MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Methanothermus fervidus DSM 2088 chromosome

Total Repeats: 768

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014658	ACTTAA	2	12	1488	1499	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	312136231
2	NC_014658	TAGAGG	2	12	2949	2960	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	312136232
3	NC_014658	TTTTAA	2	12	3923	3934	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312136233
4	NC_014658	AACAGG	2	12	4493	4504	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	312136235
5	NC_014658	TGTCTG	2	12	5972	5983	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	312136237
6	NC_014658	TAAAAT	2	12	10223	10234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312136239
7	NC_014658	CATCGA	2	12	13716	13727	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	312136244
8	NC_014658	ACATTT	2	12	14867	14878	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312136246
9	NC_014658	TTTTCT	2	12	15185	15196	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_014658	GGAAGA	2	12	15292	15303	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014658	TAAAAA	2	12	21984	21995	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	312136254
12	NC_014658	ATTTTT	2	12	30332	30343	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	312136257
13	NC_014658	ATTTTT	2	12	30399	30410	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	312136257
14	NC_014658	ATTTAC	2	12	30687	30698	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312136258
15	NC_014658	ATCAAC	2	12	31156	31167	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	312136258
16	NC_014658	CTATAA	2	12	31860	31871	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	312136258
17	NC_014658	AAATTT	2	12	32278	32289	50 %	50 %	0 %	0 %	312136258
18	NC_014658	TTTTTC	2	12	33698	33709	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	312136259
19	NC_014658	TGGTAT	2	12	36206	36217	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	312136261
20	NC_014658	TCTCCA	2	12	37356	37367	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	312136263
21	NC_014658	ATTTTT	2	12	41073	41084	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014658	ATTTTA	2	12	43406	43417	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312136272
23	NC_014658	TGTTTT	2	12	43928	43939	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014658	TTTAAA	2	12	44059	44070	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014658	TGACCT	2	12	45461	45472	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	312136274
26	NC_014658	AGTTGA	2	12	46994	47005	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312136274
27	NC_014658	ATGAAA	2	12	47230	47241	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312136274
28	NC_014658	CAACTT	2	12	47866	47877	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312136276
29	NC_014658	ACCATA	2	12	50171	50182	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	312136277
30	NC_014658	CTGCAG	2	12	51669	51680	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	312136278
31	NC_014658	GGATTT	2	12	55914	55925	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	312136281
32	NC_014658	AACAGA	2	12	57462	57473	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	312136283
33	NC_014658	ATAAAA	2	12	59588	59599	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	312136286
34	NC_014658	ATTTAA	2	12	60813	60824	50 %	50 %	0 %	0 %	312136288
35	NC_014658	TAATTG	2	12	64088	64099	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	312136293
36	NC_014658	ATTTAA	2	12	64912	64923	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014658	ATTTTT	2	12	66650	66661	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	312136295
38	NC_014658	AAGTTG	2	12	68378	68389	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312136297
39	NC_014658	TTTTCT	2	12	73130	73141	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	312136302
40	NC_014658	TATCTT	2	12	74137	74148	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	312136303
41	NC_014658	CTGTTT	2	12	74398	74409	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	312136303
42	NC_014658	TTCTTT	2	12	75338	75349	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	312136303
43	NC_014658	TTTTTG	2	12	77285	77296	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	312136304
44	NC_014658	TTTATG	2	12	78881	78892	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	312136306
45	NC_014658	CAGATT	2	12	79949	79960	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	312136307
46	NC_014658	GCCCTG	2	12	80429	80440	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	312136307
47	NC_014658	TTGAAA	2	12	81522	81533	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	312136307
48	NC_014658	AAAGAA	2	12	83347	83358	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	312136309
49	NC_014658	AGGTGA	2	12	85415	85426	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	312136310
50	NC_014658	CATAAT	2	12	87007	87018	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	312136312
51	NC_014658	CTATAT	2	12	88127	88138	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312136313
52	NC_014658	AGAAAA	2	12	94768	94779	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	312136320
53	NC_014658	CTTTTT	2	12	95058	95069	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	312136321
54	NC_014658	TTTAAT	2	12	95191	95202	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312136321
55	NC_014658	TTTATT	2	12	98435	98446	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	312136324
56	NC_014658	TCCAGC	2	12	100045	100056	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	312136327
57	NC_014658	TATTGC	2	12	100096	100107	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	312136327
58	NC_014658	GAAAAA	2	12	102938	102949	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014658	ATTTCT	2	12	104454	104465	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	312136330
60	NC_014658	CTACAT	2	12	108986	108997	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312136332
61	NC_014658	GCAAAT	2	12	109402	109413	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312136332
62	NC_014658	TAGCAT	2	12	110020	110031	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	312136333
63	NC_014658	GTGGAT	2	12	112799	112810	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	312136337
64	NC_014658	GAAAAA	2	12	116535	116546	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	312136340
65	NC_014658	AAAAGA	2	12	117764	117775	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	312136341
66	NC_014658	TAGATA	2	12	118768	118779	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	312136342
67	NC_014658	TCTTCC	2	12	119739	119750	0 %	50 %	0 %	50 %	312136343
68	NC_014658	CTTATC	2	12	121803	121814	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_014658	ATTTTA	2	12	123674	123685	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014658	AAAGGA	2	12	125501	125512	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	312136348
71	NC_014658	GATAAA	2	12	127102	127113	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312136350
72	NC_014658	AAAAAT	2	12	127275	127286	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	312136350
73	NC_014658	TTTTTA	2	12	127676	127687	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	312136351
74	NC_014658	TTTTAA	2	12	128544	128555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312136352
75	NC_014658	TTTACT	2	12	129821	129832	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	312136353
76	NC_014658	TAAAAT	2	12	132939	132950	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312136356
77	NC_014658	TAAAAC	2	12	136992	137003	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	312136359
78	NC_014658	ATCCAT	2	12	139662	139673	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312136362
79	NC_014658	AGCTAA	2	12	141739	141750	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312136366
80	NC_014658	GATGGA	2	12	143102	143113	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	312136368
81	NC_014658	GATAAC	2	12	144447	144458	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312136372
82	NC_014658	GTAAAG	2	12	145972	145983	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	312136373
83	NC_014658	AAAAAT	2	12	147724	147735	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	312136375
84	NC_014658	GGCGGA	2	12	149050	149061	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	312136375
85	NC_014658	AGATGT	2	12	149261	149272	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312136376
86	NC_014658	CAATTC	2	12	149944	149955	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312136376
87	NC_014658	TTTTTC	2	12	153762	153773	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	312136382
88	NC_014658	AACTTT	2	12	154142	154153	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_014658	TCATTA	2	12	155211	155222	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312136384
90	NC_014658	TGCAGC	2	12	156136	156147	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	312136385
91	NC_014658	GAAAAT	2	12	158459	158470	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312136387
92	NC_014658	CTTTTA	2	12	159080	159091	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	312136388
93	NC_014658	ATTCTT	2	12	159325	159336	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	312136388
94	NC_014658	CAATTT	2	12	162268	162279	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312136389
95	NC_014658	ATGCCA	2	12	163857	163868	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	312136389
96	NC_014658	CTTGTG	2	12	166218	166229	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	312136392
97	NC_014658	TTCTTT	2	12	167028	167039	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	312136394
98	NC_014658	TTTAAT	2	12	168344	168355	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312136397
99	NC_014658	ATTCTT	2	12	168538	168549	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	312136398
100	NC_014658	GTTTTT	2	12	169343	169354	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	312136400
101	NC_014658	GCTTCA	2	12	170139	170150	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	312136402
102	NC_014658	ATTTAT	2	12	170402	170413	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312136402
103	NC_014658	CCTTTA	2	12	172199	172210	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	312136404
104	NC_014658	ATTTTT	2	12	176268	176279	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	312136406
105	NC_014658	TTTCTC	2	12	176402	176413	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312136406
106	NC_014658	TAAGTG	2	12	180619	180630	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312136409
107	NC_014658	AGAAGC	2	12	182090	182101	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	312136410
108	NC_014658	GGAATG	2	12	184506	184517	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	312136412
109	NC_014658	TATGGA	2	12	184728	184739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312136412
110	NC_014658	TTTTCC	2	12	187817	187828	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312136415
111	NC_014658	TTTTAT	2	12	189969	189980	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	312136417
112	NC_014658	TCTATT	2	12	190396	190407	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	312136417
113	NC_014658	AACTGC	2	12	190515	190526	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	312136417
114	NC_014658	AACTCC	2	12	193696	193707	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	312136422
115	NC_014658	ATGTGC	2	12	193879	193890	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	312136422
116	NC_014658	ATTTAA	2	12	194860	194871	50 %	50 %	0 %	0 %	312136423
117	NC_014658	TAACAA	2	12	195349	195360	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	312136423
118	NC_014658	ATCAAA	2	12	196286	196297	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	312136424
119	NC_014658	ATCTTC	2	12	196563	196574	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	312136424
120	NC_014658	TTTTCT	2	12	200932	200943	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	312136430
121	NC_014658	AATTCC	2	12	203755	203766	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312136434
122	NC_014658	ATGATT	2	12	205343	205354	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014658	TTTTGT	2	12	206683	206694	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	312136437
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236	NC_014658	TAACTT	2	12	371761	371772	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312136613
237	NC_014658	ACAATG	2	12	372590	372601	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312136613
238	NC_014658	CTATAT	2	12	377443	377454	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312136618
239	NC_014658	TTTTTC	2	12	379863	379874	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	312136620
240	NC_014658	AAAGAT	2	12	381200	381211	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312136621
241	NC_014658	TGGTTT	2	12	381624	381635	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312136622
242	NC_014658	CCAATT	2	12	381730	381741	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312136622
243	NC_014658	TAATTT	2	12	382110	382121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312136622
244	NC_014658	CGTTTC	2	12	383307	383318	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	312136624
245	NC_014658	ACTCTA	2	12	383481	383492	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312136624
246	NC_014658	TATTCT	2	12	384393	384404	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	312136625
247	NC_014658	TATTTT	2	12	385395	385406	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	312136626
248	NC_014658	GAGGTA	2	12	386573	386584	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	312136629
249	NC_014658	TAAATA	2	12	388343	388354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312136631
250	NC_014658	TTCCAT	2	12	388659	388670	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	312136631
251	NC_014658	ATTTTT	2	12	390725	390736	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	312136633
252	NC_014658	TAATTG	2	12	394352	394363	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	312136636
253	NC_014658	TAAAAT	2	12	395236	395247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312136637
254	NC_014658	CATATC	2	12	397752	397763	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312136639
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257	NC_014658	AAAGGT	2	12	400560	400571	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	312136641
258	NC_014658	TATGAA	2	12	400596	400607	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	312136641
259	NC_014658	ATTTCC	2	12	403432	403443	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	312136643
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261	NC_014658	AATATC	2	12	405849	405860	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	312136645
262	NC_014658	TTAAAT	2	12	408031	408042	50 %	50 %	0 %	0 %	312136647
263	NC_014658	CATAGA	2	12	411153	411164	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312136649
264	NC_014658	AAAATC	2	12	414402	414413	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
265	NC_014658	AGGTAA	2	12	414936	414947	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
266	NC_014658	TTTCCA	2	12	419856	419867	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	312136657
267	NC_014658	AAAATT	2	12	421519	421530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312136657
268	NC_014658	CATTTC	2	12	425023	425034	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	312136661
269	NC_014658	GCAAGT	2	12	425228	425239	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	312136661
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271	NC_014658	CTATAA	2	12	427846	427857	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	312136666
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273	NC_014658	TAAAAA	2	12	429440	429451	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	312136670
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288	NC_014658	CGTAAT	2	12	441698	441709	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	312136687
289	NC_014658	AACTGT	2	12	443455	443466	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	312136688
290	NC_014658	AAATGA	2	12	444895	444906	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312136690
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299	NC_014658	TGGCAA	2	12	455614	455625	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	312136702
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309	NC_014658	ATTTAA	2	12	464479	464490	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
310	NC_014658	TCTACT	2	12	465151	465162	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	312136712
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318	NC_014658	ATATGA	2	12	480105	480116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	312136729
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332	NC_014658	TTCTTT	2	12	504203	504214	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	312136752
333	NC_014658	TTTAGG	2	12	507129	507140	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	312136753
334	NC_014658	TGGTCT	2	12	507963	507974	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	312136753
335	NC_014658	TTGCCA	2	12	508129	508140	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	312136753
336	NC_014658	GCAATG	2	12	513035	513046	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	312136758
337	NC_014658	ATCCTC	2	12	513210	513221	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	312136758
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339	NC_014658	ATTTTT	2	12	516536	516547	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	312136761
340	NC_014658	CAAGAA	2	12	516970	516981	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	312136761
341	NC_014658	AACAGC	2	12	517073	517084	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	312136761
342	NC_014658	TAAAAA	2	12	523546	523557	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
343	NC_014658	ATTTAT	2	12	526605	526616	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
344	NC_014658	AAGCTA	2	12	526957	526968	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312136767
345	NC_014658	AAAAAT	2	12	531110	531121	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	312136771
346	NC_014658	TCCCTG	2	12	532513	532524	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	312136771
347	NC_014658	TCATGT	2	12	535835	535846	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	312136776
348	NC_014658	TTTAAA	2	12	535967	535978	50 %	50 %	0 %	0 %	312136776
349	NC_014658	TTTATC	2	12	540936	540947	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
350	NC_014658	TAAAAA	2	12	540995	541006	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
351	NC_014658	TTTCTT	2	12	543704	543715	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	312136785
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353	NC_014658	TAAAAA	2	12	545079	545090	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	312136786
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470	NC_014658	TAAATA	2	12	733937	733948	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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499	NC_014658	AATATT	2	12	785897	785908	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
500	NC_014658	AGTAAA	2	12	786254	786265	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312137036

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