MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Burkholderia rhizoxinica HKI 454 plasmid pBRH02

Total Repeats: 126

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014723	GGCGA	2	10	1565	1574	20 %	0 %	60 %	20 %	330399458
2	NC_014723	GCCCA	2	10	4154	4163	20 %	0 %	20 %	60 %	330399458
3	NC_014723	AGTCC	2	10	11529	11538	20 %	20 %	20 %	40 %	330399460
4	NC_014723	TCGGC	2	10	13543	13552	0 %	20 %	40 %	40 %	330399460
5	NC_014723	GCAAA	2	10	17575	17584	60 %	0 %	20 %	20 %	330399463
6	NC_014723	GATCG	2	10	17879	17888	20 %	20 %	40 %	20 %	330399463
7	NC_014723	TGCTC	2	10	18141	18150	0 %	40 %	20 %	40 %	330399463
8	NC_014723	TACCT	2	10	20067	20076	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_014723	TTGGT	2	10	23837	23846	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014723	CTACA	2	10	23857	23866	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_014723	GATGC	2	10	24045	24054	20 %	20 %	40 %	20 %	330399473
12	NC_014723	CGCGC	2	10	26160	26169	0 %	0 %	40 %	60 %	330399477
13	NC_014723	CTTGT	2	10	26791	26800	0 %	60 %	20 %	20 %	330399477
14	NC_014723	TCGAT	2	10	27412	27421	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_014723	TCGCA	2	10	27537	27546	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_014723	GGAAA	2	10	29810	29819	60 %	0 %	40 %	0 %	330399479
17	NC_014723	CAGCG	2	10	31410	31419	20 %	0 %	40 %	40 %	330399480
18	NC_014723	CCCGC	2	10	35926	35935	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
19	NC_014723	TCAAT	2	10	36563	36572	40 %	40 %	0 %	20 %	330399491
20	NC_014723	CGGGC	2	10	36987	36996	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
21	NC_014723	TTTCG	2	10	37372	37381	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_014723	ACGGG	2	10	37907	37916	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_014723	TGCGG	2	10	39618	39627	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
24	NC_014723	CGTTA	2	10	40144	40153	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_014723	TGGCC	2	10	41483	41492	0 %	20 %	40 %	40 %	330399496
26	NC_014723	CAAGC	2	10	42720	42729	40 %	0 %	20 %	40 %	330399497
27	NC_014723	GCGCC	2	10	42773	42782	0 %	0 %	40 %	60 %	330399498
28	NC_014723	TTGCG	2	10	43645	43654	0 %	40 %	40 %	20 %	330399499
29	NC_014723	CGCTG	2	10	43923	43932	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_014723	CGGGC	2	10	43933	43942	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
31	NC_014723	AGCGC	2	10	45907	45916	20 %	0 %	40 %	40 %	330399503
32	NC_014723	GCCGC	2	10	46701	46710	0 %	0 %	40 %	60 %	330399504
33	NC_014723	AGCGC	2	10	48697	48706	20 %	0 %	40 %	40 %	330399508
34	NC_014723	GATGC	2	10	49614	49623	20 %	20 %	40 %	20 %	330399509
35	NC_014723	GCAGC	2	10	51044	51053	20 %	0 %	40 %	40 %	330399510
36	NC_014723	CACAA	2	10	51386	51395	60 %	0 %	0 %	40 %	330399510
37	NC_014723	AGCGC	2	10	51499	51508	20 %	0 %	40 %	40 %	330399510
38	NC_014723	AGAGA	2	10	52189	52198	60 %	0 %	40 %	0 %	330399510
39	NC_014723	CGGTA	2	10	54522	54531	20 %	20 %	40 %	20 %	330399512
40	NC_014723	GTACA	2	10	55009	55018	40 %	20 %	20 %	20 %	330399512
41	NC_014723	CCAAG	2	10	55448	55457	40 %	0 %	20 %	40 %	330399513
42	NC_014723	CAACG	2	10	56044	56053	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_014723	GCGGG	2	10	56411	56420	0 %	0 %	80 %	20 %	330399514
44	NC_014723	GGTAT	2	10	56421	56430	20 %	40 %	40 %	0 %	330399514
45	NC_014723	TCAGC	2	10	56920	56929	20 %	20 %	20 %	40 %	330399515
46	NC_014723	GTTGT	2	10	57550	57559	0 %	60 %	40 %	0 %	330399516
47	NC_014723	TAACG	2	10	58444	58453	40 %	20 %	20 %	20 %	330399518
48	NC_014723	GGCGT	2	10	59104	59113	0 %	20 %	60 %	20 %	330399519
49	NC_014723	GCGCA	2	10	61739	61748	20 %	0 %	40 %	40 %	330399522
50	NC_014723	TTTTG	2	10	62177	62186	0 %	80 %	20 %	0 %	330399523
51	NC_014723	ACGGC	2	10	65267	65276	20 %	0 %	40 %	40 %	330399526
52	NC_014723	CGACC	2	10	65737	65746	20 %	0 %	20 %	60 %	330399527
53	NC_014723	CGGCG	2	10	66350	66359	0 %	0 %	60 %	40 %	330399528
54	NC_014723	ACGCA	2	10	67212	67221	40 %	0 %	20 %	40 %	330399529
55	NC_014723	AGCCA	2	10	67527	67536	40 %	0 %	20 %	40 %	330399529
56	NC_014723	ATGCG	2	10	68176	68185	20 %	20 %	40 %	20 %	330399530
57	NC_014723	GCAGT	2	10	69462	69471	20 %	20 %	40 %	20 %	330399531
58	NC_014723	TGGGC	2	10	74674	74683	0 %	20 %	60 %	20 %	330399535
59	NC_014723	GCAAC	2	10	74804	74813	40 %	0 %	20 %	40 %	330399535
60	NC_014723	GCAAG	2	10	76533	76542	40 %	0 %	40 %	20 %	330399538
61	NC_014723	CAGCC	2	10	77003	77012	20 %	0 %	20 %	60 %	330399539
62	NC_014723	CATCT	2	10	80261	80270	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_014723	TGCGT	2	10	80882	80891	0 %	40 %	40 %	20 %	330399542
64	NC_014723	GCCCA	2	10	81174	81183	20 %	0 %	20 %	60 %	330399543
65	NC_014723	GTCTA	2	10	81298	81307	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_014723	CGCAA	2	10	81646	81655	40 %	0 %	20 %	40 %	330399544
67	NC_014723	AAGCC	2	10	82770	82779	40 %	0 %	20 %	40 %	330399545
68	NC_014723	ATGGA	2	10	85238	85247	40 %	20 %	40 %	0 %	330399551
69	NC_014723	TGCGC	2	10	89188	89197	0 %	20 %	40 %	40 %	330399556
70	NC_014723	CGAAG	2	10	89699	89708	40 %	0 %	40 %	20 %	330399556
71	NC_014723	TAAAA	2	10	90124	90133	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014723	GGCAG	2	10	90410	90419	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_014723	GCGCT	2	10	91599	91608	0 %	20 %	40 %	40 %	330399558
74	NC_014723	GCGCG	2	10	91775	91784	0 %	0 %	60 %	40 %	330399558
75	NC_014723	ACAGC	2	10	92199	92208	40 %	0 %	20 %	40 %	330399559
76	NC_014723	ACGCT	2	10	92496	92505	20 %	20 %	20 %	40 %	330399559
77	NC_014723	CGGCA	2	10	92583	92592	20 %	0 %	40 %	40 %	330399559
78	NC_014723	GCCGA	2	10	92857	92866	20 %	0 %	40 %	40 %	330399559
79	NC_014723	AGCAC	2	10	93389	93398	40 %	0 %	20 %	40 %	330399559
80	NC_014723	GCATC	2	10	93515	93524	20 %	20 %	20 %	40 %	330399560
81	NC_014723	CGCGC	2	10	93542	93551	0 %	0 %	40 %	60 %	330399560
82	NC_014723	TCGCG	2	10	94777	94786	0 %	20 %	40 %	40 %	330399560
83	NC_014723	GTGCG	2	10	95940	95949	0 %	20 %	60 %	20 %	330399560
84	NC_014723	GGCGC	2	10	95974	95983	0 %	0 %	60 %	40 %	330399560
85	NC_014723	CGGCA	2	10	96334	96343	20 %	0 %	40 %	40 %	330399560
86	NC_014723	GAGCA	2	10	98057	98066	40 %	0 %	40 %	20 %	330399562
87	NC_014723	ATTAA	2	10	98110	98119	60 %	40 %	0 %	0 %	330399562
88	NC_014723	GTTAT	2	10	100357	100366	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014723	AGCCC	2	10	103541	103550	20 %	0 %	20 %	60 %	330399565
90	NC_014723	AGCCA	2	10	107461	107470	40 %	0 %	20 %	40 %	330399571
91	NC_014723	GGTCG	2	10	109805	109814	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
92	NC_014723	CGCTT	2	10	112403	112412	0 %	40 %	20 %	40 %	330399577
93	NC_014723	GCCGC	2	10	113008	113017	0 %	0 %	40 %	60 %	330399577
94	NC_014723	CGGCT	2	10	117194	117203	0 %	20 %	40 %	40 %	330399588
95	NC_014723	CTTGC	2	10	117260	117269	0 %	40 %	20 %	40 %	330399588
96	NC_014723	CGCTG	2	10	121477	121486	0 %	20 %	40 %	40 %	330399597
97	NC_014723	AGCGC	2	10	127433	127442	20 %	0 %	40 %	40 %	330399606
98	NC_014723	TGAGA	2	10	127674	127683	40 %	20 %	40 %	0 %	330399607
99	NC_014723	GCGCC	2	10	127806	127815	0 %	0 %	40 %	60 %	330399607
100	NC_014723	ATACG	2	10	128257	128266	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_014723	GCCGC	2	10	128961	128970	0 %	0 %	40 %	60 %	330399608
102	NC_014723	GGACA	2	10	129397	129406	40 %	0 %	40 %	20 %	330399608
103	NC_014723	TTTCG	2	10	131050	131059	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_014723	GCTGG	2	10	131578	131587	0 %	20 %	60 %	20 %	330399611
105	NC_014723	TCATA	2	10	134316	134325	40 %	40 %	0 %	20 %	330399611
106	NC_014723	CGCCC	2	10	134889	134898	0 %	0 %	20 %	80 %	330399611
107	NC_014723	TCGCC	2	10	138869	138878	0 %	20 %	20 %	60 %	330399612
108	NC_014723	CATCG	2	10	142941	142950	20 %	20 %	20 %	40 %	330399613
109	NC_014723	ATCGA	2	10	145179	145188	40 %	20 %	20 %	20 %	330399618
110	NC_014723	GTCAC	2	10	147177	147186	20 %	20 %	20 %	40 %	330399624
111	NC_014723	GCCGC	2	10	148103	148112	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
112	NC_014723	ATCGG	2	10	149314	149323	20 %	20 %	40 %	20 %	330399629
113	NC_014723	AAAAC	2	10	149620	149629	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_014723	GCGCA	2	10	149872	149881	20 %	0 %	40 %	40 %	330399631
115	NC_014723	CATGT	2	10	155838	155847	20 %	40 %	20 %	20 %	330399638
116	NC_014723	GTGCC	2	10	157863	157872	0 %	20 %	40 %	40 %	330399640
117	NC_014723	CGCTG	2	10	157984	157993	0 %	20 %	40 %	40 %	330399640
118	NC_014723	CAGAT	2	10	159471	159480	40 %	20 %	20 %	20 %	330399642
119	NC_014723	CTAAT	2	10	160807	160816	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_014723	AGCGC	2	10	162506	162515	20 %	0 %	40 %	40 %	330399644
121	NC_014723	TCGGC	2	10	163629	163638	0 %	20 %	40 %	40 %	330399646
122	NC_014723	TTACG	2	10	164225	164234	20 %	40 %	20 %	20 %	330399648
123	NC_014723	GATTC	2	10	168088	168097	20 %	40 %	20 %	20 %	330399652
124	NC_014723	GCCTA	2	10	168571	168580	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_014723	GGCGC	2	10	170439	170448	0 %	0 %	60 %	40 %	330399658
126	NC_014723	ATTCG	2	10	171403	171412	20 %	40 %	20 %	20 %	330399659

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.