MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanothermus fervidus DSM 2088 chromosome

Total Repeats: 280

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014658	ATGG	2	8	15028	15035	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014658	ATTA	2	8	15052	15059	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014658	TTTA	2	8	17634	17641	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014658	TTAA	2	8	19448	19455	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014658	CAAT	2	8	20751	20758	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_014658	AAAT	2	8	20764	20771	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_014658	CAAC	2	8	24057	24064	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_014658	AGCC	2	8	25198	25205	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_014658	GTGA	2	8	25529	25536	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014658	CGGG	2	8	25794	25801	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
11	NC_014658	CGGC	2	8	25955	25962	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
12	NC_014658	ACGG	2	8	26110	26117	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_014658	GGGT	2	8	26170	26177	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014658	CCTG	2	8	26371	26378	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
15	NC_014658	CAGG	2	8	26442	26449	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
16	NC_014658	CTTT	2	8	26557	26564	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_014658	ATTA	2	8	39020	39027	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014658	TGTA	2	8	40050	40057	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014658	AGGG	2	8	41419	41426	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014658	ACTT	2	8	41514	41521	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_014658	AAAT	2	8	52309	52316	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014658	ATTA	2	8	72495	72502	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014658	TTGT	2	8	73565	73572	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014658	TTTA	2	8	73646	73653	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_014658	GTTT	2	8	73658	73665	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014658	CAGA	2	8	79515	79522	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_014658	AGGA	2	8	102150	102157	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014658	ATGG	2	8	102316	102323	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014658	GATT	2	8	102573	102580	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014658	CATA	2	8	102587	102594	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_014658	ATAC	2	8	103070	103077	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
32	NC_014658	ATAA	2	8	103115	103122	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014658	CAAG	2	8	103297	103304	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_014658	TCTT	2	8	103869	103876	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_014658	TAAA	2	8	107593	107600	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014658	TGGT	2	8	111086	111093	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014658	TTTA	2	8	123580	123587	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014658	TTAT	2	8	123612	123619	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014658	TAAT	2	8	123648	123655	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014658	ATTT	2	8	125126	125133	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014658	ATTT	2	8	140411	140418	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014658	ATTT	2	8	142913	142920	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_014658	TTAA	2	8	156561	156568	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014658	CCGG	2	8	156733	156740	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
45	NC_014658	TGAC	2	8	179188	179195	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_014658	TTAT	2	8	179272	179279	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014658	CGAT	2	8	183588	183595	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_014658	CCTT	2	8	185679	185686	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_014658	ATAA	2	8	195420	195427	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014658	TAAA	3	12	201077	201088	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014658	TATT	2	8	218890	218897	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014658	TTTA	2	8	223380	223387	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014658	GAAA	2	8	223433	223440	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014658	ATTA	2	8	223460	223467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014658	ATTA	2	8	226475	226482	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014658	TAAG	2	8	247384	247391	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014658	TAAA	2	8	252522	252529	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014658	ATTT	2	8	260296	260303	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_014658	ATTT	2	8	266306	266313	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014658	TATT	2	8	293589	293596	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014658	GGTA	2	8	293620	293627	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014658	TTAT	2	8	308298	308305	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014658	TTTC	2	8	310963	310970	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_014658	AATT	2	8	337700	337707	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014658	TAAA	2	8	345342	345349	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014658	TTTA	2	8	351388	351395	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_014658	TGCA	2	8	351441	351448	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_014658	CAAA	2	8	353339	353346	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_014658	TAAA	2	8	360218	360225	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014658	AGTT	2	8	363897	363904	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014658	TCTT	2	8	380474	380481	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_014658	ATCA	2	8	385483	385490	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_014658	GAAG	2	8	406859	406866	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014658	GAAT	2	8	407111	407118	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014658	TAAA	2	8	407412	407419	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014658	ATAA	2	8	414237	414244	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014658	AATT	2	8	414245	414252	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014658	TAAT	2	8	414440	414447	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014658	TGTT	2	8	414983	414990	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014658	TTAA	2	8	415033	415040	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014658	TAAA	2	8	421673	421680	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_014658	TCCC	2	8	431091	431098	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
83	NC_014658	CAAC	2	8	434180	434187	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_014658	TACA	2	8	439764	439771	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_014658	CAAA	2	8	472042	472049	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_014658	ATCT	2	8	475808	475815	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_014658	CTAT	2	8	479343	479350	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_014658	AAAT	2	8	511935	511942	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014658	AGGC	2	8	517817	517824	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_014658	AATA	2	8	523579	523586	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014658	CATT	2	8	527020	527027	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_014658	TACT	2	8	534378	534385	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_014658	TATG	2	8	550526	550533	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014658	GTTA	2	8	551059	551066	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014658	GATA	2	8	553035	553042	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014658	AGGA	2	8	553901	553908	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014658	AACA	2	8	554043	554050	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_014658	GTTA	2	8	555222	555229	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014658	TTGT	2	8	555261	555268	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014658	CAAA	2	8	555308	555315	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_014658	AAGA	2	8	555452	555459	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014658	TAAT	2	8	556460	556467	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014658	TGAT	2	8	556613	556620	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014658	TAAT	2	8	557983	557990	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014658	ATTT	2	8	563372	563379	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_014658	ATTT	2	8	565880	565887	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014658	ATTT	2	8	569889	569896	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014658	TAAA	2	8	591178	591185	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014658	CATG	2	8	592714	592721	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_014658	TATT	2	8	592722	592729	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014658	TAGA	2	8	598626	598633	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014658	ATTT	2	8	608547	608554	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014658	TAAA	2	8	608677	608684	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014658	TAAA	2	8	616205	616212	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014658	ATTA	2	8	624298	624305	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014658	TTAA	2	8	624670	624677	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014658	CGGG	2	8	638996	639003	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
118	NC_014658	ATTT	2	8	647028	647035	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014658	CCAA	2	8	649411	649418	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_014658	ATTT	2	8	670255	670262	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014658	GATA	2	8	672966	672973	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014658	GGTA	2	8	678787	678794	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014658	TAAA	2	8	684475	684482	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014658	ATTT	2	8	687271	687278	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_014658	AGAA	2	8	698844	698851	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014658	ATTA	2	8	699718	699725	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014658	ATTT	2	8	706803	706810	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014658	TTAT	2	8	711084	711091	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_014658	ATTT	2	8	711093	711100	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_014658	TAAA	2	8	715827	715834	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_014658	TCTT	2	8	720561	720568	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_014658	TAAA	2	8	729273	729280	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014658	CTAC	2	8	735376	735383	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_014658	ACCA	2	8	735618	735625	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_014658	ATTA	2	8	749422	749429	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014658	AATA	2	8	764482	764489	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_014658	TTTA	2	8	765197	765204	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014658	TAAA	2	8	767715	767722	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014658	GGAT	2	8	768185	768192	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014658	CGAG	2	8	769020	769027	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
141	NC_014658	AAAG	2	8	769885	769892	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_014658	CCTG	2	8	770001	770008	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
143	NC_014658	CAGG	2	8	770072	770079	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
144	NC_014658	ACCC	2	8	770274	770281	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
145	NC_014658	CCGT	2	8	770334	770341	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
146	NC_014658	GCCG	2	8	770489	770496	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
147	NC_014658	GCCC	2	8	770649	770656	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
148	NC_014658	CTCA	2	8	770914	770921	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_014658	GGCT	2	8	771246	771253	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
150	NC_014658	GGTT	2	8	772387	772394	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_014658	TCCT	2	8	773005	773012	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
152	NC_014658	ATGT	2	8	775548	775555	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.