MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Halogeometricum borinquense DSM 11551 plasmid pHBOR02

Total Repeats: 218

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014731	TATCT	2	10	3436	3445	20 %	60 %	0 %	20 %	313116829
2	NC_014731	ATGGG	2	10	4180	4189	20 %	20 %	60 %	0 %	313116830
3	NC_014731	ACAAA	2	10	4623	4632	80 %	0 %	0 %	20 %	313116830
4	NC_014731	GTTCG	2	10	5283	5292	0 %	40 %	40 %	20 %	313116830
5	NC_014731	AAATC	2	10	5341	5350	60 %	20 %	0 %	20 %	313116830
6	NC_014731	ACCGA	2	10	6479	6488	40 %	0 %	20 %	40 %	313116831
7	NC_014731	GTCAG	2	10	6532	6541	20 %	20 %	40 %	20 %	313116831
8	NC_014731	CTTCA	2	10	6792	6801	20 %	40 %	0 %	40 %	313116831
9	NC_014731	CCGGG	2	10	8440	8449	0 %	0 %	60 %	40 %	313116833
10	NC_014731	GACGA	2	10	9420	9429	40 %	0 %	40 %	20 %	313116834
11	NC_014731	CGCGC	2	10	9950	9959	0 %	0 %	40 %	60 %	313116834
12	NC_014731	GCGAC	2	10	10021	10030	20 %	0 %	40 %	40 %	313116834
13	NC_014731	TCCCA	2	10	13279	13288	20 %	20 %	0 %	60 %	313116837
14	NC_014731	CCACC	2	10	13733	13742	20 %	0 %	0 %	80 %	313116837
15	NC_014731	GTCGC	2	10	14041	14050	0 %	20 %	40 %	40 %	313116837
16	NC_014731	CAACG	2	10	19848	19857	40 %	0 %	20 %	40 %	313116843
17	NC_014731	CGGTC	2	10	21037	21046	0 %	20 %	40 %	40 %	313116844
18	NC_014731	CCGTC	2	10	22746	22755	0 %	20 %	20 %	60 %	313116845
19	NC_014731	GTCGA	2	10	22810	22819	20 %	20 %	40 %	20 %	313116845
20	NC_014731	GACGG	2	10	25272	25281	20 %	0 %	60 %	20 %	313116845
21	NC_014731	TCGGT	2	10	25379	25388	0 %	40 %	40 %	20 %	313116845
22	NC_014731	CCGGT	2	10	25415	25424	0 %	20 %	40 %	40 %	313116845
23	NC_014731	GGAGC	2	10	25880	25889	20 %	0 %	60 %	20 %	313116845
24	NC_014731	GACGG	2	10	27350	27359	20 %	0 %	60 %	20 %	313116846
25	NC_014731	CTCAG	2	10	28237	28246	20 %	20 %	20 %	40 %	313116847
26	NC_014731	TCGAA	2	10	28484	28493	40 %	20 %	20 %	20 %	313116847
27	NC_014731	GAACG	2	10	30765	30774	40 %	0 %	40 %	20 %	313116849
28	NC_014731	TTCGA	2	10	31105	31114	20 %	40 %	20 %	20 %	313116849
29	NC_014731	CGATC	2	10	34810	34819	20 %	20 %	20 %	40 %	313116853
30	NC_014731	GAACG	2	10	37083	37092	40 %	0 %	40 %	20 %	313116854
31	NC_014731	ACGCC	2	10	42174	42183	20 %	0 %	20 %	60 %	313116860
32	NC_014731	TGAAC	2	10	44050	44059	40 %	20 %	20 %	20 %	313116863
33	NC_014731	CACCC	2	10	44155	44164	20 %	0 %	0 %	80 %	313116863
34	NC_014731	CCGTC	2	10	44999	45008	0 %	20 %	20 %	60 %	313116864
35	NC_014731	AACGA	2	10	45442	45451	60 %	0 %	20 %	20 %	313116864
36	NC_014731	GGAGC	2	10	49780	49789	20 %	0 %	60 %	20 %	313116866
37	NC_014731	GTTCG	2	10	51848	51857	0 %	40 %	40 %	20 %	313116868
38	NC_014731	CGGCG	2	10	52016	52025	0 %	0 %	60 %	40 %	313116868
39	NC_014731	GTCGC	2	10	53289	53298	0 %	20 %	40 %	40 %	313116868
40	NC_014731	TCCCG	2	10	53797	53806	0 %	20 %	20 %	60 %	313116868
41	NC_014731	TCGGC	2	10	57124	57133	0 %	20 %	40 %	40 %	313116872
42	NC_014731	GCTGT	2	10	57446	57455	0 %	40 %	40 %	20 %	313116872
43	NC_014731	AATCG	2	10	60631	60640	40 %	20 %	20 %	20 %	313116876
44	NC_014731	GCCGT	2	10	60788	60797	0 %	20 %	40 %	40 %	313116876
45	NC_014731	CTCAC	2	10	73625	73634	20 %	20 %	0 %	60 %	313116889
46	NC_014731	ATCCG	2	10	73702	73711	20 %	20 %	20 %	40 %	313116889
47	NC_014731	GACCG	2	10	74023	74032	20 %	0 %	40 %	40 %	313116889
48	NC_014731	CGCAG	2	10	74497	74506	20 %	0 %	40 %	40 %	313116889
49	NC_014731	GTGTG	2	10	77528	77537	0 %	40 %	60 %	0 %	313116892
50	NC_014731	AGACG	2	10	77635	77644	40 %	0 %	40 %	20 %	313116892
51	NC_014731	CGGCG	2	10	78271	78280	0 %	0 %	60 %	40 %	313116892
52	NC_014731	GAACC	2	10	79052	79061	40 %	0 %	20 %	40 %	313116893
53	NC_014731	GCTTC	2	10	79081	79090	0 %	40 %	20 %	40 %	313116893
54	NC_014731	GAGAC	2	10	81940	81949	40 %	0 %	40 %	20 %	313116895
55	NC_014731	GATTC	2	10	87025	87034	20 %	40 %	20 %	20 %	313116899
56	NC_014731	TCGTT	2	10	87036	87045	0 %	60 %	20 %	20 %	313116899
57	NC_014731	CGATC	2	10	90630	90639	20 %	20 %	20 %	40 %	313116902
58	NC_014731	ACATC	2	10	92049	92058	40 %	20 %	0 %	40 %	313116905
59	NC_014731	AATCG	2	10	92710	92719	40 %	20 %	20 %	20 %	313116905
60	NC_014731	GAACG	2	10	93667	93676	40 %	0 %	40 %	20 %	313116906
61	NC_014731	ACGAG	2	10	93720	93729	40 %	0 %	40 %	20 %	313116906
62	NC_014731	GTTCG	2	10	94977	94986	0 %	40 %	40 %	20 %	313116908
63	NC_014731	CCGGC	2	10	95970	95979	0 %	0 %	40 %	60 %	313116909
64	NC_014731	CGGCG	2	10	96426	96435	0 %	0 %	60 %	40 %	313116909
65	NC_014731	CGGGA	2	10	96542	96551	20 %	0 %	60 %	20 %	313116909
66	NC_014731	ACCGA	2	10	96654	96663	40 %	0 %	20 %	40 %	313116909
67	NC_014731	CGAGG	2	10	97591	97600	20 %	0 %	60 %	20 %	313116910
68	NC_014731	CGACA	2	10	97852	97861	40 %	0 %	20 %	40 %	313116912
69	NC_014731	GGAGA	2	10	98009	98018	40 %	0 %	60 %	0 %	313116912
70	NC_014731	CGCCA	2	10	98387	98396	20 %	0 %	20 %	60 %	313116912
71	NC_014731	TACGA	2	10	98714	98723	40 %	20 %	20 %	20 %	313116912
72	NC_014731	AATCG	2	10	99110	99119	40 %	20 %	20 %	20 %	313116913
73	NC_014731	GATTT	2	10	99454	99463	20 %	60 %	20 %	0 %	313116914
74	NC_014731	CTGTT	2	10	102967	102976	0 %	60 %	20 %	20 %	313116919
75	NC_014731	TGGTC	2	10	103230	103239	0 %	40 %	40 %	20 %	313116919
76	NC_014731	ACCGC	2	10	104116	104125	20 %	0 %	20 %	60 %	313116920
77	NC_014731	GTCGC	2	10	104694	104703	0 %	20 %	40 %	40 %	313116921
78	NC_014731	GGACT	2	10	105303	105312	20 %	20 %	40 %	20 %	313116921
79	NC_014731	AGCTG	2	10	108002	108011	20 %	20 %	40 %	20 %	313116925
80	NC_014731	CCAGC	2	10	109719	109728	20 %	0 %	20 %	60 %	313116927
81	NC_014731	GAACG	2	10	109841	109850	40 %	0 %	40 %	20 %	313116927
82	NC_014731	CGCTC	2	10	110588	110597	0 %	20 %	20 %	60 %	313116928
83	NC_014731	GACGA	2	10	115026	115035	40 %	0 %	40 %	20 %	313116930
84	NC_014731	GCGTC	2	10	115058	115067	0 %	20 %	40 %	40 %	313116930
85	NC_014731	TCCGC	2	10	115091	115100	0 %	20 %	20 %	60 %	313116930
86	NC_014731	GGTTC	2	10	116447	116456	0 %	40 %	40 %	20 %	313116932
87	NC_014731	CGTCG	2	10	117065	117074	0 %	20 %	40 %	40 %	313116932
88	NC_014731	GGTTG	2	10	117376	117385	0 %	40 %	60 %	0 %	313116933
89	NC_014731	GTGGG	2	10	121232	121241	0 %	20 %	80 %	0 %	313116936
90	NC_014731	AGAGC	2	10	123962	123971	40 %	0 %	40 %	20 %	313116937
91	NC_014731	TCTCG	2	10	127697	127706	0 %	40 %	20 %	40 %	313116941
92	NC_014731	GCGAG	2	10	130404	130413	20 %	0 %	60 %	20 %	313116944
93	NC_014731	ACTCG	2	10	130573	130582	20 %	20 %	20 %	40 %	313116944
94	NC_014731	CGGAG	2	10	130628	130637	20 %	0 %	60 %	20 %	313116944
95	NC_014731	GTTCG	2	10	131835	131844	0 %	40 %	40 %	20 %	313116944
96	NC_014731	CGGGA	2	10	133980	133989	20 %	0 %	60 %	20 %	313116946
97	NC_014731	CTCGT	2	10	135317	135326	0 %	40 %	20 %	40 %	313116948
98	NC_014731	TCGCG	2	10	139359	139368	0 %	20 %	40 %	40 %	313116951
99	NC_014731	ACCGG	2	10	139740	139749	20 %	0 %	40 %	40 %	313116951
100	NC_014731	GTCGG	2	10	152777	152786	0 %	20 %	60 %	20 %	313116962
101	NC_014731	CTGTG	2	10	152821	152830	0 %	40 %	40 %	20 %	313116962
102	NC_014731	GCGCC	2	10	154010	154019	0 %	0 %	40 %	60 %	313116963
103	NC_014731	GGCGT	2	10	154695	154704	0 %	20 %	60 %	20 %	313116963
104	NC_014731	CCGAT	2	10	155081	155090	20 %	20 %	20 %	40 %	313116963
105	NC_014731	GTCCG	2	10	155475	155484	0 %	20 %	40 %	40 %	313116963
106	NC_014731	CGACT	2	10	158731	158740	20 %	20 %	20 %	40 %	313116969
107	NC_014731	GTGCG	2	10	158947	158956	0 %	20 %	60 %	20 %	313116969
108	NC_014731	GGCGT	2	10	159580	159589	0 %	20 %	60 %	20 %	313116971
109	NC_014731	CGTCG	2	10	161412	161421	0 %	20 %	40 %	40 %	313116973
110	NC_014731	TCGAA	2	10	161619	161628	40 %	20 %	20 %	20 %	313116973
111	NC_014731	ACTCG	2	10	162226	162235	20 %	20 %	20 %	40 %	313116975
112	NC_014731	CGACG	2	10	164506	164515	20 %	0 %	40 %	40 %	313116977
113	NC_014731	ACGCC	2	10	165058	165067	20 %	0 %	20 %	60 %	313116977
114	NC_014731	CGGAT	2	10	170159	170168	20 %	20 %	40 %	20 %	313116980
115	NC_014731	AGCGG	2	10	170960	170969	20 %	0 %	60 %	20 %	313116981
116	NC_014731	CTCGC	2	10	171025	171034	0 %	20 %	20 %	60 %	313116981
117	NC_014731	GCACA	2	10	176511	176520	40 %	0 %	20 %	40 %	313116986
118	NC_014731	CGCGT	2	10	177196	177205	0 %	20 %	40 %	40 %	313116986
119	NC_014731	CGACA	2	10	178685	178694	40 %	0 %	20 %	40 %	313116987
120	NC_014731	GTCGA	2	10	180701	180710	20 %	20 %	40 %	20 %	313116988
121	NC_014731	GTTCG	2	10	181972	181981	0 %	40 %	40 %	20 %	313116990
122	NC_014731	GGTTC	2	10	182418	182427	0 %	40 %	40 %	20 %	313116990
123	NC_014731	CGGCG	2	10	184163	184172	0 %	0 %	60 %	40 %	313116992
124	NC_014731	CCGGT	2	10	188606	188615	0 %	20 %	40 %	40 %	313116997
125	NC_014731	CCGAC	2	10	188813	188822	20 %	0 %	20 %	60 %	313116998
126	NC_014731	GTCGA	2	10	190962	190971	20 %	20 %	40 %	20 %	313117001
127	NC_014731	GGACC	2	10	191153	191162	20 %	0 %	40 %	40 %	313117001
128	NC_014731	TGATC	2	10	195864	195873	20 %	40 %	20 %	20 %	313117006
129	NC_014731	CGCGC	2	10	196219	196228	0 %	0 %	40 %	60 %	313117006
130	NC_014731	GCCGC	2	10	196997	197006	0 %	0 %	40 %	60 %	313117006
131	NC_014731	GGACC	2	10	197925	197934	20 %	0 %	40 %	40 %	313117007
132	NC_014731	CGTCT	2	10	197942	197951	0 %	40 %	20 %	40 %	313117007
133	NC_014731	GACGA	2	10	198093	198102	40 %	0 %	40 %	20 %	313117007
134	NC_014731	TCGAG	2	10	198898	198907	20 %	20 %	40 %	20 %	313117008
135	NC_014731	CTGAC	2	10	199579	199588	20 %	20 %	20 %	40 %	313117008
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.