MICAS: Microsatellite Analysis Server

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Halanaerobium hydrogeniformans chromosome

Total Repeats: 504

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014654	CAAAT	2	10	9488	9497	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_014654	TCAAG	2	10	10115	10124	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_014654	TAGTG	2	10	10203	10212	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014654	TCGTG	2	10	10594	10603	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_014654	AAATT	2	10	13626	13635	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014654	AAACT	2	10	37723	37732	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_014654	AGATA	2	10	39498	39507	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_014654	AAGAA	2	10	41337	41346	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_014654	TATAA	2	10	41664	41673	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_014654	TGACA	2	10	45406	45415	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_014654	AAATT	2	10	47536	47545	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014654	TATAT	2	10	50749	50758	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_014654	TTTGA	2	10	50802	50811	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014654	AAATA	2	10	58282	58291	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014654	TATGA	2	10	61308	61317	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014654	ATCTG	2	10	61508	61517	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_014654	TATAT	2	10	65842	65851	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014654	TTTAG	2	10	67658	67667	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_014654	TTAAT	2	10	75663	75672	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_014654	AGCTG	2	10	78769	78778	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_014654	AGAAA	2	10	79911	79920	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_014654	TTAAA	2	10	81521	81530	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_014654	TGAAT	2	10	82027	82036	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_014654	AGCTT	2	10	88520	88529	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_014654	TCTAA	2	10	90981	90990	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_014654	TAGAG	2	10	92296	92305	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014654	TAATA	2	10	99583	99592	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014654	ATATA	2	10	101963	101972	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_014654	TAAAT	2	10	102129	102138	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_014654	ATATA	2	10	106209	106218	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014654	TTAAT	2	10	106289	106298	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014654	GTTAA	2	10	109114	109123	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014654	GGCAA	2	10	109328	109337	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_014654	TTAAT	2	10	111134	111143	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014654	TAAAT	2	10	112532	112541	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_014654	ATTAT	2	10	115430	115439	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014654	AGAAA	2	10	119001	119010	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_014654	TAATT	2	10	120259	120268	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_014654	TTTAC	2	10	120987	120996	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_014654	ATGTA	2	10	121487	121496	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014654	TATAA	2	10	121535	121544	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_014654	TCTTA	2	10	122054	122063	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_014654	CAGAT	2	10	122172	122181	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_014654	TAATT	2	10	125070	125079	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014654	GTCTG	2	10	128922	128931	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_014654	TAAAA	2	10	135312	135321	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_014654	TAAAA	2	10	136292	136301	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_014654	TAATT	2	10	136365	136374	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014654	TAAAC	2	10	136385	136394	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_014654	AATTA	3	15	144131	144145	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_014654	AATTT	2	10	155054	155063	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014654	ATTAT	2	10	158665	158674	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_014654	CAAAA	2	10	158682	158691	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_014654	TTTAA	2	10	166165	166174	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_014654	AAGAT	2	10	168784	168793	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014654	AAATA	2	10	173619	173628	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_014654	TATTT	2	10	178940	178949	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_014654	GTCTG	2	10	182922	182931	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_014654	TTTAT	2	10	183959	183968	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014654	TAATA	2	10	184253	184262	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014654	GATTA	2	10	184394	184403	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_014654	ATATA	2	10	190874	190883	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014654	AATAT	2	10	201688	201697	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_014654	AGGTA	2	10	204400	204409	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014654	AATTA	2	10	211177	211186	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_014654	AACTT	2	10	211204	211213	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_014654	ATATA	2	10	215390	215399	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_014654	AAATC	2	10	221621	221630	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_014654	GTCTG	2	10	224467	224476	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_014654	TATCA	2	10	232168	232177	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_014654	ATGGC	2	10	232296	232305	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_014654	AAAGC	2	10	239289	239298	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_014654	ATATT	2	10	241315	241324	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_014654	ATTAG	2	10	241562	241571	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_014654	AAAGA	2	10	256725	256734	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_014654	AATGA	2	10	257184	257193	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014654	AGGTG	2	10	258658	258667	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014654	GTTAT	2	10	269298	269307	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014654	TAATA	2	10	269985	269994	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014654	AATAA	2	10	271618	271627	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014654	TTTTC	2	10	274492	274501	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_014654	TAGAT	2	10	275116	275125	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_014654	TTTTG	2	10	277237	277246	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_014654	TAAAA	2	10	280292	280301	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014654	TTTAG	2	10	287021	287030	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_014654	TATAT	2	10	287909	287918	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_014654	AAGTA	2	10	293644	293653	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_014654	TAATT	2	10	293654	293663	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014654	TGCAT	2	10	299037	299046	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_014654	AATTA	2	10	314365	314374	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_014654	TTAAT	2	10	327558	327567	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_014654	ATTTA	2	10	335660	335669	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_014654	TAATT	2	10	337769	337778	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_014654	AATGA	2	10	339022	339031	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_014654	TTTAC	2	10	339797	339806	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_014654	AATTT	2	10	340322	340331	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_014654	TCCAT	2	10	343271	343280	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_014654	TATAA	2	10	346021	346030	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014654	CTAAA	2	10	354231	354240	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_014654	TAATT	2	10	355566	355575	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_014654	ATTAA	2	10	365763	365772	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_014654	ATTAA	2	10	366240	366249	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014654	AAATT	2	10	366295	366304	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014654	GTTAA	2	10	368687	368696	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_014654	AGCTA	2	10	368741	368750	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_014654	CTCTT	2	10	379255	379264	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_014654	TTTAG	2	10	380267	380276	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014654	TATAT	2	10	381218	381227	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014654	AAAAG	2	10	383222	383231	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_014654	AATTT	2	10	384519	384528	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014654	ATTTA	2	10	384640	384649	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_014654	TTTAA	2	10	391176	391185	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_014654	TAATT	2	10	393429	393438	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_014654	CTCGA	2	10	395733	395742	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_014654	GATAA	2	10	399202	399211	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014654	CTGGA	2	10	401976	401985	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_014654	CTTTT	2	10	401991	402000	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_014654	TCTTT	2	10	421893	421902	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_014654	AATTA	2	10	435227	435236	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014654	TTACT	2	10	439251	439260	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_014654	GACCT	2	10	445699	445708	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
122	NC_014654	AGGGC	2	10	448574	448583	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
123	NC_014654	AGGAG	2	10	456705	456714	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
124	NC_014654	TTGCT	2	10	458511	458520	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_014654	AAAGA	2	10	458645	458654	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014654	ATAAA	2	10	464272	464281	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014654	TGCAT	2	10	482557	482566	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_014654	TTCTA	2	10	499474	499483	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_014654	CATAA	2	10	503119	503128	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_014654	TTTCT	2	10	511561	511570	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_014654	TAAAA	2	10	516331	516340	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_014654	TTATA	2	10	523623	523632	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_014654	AATTC	2	10	523816	523825	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_014654	AATAT	2	10	529614	529623	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014654	AATTA	2	10	533306	533315	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_014654	CAATT	2	10	533334	533343	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_014654	ATTTA	2	10	546142	546151	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014654	TATAA	2	10	563672	563681	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014654	AAGAA	2	10	584261	584270	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_014654	TAGTA	2	10	592246	592255	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_014654	CTAAA	2	10	597087	597096	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_014654	ATGCA	3	15	599062	599076	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_014654	AGGAG	2	10	603833	603842	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
144	NC_014654	TTTTA	2	10	606344	606353	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014654	TATAT	2	10	608513	608522	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_014654	TTAAA	2	10	610395	610404	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_014654	ATAAA	2	10	610428	610437	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014654	ATGAA	2	10	619224	619233	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_014654	ATTTT	2	10	619428	619437	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_014654	TATAT	2	10	619612	619621	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_014654	AAAAT	2	10	629424	629433	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_014654	TTTTA	2	10	782289	782298	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_014654	AAATT	2	10	784678	784687	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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432	NC_014654	TAAAA	2	10	2264811	2264820	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
433	NC_014654	ATATA	2	10	2264855	2264864	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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446	NC_014654	AACTT	2	10	2365246	2365255	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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450	NC_014654	ATATG	2	10	2378655	2378664	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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462	NC_014654	AATCT	2	10	2464718	2464727	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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464	NC_014654	TTTGT	2	10	2483026	2483035	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
465	NC_014654	TTATT	2	10	2487112	2487121	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
466	NC_014654	TAAAA	2	10	2495015	2495024	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
467	NC_014654	TATAT	2	10	2505147	2505156	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
468	NC_014654	AAATC	2	10	2506819	2506828	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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472	NC_014654	TAAAT	2	10	2513814	2513823	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
473	NC_014654	TAAAT	2	10	2515573	2515582	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
474	NC_014654	AAAGC	2	10	2517003	2517012	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
475	NC_014654	AAATA	2	10	2520292	2520301	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
476	NC_014654	AATTA	2	10	2520746	2520755	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
477	NC_014654	TGTAA	2	10	2520866	2520875	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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492	NC_014654	ATTTA	2	10	2557136	2557145	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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500	NC_014654	ATTTG	2	10	2589963	2589972	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding

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