MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Halanaerobium hydrogeniformans chromosome

Total Repeats: 2494

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014654	TAATT	2	10	268	277	40 %	60 %	0 %	0 %	312142409
2	NC_014654	CTGAT	2	10	402	411	20 %	40 %	20 %	20 %	312142409
3	NC_014654	CAATA	2	10	1477	1486	60 %	20 %	0 %	20 %	312142409
4	NC_014654	AAAAC	2	10	1827	1836	80 %	0 %	0 %	20 %	312142410
5	NC_014654	TGCAA	2	10	1969	1978	40 %	20 %	20 %	20 %	312142410
6	NC_014654	AATTT	2	10	2139	2148	40 %	60 %	0 %	0 %	312142410
7	NC_014654	CAAAT	2	10	9488	9497	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_014654	TCAAG	2	10	10115	10124	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_014654	TAGTG	2	10	10203	10212	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014654	TCGTG	2	10	10594	10603	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_014654	AAATT	2	10	13626	13635	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014654	GAAGA	2	10	17764	17773	60 %	0 %	40 %	0 %	312142417
13	NC_014654	CTTTA	2	10	22534	22543	20 %	60 %	0 %	20 %	312142422
14	NC_014654	GCAAA	2	10	23411	23420	60 %	0 %	20 %	20 %	312142423
15	NC_014654	TAAAG	2	10	25877	25886	60 %	20 %	20 %	0 %	312142426
16	NC_014654	AATTT	2	10	26358	26367	40 %	60 %	0 %	0 %	312142427
17	NC_014654	GAAAA	2	10	26477	26486	80 %	0 %	20 %	0 %	312142428
18	NC_014654	ATATT	2	10	29198	29207	40 %	60 %	0 %	0 %	312142430
19	NC_014654	TAATT	2	10	29274	29283	40 %	60 %	0 %	0 %	312142430
20	NC_014654	ATTTT	2	10	29909	29918	20 %	80 %	0 %	0 %	312142430
21	NC_014654	AGAGG	2	10	34376	34385	40 %	0 %	60 %	0 %	312142434
22	NC_014654	TTAAA	2	10	36399	36408	60 %	40 %	0 %	0 %	312142435
23	NC_014654	TCCTA	2	10	37494	37503	20 %	40 %	0 %	40 %	312142435
24	NC_014654	AAACT	2	10	37723	37732	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_014654	AGATA	2	10	39498	39507	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_014654	TATAG	2	10	39962	39971	40 %	40 %	20 %	0 %	312142438
27	NC_014654	AAGAA	2	10	41337	41346	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014654	TATAA	2	10	41664	41673	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014654	ATAAA	2	10	43032	43041	80 %	20 %	0 %	0 %	312142441
30	NC_014654	AGAAA	2	10	43369	43378	80 %	0 %	20 %	0 %	312142441
31	NC_014654	TGAAT	2	10	43786	43795	40 %	40 %	20 %	0 %	312142441
32	NC_014654	ATCTT	2	10	43858	43867	20 %	60 %	0 %	20 %	312142441
33	NC_014654	TTAAT	2	10	44058	44067	40 %	60 %	0 %	0 %	312142441
34	NC_014654	ATTGT	2	10	44226	44235	20 %	60 %	20 %	0 %	312142441
35	NC_014654	TCAAT	2	10	44577	44586	40 %	40 %	0 %	20 %	312142441
36	NC_014654	TGACA	2	10	45406	45415	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_014654	AAAGC	2	10	47117	47126	60 %	0 %	20 %	20 %	312142442
38	NC_014654	AAATT	2	10	47536	47545	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014654	AAAGA	2	10	47769	47778	80 %	0 %	20 %	0 %	312142443
40	NC_014654	TATAT	2	10	50749	50758	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014654	TTTGA	2	10	50802	50811	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014654	TGAAA	2	10	51392	51401	60 %	20 %	20 %	0 %	312142446
43	NC_014654	GTTTA	2	10	52442	52451	20 %	60 %	20 %	0 %	312142447
44	NC_014654	TGAAT	2	10	52758	52767	40 %	40 %	20 %	0 %	312142447
45	NC_014654	AAAAT	2	10	56726	56735	80 %	20 %	0 %	0 %	312142451
46	NC_014654	ATATT	2	10	57128	57137	40 %	60 %	0 %	0 %	312142451
47	NC_014654	AAATA	2	10	58282	58291	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014654	AATTT	2	10	61181	61190	40 %	60 %	0 %	0 %	312142452
49	NC_014654	TATGA	2	10	61308	61317	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014654	ATCTG	2	10	61508	61517	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_014654	ATTAT	2	10	63375	63384	40 %	60 %	0 %	0 %	312142453
52	NC_014654	AAAAG	2	10	64719	64728	80 %	0 %	20 %	0 %	312142454
53	NC_014654	TATAT	2	10	65842	65851	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_014654	TAGTT	2	10	66718	66727	20 %	60 %	20 %	0 %	312142456
55	NC_014654	TTTAG	2	10	67658	67667	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014654	TTTAT	2	10	69562	69571	20 %	80 %	0 %	0 %	312142459
57	NC_014654	ATATA	2	10	69808	69817	60 %	40 %	0 %	0 %	312142459
58	NC_014654	ATATT	2	10	70048	70057	40 %	60 %	0 %	0 %	312142459
59	NC_014654	TAAAT	2	10	70070	70079	60 %	40 %	0 %	0 %	312142460
60	NC_014654	TAAAA	2	10	70165	70174	80 %	20 %	0 %	0 %	312142460
61	NC_014654	TAAAA	2	10	70276	70285	80 %	20 %	0 %	0 %	312142460
62	NC_014654	AATAT	2	10	70524	70533	60 %	40 %	0 %	0 %	312142460
63	NC_014654	AATAA	2	10	71258	71267	80 %	20 %	0 %	0 %	312142461
64	NC_014654	ACTTT	2	10	72087	72096	20 %	60 %	0 %	20 %	312142462
65	NC_014654	TATGA	2	10	72774	72783	40 %	40 %	20 %	0 %	312142462
66	NC_014654	AAAAC	2	10	73188	73197	80 %	0 %	0 %	20 %	312142463
67	NC_014654	TTAAT	2	10	75313	75322	40 %	60 %	0 %	0 %	312142464
68	NC_014654	TTAAT	2	10	75663	75672	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014654	GAACA	2	10	78319	78328	60 %	0 %	20 %	20 %	312142467
70	NC_014654	AGCTG	2	10	78769	78778	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_014654	TTCCT	2	10	79233	79242	0 %	60 %	0 %	40 %	312142468
72	NC_014654	AGAAA	2	10	79911	79920	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_014654	TAATT	2	10	80449	80458	40 %	60 %	0 %	0 %	312142469
74	NC_014654	TTAAA	2	10	81521	81530	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014654	GAATA	2	10	81892	81901	60 %	20 %	20 %	0 %	312142471
76	NC_014654	TGAAT	2	10	82027	82036	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014654	TAAAA	2	10	82300	82309	80 %	20 %	0 %	0 %	312142472
78	NC_014654	AAAGA	2	10	83612	83621	80 %	0 %	20 %	0 %	312142472
79	NC_014654	ATATT	2	10	83828	83837	40 %	60 %	0 %	0 %	312142472
80	NC_014654	TTCAA	2	10	85944	85953	40 %	40 %	0 %	20 %	312142473
81	NC_014654	TCAAA	2	10	86512	86521	60 %	20 %	0 %	20 %	312142474
82	NC_014654	AGCTT	2	10	88520	88529	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_014654	TGGAG	2	10	89252	89261	20 %	20 %	60 %	0 %	312142479
84	NC_014654	AGAAA	2	10	90271	90280	80 %	0 %	20 %	0 %	312142480
85	NC_014654	TCTAA	2	10	90981	90990	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_014654	TAGAG	2	10	92296	92305	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014654	CATTA	2	10	92952	92961	40 %	40 %	0 %	20 %	312142483
88	NC_014654	ATCTT	2	10	95455	95464	20 %	60 %	0 %	20 %	312142485
89	NC_014654	CATTA	2	10	97833	97842	40 %	40 %	0 %	20 %	312142486
90	NC_014654	TAAAT	2	10	97886	97895	60 %	40 %	0 %	0 %	312142487
91	NC_014654	TAATC	2	10	98386	98395	40 %	40 %	0 %	20 %	312142487
92	NC_014654	AACTG	2	10	99183	99192	40 %	20 %	20 %	20 %	312142487
93	NC_014654	ATTTT	2	10	99527	99536	20 %	80 %	0 %	0 %	312142487
94	NC_014654	TAATA	2	10	99583	99592	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014654	ATATA	2	10	101963	101972	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014654	TAAAT	2	10	102129	102138	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014654	TTTTG	2	10	103633	103642	0 %	80 %	20 %	0 %	312142489
98	NC_014654	TCATA	2	10	103949	103958	40 %	40 %	0 %	20 %	312142489
99	NC_014654	GGGTT	2	10	104178	104187	0 %	40 %	60 %	0 %	312142489
100	NC_014654	CTTTT	2	10	104486	104495	0 %	80 %	0 %	20 %	312142490
101	NC_014654	ATATA	2	10	106209	106218	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014654	TTAAT	2	10	106289	106298	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014654	GTTAA	2	10	109114	109123	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014654	GGCAA	2	10	109328	109337	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_014654	GCATG	2	10	110282	110291	20 %	20 %	40 %	20 %	312142493
106	NC_014654	TTAAT	2	10	111134	111143	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014654	GCTTT	2	10	111431	111440	0 %	60 %	20 %	20 %	312142494
108	NC_014654	ATTTT	2	10	111450	111459	20 %	80 %	0 %	0 %	312142494
109	NC_014654	TGAAG	2	10	111597	111606	40 %	20 %	40 %	0 %	312142494
110	NC_014654	AAAAC	2	10	111868	111877	80 %	0 %	0 %	20 %	312142495
111	NC_014654	TGAGA	2	10	112163	112172	40 %	20 %	40 %	0 %	312142495
112	NC_014654	TTTTA	2	10	112317	112326	20 %	80 %	0 %	0 %	312142495
113	NC_014654	TAAAT	2	10	112532	112541	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014654	TCCAA	2	10	113239	113248	40 %	20 %	0 %	40 %	312142496
115	NC_014654	ATATA	2	10	113891	113900	60 %	40 %	0 %	0 %	312142496
116	NC_014654	TCTCT	2	10	113958	113967	0 %	60 %	0 %	40 %	312142496
117	NC_014654	ATCTT	2	10	114360	114369	20 %	60 %	0 %	20 %	312142497
118	NC_014654	ATTAT	2	10	115430	115439	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014654	TCTTT	2	10	116517	116526	0 %	80 %	0 %	20 %	312142498
120	NC_014654	AGAAA	2	10	119001	119010	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014654	TAATT	2	10	120259	120268	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014654	TTTAC	2	10	120987	120996	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_014654	ATGTA	2	10	121487	121496	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014654	TATAA	2	10	121535	121544	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_014654	TCTTA	2	10	122054	122063	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_014654	CAGAT	2	10	122172	122181	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_014654	AATTA	2	10	123021	123030	60 %	40 %	0 %	0 %	312142507
128	NC_014654	AATTT	2	10	123587	123596	40 %	60 %	0 %	0 %	312142507
129	NC_014654	AAAAG	2	10	124158	124167	80 %	0 %	20 %	0 %	312142508
130	NC_014654	TCAGC	2	10	124944	124953	20 %	20 %	20 %	40 %	312142510
131	NC_014654	TAATT	2	10	125070	125079	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014654	GTTTT	2	10	126348	126357	0 %	80 %	20 %	0 %	312142511
133	NC_014654	AAATT	2	10	127818	127827	60 %	40 %	0 %	0 %	312142513
134	NC_014654	AGATG	2	10	128453	128462	40 %	20 %	40 %	0 %	312142513
135	NC_014654	AGTTT	2	10	128473	128482	20 %	60 %	20 %	0 %	312142513
136	NC_014654	GTCTG	2	10	128922	128931	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_014654	TTTAA	2	10	130670	130679	40 %	60 %	0 %	0 %	312142514
138	NC_014654	ATTTT	2	10	130908	130917	20 %	80 %	0 %	0 %	312142514
139	NC_014654	TGAGT	2	10	131134	131143	20 %	40 %	40 %	0 %	312142514
140	NC_014654	AAAAT	2	10	131474	131483	80 %	20 %	0 %	0 %	312142515
141	NC_014654	ATAAA	2	10	132359	132368	80 %	20 %	0 %	0 %	312142515
142	NC_014654	TTAAT	2	10	132546	132555	40 %	60 %	0 %	0 %	312142516
143	NC_014654	GAAAT	2	10	133747	133756	60 %	20 %	20 %	0 %	312142517
144	NC_014654	TAAAA	2	10	135312	135321	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014654	TAAAA	2	10	136292	136301	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_014654	TAATT	2	10	136365	136374	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_014654	TAAAC	2	10	136385	136394	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_014654	CAGAC	2	10	136707	136716	40 %	0 %	20 %	40 %	312142519
149	NC_014654	TATAC	2	10	139455	139464	40 %	40 %	0 %	20 %	312142521
150	NC_014654	AATTA	3	15	144131	144145	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_014654	TTTTC	2	10	145338	145347	0 %	80 %	0 %	20 %	312142526
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155	NC_014654	CTGTT	2	10	147808	147817	0 %	60 %	20 %	20 %	312142529
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159	NC_014654	AATTT	2	10	153198	153207	40 %	60 %	0 %	0 %	312142533
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161	NC_014654	GAATT	2	10	153926	153935	40 %	40 %	20 %	0 %	312142535
162	NC_014654	AATTT	2	10	155054	155063	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_014654	TGATT	2	10	155310	155319	20 %	60 %	20 %	0 %	312142536
164	NC_014654	AGCTT	2	10	155348	155357	20 %	40 %	20 %	20 %	312142536
165	NC_014654	AGAAA	2	10	155911	155920	80 %	0 %	20 %	0 %	312142537
166	NC_014654	AATTT	2	10	156822	156831	40 %	60 %	0 %	0 %	312142537
167	NC_014654	CTAAA	2	10	157222	157231	60 %	20 %	0 %	20 %	312142537
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169	NC_014654	ATAAA	2	10	158125	158134	80 %	20 %	0 %	0 %	312142537
170	NC_014654	ATTAT	2	10	158665	158674	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_014654	CAAAA	2	10	158682	158691	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
172	NC_014654	AAATA	2	10	159179	159188	80 %	20 %	0 %	0 %	312142539
173	NC_014654	ATATG	2	10	159649	159658	40 %	40 %	20 %	0 %	312142540
174	NC_014654	TTTAA	2	10	166165	166174	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_014654	GAAAA	2	10	166438	166447	80 %	0 %	20 %	0 %	312142546
176	NC_014654	AAAGT	2	10	166476	166485	60 %	20 %	20 %	0 %	312142546
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179	NC_014654	ATAAA	2	10	168587	168596	80 %	20 %	0 %	0 %	312142547
180	NC_014654	AAGAT	2	10	168784	168793	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
181	NC_014654	AAATA	2	10	173619	173628	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_014654	TTTTA	2	10	174320	174329	20 %	80 %	0 %	0 %	312142552
183	NC_014654	ATAAA	2	10	178341	178350	80 %	20 %	0 %	0 %	312142557
184	NC_014654	TATTT	2	10	178940	178949	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_014654	ATTTT	2	10	180868	180877	20 %	80 %	0 %	0 %	312142559
186	NC_014654	TATTC	2	10	181077	181086	20 %	60 %	0 %	20 %	312142559
187	NC_014654	AATAT	2	10	181739	181748	60 %	40 %	0 %	0 %	312142560
188	NC_014654	GTCTG	2	10	182922	182931	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
189	NC_014654	TTTAT	2	10	183959	183968	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_014654	TAATA	2	10	184253	184262	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_014654	GATTA	2	10	184394	184403	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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195	NC_014654	TAAAT	2	10	191611	191620	60 %	40 %	0 %	0 %	312142567
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197	NC_014654	AGAGT	2	10	193305	193314	40 %	20 %	40 %	0 %	312142568
198	NC_014654	ATTTC	2	10	193808	193817	20 %	60 %	0 %	20 %	312142569
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206	NC_014654	GCAGT	2	10	203315	203324	20 %	20 %	40 %	20 %	312142577
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209	NC_014654	TTTCT	2	10	211050	211059	0 %	80 %	0 %	20 %	312142583
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211	NC_014654	AACTT	2	10	211204	211213	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
212	NC_014654	AAAAT	2	10	212258	212267	80 %	20 %	0 %	0 %	312142585
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220	NC_014654	AATAA	2	10	221734	221743	80 %	20 %	0 %	0 %	312142590
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241	NC_014654	AGGTA	2	10	239869	239878	40 %	20 %	40 %	0 %	312142597
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245	NC_014654	ATTAG	2	10	241562	241571	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
246	NC_014654	TAGAG	2	10	241676	241685	40 %	20 %	40 %	0 %	312142599
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254	NC_014654	AAAGA	2	10	256725	256734	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
255	NC_014654	AATGA	2	10	257184	257193	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
256	NC_014654	AGGTG	2	10	258658	258667	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
257	NC_014654	TAGGT	2	10	259755	259764	20 %	40 %	40 %	0 %	312142614
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264	NC_014654	GGGAA	2	10	264071	264080	40 %	0 %	60 %	0 %	312142615
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266	NC_014654	AAGAT	2	10	264545	264554	60 %	20 %	20 %	0 %	312142615
267	NC_014654	GTTAT	2	10	269298	269307	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
268	NC_014654	TAATA	2	10	269985	269994	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
269	NC_014654	AAAAT	2	10	271159	271168	80 %	20 %	0 %	0 %	312142621
270	NC_014654	AATAA	2	10	271618	271627	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
271	NC_014654	ATAGA	2	10	272588	272597	60 %	20 %	20 %	0 %	312142623
272	NC_014654	TAGAT	2	10	273640	273649	40 %	40 %	20 %	0 %	312142624
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