MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Caldicellulosiruptor kronotskyensis 2002 chromosome

Total Repeats: 490

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014720	AATTG	2	10	9367	9376	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014720	ATTCA	2	10	11825	11834	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_014720	AATGG	2	10	24308	24317	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014720	ATCTC	2	10	25357	25366	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_014720	AAAAT	2	10	28496	28505	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014720	TAATA	2	10	35868	35877	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014720	CAAAA	2	10	50594	50603	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_014720	ATAAA	2	10	50629	50638	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014720	TAACT	2	10	56743	56752	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_014720	GAAAA	2	10	60915	60924	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014720	AAATG	2	10	66963	66972	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014720	ATTTA	2	10	76104	76113	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014720	TTTTC	2	10	76502	76511	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_014720	ATATC	2	10	79107	79116	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_014720	TTTTG	2	10	83337	83346	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014720	AATTA	2	10	83974	83983	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_014720	ACAAA	2	10	111150	111159	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_014720	TAAAA	2	10	114405	114414	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014720	GAAGG	2	10	114782	114791	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014720	ATAAA	2	10	117078	117087	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_014720	AGGAA	2	10	117196	117205	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014720	TAAAA	2	10	127056	127065	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014720	CTTTG	2	10	148663	148672	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_014720	AAATT	2	10	157568	157577	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014720	TCAAT	2	10	180275	180284	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_014720	AATTT	2	10	201285	201294	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014720	TAAAA	2	10	236475	236484	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014720	ACAAA	2	10	240110	240119	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_014720	TAAAA	2	10	243407	243416	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014720	CCTTT	2	10	269573	269582	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_014720	TTTTC	2	10	272161	272170	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_014720	AGTTT	2	10	274055	274064	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014720	TTTAA	2	10	274379	274388	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_014720	GAAAA	2	10	275085	275094	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014720	GATTT	2	10	278097	278106	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014720	GTATT	2	10	278255	278264	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014720	TCTAC	2	10	278720	278729	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_014720	AGCAC	2	10	279473	279482	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_014720	GTATT	2	10	279879	279888	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014720	TATAT	2	10	289493	289502	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014720	CTTTT	2	10	314024	314033	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_014720	TTTAT	2	10	314041	314050	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014720	CAAAA	2	10	322817	322826	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_014720	ATATA	2	10	332006	332015	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014720	ATTTT	2	10	336537	336546	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014720	AAATG	2	10	346305	346314	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014720	TATAA	2	10	357861	357870	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014720	ATTTA	2	10	358291	358300	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014720	ATTGG	2	10	358681	358690	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014720	CTACA	2	10	360951	360960	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_014720	CTTTT	2	10	365526	365535	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_014720	TGTTT	2	10	365772	365781	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014720	GAAAG	2	10	368007	368016	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014720	ATTGT	2	10	381546	381555	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014720	TATTT	2	10	381571	381580	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014720	ACAAA	2	10	381644	381653	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_014720	ATAAA	2	10	381689	381698	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014720	ATTTT	2	10	383560	383569	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014720	AAAAT	2	10	389528	389537	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014720	TCGTG	2	10	396530	396539	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_014720	GGGAG	2	10	397674	397683	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014720	AGGGG	2	10	399050	399059	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014720	CCGAA	2	10	399082	399091	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_014720	GTAAA	2	10	405783	405792	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014720	TTTAG	2	10	407638	407647	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014720	TGTAT	2	10	415728	415737	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014720	ATGCA	2	10	415767	415776	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_014720	TTAAA	2	10	416956	416965	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014720	TTTTA	2	10	417536	417545	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014720	ATTTT	2	10	419765	419774	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014720	TTGCT	2	10	423512	423521	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_014720	GTTAT	2	10	426801	426810	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014720	ATTTT	2	10	428058	428067	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014720	AAACT	2	10	431346	431355	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_014720	ATATA	2	10	434173	434182	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014720	TATAT	2	10	434313	434322	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014720	ATTCA	2	10	443344	443353	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_014720	GAAAA	2	10	444791	444800	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014720	GTTTT	2	10	446731	446740	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014720	TAAAT	2	10	461305	461314	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014720	ATTAT	2	10	462096	462105	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014720	GAAAA	2	10	465048	465057	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014720	TAAAA	2	10	466388	466397	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014720	ATTGG	2	10	468900	468909	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014720	TAAAG	2	10	474380	474389	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014720	TCTAC	2	10	476051	476060	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_014720	GGTGT	2	10	480744	480753	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014720	TAATA	2	10	489021	489030	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014720	AAATT	2	10	495753	495762	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_014720	CATTT	2	10	496524	496533	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_014720	TTTTC	2	10	500190	500199	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_014720	GGTTT	2	10	502946	502955	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014720	ATTTT	2	10	505737	505746	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014720	AAAAG	2	10	507500	507509	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014720	TTTGG	2	10	512220	512229	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014720	ATTTA	2	10	515673	515682	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014720	AAAAT	2	10	523127	523136	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014720	TATCA	2	10	543795	543804	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_014720	TATAA	2	10	551880	551889	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014720	CTAAA	2	10	566303	566312	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_014720	GTTTT	2	10	572147	572156	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014720	TAAAA	3	15	583636	583650	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014720	TTTTC	2	10	637937	637946	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_014720	TTTTA	2	10	638672	638681	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014720	CAAAA	2	10	644441	644450	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_014720	ATAAA	2	10	657694	657703	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014720	TAAAA	2	10	657737	657746	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014720	AAATG	2	10	659695	659704	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014720	GGAGA	2	10	664389	664398	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014720	ATATC	2	10	667100	667109	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_014720	TTTTA	2	10	667153	667162	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014720	AGGAA	2	10	667942	667951	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014720	AAAAT	2	10	673645	673654	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014720	ATAAA	2	10	673662	673671	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014720	TTTCT	2	10	681717	681726	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_014720	ATTTT	2	10	681943	681952	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014720	CTTTT	2	10	683517	683526	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_014720	AAAAT	2	10	704391	704400	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014720	AAAAG	2	10	719177	719186	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014720	TAAAA	2	10	722624	722633	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014720	GATTA	2	10	738087	738096	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014720	TTTGA	2	10	740403	740412	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014720	ATATA	2	10	743218	743227	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014720	CCAAA	2	10	743270	743279	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_014720	ATTAG	2	10	746168	746177	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014720	TAAAA	2	10	748710	748719	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014720	AAAGA	2	10	756701	756710	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014720	GGGCA	2	10	756716	756725	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
129	NC_014720	AAATC	2	10	782130	782139	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_014720	AAAGG	2	10	790047	790056	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014720	TTAAC	2	10	797369	797378	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_014720	ACAAA	2	10	799765	799774	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_014720	AGGAG	2	10	807258	807267	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
134	NC_014720	GATAT	2	10	809512	809521	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014720	TTTTG	2	10	810378	810387	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014720	AAAAT	2	10	810427	810436	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014720	ATTAA	2	10	810731	810740	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014720	ATAAA	2	10	839690	839699	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014720	TATAA	2	10	845411	845420	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014720	TAAAC	2	10	846184	846193	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_014720	TAAAA	2	10	847710	847719	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_014720	GTAAA	2	10	848669	848678	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014720	AAAAC	2	10	850468	850477	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_014720	ATATA	2	10	852260	852269	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014720	TTATT	2	10	853068	853077	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_014720	TGGTT	2	10	853184	853193	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_014720	ATAGT	2	10	856279	856288	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014720	TTTTA	2	10	869562	869571	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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488	NC_014720	ATTTT	2	10	2812239	2812248	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
489	NC_014720	ATTAT	2	10	2818793	2818802	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
490	NC_014720	AATTA	2	10	2828415	2828424	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.