MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR02

Total Repeats: 162

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014731	AGAACG	2	12	2860	2871	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	313116829
2	NC_014731	GTGGTC	2	12	4268	4279	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	313116830
3	NC_014731	GTGACC	2	12	7285	7296	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313116831
4	NC_014731	GCCGAG	2	12	9255	9266	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313116834
5	NC_014731	ATAGCC	2	12	17210	17221	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313116841
6	NC_014731	GCGAGA	2	12	26376	26387	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313116845
7	NC_014731	TTCGGT	2	12	27374	27385	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313116846
8	NC_014731	GTCGGC	2	12	32253	32264	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313116850
9	NC_014731	CAGCGA	2	12	36450	36461	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313116854
10	NC_014731	ACCCCG	2	12	36723	36734	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	313116854
11	NC_014731	ACTCCA	2	12	40285	40296	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	313116858
12	NC_014731	TCCTGC	2	12	41392	41403	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	313116859
13	NC_014731	TGCGAG	2	12	41510	41521	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	313116860
14	NC_014731	CGTCAG	2	12	41960	41971	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313116860
15	NC_014731	CAGTTC	2	12	42004	42015	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313116860
16	NC_014731	CGAACG	2	12	44834	44845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313116864
17	NC_014731	CCGTTG	2	12	51225	51236	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313116868
18	NC_014731	GCCGTT	2	12	51320	51331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313116868
19	NC_014731	TCCGTC	2	12	51347	51358	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	313116868
20	NC_014731	CGCTAG	2	12	55342	55353	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313116870
21	NC_014731	GAACTG	2	12	56775	56786	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313116872
22	NC_014731	GTCGGC	2	12	61593	61604	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313116877
23	NC_014731	TCGATG	2	12	62626	62637	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313116877
24	NC_014731	CGACTC	2	12	63597	63608	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313116878
25	NC_014731	GCGACG	2	12	63694	63705	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313116878
26	NC_014731	CGTAGA	2	12	65393	65404	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313116880
27	NC_014731	GTGTCG	2	12	66878	66889	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	313116882
28	NC_014731	ACCCTC	2	12	68037	68048	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	313116883
29	NC_014731	CGGTTC	2	12	68109	68120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313116883
30	NC_014731	GTCGCC	2	12	70623	70634	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313116886
31	NC_014731	ACGCCG	2	12	70749	70760	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313116886
32	NC_014731	CTCGAC	2	12	73882	73893	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313116889
33	NC_014731	GTTCCG	2	12	78787	78798	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313116893
34	NC_014731	CCCGCG	2	12	79492	79503	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	313116893
35	NC_014731	CGGCGT	2	12	84541	84552	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313116897
36	NC_014731	ACACTC	2	12	89055	89066	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	313116901
37	NC_014731	CGCGTT	2	12	90221	90232	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313116901
38	NC_014731	GCGTCG	2	12	92012	92023	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313116905
39	NC_014731	AGCGAT	2	12	92629	92640	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313116905
40	NC_014731	CTGTTC	2	12	94584	94595	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	313116908
41	NC_014731	ACCACG	2	12	98655	98666	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	313116912
42	NC_014731	TGATCG	2	12	99515	99526	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313116914
43	NC_014731	ACGTCG	2	12	100631	100642	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313116915
44	NC_014731	GGCTGG	2	12	104155	104166	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	313116920
45	NC_014731	TGCTCG	2	12	104194	104205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313116920
46	NC_014731	CCGTCG	2	12	106413	106424	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313116923
47	NC_014731	CATCCA	2	12	108169	108180	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	313116926
48	NC_014731	ATCGTC	2	12	108630	108641	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313116926
49	NC_014731	CGTCTA	2	12	114003	114014	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313116929
50	NC_014731	TCAACG	2	12	115724	115735	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313116931
51	NC_014731	TCGTGG	2	12	120651	120662	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	313116935
52	NC_014731	CGGAAG	2	12	121932	121943	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313116936
53	NC_014731	GACGGC	2	12	124375	124386	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313116938
54	NC_014731	ACTCGA	2	12	127592	127603	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313116941
55	NC_014731	CATCGA	2	12	128566	128577	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313116943
56	NC_014731	CAAAGA	2	12	131191	131202	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	313116944
57	NC_014731	CGAAGA	2	12	131209	131220	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	313116944
58	NC_014731	GCAAGC	2	12	131317	131328	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313116944
59	NC_014731	CCGTCA	2	12	133390	133401	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313116946
60	NC_014731	CCTCGT	2	12	136267	136278	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	313116948
61	NC_014731	GACCGC	2	12	136586	136597	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313116948
62	NC_014731	TCGTTG	2	12	136917	136928	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313116949
63	NC_014731	TCGACA	2	12	137214	137225	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313116949
64	NC_014731	TCGAAC	2	12	137388	137399	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313116949
65	NC_014731	TCGACG	2	12	137820	137831	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313116949
66	NC_014731	TCCTCA	2	12	137871	137882	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	313116949
67	NC_014731	ACTTCG	2	12	137883	137894	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313116949
68	NC_014731	TCGACA	2	12	137928	137939	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313116949
69	NC_014731	ACCTCG	2	12	140389	140400	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313116952
70	NC_014731	CCGTCG	2	12	141743	141754	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313116953
71	NC_014731	CTTCGA	2	12	141828	141839	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313116953
72	NC_014731	TCGAGT	2	12	142193	142204	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313116953
73	NC_014731	CTCATC	2	12	142366	142377	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	313116953
74	NC_014731	TCGACA	2	12	143234	143245	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313116955
75	NC_014731	CCTCGT	2	12	144024	144035	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	313116955
76	NC_014731	CGCGGC	2	12	144355	144366	0 %	0 %	50 %	50 %	313116955
77	NC_014731	TCGACA	2	12	144956	144967	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313116956
78	NC_014731	TCGAAC	2	12	145130	145141	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313116956
79	NC_014731	GTCGAT	2	12	145330	145341	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313116956
80	NC_014731	TCCTCG	2	12	145796	145807	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	313116956
81	NC_014731	GTCGAC	2	12	145888	145899	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313116956
82	NC_014731	AACACC	2	12	150667	150678	50 %	0 %	0 %	50 %	313116961
83	NC_014731	GCATAC	2	12	152219	152230	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313116962
84	NC_014731	TCGAAG	2	12	152279	152290	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313116962
85	NC_014731	TGCGTG	2	12	153723	153734	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	313116963
86	NC_014731	AGGATG	2	12	153919	153930	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	313116963
87	NC_014731	GCGAAA	2	12	154802	154813	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	313116963
88	NC_014731	TGACGC	2	12	158277	158288	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313116969
89	NC_014731	GGACGC	2	12	158585	158596	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313116969
90	NC_014731	AACCGC	2	12	163340	163351	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	313116976
91	NC_014731	GACGGG	2	12	169541	169552	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	313116980
92	NC_014731	TCCCAG	2	12	171993	172004	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313116981
93	NC_014731	ATGGCT	2	12	173088	173099	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313116982
94	NC_014731	TACTCG	3	18	173707	173724	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	313116983
95	NC_014731	TAGTCG	2	12	174480	174491	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313116984
96	NC_014731	GACGCC	2	12	176252	176263	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313116986
97	NC_014731	GTGTCG	2	12	182804	182815	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	313116990
98	NC_014731	ATCGAC	2	12	185796	185807	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313116994
99	NC_014731	CGGGGA	2	12	186660	186671	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	313116995
100	NC_014731	CCGATG	2	12	187183	187194	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313116995
101	NC_014731	GACGTT	2	12	187601	187612	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313116996
102	NC_014731	CGTCGG	2	12	189887	189898	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313116999
103	NC_014731	TCGCCG	2	12	189911	189922	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313116999
104	NC_014731	TCGGCA	2	12	190130	190141	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313116999
105	NC_014731	GTCGCC	2	12	190416	190427	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313116999
106	NC_014731	TCGAAC	2	12	192049	192060	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117001
107	NC_014731	TTCGGA	2	12	192660	192671	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313117003
108	NC_014731	GCGTCG	2	12	197268	197279	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313117006
109	NC_014731	CGAGCG	2	12	200381	200392	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313117010
110	NC_014731	CGTCGG	2	12	203461	203472	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	313117014
111	NC_014731	GCCAGC	2	12	204694	204705	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313117015
112	NC_014731	CGTGTT	2	12	209006	209017	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	313117017
113	NC_014731	GTCACC	2	12	209349	209360	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313117018
114	NC_014731	ATTTCT	2	12	211393	211404	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	313117021
115	NC_014731	GAGGAC	2	12	212803	212814	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313117022
116	NC_014731	ACGCCG	2	12	216020	216031	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313117027
117	NC_014731	ACGACC	2	12	216636	216647	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	313117028
118	NC_014731	TCGCGT	2	12	217801	217812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313117031
119	NC_014731	TCGCCA	2	12	220566	220577	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313117034
120	NC_014731	TGGGAC	2	12	221868	221879	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	313117036
121	NC_014731	GCACTC	2	12	222561	222572	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313117036
122	NC_014731	GAGACG	2	12	223752	223763	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313117036
123	NC_014731	CGGTCC	2	12	226357	226368	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313117038
124	NC_014731	CGCGCT	2	12	228381	228392	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313117041
125	NC_014731	AGCGGC	2	12	235060	235071	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313117047
126	NC_014731	CGAACG	2	12	235946	235957	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313117047
127	NC_014731	GGTCGG	2	12	237372	237383	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	313117048
128	NC_014731	GGAGAA	2	12	241242	241253	50 %	0 %	50 %	0 %	313117050
129	NC_014731	ACGATG	2	12	244085	244096	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313117051
130	NC_014731	CCGAAA	2	12	248823	248834	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	313117056
131	NC_014731	GGATCA	2	12	249877	249888	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313117057
132	NC_014731	GCTGGT	2	12	260926	260937	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	313117067
133	NC_014731	CAGAAA	2	12	266060	266071	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	313117071
134	NC_014731	GCTTCG	2	12	268409	268420	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	313117073
135	NC_014731	CGAACT	2	12	270303	270314	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117074
136	NC_014731	CGTCCT	2	12	273247	273258	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	313117077
137	NC_014731	CGCCGA	2	12	275166	275177	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313117079
138	NC_014731	GCCTCG	2	12	275897	275908	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	313117079
139	NC_014731	TCGGGG	2	12	282603	282614	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	313117084
140	NC_014731	CGTGAT	2	12	282983	282994	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	313117084
141	NC_014731	ACCAGT	2	12	283332	283343	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117084
142	NC_014731	CGAGTA	2	12	289961	289972	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	313117088
143	NC_014731	CCGACG	2	12	292612	292623	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	313117090
144	NC_014731	GCGCAA	2	12	293976	293987	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	313117091
145	NC_014731	ACCGTC	2	12	294086	294097	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	313117091
146	NC_014731	TGCGAC	2	12	295247	295258	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313117092
147	NC_014731	GCCAAT	2	12	298930	298941	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117095
148	NC_014731	GACTAC	2	12	299886	299897	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117096
149	NC_014731	TCGGAG	2	12	302827	302838	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	313117100
150	NC_014731	GCCGAG	2	12	305340	305351	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	313117101
151	NC_014731	TTCCTG	2	12	309449	309460	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	313117106
152	NC_014731	TTCTGC	2	12	310756	310767	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	313117106
153	NC_014731	TCTCGC	2	12	312307	312318	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	313117108
154	NC_014731	ATGCCA	2	12	313844	313855	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	313117110
155	NC_014731	GGCGAT	2	12	314932	314943	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	313117110
156	NC_014731	GAACGG	2	12	316706	316717	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	313117110
157	NC_014731	TCCCCG	2	12	317970	317981	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	313117111
158	NC_014731	GTGGTT	2	12	318322	318333	0 %	50 %	50 %	0 %	313117111
159	NC_014731	GTGGAA	2	12	318410	318421	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	313117111
160	NC_014731	GCATGC	2	12	321087	321098	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	313117113
161	NC_014731	ACCGAA	2	12	321622	321633	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	313117114
162	NC_014731	ATGAGT	2	12	331721	331732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	313117124

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.