MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Bifidobacterium longum subsp. longum BBMN68 chromosome

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014656	GCTTCT	2	12	34263	34274	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_014656	TTCTGC	2	12	59040	59051	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_014656	TCCTCA	2	12	59703	59714	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_014656	CTTCGG	2	12	67890	67901	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_014656	GAATGT	2	12	75807	75818	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014656	TGTCGA	2	12	116806	116817	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_014656	TTTGAA	2	12	128420	128431	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014656	CAGGAG	2	12	158331	158342	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_014656	AGGCGA	2	12	167826	167837	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_014656	AGGCGA	2	12	171479	171490	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_014656	CACCGG	2	12	178115	178126	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
12	NC_014656	TCAGGC	2	12	185688	185699	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_014656	TGACGC	2	12	185872	185883	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_014656	GAGCCT	2	12	193474	193485	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_014656	AGAGGA	2	12	199683	199694	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014656	TCCGGG	2	12	206932	206943	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_014656	AGTGCA	2	12	207911	207922	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_014656	CCGGTG	2	12	207983	207994	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_014656	TGGGCT	2	12	291886	291897	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_014656	GCGGAA	2	12	293940	293951	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_014656	AGCGGG	2	12	299535	299546	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_014656	GCATCG	2	12	344486	344497	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_014656	GGTCAA	2	12	344787	344798	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_014656	CCCATA	2	12	346212	346223	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_014656	CGTACC	2	12	346809	346820	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
26	NC_014656	AAGGCA	2	12	573468	573479	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_014656	AAAACA	2	12	581239	581250	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_014656	CGCTGC	2	12	590935	590946	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_014656	GGATGC	2	12	595231	595242	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_014656	GAGGAT	2	12	625359	625370	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014656	CCATCG	2	12	626073	626084	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
32	NC_014656	AAAGGT	2	12	635004	635015	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014656	GCCCAT	2	12	654354	654365	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
34	NC_014656	CGTCGA	2	12	656938	656949	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_014656	CGGGCG	2	12	701308	701319	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_014656	CGGTCA	2	12	720852	720863	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_014656	CTCGCT	2	12	741777	741788	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
38	NC_014656	GGCCAA	2	12	818089	818100	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_014656	GCCCAA	2	12	825516	825527	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
40	NC_014656	AACGCG	2	12	825913	825924	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_014656	TCAACC	2	12	831904	831915	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_014656	CCAAGG	2	12	832147	832158	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_014656	TCGCCT	2	12	841541	841552	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
44	NC_014656	AACGCC	2	12	871308	871319	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
45	NC_014656	TTAGCG	2	12	886006	886017	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_014656	ATGAAT	2	12	887083	887094	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014656	TCATCG	2	12	927347	927358	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_014656	TTCGCC	2	12	966720	966731	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
49	NC_014656	TATTTG	2	12	966732	966743	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014656	CATATC	2	12	969167	969178	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_014656	GCGGGG	2	12	1055032	1055043	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_014656	TATACA	2	12	1087801	1087812	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_014656	TTCTTA	2	12	1141752	1141763	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_014656	GTTATT	2	12	1174177	1174188	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014656	ACGTCA	2	12	1212080	1212091	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_014656	CGAAGG	2	12	1220729	1220740	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_014656	GAAGGC	2	12	1222451	1222462	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_014656	CGAAAC	2	12	1228218	1228229	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_014656	AGGCTT	2	12	1267267	1267278	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_014656	GTCCTT	2	12	1273211	1273222	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_014656	ACAAAG	2	12	1275503	1275514	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_014656	ACCAGC	2	12	1309459	1309470	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
63	NC_014656	CGACTC	2	12	1324258	1324269	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_014656	TAGGCG	2	12	1330145	1330156	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_014656	AGCCGG	3	18	1342708	1342725	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_014656	ACCGGC	2	12	1426781	1426792	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_014656	ACGCAA	2	12	1464963	1464974	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_014656	CCTTTT	2	12	1465230	1465241	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_014656	AACACC	2	12	1496982	1496993	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_014656	ATATCG	2	12	1509183	1509194	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_014656	GGGTGC	2	12	1511172	1511183	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_014656	AACAAT	2	12	1523920	1523931	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_014656	GCTGAG	2	12	1540356	1540367	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_014656	GATAAT	2	12	1546528	1546539	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014656	GCGCGG	2	12	1549783	1549794	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_014656	ACGCCA	2	12	1588906	1588917	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
77	NC_014656	GAACAA	2	12	1618823	1618834	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_014656	ATTCTG	2	12	1622306	1622317	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_014656	AGACTG	2	12	1650500	1650511	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_014656	CAATGT	2	12	1679061	1679072	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_014656	GACCGG	2	12	1687142	1687153	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_014656	CGCTGG	2	12	1710620	1710631	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_014656	CGCGTG	2	12	1714317	1714328	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_014656	CCTGGA	2	12	1720892	1720903	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_014656	TGCTCT	2	12	1721048	1721059	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_014656	TGACCA	2	12	1721180	1721191	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_014656	TCCGGG	2	12	1734294	1734305	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_014656	AGTGCA	2	12	1735273	1735284	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_014656	CCGGTG	2	12	1735345	1735356	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_014656	CTGAGA	2	12	1742140	1742151	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_014656	TTCGCC	2	12	1753835	1753846	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
92	NC_014656	CAAAAC	2	12	1768222	1768233	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_014656	GAATGG	2	12	1795439	1795450	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014656	CGTGAG	2	12	1853422	1853433	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_014656	CGTGAG	2	12	1858624	1858635	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_014656	GCGCCC	2	12	1862617	1862628	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_014656	GCAGCG	2	12	1876700	1876711	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_014656	GTGTGC	2	12	1885997	1886008	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_014656	TCCGGG	2	12	1922859	1922870	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_014656	AGTGCA	2	12	1923838	1923849	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_014656	CCGGTG	2	12	1923910	1923921	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_014656	TCGATT	2	12	1931712	1931723	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_014656	TGGTTG	2	12	1946021	1946032	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014656	ACCCTT	2	12	1957334	1957345	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_014656	GACGAG	2	12	1976270	1976281	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_014656	TGCTGA	2	12	1986865	1986876	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_014656	TTTGTG	2	12	2011185	2011196	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014656	AGGCGA	2	12	2039418	2039429	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_014656	TTTTTG	2	12	2039871	2039882	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014656	TCGCGC	2	12	2044146	2044157	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
111	NC_014656	ATTCAT	2	12	2107181	2107192	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_014656	CGATGC	2	12	2135889	2135900	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_014656	GTGCCG	2	12	2143525	2143536	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_014656	TGAAAT	2	12	2184128	2184139	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_014656	GGGGCA	2	12	2186845	2186856	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_014656	ATTGAT	2	12	2190985	2190996	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014656	AGGAAT	2	12	2195163	2195174	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.