MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Caldicellulosiruptor hydrothermalis 108 chromosome

Total Repeats: 1153

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014652	ACACAA	2	12	1165	1176	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126263
2	NC_014652	ATTTCA	2	12	2455	2466	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312126264
3	NC_014652	TTGGAA	2	12	5678	5689	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126267
4	NC_014652	GATGCA	2	12	9495	9506	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	312126270
5	NC_014652	AATTGT	2	12	11659	11670	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	312126271
6	NC_014652	CAGCTT	2	12	18241	18252	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	312126278
7	NC_014652	TTTTTA	2	12	20895	20906	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	312126279
8	NC_014652	ACAAGA	2	12	23337	23348	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	312126280
9	NC_014652	AAAGAT	2	12	24823	24834	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312126281
10	NC_014652	AATTGC	2	12	28962	28973	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	312126284
11	NC_014652	AACACA	2	12	31832	31843	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	312126286
12	NC_014652	TGAGAT	2	12	32861	32872	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126287
13	NC_014652	GTGAAA	2	12	32992	33003	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	312126288
14	NC_014652	ACTTGT	2	12	38544	38555	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	312126291
15	NC_014652	TGATTT	2	12	40118	40129	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	312126293
16	NC_014652	CAAATT	2	12	40348	40359	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	312126293
17	NC_014652	AAGAAA	2	12	42448	42459	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	312126295
18	NC_014652	TTTTTG	2	12	45200	45211	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	312126297
19	NC_014652	AATCTT	2	12	48014	48025	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312126301
20	NC_014652	CTTTAG	2	12	48262	48273	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	312126301
21	NC_014652	TTTCTG	2	12	50862	50873	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	312126304
22	NC_014652	ACATTT	2	12	52163	52174	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312126304
23	NC_014652	TATGCA	2	12	54329	54340	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	312126304
24	NC_014652	ATGTAA	2	12	57197	57208	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	312126306
25	NC_014652	AAAAGC	2	12	59198	59209	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	312126308
26	NC_014652	TTTTAA	2	12	61142	61153	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126310
27	NC_014652	GCAAAA	2	12	62106	62117	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	312126311
28	NC_014652	GGCAAT	2	12	63137	63148	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	312126312
29	NC_014652	AAATGA	2	12	65284	65295	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312126314
30	NC_014652	AACCAG	2	12	71876	71887	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	312126317
31	NC_014652	GATTAA	2	12	78077	78088	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	312126318
32	NC_014652	TCTGAC	2	12	81711	81722	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	312126321
33	NC_014652	AGTAAA	2	12	82655	82666	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312126321
34	NC_014652	TTGCTA	2	12	83008	83019	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	312126322
35	NC_014652	CATATT	2	12	85194	85205	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312126324
36	NC_014652	AAATGA	2	12	88927	88938	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312126327
37	NC_014652	AACTCA	2	12	92364	92375	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	312126328
38	NC_014652	TTTGGT	2	12	92674	92685	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126328
39	NC_014652	TTTGAG	2	12	92782	92793	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	312126328
40	NC_014652	TTTAAT	2	12	93676	93687	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126330
41	NC_014652	TGACAG	2	12	95987	95998	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	312126331
42	NC_014652	TGACCC	2	12	96903	96914	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	312126331
43	NC_014652	TGATAG	2	12	100779	100790	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	312126332
44	NC_014652	GTTAAA	2	12	102259	102270	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	312126333
45	NC_014652	TTACAA	2	12	102288	102299	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	312126333
46	NC_014652	CTATTT	2	12	103831	103842	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	312126334
47	NC_014652	CTTCCA	2	12	104640	104651	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	312126335
48	NC_014652	CAGGCA	2	12	104889	104900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	312126335
49	NC_014652	AATTAT	2	12	108652	108663	50 %	50 %	0 %	0 %	312126339
50	NC_014652	AAATTA	2	12	109201	109212	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	312126339
51	NC_014652	CCCATG	2	12	113063	113074	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	312126342
52	NC_014652	TTTTGG	2	12	113805	113816	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	312126342
53	NC_014652	TTTCTA	2	12	115592	115603	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	312126343
54	NC_014652	AATGTT	2	12	116456	116467	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	312126344
55	NC_014652	ATTCCA	2	12	120913	120924	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312126347
56	NC_014652	TCAATT	2	12	121081	121092	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312126347
57	NC_014652	AGTGGA	2	12	125445	125456	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	312126350
58	NC_014652	TTTGTT	2	12	127930	127941	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	312126352
59	NC_014652	TGAAGA	2	12	132829	132840	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	312126355
60	NC_014652	ATGAAG	2	12	135020	135031	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	312126356
61	NC_014652	AAGACA	2	12	135480	135491	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	312126356
62	NC_014652	TGTTTT	2	12	136021	136032	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	312126357
63	NC_014652	CAAATT	2	12	138935	138946	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	312126359
64	NC_014652	AAAGTT	2	12	141041	141052	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	312126361
65	NC_014652	CTGTTG	2	12	142870	142881	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	312126362
66	NC_014652	GATTTT	2	12	144332	144343	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	312126363
67	NC_014652	CTTGTA	2	12	145647	145658	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	312126364
68	NC_014652	ATTTCT	2	12	151318	151329	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	312126368
69	NC_014652	ATTTGT	2	12	151593	151604	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	312126368
70	NC_014652	GATAAA	2	12	152315	152326	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312126369
71	NC_014652	GAAGGT	2	12	153540	153551	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	312126370
72	NC_014652	TGCAAT	2	12	154522	154533	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	312126371
73	NC_014652	TAAAAA	2	12	154614	154625	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	312126371
74	NC_014652	TTGACA	2	12	162972	162983	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	312126380
75	NC_014652	AAGAAA	2	12	164965	164976	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	312126382
76	NC_014652	GCTGAC	2	12	166637	166648	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	312126383
77	NC_014652	TTTGAC	2	12	168399	168410	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	312126385
78	NC_014652	AAAGAT	2	12	171469	171480	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312126388
79	NC_014652	TCAATG	2	12	173954	173965	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	312126391
80	NC_014652	GCTTCA	2	12	175214	175225	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	312126392
81	NC_014652	CATCAC	2	12	176208	176219	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	312126393
82	NC_014652	GAATAA	2	12	176330	176341	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312126393
83	NC_014652	CTGAGC	2	12	176648	176659	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	312126393
84	NC_014652	CTAAAG	2	12	180050	180061	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312126395
85	NC_014652	AAGATT	2	12	180298	180309	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	312126395
86	NC_014652	CTGTAA	2	12	181838	181849	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	312126396
87	NC_014652	ACAAAA	2	12	190444	190455	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	312126402
88	NC_014652	TAAAGA	2	12	190506	190517	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312126402
89	NC_014652	AAATGA	2	12	190627	190638	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312126402
90	NC_014652	ACAAAT	2	12	195254	195265	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	312126405
91	NC_014652	TATATC	2	12	195948	195959	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312126406
92	NC_014652	ACCAAT	2	12	203727	203738	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	312126412
93	NC_014652	GTTGAC	2	12	204088	204099	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	312126412
94	NC_014652	CAAGAA	2	12	204200	204211	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	312126412
95	NC_014652	TAAACG	2	12	206790	206801	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312126415
96	NC_014652	ATCTTC	2	12	209139	209150	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	312126417
97	NC_014652	AATCTT	2	12	215079	215090	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312126420
98	NC_014652	CTTTAG	2	12	215327	215338	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	312126420
99	NC_014652	TAGTTG	2	12	221698	221709	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	312126424
100	NC_014652	GAAAAA	2	12	222153	222164	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	312126424
101	NC_014652	TATGAT	2	12	222375	222386	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	312126424
102	NC_014652	AGTCCA	2	12	224813	224824	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	312126426
103	NC_014652	TCATAG	2	12	225883	225894	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	312126427
104	NC_014652	CTAAAG	2	12	230104	230115	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312126431
105	NC_014652	AAGATT	2	12	230352	230363	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	312126431
106	NC_014652	AAATCA	2	12	232368	232379	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	312126433
107	NC_014652	TTATAC	2	12	232873	232884	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312126433
108	NC_014652	TTTTTA	2	12	235194	235205	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	312126437
109	NC_014652	TATCTT	2	12	235389	235400	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	312126437
110	NC_014652	CATCGG	2	12	242238	242249	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	312126441
111	NC_014652	AAAGGC	2	12	246319	246330	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	312126445
112	NC_014652	TGTGGT	2	12	246798	246809	0 %	50 %	50 %	0 %	312126446
113	NC_014652	GTGTTG	2	12	250756	250767	0 %	50 %	50 %	0 %	312126449
114	NC_014652	TTGTGC	2	12	253962	253973	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	312126451
115	NC_014652	TTGAAA	2	12	259016	259027	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	312126454
116	NC_014652	AGTTTC	2	12	259176	259187	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	312126454
117	NC_014652	TTTAGC	2	12	279492	279503	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	312126477
118	NC_014652	GTCAAA	2	12	283982	283993	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312126479
119	NC_014652	AATCTT	2	12	289036	289047	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312126483
120	NC_014652	CTTTAG	2	12	289284	289295	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	312126483
121	NC_014652	TTTAAT	2	12	292153	292164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	312126487
122	NC_014652	AAAGAA	2	12	293755	293766	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	312126488
123	NC_014652	ACATAA	2	12	296147	296158	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	312126490
124	NC_014652	TTGAAA	2	12	298529	298540	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	312126492
125	NC_014652	TGTGGT	2	12	307163	307174	0 %	50 %	50 %	0 %	312126498
126	NC_014652	ATTTAG	2	12	307313	307324	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	312126498
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128	NC_014652	GCTTTT	2	12	314685	314696	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	312126506
129	NC_014652	GTAAGA	2	12	314900	314911	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	312126507
130	NC_014652	GGGCTG	2	12	316060	316071	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	312126507
131	NC_014652	TGTTGA	2	12	317342	317353	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	312126508
132	NC_014652	GCTTGG	2	12	317859	317870	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	312126509
133	NC_014652	TTGACG	2	12	324211	324222	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	312126514
134	NC_014652	AGTGAA	2	12	324813	324824	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	312126514
135	NC_014652	ACATTT	2	12	325325	325336	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312126515
136	NC_014652	AAGGTA	2	12	327192	327203	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	312126517
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138	NC_014652	TGGTAC	2	12	341874	341885	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	312126523
139	NC_014652	AAGAAA	2	12	344863	344874	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	312126526
140	NC_014652	TTGCTT	2	12	347653	347664	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	312126528
141	NC_014652	GGCGAA	2	12	350623	350634	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	312126530
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143	NC_014652	AGCTCA	2	12	356983	356994	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	312126533
144	NC_014652	ATCTCT	2	12	362852	362863	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	312126535
145	NC_014652	TTTTTG	2	12	367505	367516	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	312126536
146	NC_014652	AAATTT	2	12	377480	377491	50 %	50 %	0 %	0 %	312126546
147	NC_014652	CTTTTG	2	12	379668	379679	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	312126551
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154	NC_014652	TATGCT	2	12	399147	399158	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	312126575
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222	NC_014652	GAAGAT	2	12	556589	556600	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	312126747
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226	NC_014652	CAAAGA	2	12	564736	564747	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	312126754
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229	NC_014652	TGGTGC	2	12	572922	572933	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	312126759
230	NC_014652	TGACAA	2	12	573219	573230	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312126759
231	NC_014652	AACTTT	2	12	574357	574368	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312126760
232	NC_014652	AAAAAG	2	12	574889	574900	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	312126761
233	NC_014652	ACCTCT	2	12	579120	579131	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	312126766
234	NC_014652	AGGCAA	2	12	580340	580351	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	312126768
235	NC_014652	CTGGAA	2	12	580399	580410	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	312126768
236	NC_014652	CATTTG	2	12	580942	580953	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	312126768
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240	NC_014652	TTGCAA	2	12	591425	591436	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	312126774
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331	NC_014652	AACACC	2	12	805935	805946	50 %	0 %	0 %	50 %	312126983
332	NC_014652	GAAGCT	2	12	806637	806648	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	312126984
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337	NC_014652	AAAGCT	2	12	822041	822052	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312127007
338	NC_014652	AAATGC	2	12	822459	822470	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	312127007
339	NC_014652	GTGGAG	2	12	827515	827526	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	312127012
340	NC_014652	AATCTT	2	12	837220	837231	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	312127028
341	NC_014652	CTTTAG	2	12	837468	837479	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	312127028
342	NC_014652	CAAGGT	2	12	838786	838797	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	312127029
343	NC_014652	AGCTGC	2	12	839942	839953	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	312127031
344	NC_014652	TTTTTG	2	12	841778	841789	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	312127033
345	NC_014652	TGAAAA	2	12	844796	844807	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	312127037
346	NC_014652	TCTTCA	2	12	846944	846955	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	312127041
347	NC_014652	ATTGCC	2	12	850609	850620	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	312127045
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448	NC_014652	CAAAAG	2	12	1056505	1056516	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	312127260
449	NC_014652	TTCCTT	2	12	1057389	1057400	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	312127261
450	NC_014652	GCCCAT	2	12	1069589	1069600	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	312127268
451	NC_014652	TCCATA	2	12	1069703	1069714	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	312127268
452	NC_014652	TTTCTT	2	12	1075330	1075341	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	312127277
453	NC_014652	TAAATC	2	12	1079410	1079421	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	312127281
454	NC_014652	TTGATG	2	12	1084755	1084766	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	312127288
455	NC_014652	GTTGCT	2	12	1086636	1086647	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	312127291
456	NC_014652	GAAAAA	2	12	1088932	1088943	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	312127294
457	NC_014652	AAATTC	2	12	1094279	1094290	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	312127302
458	NC_014652	CTGCAA	2	12	1096246	1096257	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	312127304
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