MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia rhizoxinica HKI 454 chromosome

Total Repeats: 307

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014722	TGAGC	2	10	12223	12232	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_014722	CAAAG	2	10	43061	43070	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_014722	GCACC	2	10	49445	49454	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
4	NC_014722	CGGGT	2	10	69433	69442	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_014722	GTTGC	2	10	90054	90063	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_014722	TGATT	2	10	113346	113355	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014722	TAGCC	2	10	124483	124492	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_014722	GCCGG	2	10	131319	131328	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
9	NC_014722	ACGCG	2	10	134398	134407	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_014722	CGCGC	2	10	136969	136978	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
11	NC_014722	TGGCG	2	10	145400	145409	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_014722	CGGAA	2	10	148171	148180	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_014722	CGGCG	2	10	160348	160357	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
14	NC_014722	GGCAT	2	10	162106	162115	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_014722	TGACG	2	10	162152	162161	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_014722	GCGTC	2	10	164349	164358	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
17	NC_014722	GTCTC	2	10	165096	165105	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_014722	TCCGC	2	10	175208	175217	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
19	NC_014722	CGGGC	2	10	196589	196598	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
20	NC_014722	GGCGC	2	10	198772	198781	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
21	NC_014722	GTTAC	2	10	200084	200093	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_014722	ACGGG	2	10	200683	200692	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_014722	ACACA	2	10	200934	200943	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
24	NC_014722	TGCAC	2	10	203566	203575	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_014722	GCGCC	2	10	208992	209001	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
26	NC_014722	TTCTA	2	10	209862	209871	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_014722	GCATC	2	10	216583	216592	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_014722	GATCG	2	10	220342	220351	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_014722	CGCGG	2	10	232294	232303	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
30	NC_014722	ATCGG	2	10	238089	238098	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_014722	CCGAC	2	10	249671	249680	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_014722	CGGCG	2	10	250231	250240	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
33	NC_014722	CGGCG	2	10	258778	258787	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
34	NC_014722	CGCTG	2	10	258966	258975	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_014722	CGGTG	2	10	264698	264707	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
36	NC_014722	CGGGT	2	10	271264	271273	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
37	NC_014722	GCGAC	2	10	271501	271510	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_014722	TTGAG	2	10	271707	271716	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014722	TCGTG	2	10	272820	272829	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_014722	GCAGT	2	10	273620	273629	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_014722	GGGAG	2	10	274310	274319	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014722	CTCAT	2	10	276314	276323	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_014722	CGATC	2	10	288945	288954	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_014722	GAAAC	2	10	297037	297046	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_014722	GCAGG	2	10	324104	324113	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
46	NC_014722	CGCAT	2	10	326611	326620	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_014722	GGCTT	2	10	326649	326658	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_014722	TGGCG	2	10	334836	334845	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_014722	AAGTC	2	10	334876	334885	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_014722	GACAT	2	10	340798	340807	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_014722	CAGTG	4	20	347418	347437	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_014722	CGGTG	2	10	347443	347452	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_014722	CGCGC	2	10	348143	348152	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
54	NC_014722	AGCTA	8	40	378543	378582	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_014722	GGTTG	2	10	384868	384877	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014722	TTGCC	2	10	391961	391970	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_014722	ACGCG	2	10	391982	391991	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
58	NC_014722	GTGCT	2	10	392675	392684	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_014722	GGACG	2	10	430648	430657	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
60	NC_014722	TTTTG	2	10	430763	430772	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014722	CGAGG	2	10	449791	449800	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
62	NC_014722	TCACC	2	10	449877	449886	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
63	NC_014722	TCGCC	2	10	451271	451280	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
64	NC_014722	CAGCA	2	10	457378	457387	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_014722	TGTTC	2	10	478353	478362	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_014722	GAAAT	2	10	486716	486725	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014722	TTGAA	2	10	494273	494282	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014722	GCCGC	2	10	496410	496419	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
69	NC_014722	ACGGC	2	10	499414	499423	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_014722	AAGCA	2	10	501388	501397	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_014722	AGGGC	2	10	507707	507716	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_014722	CGGCG	2	10	509937	509946	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
73	NC_014722	TTTCG	2	10	527830	527839	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_014722	TCGCC	2	10	535491	535500	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
75	NC_014722	CAGCG	2	10	556387	556396	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_014722	CTGCG	2	10	561012	561021	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_014722	GGCCG	2	10	567501	567510	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
78	NC_014722	GCGCG	2	10	590869	590878	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
79	NC_014722	CGAGC	2	10	601290	601299	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_014722	AAGCC	2	10	601471	601480	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_014722	GGTAA	2	10	613549	613558	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014722	CGGCG	2	10	620648	620657	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
83	NC_014722	GCAAA	2	10	629928	629937	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_014722	CTTTT	2	10	633629	633638	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_014722	GTGCT	2	10	634551	634560	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_014722	GCGGG	2	10	634900	634909	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
87	NC_014722	ACAGC	2	10	636120	636129	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_014722	TACCG	2	10	636264	636273	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_014722	AGGCG	2	10	636389	636398	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
90	NC_014722	CCGCG	2	10	637801	637810	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
91	NC_014722	ACCGC	2	10	637881	637890	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
92	NC_014722	GCACC	2	10	637907	637916	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
93	NC_014722	TGGTG	2	10	654392	654401	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014722	CGGCG	2	10	654578	654587	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
95	NC_014722	TAATT	2	10	664228	664237	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014722	CGCTG	2	10	668100	668109	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_014722	TATCG	2	10	674163	674172	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_014722	GGGCT	2	10	680160	680169	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
99	NC_014722	AGCGC	2	10	690750	690759	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_014722	GGCGG	2	10	693818	693827	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
101	NC_014722	GTCGA	2	10	700334	700343	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_014722	AAACG	2	10	714996	715005	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_014722	CATGC	2	10	717082	717091	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_014722	TTCCA	2	10	721247	721256	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_014722	GCTGC	2	10	723140	723149	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_014722	CGAGG	2	10	730994	731003	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
107	NC_014722	GTCGC	2	10	761331	761340	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_014722	TTGCG	2	10	761385	761394	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_014722	GCGTC	2	10	773526	773535	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_014722	GTTGC	2	10	773538	773547	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_014722	GCCCG	2	10	773568	773577	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
112	NC_014722	TTTTG	2	10	779284	779293	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014722	TGGGG	2	10	779406	779415	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014722	GCGCG	2	10	843376	843385	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
115	NC_014722	TGCAT	2	10	851527	851536	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_014722	GAACT	2	10	856985	856994	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_014722	GGGGT	2	10	863389	863398	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
118	NC_014722	GCGCT	2	10	891931	891940	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
119	NC_014722	CGCGG	2	10	893931	893940	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
120	NC_014722	GCGCG	2	10	900452	900461	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
121	NC_014722	GAGGC	2	10	902868	902877	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
122	NC_014722	TGGAA	2	10	906245	906254	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014722	TTTGT	2	10	917243	917252	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014722	GCCAC	2	10	922544	922553	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
125	NC_014722	GCGAC	2	10	925607	925616	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
126	NC_014722	TTGAG	2	10	925813	925822	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014722	TCGTG	2	10	926925	926934	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_014722	GCAGT	2	10	927725	927734	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_014722	GGGAG	2	10	928417	928426	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014722	TCATC	2	10	930423	930432	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_014722	GTTTT	2	10	949450	949459	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014722	GCGAG	2	10	951673	951682	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
133	NC_014722	ATGTC	2	10	958941	958950	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_014722	CGACG	2	10	992185	992194	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
135	NC_014722	GCCGC	2	10	996092	996101	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
136	NC_014722	CGGCG	2	10	996105	996114	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
137	NC_014722	GGCAA	2	10	1004596	1004605	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_014722	CGCAA	2	10	1025689	1025698	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_014722	GCGAT	2	10	1037950	1037959	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_014722	AATGC	2	10	1039522	1039531	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_014722	AACGC	2	10	1041812	1041821	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_014722	ATGCG	2	10	1082613	1082622	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_014722	GCGAC	2	10	1091235	1091244	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
144	NC_014722	TTGAG	2	10	1091441	1091450	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014722	TCGTG	2	10	1092553	1092562	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_014722	GCAGT	2	10	1093353	1093362	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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259	NC_014722	TGGCC	2	10	2171995	2172004	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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262	NC_014722	GGTCG	2	10	2189710	2189719	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
263	NC_014722	GCCGA	2	10	2213191	2213200	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
264	NC_014722	GCGCG	3	15	2216651	2216665	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
265	NC_014722	GCCGG	2	10	2219400	2219409	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
266	NC_014722	GCCCG	2	10	2219420	2219429	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
267	NC_014722	ACCGT	2	10	2221952	2221961	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
268	NC_014722	GGCAT	2	10	2241032	2241041	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
269	NC_014722	GCCCG	2	10	2253491	2253500	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
270	NC_014722	CCGCC	2	10	2255128	2255137	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
271	NC_014722	TTGGC	2	10	2255199	2255208	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
272	NC_014722	CTGGA	2	10	2259555	2259564	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
273	NC_014722	CGCGC	2	10	2260346	2260355	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
274	NC_014722	ATGTT	2	10	2308269	2308278	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
275	NC_014722	GCCCG	2	10	2335065	2335074	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
276	NC_014722	GCTTC	2	10	2346965	2346974	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
277	NC_014722	GATTG	2	10	2353203	2353212	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
278	NC_014722	CGTTG	2	10	2358222	2358231	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
279	NC_014722	CACTG	2	10	2364281	2364290	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
280	NC_014722	TGGCA	2	10	2374412	2374421	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
281	NC_014722	GTGCC	2	10	2377737	2377746	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
282	NC_014722	TTAGT	2	10	2387996	2388005	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
283	NC_014722	CCTAG	2	10	2392540	2392549	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
284	NC_014722	ACGCC	2	10	2443551	2443560	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
285	NC_014722	CAATG	2	10	2486265	2486274	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
286	NC_014722	GCCCG	2	10	2488312	2488321	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
287	NC_014722	CGCTG	2	10	2514988	2514997	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
288	NC_014722	ACCGA	2	10	2517937	2517946	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
289	NC_014722	ATCGC	2	10	2524976	2524985	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
290	NC_014722	ATCGA	2	10	2590606	2590615	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
291	NC_014722	CGGCG	2	10	2596776	2596785	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
292	NC_014722	CTGAT	2	10	2597730	2597739	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
293	NC_014722	TGTCG	2	10	2601311	2601320	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
294	NC_014722	ATCCG	2	10	2602449	2602458	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
295	NC_014722	TCGTG	2	10	2605520	2605529	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
296	NC_014722	CCGCA	2	10	2610045	2610054	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
297	NC_014722	TGCGC	2	10	2627546	2627555	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
298	NC_014722	GCGCA	2	10	2627595	2627604	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
299	NC_014722	CGACC	2	10	2640393	2640402	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
300	NC_014722	GACAC	5	25	2641768	2641792	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
301	NC_014722	AGCAC	14	70	2641793	2641862	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
302	NC_014722	GGCCC	2	10	2655823	2655832	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
303	NC_014722	TGCTT	2	10	2656515	2656524	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
304	NC_014722	GGCCG	2	10	2676865	2676874	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
305	NC_014722	GCGAT	2	10	2680928	2680937	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
306	NC_014722	GCATG	2	10	2686115	2686124	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
307	NC_014722	GGCTA	2	10	2744104	2744113	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.