153	249160	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_014735	TCAA	2	8	249188	249195	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_014735	TTAG	2	8	249244	249251	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014735	ATAA	2	8	249285	249292	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_014735	CGCA	2	8	249346	249353	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
145	NC_014735	TCGG	2	8	249503	249510	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
146	NC_014735	GGAG	2	8	252016	252023	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
147	NC_014735	GCTG	2	8	254595	254602	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
148	NC_014735	GCTT	2	8	258533	258540	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
149	NC_014735	GGGA	2	8	258712	258719	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
150	NC_014735	ATCC	2	8	261914	261921	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_014735	TCGC	2	8	269537	269544	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
152	NC_014735	ACCA	2	8	276350	276357	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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172	NC_014735	GTGG	2	8	311031	311038	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_014735	GCTC	2	8	337149	337156	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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184	NC_014735	ATCT	2	8	338902	338909	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
185	NC_014735	CGAA	2	8	342554	342561	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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187	NC_014735	AACG	2	8	344438	344445	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
188	NC_014735	GCAA	2	8	348081	348088	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
189	NC_014735	AACG	2	8	348121	348128	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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193	NC_014735	ATAG	2	8	356630	356637	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
194	NC_014735	TGGC	2	8	356783	356790	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
195	NC_014735	TTTA	2	8	357157	357164	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_014735	TTCT	2	8	357216	357223	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
197	NC_014735	ACCA	2	8	359379	359386	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
198	NC_014735	GACC	2	8	359549	359556	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.