MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR04

Total Repeats: 129

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014732	CTCTC	2	10	403	412	0 %	40 %	0 %	60 %	313122370
2	NC_014732	CACAC	2	10	1448	1457	40 %	0 %	0 %	60 %	313122371
3	NC_014732	ACGGA	2	10	1550	1559	40 %	0 %	40 %	20 %	313122371
4	NC_014732	CGTAT	2	10	2801	2810	20 %	40 %	20 %	20 %	313122372
5	NC_014732	ACGAC	2	10	4724	4733	40 %	0 %	20 %	40 %	313122374
6	NC_014732	AACGG	2	10	6071	6080	40 %	0 %	40 %	20 %	313122375
7	NC_014732	TCCGG	2	10	8350	8359	0 %	20 %	40 %	40 %	313122377
8	NC_014732	GCTGT	2	10	10568	10577	0 %	40 %	40 %	20 %	313122379
9	NC_014732	TCGCT	2	10	12906	12915	0 %	40 %	20 %	40 %	313122381
10	NC_014732	GTTCG	2	10	16373	16382	0 %	40 %	40 %	20 %	313122383
11	NC_014732	GACGG	2	10	16595	16604	20 %	0 %	60 %	20 %	313122383
12	NC_014732	GGTCG	2	10	16677	16686	0 %	20 %	60 %	20 %	313122383
13	NC_014732	TCCCT	2	10	17421	17430	0 %	40 %	0 %	60 %	313122383
14	NC_014732	TCGCC	2	10	19211	19220	0 %	20 %	20 %	60 %	313122385
15	NC_014732	TCGAC	2	10	20758	20767	20 %	20 %	20 %	40 %	313122386
16	NC_014732	AAACC	2	10	21365	21374	60 %	0 %	0 %	40 %	313122386
17	NC_014732	CGTTC	2	10	23890	23899	0 %	40 %	20 %	40 %	313122388
18	NC_014732	ACGCA	2	10	24257	24266	40 %	0 %	20 %	40 %	313122388
19	NC_014732	ACTGA	2	10	27581	27590	40 %	20 %	20 %	20 %	313122391
20	NC_014732	CGCGG	2	10	27909	27918	0 %	0 %	60 %	40 %	313122392
21	NC_014732	CCGCG	2	10	28734	28743	0 %	0 %	40 %	60 %	313122393
22	NC_014732	CGGCG	2	10	29539	29548	0 %	0 %	60 %	40 %	313122394
23	NC_014732	GCGAC	2	10	31262	31271	20 %	0 %	40 %	40 %	313122396
24	NC_014732	GCGCC	2	10	33324	33333	0 %	0 %	40 %	60 %	313122399
25	NC_014732	GCCGC	2	10	33831	33840	0 %	0 %	40 %	60 %	313122400
26	NC_014732	GCGAT	2	10	35679	35688	20 %	20 %	40 %	20 %	313122402
27	NC_014732	GATCC	2	10	36324	36333	20 %	20 %	20 %	40 %	313122403
28	NC_014732	TGGTG	2	10	36760	36769	0 %	40 %	60 %	0 %	313122403
29	NC_014732	TCGCA	2	10	36819	36828	20 %	20 %	20 %	40 %	313122403
30	NC_014732	AGTCC	2	10	42479	42488	20 %	20 %	20 %	40 %	313122408
31	NC_014732	CTACG	2	10	42830	42839	20 %	20 %	20 %	40 %	313122408
32	NC_014732	GCAGA	2	10	43408	43417	40 %	0 %	40 %	20 %	313122409
33	NC_014732	GACCC	2	10	43946	43955	20 %	0 %	20 %	60 %	313122410
34	NC_014732	GACGG	2	10	44917	44926	20 %	0 %	60 %	20 %	313122411
35	NC_014732	ACTTT	2	10	45478	45487	20 %	60 %	0 %	20 %	313122412
36	NC_014732	GGCGA	2	10	52757	52766	20 %	0 %	60 %	20 %	313122421
37	NC_014732	CCGAA	2	10	53016	53025	40 %	0 %	20 %	40 %	313122421
38	NC_014732	CGGTC	2	10	53172	53181	0 %	20 %	40 %	40 %	313122421
39	NC_014732	CCGAG	2	10	53474	53483	20 %	0 %	40 %	40 %	313122421
40	NC_014732	GCGTC	2	10	54638	54647	0 %	20 %	40 %	40 %	313122422
41	NC_014732	CAGGA	2	10	56271	56280	40 %	0 %	40 %	20 %	313122424
42	NC_014732	ACCGA	2	10	59675	59684	40 %	0 %	20 %	40 %	313122428
43	NC_014732	CGCTC	2	10	60173	60182	0 %	20 %	20 %	60 %	313122429
44	NC_014732	CGGTT	2	10	61296	61305	0 %	40 %	40 %	20 %	313122430
45	NC_014732	GCCGA	2	10	65829	65838	20 %	0 %	40 %	40 %	313122434
46	NC_014732	ACGTG	2	10	66113	66122	20 %	20 %	40 %	20 %	313122434
47	NC_014732	CGAGT	2	10	66537	66546	20 %	20 %	40 %	20 %	313122434
48	NC_014732	CGCGG	2	10	67817	67826	0 %	0 %	60 %	40 %	313122435
49	NC_014732	GACAC	2	10	69174	69183	40 %	0 %	20 %	40 %	313122436
50	NC_014732	CGCTG	2	10	70403	70412	0 %	20 %	40 %	40 %	313122436
51	NC_014732	CGGAC	2	10	71492	71501	20 %	0 %	40 %	40 %	313122437
52	NC_014732	TCGAC	2	10	72181	72190	20 %	20 %	20 %	40 %	313122437
53	NC_014732	CCGGT	2	10	73199	73208	0 %	20 %	40 %	40 %	313122437
54	NC_014732	GCTGG	2	10	76273	76282	0 %	20 %	60 %	20 %	313122438
55	NC_014732	CTCGT	2	10	76360	76369	0 %	40 %	20 %	40 %	313122438
56	NC_014732	ACAGT	2	10	77185	77194	40 %	20 %	20 %	20 %	313122439
57	NC_014732	CGTTC	2	10	77984	77993	0 %	40 %	20 %	40 %	313122440
58	NC_014732	GATTC	2	10	78725	78734	20 %	40 %	20 %	20 %	313122440
59	NC_014732	CGAAC	2	10	81765	81774	40 %	0 %	20 %	40 %	313122443
60	NC_014732	CGACT	2	10	90433	90442	20 %	20 %	20 %	40 %	313122449
61	NC_014732	ATGCG	2	10	91023	91032	20 %	20 %	40 %	20 %	313122451
62	NC_014732	GGGCC	2	10	92901	92910	0 %	0 %	60 %	40 %	313122452
63	NC_014732	ACGGC	2	10	93638	93647	20 %	0 %	40 %	40 %	313122452
64	NC_014732	TCGGA	2	10	93811	93820	20 %	20 %	40 %	20 %	313122452
65	NC_014732	CCGGT	2	10	96625	96634	0 %	20 %	40 %	40 %	313122454
66	NC_014732	CGCAC	2	10	96819	96828	20 %	0 %	20 %	60 %	313122454
67	NC_014732	GTCGG	2	10	97690	97699	0 %	20 %	60 %	20 %	313122455
68	NC_014732	TTGGA	2	10	102662	102671	20 %	40 %	40 %	0 %	313122461
69	NC_014732	CGATC	2	10	103343	103352	20 %	20 %	20 %	40 %	313122462
70	NC_014732	CGGCG	2	10	104197	104206	0 %	0 %	60 %	40 %	313122463
71	NC_014732	GGTGG	2	10	104998	105007	0 %	20 %	80 %	0 %	313122464
72	NC_014732	CGAGG	2	10	105625	105634	20 %	0 %	60 %	20 %	313122465
73	NC_014732	CGCCC	2	10	105720	105729	0 %	0 %	20 %	80 %	313122465
74	NC_014732	TGCCG	2	10	106227	106236	0 %	20 %	40 %	40 %	313122466
75	NC_014732	TCCGA	2	10	110077	110086	20 %	20 %	20 %	40 %	313122470
76	NC_014732	TCGTC	2	10	111034	111043	0 %	40 %	20 %	40 %	313122471
77	NC_014732	CGACG	2	10	113592	113601	20 %	0 %	40 %	40 %	313122472
78	NC_014732	TTCGG	2	10	114117	114126	0 %	40 %	40 %	20 %	313122472
79	NC_014732	TCCGT	2	10	115153	115162	0 %	40 %	20 %	40 %	313122473
80	NC_014732	TTGTA	2	10	115361	115370	20 %	60 %	20 %	0 %	313122473
81	NC_014732	TCCGT	2	10	115741	115750	0 %	40 %	20 %	40 %	313122473
82	NC_014732	CGTTC	2	10	115818	115827	0 %	40 %	20 %	40 %	313122473
83	NC_014732	GGACG	2	10	118933	118942	20 %	0 %	60 %	20 %	313122475
84	NC_014732	GCGAT	2	10	121662	121671	20 %	20 %	40 %	20 %	313122477
85	NC_014732	TTAGC	2	10	122121	122130	20 %	40 %	20 %	20 %	313122478
86	NC_014732	CGCGT	2	10	122180	122189	0 %	20 %	40 %	40 %	313122479
87	NC_014732	ACGCG	2	10	124244	124253	20 %	0 %	40 %	40 %	313122480
88	NC_014732	CCGAC	2	10	125309	125318	20 %	0 %	20 %	60 %	313122481
89	NC_014732	TGGAC	2	10	126260	126269	20 %	20 %	40 %	20 %	313122482
90	NC_014732	GAACG	2	10	130062	130071	40 %	0 %	40 %	20 %	313122485
91	NC_014732	ACTCC	2	10	130311	130320	20 %	20 %	0 %	60 %	313122485
92	NC_014732	TGGAT	2	10	131726	131735	20 %	40 %	40 %	0 %	313122487
93	NC_014732	CGTCG	2	10	133866	133875	0 %	20 %	40 %	40 %	313122489
94	NC_014732	GTCGC	2	10	133936	133945	0 %	20 %	40 %	40 %	313122489
95	NC_014732	CGTCT	2	10	134415	134424	0 %	40 %	20 %	40 %	313122489
96	NC_014732	GTCGG	2	10	135031	135040	0 %	20 %	60 %	20 %	313122489
97	NC_014732	GTTCG	2	10	135240	135249	0 %	40 %	40 %	20 %	313122489
98	NC_014732	CGTCT	2	10	136071	136080	0 %	40 %	20 %	40 %	313122490
99	NC_014732	CGGCG	2	10	136284	136293	0 %	0 %	60 %	40 %	313122490
100	NC_014732	GACGT	2	10	136834	136843	20 %	20 %	40 %	20 %	313122491
101	NC_014732	CGGAC	2	10	140428	140437	20 %	0 %	40 %	40 %	313122496
102	NC_014732	CGAGT	2	10	148077	148086	20 %	20 %	40 %	20 %	313122505
103	NC_014732	CTGGC	2	10	148127	148136	0 %	20 %	40 %	40 %	313122505
104	NC_014732	CGGAT	2	10	157790	157799	20 %	20 %	40 %	20 %	313122516
105	NC_014732	GGTCT	2	10	161715	161724	0 %	40 %	40 %	20 %	313122520
106	NC_014732	AGTTC	2	10	161784	161793	20 %	40 %	20 %	20 %	313122521
107	NC_014732	GACGG	2	10	165138	165147	20 %	0 %	60 %	20 %	313122524
108	NC_014732	CGAGA	2	10	165335	165344	40 %	0 %	40 %	20 %	313122524
109	NC_014732	CGGAT	2	10	166957	166966	20 %	20 %	40 %	20 %	313122525
110	NC_014732	TCGTT	2	10	170773	170782	0 %	60 %	20 %	20 %	313122529
111	NC_014732	AGAAT	2	10	171563	171572	60 %	20 %	20 %	0 %	313122529
112	NC_014732	CGGCC	2	10	176231	176240	0 %	0 %	40 %	60 %	313122535
113	NC_014732	GACGT	2	10	177127	177136	20 %	20 %	40 %	20 %	313122535
114	NC_014732	CCCCA	2	10	177665	177674	20 %	0 %	0 %	80 %	313122535
115	NC_014732	AACAG	2	10	177925	177934	60 %	0 %	20 %	20 %	313122536
116	NC_014732	CGTGG	2	10	179089	179098	0 %	20 %	60 %	20 %	313122536
117	NC_014732	GTTCG	2	10	180909	180918	0 %	40 %	40 %	20 %	313122538
118	NC_014732	ACCGC	2	10	181057	181066	20 %	0 %	20 %	60 %	313122538
119	NC_014732	CGAGA	2	10	182006	182015	40 %	0 %	40 %	20 %	313122540
120	NC_014732	GCGAC	2	10	187087	187096	20 %	0 %	40 %	40 %	313122543
121	NC_014732	GCAGA	2	10	187910	187919	40 %	0 %	40 %	20 %	313122543
122	NC_014732	GATCC	2	10	188922	188931	20 %	20 %	20 %	40 %	313122545
123	NC_014732	CCCAG	2	10	189122	189131	20 %	0 %	20 %	60 %	313122545
124	NC_014732	CAGAC	2	10	190422	190431	40 %	0 %	20 %	40 %	313122545
125	NC_014732	CTGCG	2	10	190718	190727	0 %	20 %	40 %	40 %	313122545
126	NC_014732	CGTCG	2	10	190776	190785	0 %	20 %	40 %	40 %	313122545
127	NC_014732	CGCGT	2	10	191439	191448	0 %	20 %	40 %	40 %	313122545
128	NC_014732	TTTCC	2	10	193025	193034	0 %	60 %	0 %	40 %	313122546
129	NC_014732	TCGAA	2	10	194453	194462	40 %	20 %	20 %	20 %	313122548

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.