MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR04

Total Repeats: 335

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014732	AAC	2	6	78	83	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_014732	AGC	2	6	7355	7360	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_014732	ACT	2	6	8721	8726	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_014732	GCG	2	6	8757	8762	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_014732	GCC	2	6	8895	8900	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_014732	ATC	3	9	8907	8915	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_014732	TCG	2	6	8961	8966	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_014732	TAA	2	6	9051	9056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014732	GTC	2	6	11075	11080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_014732	TCG	2	6	11131	11136	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_014732	GAC	2	6	12308	12313	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_014732	TCT	2	6	15728	15733	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_014732	TAT	2	6	15916	15921	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014732	AAT	2	6	15942	15947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014732	GAT	2	6	18634	18639	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014732	AGC	2	6	19020	19025	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_014732	ACG	2	6	21463	21468	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_014732	CGG	2	6	21507	21512	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_014732	ACG	2	6	24615	24620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_014732	TCG	2	6	24647	24652	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_014732	TCG	2	6	25313	25318	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_014732	CGG	2	6	28373	28378	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_014732	TAA	2	6	29101	29106	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014732	CGG	2	6	31886	31891	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_014732	GCT	2	6	31935	31940	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_014732	AGC	2	6	32060	32065	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_014732	ATT	2	6	33571	33576	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014732	ATG	2	6	33578	33583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014732	TCG	2	6	34054	34059	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_014732	ATT	2	6	40254	40259	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014732	CGG	2	6	40297	40302	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_014732	AGA	2	6	40353	40358	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014732	ACC	2	6	40398	40403	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_014732	GTT	2	6	40467	40472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014732	CGA	2	6	41033	41038	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_014732	GTC	2	6	41077	41082	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_014732	GAC	2	6	41113	41118	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_014732	AAC	2	6	41550	41555	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_014732	GAT	2	6	42859	42864	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014732	GTC	2	6	42887	42892	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_014732	CAG	2	6	44670	44675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_014732	GAA	2	6	44769	44774	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014732	CGC	2	6	44843	44848	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_014732	CGT	2	6	45101	45106	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_014732	AAC	2	6	45983	45988	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_014732	CAA	2	6	46749	46754	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_014732	TAA	2	6	47103	47108	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014732	GTT	2	6	47181	47186	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014732	TAC	2	6	47208	47213	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_014732	CAA	2	6	47329	47334	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_014732	ATG	2	6	47345	47350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014732	CTG	2	6	47380	47385	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_014732	CAA	2	6	47392	47397	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_014732	TCA	2	6	47556	47561	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_014732	TGT	2	6	47593	47598	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014732	CAG	2	6	47788	47793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_014732	GCG	2	6	48112	48117	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_014732	TCG	2	6	48246	48251	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_014732	CGA	2	6	48270	48275	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_014732	ATG	2	6	48386	48391	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014732	GAC	2	6	48630	48635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_014732	CAA	2	6	48649	48654	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_014732	GAA	2	6	49907	49912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014732	CTG	2	6	49925	49930	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_014732	ACG	2	6	49935	49940	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_014732	CCG	2	6	49969	49974	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_014732	AGG	2	6	50423	50428	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014732	GAC	2	6	50429	50434	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_014732	CAC	2	6	50499	50504	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_014732	AGT	2	6	50524	50529	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014732	AAG	2	6	50593	50598	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014732	TAT	2	6	50631	50636	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014732	GCC	2	6	50718	50723	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_014732	TAC	2	6	53798	53803	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_014732	AGG	2	6	53807	53812	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014732	AGT	2	6	53960	53965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014732	GAA	2	6	54158	54163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014732	CGA	2	6	54884	54889	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_014732	CAG	2	6	54939	54944	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_014732	TCA	2	6	54945	54950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_014732	GCA	2	6	54990	54995	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_014732	CGC	2	6	55219	55224	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_014732	TCG	2	6	55225	55230	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_014732	ACA	2	6	55235	55240	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_014732	TAG	2	6	55268	55273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014732	AGG	2	6	55282	55287	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014732	CGG	2	6	55972	55977	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_014732	ATC	2	6	56003	56008	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_014732	GCG	2	6	56127	56132	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_014732	TGG	2	6	56159	56164	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014732	ACG	2	6	56507	56512	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_014732	TAG	2	6	56548	56553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014732	CAC	2	6	56619	56624	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_014732	GTC	2	6	56736	56741	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_014732	TTG	2	6	56750	56755	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014732	ATA	2	6	59404	59409	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014732	TGA	2	6	59431	59436	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014732	CAC	2	6	59945	59950	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_014732	CAC	2	6	59961	59966	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
100	NC_014732	GCA	2	6	59978	59983	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_014732	ACA	3	9	60011	60019	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_014732	GGT	2	6	60028	60033	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014732	CGA	2	6	60060	60065	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_014732	CGG	2	6	60953	60958	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_014732	GCG	2	6	60962	60967	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_014732	AGT	2	6	62586	62591	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014732	ATC	2	6	62592	62597	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_014732	CAA	2	6	62600	62605	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_014732	GGT	2	6	63089	63094	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014732	ATT	2	6	63825	63830	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014732	ATA	2	6	63849	63854	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014732	GGA	2	6	63875	63880	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014732	CGT	2	6	65208	65213	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_014732	AGA	2	6	65243	65248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014732	TAG	2	6	65430	65435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014732	GCG	2	6	65521	65526	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_014732	CTG	2	6	65544	65549	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_014732	CCG	2	6	65558	65563	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_014732	CAG	2	6	65587	65592	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_014732	AGT	2	6	65656	65661	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014732	GTA	2	6	65686	65691	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014732	CGC	3	9	67043	67051	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_014732	CGC	2	6	67090	67095	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_014732	GCT	2	6	68977	68982	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_014732	GCG	2	6	69018	69023	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_014732	GAA	2	6	69029	69034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014732	ACG	2	6	70534	70539	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_014732	GTT	2	6	70540	70545	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014732	CAA	2	6	70589	70594	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_014732	CGA	2	6	70602	70607	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_014732	GCG	2	6	70621	70626	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_014732	ATT	2	6	70730	70735	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014732	CGA	2	6	76445	76450	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_014732	GTC	2	6	76468	76473	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_014732	GTC	2	6	76492	76497	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_014732	GAA	2	6	77463	77468	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014732	GAA	2	6	77544	77549	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014732	GGT	2	6	77560	77565	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014732	GCG	2	6	77610	77615	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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274	NC_014732	GTA	2	6	152928	152933	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
275	NC_014732	TTC	2	6	159153	159158	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
276	NC_014732	TAT	2	6	159214	159219	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
277	NC_014732	GAA	2	6	160565	160570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
278	NC_014732	CGT	2	6	160581	160586	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
279	NC_014732	CGT	2	6	160592	160597	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
280	NC_014732	TGA	2	6	164845	164850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
281	NC_014732	ACG	2	6	166807	166812	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
282	NC_014732	TGA	2	6	166878	166883	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
283	NC_014732	AGG	2	6	166884	166889	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
284	NC_014732	GAA	2	6	168138	168143	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
285	NC_014732	TGG	2	6	170497	170502	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
286	NC_014732	GTT	2	6	170553	170558	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
287	NC_014732	ATT	2	6	171741	171746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_014732	CTG	2	6	171773	171778	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
289	NC_014732	AGT	3	9	171816	171824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
290	NC_014732	GTA	2	6	172035	172040	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
291	NC_014732	GGC	2	6	172090	172095	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
292	NC_014732	AGA	2	6	172153	172158	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
293	NC_014732	CTG	2	6	172176	172181	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
294	NC_014732	CAC	2	6	172190	172195	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
295	NC_014732	CTG	2	6	172219	172224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
296	NC_014732	ACA	2	6	172242	172247	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
297	NC_014732	CAG	2	6	172299	172304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
298	NC_014732	CCA	2	6	172306	172311	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
299	NC_014732	CCG	2	6	172355	172360	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
300	NC_014732	TCC	2	6	172398	172403	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
301	NC_014732	GGA	3	9	172414	172422	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
302	NC_014732	GAT	2	6	172600	172605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
303	NC_014732	ACA	2	6	172722	172727	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
304	NC_014732	ATA	2	6	172750	172755	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_014732	GTT	2	6	173960	173965	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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308	NC_014732	ACC	2	6	174264	174269	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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310	NC_014732	AAG	2	6	174823	174828	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
311	NC_014732	AGA	2	6	175248	175253	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
312	NC_014732	GGC	2	6	177709	177714	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.